Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 0 -3 -1 2 -3 -2 -2 -2 -3 -4 -5 -2 -4 -5 -3 6 1 -5 -4 -4 6 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 75 5 0 0 0 1.10 0.91 2 R -3 1 2 0 -5 3 4 -1 1 -2 -5 -1 -4 -2 -2 0 -2 1 -1 -3 1 6 10 3 0 15 36 5 4 2 0 1 0 1 2 5 1 2 2 1 0.55 0.96 3 C -2 -5 -4 -5 10 -4 -2 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 0 1 -5 -4 -3 0 0 0 0 77 0 3 0 0 1 0 0 0 2 1 6 10 0 0 0 2.14 0.98 4 Q -2 0 0 0 3 3 1 -3 -2 -3 -4 2 2 -4 5 -1 -2 -5 -4 -3 2 4 3 6 6 14 7 1 0 2 1 13 7 0 29 3 1 0 0 1 0.65 1.11 5 G -1 -1 -1 -3 -4 -3 -3 6 -4 -5 -5 1 -4 -5 -2 0 -2 -5 -3 -4 4 4 2 0 0 0 1 70 0 0 0 8 0 0 2 5 1 0 1 1 1.21 1.08 6 K -3 1 -3 -3 -5 0 -1 -4 -3 -5 -5 7 -4 -5 -2 -3 -2 -2 -4 -5 0 5 0 0 0 2 2 0 0 0 0 85 0 0 2 0 2 1 0 0 1.58 1.24 7 S -2 -1 0 -1 -2 2 -1 -2 -3 -3 -2 -1 2 -3 -4 3 5 -2 -3 -1 1 4 5 2 1 10 3 2 0 1 4 3 5 1 0 21 33 1 1 3 0.52 1.28 8 S 0 0 -2 -2 0 -2 2 -3 -2 -2 -4 -2 -2 -3 -3 5 1 -5 -3 -3 4 4 1 1 2 1 15 1 1 2 1 1 1 1 1 56 6 0 0 2 0.78 1.30 9 W -5 -5 -6 -7 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -4 -5 -4 0 -6 -5 -5 13 0 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 95 0 0 3.92 1.29 10 P -2 -5 -5 -4 -6 -4 -4 -5 -5 -6 -4 -2 -5 -6 8 -2 -3 -7 -6 -5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 0 92 2 1 0 0 0 2.68 1.40 11 Q -3 -3 -1 1 -6 0 7 -3 -1 -6 -6 -2 -5 -4 -4 -3 -4 -6 -5 -4 1 0 2 5 0 3 85 1 1 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 1 1.70 1.46 12 L -3 -5 -6 -7 1 -5 -6 -6 -6 0 6 -5 1 -1 -6 -5 -4 -5 -4 3 1 0 0 0 3 0 0 0 0 1 72 0 3 1 0 0 0 0 0 19 1.30 1.50 13 V -1 -4 -4 -6 -2 -3 -4 -6 -6 1 1 -1 0 -2 -5 -4 -2 -6 -4 6 3 1 1 0 1 1 1 0 0 5 11 4 1 1 0 0 2 0 0 69 1.18 1.57 14 G -2 -3 -2 -3 -2 -5 -4 7 -2 -6 -6 -4 -6 -2 -5 -2 -4 -6 -6 -5 1 2 1 1 1 0 1 88 1 0 0 0 0 2 0 2 0 0 0 1 1.89 1.57 15 S -1 -1 -3 -3 0 0 -1 -5 -2 -1 1 2 2 -2 -5 -1 1 6 -2 3 6 3 1 1 2 4 4 0 1 2 11 15 5 1 0 4 8 11 1 19 0.41 1.58 16 T -2 -1 2 2 -1 0 0 -3 1 -3 -3 0 -2 -3 3 2 2 -1 -2 -2 2 3 11 11 1 5 5 1 3 1 2 5 1 1 16 13 15 1 1 2 0.39 1.57 17 G 3 -3 -4 -4 1 -2 -2 3 -4 0 -3 -2 1 -2 0 -2 0 -5 -1 1 26 1 0 0 3 2 3 26 0 6 2 2 