Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 V 4 -4 -4 -4 -2 -3 -3 -3 -4 1 -1 -3 -1 -3 -3 -1 -1 -4 -3 4 46 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 47 0.71 0.56 2 L -1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 0 5 -4 0 -1 -4 -4 -2 -3 -3 2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 78 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0.90 0.57 3 Q 1 0 -2 0 -4 6 2 0 -2 -4 -2 0 -2 -4 -3 0 -2 -4 -3 -2 13 3 0 5 0 53 9 5 0 0 3 1 0 0 0 7 0 0 0 2 0.69 0.57 4 V 4 -4 -4 -4 -2 -3 -3 -3 -4 3 -1 -3 -1 -2 -3 -2 -2 -4 0 4 42 0 0 0 0 0 0 0 0 24 0 0 0 0 0 0 0 0 3 31 0.63 0.59 5 L -1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 2 4 -4 1 -2 -4 -3 -2 -4 -3 3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 8 59 0 1 0 0 0 0 0 0 26 0.78 0.61 6 D -2 -2 -1 4 -5 2 5 -3 0 -5 -5 1 -4 -5 -3 0 -2 -5 -4 -4 0 0 0 26 0 7 50 0 2 0 0 7 0 0 0 7 0 0 0 0 0.92 0.61 7 R -3 7 -2 -3 -5 -1 -2 0 2 -4 -4 2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -2 0 76 0 0 0 0 0 9 5 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 3 1.16 0.61 8 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 1 5 -4 0 3 -5 -4 -3 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 85 0 0 11 0 0 0 0 0 0 1.05 0.61 9 K -2 1 -2 -2 -4 7 0 -3 3 -4 -2 2 -2 -4 -3 -2 -1 -4 -3 -4 0 6 0 0 0 67 0 0 8 0 5 13 0 0 0 0 2 0 0 0 1.04 0.61 10 M 3 0 3 -2 -3 -2 -1 0 -3 -2 -2 -1 4 -4 -3 1 1 -4 -3 -1 29 6 17 0 0 0 2 7 0 1 1 2 14 0 0 9 10 0 0 4 0.36 0.64 11 K -2 3 -2 -2 -5 2 -1 -3 -2 -4 -4 6 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -3 -4 0 17 0 0 0 6 0 0 0 0 0 73 0 0 0 3 0 0 0 0 1.12 0.64 12 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 0 6 -4 1 -1 -5 -4 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1.21 0.64 13 Q -2 4 -2 -3 -4 3 0 -4 2 -2 -3 3 -2 -4 -3 -2 -2 4 -2 2 2 22 0 0 0 18 3 0 6 0 0 26 0 0 0 0 0 6 0 19 0.58 0.64 14 E 0 1 -1 3 -4 3 5 -3 0 -4 -4 0 -3 -5 -3 0 1 -5 -4 -4 6 6 0 14 0 13 46 0 2 0 0 1 0 0 0 3 9 0 0 0 0.72 0.64 15 K -1 6 -2 0 -1 3 -1 -3 -2 -4 -4 3 -3 -5 -3 -2 -2 -4 -3 -4 6 49 0 6 1 16 0 0 0 0 0 21 0 0 0 0 0 0 0 0 0.90 0.64 16 G -2 -1 -2 0 -4 -2 2 6 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 3 0 4 0 0 15 78 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.29 0.63 17 D -3 -3 -1 6 -5 -1 4 -3 -2 -5 -5 -2 -4 1 -3 -2 -3 -5 -3 -4 0 0 0 61 0 0 32 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 1.22 0.63 18 T 0 -1 -3 -3 -3 -2 0 -4 2 -1 -2 -3 -1 0 1 0 3 6 2 1 7 4 0 0 0 0 7 0 5 2 3 0 1 3 6 4 23 15 8 12 0.43 0.63 19 S 1 -2 -1 -1 -3 0 0 -2 0 -4 -3 -2 -3 -2 2 5 2 -4 -3 -3 9 0 0 3 0 4 6 0 3 0 1 0 0 1 10 50 12 0 0 1 0.58 0.63 20 Q -2 -2 3 -2 -4 4 -1 -3 7 -3 0 0 0 -3 -3 -1 1 -4 -2 -3 2 0 15 0 0 25 1 0 32 0 10 3 3 0 0 1 8 0 0 0 0.73 0.63 21 N 0 -2 3 3 -4 