3 2 5 2 5 0 3 9 0.42 1.46 18 A -2 -1 0 2 -2 0 4 -2 1 -2 -1 2 0 -1 -1 -1 0 -5 -3 -1 3 2 4 9 1 3 27 3 3 2 7 10 2 3 3 4 7 0 1 6 0.28 1.46 19 A 0 -3 0 0 -2 1 4 -3 0 -2 -1 0 -2 -3 0 -2 1 -5 1 1 9 1 4 4 1 6 27 1 2 2 5 6 1 1 4 2 8 0 5 10 0.29 1.47 20 A 6 -4 -4 -4 2 -4 -4 0 -4 -4 -4 -4 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -4 0 83 0 0 0 4 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 1.42 1.47 21 K 2 0 -4 -4 -5 -1 1 -2 -1 -2 -2 4 2 -5 -4 -2 -2 -1 -1 1 18 5 0 0 0 1 10 3 1 2 2 32 5 0 0 2 2 1 3 12 0.50 1.52 22 A 3 0 0 0 -5 0 2 -3 -2 -2 -2 2 0 -1 -2 -1 2 -5 -3 -1 23 6 5 5 0 4 12 2 1 2 4 12 2 3 2 2 12 0 1 4 0.26 1.53 23 V -1 -1 -4 -5 -1 1 -4 -5 -2 4 -2 3 0 -3 -5 -1 2 1 -1 2 4 3 0 0 1 8 0 0 1 21 3 19 2 1 0 4 15 2 2 14 0.48 1.53 24 I -3 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 8 -1 -5 0 0 -5 -5 -4 -5 -4 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 82 2 0 2 3 0 0 0 0 0 7 1.70 1.50 25 E -2 -1 0 -2 -3 1 4 -3 0 -3 1 3 2 -5 -5 -3 -1 0 -5 -1 3 2 4 1 1 7 31 2 2 1 15 16 6 0 0 1 4 1 0 3 0.51 1.78 26 R 1 3 -1 -2 -2 0 1 -1 2 -3 -2 4 -4 -3 -5 2 -1 -6 -5 -5 13 16 3 2 1 4 9 4 4 1 3 22 0 1 0 13 4 0 0 0 0.46 1.78 27 E -1 -1 -2 5 -6 0 5 -4 1 -6 -6 -2 -5 -6 -5 -2 -3 -7 -5 -4 5 2 1 35 0 2 45 1 3 0 0 1 0 0 0 2 1 0 0 1 1.27 1.78 28 N -4 4 6 -2 -1 -2 -1 -3 -3 -3 -4 2 2 -1 -5 -2 -2 -5 -1 -5 0 25 39 2 1 1 3 1 0 1 1 10 7 2 0 2 1 0 2 0 0.98 1.70 29 P -2 -2 -3 -3 -2 -1 -2 -1 -2 -5 -3 -3 -2 -6 8 0 -2 -6 -5 -4 3 3 1 1 1 3 2 5 1 0 3 1 1 0 65 6 3 0 0 1 1.60 1.72 30 R -2 -1 2 5 -3 -1 0 0 2 -1 -2 0 -2 -2 -4 -1 -2 -5 0 -3 3 4 9 34 1 3 6 7 4 5 5 5 1 2 0 5 2 0 3 1 0.50 1.70 31 V 1 -2 -5 -4 -1 -5 -2 -3 -5 1 1 -5 -1 -3 -3 -4 -3 -5 -2 6 11 3 0 1 1 0 3 2 0 5 11 0 1 1 2 0 1 0 2 56 0.89 1.72 32 R -1 1 3 1 0 1 0 -2 2 -1 -3 0 -1 -1 -5 0 3 1 -1 -2 5 7 12 9 2 5 5 3 5 3 3 5 2 3 0 7 16 2 2 3 0.24 1.97 33 A 2 -5 -2 -2 0 -2 -2 -2 0 4 -1 -2 0 -1 -1 -2 -1 -5 0 3 17 0 2 3 2 2 2 4 2 20 4 2 2 3 3 3 4 0 4 22 0.38 1.97 34 V -1 -1 -2 -1 -5 1 2 -3 0 2 -2 -1 0 1 -2 -2 -1 3 0 3 4 3 2 3 0 7 13 2 2 12 4 4 2 7 2 3 3 4 4 19 0.27 1.97 35 I -3 -3 -3 -5 -1 -3 -3 -5 -2 4 0 -3 0 2 -1 -1 0 -5 0 4 