1 2 1 2 -4 -4 -2 -3 -4 -3 3 0 -5 -3 -4 7 0 14 15 0 7 17 9 6 0 0 0 0 0 0 23 3 0 0 0 0.48 0.63 22 E 0 -2 -1 4 -5 2 6 -1 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 9 0 0 21 0 7 59 3 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0.95 0.63 23 K 0 2 3 1 -4 1 2 -3 -2 -4 -4 5 -3 -5 -3 -1 0 -5 -4 -4 7 11 16 5 0 6 11 0 0 0 0 40 0 0 0 0 5 0 0 0 0.63 0.63 24 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 0 6 -4 1 1 -5 -4 -3 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 89 0 2 6 0 0 0 0 0 3 1.09 0.63 25 S 1 -3 2 0 1 -2 0 2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 4 1 -4 -4 -2 13 0 10 3 3 0 5 17 0 0 0 0 0 0 0 40 7 0 0 2 0.51 0.63 26 M 1 -1 0 -3 -3 -2 -3 -3 -3 1 2 0 2 1 -3 2 0 -4 -2 0 15 2 4 0 0 0 0 0 0 7 24 7 6 5 0 18 5 0 0 6 0.21 0.54 27 F -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 2 4 -4 4 3 -4 -4 -3 -3 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 56 0 13 17 0 0 0 0 0 7 0.77 0.54 28 Y -2 3 -2 -3 2 0 -2 -2 2 1 -1 4 -2 -2 -3 -1 -2 -3 3 -2 0 17 0 0 5 2 0 2 6 10 5 35 0 0 0 2 0 0 15 0 0.46 0.54 29 E 0 -2 2 4 0 0 3 -2 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -3 2 0 -4 0 -2 6 0 9 25 2 3 20 2 0 0 0 0 0 0 0 21 6 0 4 2 0.47 0.54 30 T 1 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 0 1 -3 4 -2 -3 -1 4 -4 -3 2 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 18 0 0 0 34 0 0 20 0.51 0.54 31 L -3 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -4 0 5 -4 4 -1 -4 -4 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 85 0 11 0 0 0 0 0 0 4 1.01 0.54 32 K 0 3 -1 0 -4 6 2 -3 0 -4 -4 3 -2 -5 -3 -1 -2 -4 -3 -4 6 17 0 4 0 45 9 0 2 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0.79 0.54 33 S 0 -2 1 -2 -2 -1 -1 -2 2 -4 -4 -2 -3 -4 -2 6 0 -4 -3 -3 0 0 5 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 88 0 0 0 0 0.99 0.54 34 P -2 -4 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.59 0.54 35 L -3 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 0 5 -4 1 -1 -4 -1 -2 -3 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 85 0 0 0 0 6 0 0 0 9 0.91 0.54 36 F -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -1 1 -5 -1 8 -5 -4 -4 -1 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 92 0 0 0 0 0 0 1.57 0.54 37 N -2 1 5 0 -4 -1 -2 2 3 -4 -2 1 -3 -4 -3 1 -1 -4 -3 -4 0 9 32 2 0 1 0 16 10 0 4 10 0 0 0 13 2 0 0 0 0.52 0.54 38 Q -3 1 0 -2 -5 6 0 -3 7 -4 -4 1 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -1 -4 0 5 2 0 0 54 0 0 33 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 1.11 0.54 39 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 6 2 -4 4 -1 -4 -4 -2 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 68 18 0 11 0 0 0 0 0 0 3 0.92 0.51 40 L -1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 0 5 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 90 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0.97 0.51 41 T 0 -2 4 -2 -3 1 -2 -2 0 -1 -3 -2 -2 -4 -3 1 5 -4 -3 -2 7 0 25 0 0 8 0 0 2 3 0 0 0 0 0 8 47 0 0 0 0.63 0.51 42 L -3 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -4 1 5 -4 3 0 -4 -4 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 81 0 10 1 0 0 0 0 0 3 0.94 0.51 43 Q -2 0 -1 -2 -4 8 1 -3 -1 -4 -4 0 -2 -5 -3 -1 -2 -3 -3 -4 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.49 0.51 44 Q 1 0 -1 -2 -4 5 1 -3 5 -2 -3 1 -2 -4 -3 1 1 -4 -2 -3 10 2 0 0 0 32 9 0 16 2 0 9 0 0 0 10 10 0 0 0 0.53 0.51 45 S 1 -2 -1 -2 0 -1 -2 -2 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -2 6 1 -4 -3 -3 6 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 89 3 0 0 0 0.98 0.51 46 I -2 -4 -4 -4 -3 0 -4 -2 -4 5 2 -3 3 -1 -4 -3 -2 -4 -2 3 0 0 0 0 0 7 0 3 0 41 17 0 9 2 0 0 0 0 0 21 0.59 0.51 47 K -2 3 -2 -2 -5 5 0 0 1 -4 -4 4 -2 -5 1 -2 -2 -4 -3 -4 0 20 0 0 0 36 0 6 3 0 0 29 0 0 6 0 0 0 0 0 0.75 0.51 48 Q -2 -1 0 1 -4 6 2 -3 3 -4 -3 1 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -2 -4 0 0 2 6 0 62 11 0 9 0 2 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0.94 0.51 49 L -3 -1 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 0 5 -3 3 -1 1 -2 -2 -3 -3 -1 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 79 0 7 0 7 4 0 0 0 0 0.81 0.54 50 K -2 3 0 -1 -4 1 -1 -3 -2 0 -3 5 -3 -4 1 -2 -2 -4 -3 -3 0 17 3 2 0 4 0 0 0 7 0 60 0 0 7 0 0 0 0 0 0.78 0.54 51 G -2 -2 0 4 -4 2 3 1 3 -4 -4 1 -3 -4 -3 -1 -1 -5 -3 -1 2 0 1 25 0 7 27 11 8 0 0 7 0 0 0 2 3 0 0 6 0.52 0.54 52 Q -2 0 -1 -1 -4 7 2 -3 2 -4 -4 2 -2 -5 -3 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 71 8 0 5 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 1.10 0.51 53 L 0 -4 -4 -5 -2 -3 -4 -2 -4 2 3 -4 1 -2 -4 -3 -2 -4 -3 4 6 0 0 0 0 0 0 3 0 8 38 0 1 0 0 0 0 0 0 44 0.61 0.48 54 N -1 1 5 2 -3 -1 -1 -1 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -3 3 1 -4 -3 -3 0 6 34 13 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 35 10 0 0 0 0.63 0.42 55 H -1 1 -1 -1 0 -1 -2 -3 6 -3 -2 -2 -2 -1 -3 2 0 -1 5 -3 2 7 0 3 2 0 0 0 34 0 3 0 0 0 0 18 6 0 25 0 0.61 0.35 56 I -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 3 2 -3 6 -1 -4 -3 -2 -3 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 20 0 33 0 0 0 0 0 0 23 0.61 0.32 57 L -2 -3 -4 -4 -1 -3 -3 -4 -3 4 3 -3 2 0 -3 -3 -1 -2 -1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.42 0.04 58 E -1 0 0 1 -4 2 5 -2 0 -3 -3 1 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.00 0.00 K Lambda Standard Ungapped 0.1324 0.3158 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1875 0.3171 PSI Gapped 0.0574 0.2670