2 1 1 0 1 1 2 0 1 20 9 2 2 9 3 4 5 0 3 31 0.58 1.88 36 I -3 -2 -5 -5 -1 -2 -5 -3 2 2 3 -3 0 0 -5 -3 -2 1 2 4 2 2 0 0 1 2 0 2 5 11 29 2 2 3 0 2 2 2 6 26 0.58 1.87 37 K -2 -1 -1 0 -5 0 -2 -2 1 -3 1 0 0 -1 6 -1 -1 -5 -2 -2 3 4 3 5 0 4 2 4 3 1 15 5 2 3 34 4 4 0 2 3 0.56 1.87 38 V 0 -3 1 1 -5 1 3 -2 0 -1 -1 -1 -1 -3 2 -1 -3 -1 0 2 7 1 6 7 0 5 20 3 2 4 5 4 1 1 9 3 1 1 3 16 0.26 1.86 39 G -2 -1 0 2 0 -2 -3 6 -1 -5 -3 -3 -5 -5 -2 -1 -2 -5 -3 -5 2 3 5 12 2 2 1 58 1 0 3 1 0 0 2 3 2 0 1 0 1.07 1.82 40 S 0 -2 -2 1 1 -1 -2 -2 -2 -3 -4 -1 1 -3 -2 3 4 0 -2 -1 7 3 1 9 3 3 2 3 1 1 1 3 4 1 2 26 24 1 1 4 0.46 1.90 41 G 1 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -1 -3 0 -2 -2 3 2 5 -1 -1 -2 0 0 10 3 2 1 2 3 3 4 1 6 3 2 7 8 29 4 3 1 3 6 0.49 1.90 42 A -1 0 -2 -3 -2 -1 -2 -3 0 0 0 -2 2 -2 0 -3 -1 0 -2 5 5 5 2 1 1 2 2 2 2 5 9 3 4 2 5 2 3 1 1 43 0.53 1.91 43 T -2 -3 -3 -1 -4 -3 -3 -5 -3 1 -1 -4 -2 -2 5 0 5 -5 -3 -2 3 1 1 3 0 1 1 0 1 8 6 0 1 2 25 5 38 0 1 2 0.86 1.85 44 K 1 0 -2 0 -5 1 -1 -1 -1 -3 -1 0 4 -1 4 -1 2 -5 -2 -3 10 5 1 5 0 7 4 4 1 1 7 5 11 3 19 4 11 0 1 1 0.35 1.89 45 D -3 -3 1 7 -6 -3 1 1 -4 -1 -5 -3 -2 -6 -2 -3 -3 -6 -6 -2 2 1 7 54 0 1 8 12 0 5 0 1 1 0 2 0 1 0 0 4 1.14 1.89 46 F -4 -4 -2 -6 -1 -5 -4 -6 1 0 0 -5 -1 7 -4 -4 -3 0 5 -1 1 1 2 0 2 0 1 0 3 4 9 0 1 45 1 1 1 1 21 5 1.26 1.91 47 R -4 5 3 3 6 -1 -2 -4 -2 -1 -4 -2 -5 -2 -6 -2 -4 0 -4 -2 0 29 13 18 18 3 2 1 1 3 1 2 0 2 0 2 0 1 0 3 0.94 1.94 48 C -1 -2 -2 0 9 -4 -2 -4 -4 -1 -3 -3 -1 0 3 -1 -1 -6 -3 -4 6 2 2 6 41 1 3 1 0 4 3 1 1 5 16 4 3 0 1 1 1.20 1.94 49 D -3 -2 5 4 -4 -2 0 -1 3 -6 -5 1 -4 -1 -5 -1 -1 -1 -3 -6 2 2 31 25 0 1 5 5 6 0 1 10 0 2 0 4 3 1 1 0 0.83 1.93 50 R -4 8 -3 -5 -6 -2 -3 -5 1 -6 -5 0 -4 -6 -5 -4 -4 -6 -5 -5 0 92 0 0 0 0 0 0 3 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 2.26 1.72 51 V -2 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 1 -1 -5 -2 -4 -5 -5 -3 -6 -4 7 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 91 1.85 1.72 52 R -3 6 -3 -5 2 -2 -3 -5 -2 0 -1 -2 -4 1 -5 -3 -4 6 2 -1 2 47 1 0 4 1 1 0 1 5 7 0 0 6 0 1 0 10 7 5 1.03 1.72 53 V -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 4 3 -5 -2 -1 -5 -5 -3 -5 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 30 0 0 2 0 0 0 0 1 44 1.15 1.66 54 W -4 -1 -5 -3 0 -5 -3 -6 -2 0 -1 -4 -2 7 -4 -3 -4 7 3 1 1 4 0 1 2 0 2 0 1 4 5 1 1 42 1 1 0 15 10 9 1.21 1.67 55 V -3 -4 -4 -3 1 -5 -5 -4 1 2 0 -4 -1 0 -2 -2 -1 -5 0 6 1 1 1 2 3 0 0 2 3 12 7 1 1 3 2 2 3 0 3 53 0.84 1.67 56 T -3 -2 5 7 1 -3 -1 -2 -2 -6 -6 -3 -6 -6 -3 -2 -2 -7 -6 -6 2 2 26 58 3 0 1 3 0 0 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 1.51 1.67 57 E 0 0 1 2 -1 -1 3 -1 -3 -1 -2 1 -4 -1 1 0 -1 0 -3 -3 9 4 6 12 1 3 17 6 1 4 3 9 0 3 6 8 4 1 1 2 0.20 1.59 58 R -2 -1 5 2 -1 2 0 -1 2 -2 0 0 -4 -2 -3 1 -1 -5 -2 -3 3 4 25 9 1 8 5 4 4 2 8 6 0 2 1 11 4 0 2 1 0.38 1.59 59 G -1 -1 2 1 -5 -3 -1 5 -1 -3 -2 -3 -4 -3 -2 -2 -2 -5 -1 -4 4 3 11 8 0 1 4 50 1 1 6 1 0 1 2 2 2 0 3 1 0.80 1.59 60 I -2 1 1 -2 -5 -3 -4 -4 -1 4 0 1 -2 -2 0 -2 2 -6 -2 2 2 7 7 2 0 1 0 1 1 22 10 10 0 1 5 2 14 0 1 14 0.38 1.70 61 V -2 -6 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -6 2 -2 -5 -2 -4 -5 -5 -2 -6 -4 7 1 0 0 0 1 0 0 0 0 8 1 0 0 0 0 0 1 0 0 86 1.75 1.69 62 A 3 -1 -2 -3 -3 -1 -3 -4 -5 0 -2 -1 -2 -2 -5 1 2 -5 -1 4 25 3 2 1 0 3 1 1 0 5 2 3 0 1 0 9 15 0 2 28 0.51 1.67 63 R -1 4 1 -1 -4 4 1 -3 -2 -3 -3 2 -1 -3 -5 0 -1 -3 -2 -2 4 24 6 3 0 17 10 1 1 2 2 13 1 1 0 5 4 0 2 3 0.52 1.69 64 P -1 -3 -3 -5 -3 -4 -3 -5 -5 2 -3 -3 1 -4 0 -1 4 -6 -5 4 5 1 1 0 0 0 2 0 0 11 0 2 3 0 5 3 32 0 0 34 0.81 1.69 65 P -3 -5 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -6 -6 -4 -6 -7 9 -3 -3 -7 -6 -5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 97 1 1 0 0 0 2.96 1.65 66 T -2 3 -3 -5 -5 0 -3 -4 3 1 -3 1 1 -1 -4 1 1 -6 -2 3 3 17 1 0 0 3 1 1 6 7 1 10 4 2 1 10 10 0 1 23 0.42 1.65 67 I -2 -3 -6 -6 -1 -4 -5 -6 -6 6 -1 -5 1 -4 -6 -4 -2 -6 -4 5 2 1 0 0 1 0 0 0 0 46 1 0 3 0 0 1 1 0 0 42 1.33 1.63 68 G -3 -5 -3 -4 -6 -5 -5 7 -5 -7 -7 -5 -6 -6 -5 -3 -5 -6 -6 -6 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.38 1.58 K Lambda Standard Ungapped 0.1339 0.3197 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1844 0.3193 PSI Gapped 0.0565 0.2670