Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 3 -5 3 -3 -6 -5 -3 -5 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 30 0 6 0 0 0 0 0 0 15 1.24 1.35 2 P -1 -5 -4 -3 -6 -2 -2 -4 -3 -3 -6 -2 -3 -6 8 -1 -2 -7 -6 -5 3 0 0 1 0 1 2 1 1 1 0 3 1 0 80 4 2 0 0 0 2.19 1.55 3 V -3 -5 -5 -1 -4 -1 -4 -6 -3 4 1 -5 -2 -3 -3 -4 0 -5 2 5 1 0 0 3 0 3 1 0 1 21 15 0 1 0 1 1 6 0 7 38 0.80 1.83 4 K -3 5 -3 -2 -6 3 2 -5 -3 -4 -4 3 -3 -5 0 -1 -2 -6 -4 1 2 26 1 1 0 15 11 0 0 1 1 18 1 0 6 4 2 0 0 10 0.69 1.87 5 K -3 2 3 0 -6 2 3 -2 1 -4 -3 3 1 -4 -3 -2 -1 -3 0 -4 1 11 13 5 0 7 17 2 4 1 3 18 3 1 1 3 4 0 4 1 0.46 1.93 6 V -2 -5 -5 -5 -4 -4 -4 -6 -5 5 3 -4 2 -2 -5 -5 -3 -4 0 3 4 0 0 0 0 1 1 0 0 33 26 1 5 1 0 0 1 0 3 22 0.93 1.97 7 E -1 -1 1 2 -5 1 3 -4 -3 -6 -5 1 -4 -6 5 -1 -2 -7 -5 -5 4 4 5 13 0 5 19 1 1 0 1 8 0 0 32 5 3 0 0 1 0.85 1.99 8 Y -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -3 5 2 -5 1 -1 1 -5 -3 -4 -2 3 1 1 0 0 0 0 0 0 1 37 21 0 2 3 8 0 1 0 2 22 0.95 1.99 9 V 0 -1 1 2 -2 1 3 -2 1 -3 -3 0 -3 -5 -4 1 1 -4 -3 0 9 2 5 12 1 5 21 3 3 2 3 5 0 0 1 11 9 0 1 6 0.32 1.99 10 F -2 0 -2 0 -4 2 0 -5 0 -1 3 2 1 0 -4 -1 -2 1 1 -1 4 4 2 5 0 9 7 0 2 4 27 11 4 4 0 4 2 2 5 4 0.28 2.00 11 I -4 -3 -5 -6 -3 -5 -5 -7 -5 6 2 -4 -1 -3 -6 -4 -3 -2 -4 3 1 2 0 0 0 0 0 0 0 50 20 1 1 1 0 1 1 0 0 22 1.25 2.02 12 E -1 1 -1 3 -4 1 2 -4 0 -2 -4 1 -3 -4 2 0 -1 -6 -2 0 5 9 2 18 0 7 12 0 3 3 1 9 0 1 11 7 3 0 1 7 0.36 2.02 13 L 0 0 -4 -4 -4 -4 -2 -5 -5 3 1 -4 -2 -4 6 -2 -1 -6 -4 1 8 5 0 1 0 0 2 1 0 15 12 1 1 1 39 2 3 0 1 9 0.88 2.02 14 D -1 -1 6 3 -3 -2 -1 0 0 -5 -6 -1 -5 -2 -3 2 -2 -5 -3 -6 4 3 37 17 1 1 4 8 2 0 0 3 0 2 1 13 2 0 1 0 0.83 2.02 15 K -1 2 -2 0 -3 1 0 -4 -3 -5 -3 2 -4 -2 6 -1 -2 0 -4 -3 4 10 2 6 0 5 7 1 1 1 2 13 0 2 36 5 2 1 0 1 0.78 2.02 16 M -3 0 1 0 -4 -2 -2 -3 0 1 3 -2 -1 2 -5 -2 -3 -1 4 -1 2 5 7 7 0 1 3 2 2 7 27 3 1 8 0 2 1 1 16 4 0.40 2.01 17 K -3 1 3 -3 -4 6 -2 -5 2 0 -2 1 -2 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -1 1 8 16 1 0 42 1 0 5 5 4 8 1 0 0 1 1 0 1 4 0.94 2.01 18 P -2 -4 -3 -2 -5 -3 -3 -5 -4 -2 -4 -4 -4 -3 8 -3 -3 -7 -3 -2 2 1 1 2 0 1 1 0 0 2 2 0 0 1 78 1 1 0 1 3 2.14 2.00 19 H -4 7 0 -2 -4 -2 -3 -5 5 -5 -5 -2 -5 0 -5 -2 -1 -3 1 -5 1 61 5 2 0 1 1 1 12 0 1 1 0 4 0 2 3 0 4 0 1.41 1.99 20 E -3 4 -2 -2 -5 2 3 -4 -1 -4 -3 4 -3 -5 -2 -1 1 -4 -4 -3 2 18 1 2 0 9 20 1 1 1 3 24 1 0 2 4 8 0 0 1 0.63 1.96 21 Q -1 0 1 2 -3 1 2 -3 3 -1 -3 0 -2 -2 -4 0 1 -3 1 1 4 5 7 9 0 5 15 2 7 4 2 5 1 2 1 6 10 0 5 10 0.24 1.96 22 L -3 -3 -2 -5 -4 -4 -4 -5 2 2 0 -4 2 7 -4 -3 -2 -2 1 1 2 2 2 0 0 1 1 1 5 10 6 1 4 44 1 2 2 0 4 11 0.98 1.95 23 V -2 -2 2 6 -3 -2 0 -3 -2 -2 -3 -2 -4 -4 -2 1 -1 -6 -3 -1 3 2 11 43 1 1 6 2 1 3 3 2 0 1 2 11 3 0 1 6 0.79 1.92 24 Q -1 -1 -2 2 -5 1 4 -2 -1 -3 -3 0 -2 -4 4 -1 -2 -3 -3 -4 4 3 2 13 0 6 29 3 1 2 2 6 1 1 19 5 2 0 1 1 0.61 1.92 25 R 1 0 -1 3 -4 1 5 -1 -2 -5 -5 0 -3 -4 -3 0 -1 -1 -4 -3 10 4 3 16 0 5 33 5 1 1 1 6 0 1 1 6 4 1 0 2 0.59 1.95 26 E 2 2 0 1 -5 1 2 -2 1 -4 -4 2 -3 -4 -3 1 -2 -6 -3 -3 18 13 5 9 0 6 13 3 4 1 1 13 0 1 1 9 2 0 1 1 0.39 1.94 27 L -3 -3 -5 -5 -4 -3 -4 -5 -3 3 4 -4 3 0 -5 -4 -3 -3 -1 2 2 1 0 1 0 1 1 1 1 17 43 1 8 4 0 1 1 0 2 14 0.82 1.95 28 E 1 0 1 2 -5 2 3 -3 -1 -3 -2 1 -2 -4 -4 -1 0 -3 -1 -2 12 6 5 12 0 9 22 2 1 1 5 9 1 1 1 4 5 0 2 3 0.35 1.95 29 D 0 0 -1 2 -4 2 6 -2 -2 -5 -3 1 -3 -5 -4 -1 -2 -3 -3 -4 9 5 3 9 0 7 47 3 1 0 2 6 1 0 1 4 2 0 1 1 0.81 1.95 30 F -4 -4 -5 -6 -5 -4 -6 -4 -6 1 6 -5 2 -1 -5 -5 -2 -2 -3 -1 1 1 1 0 0 0 0 1 0 6 75 0 3 2 0 0 3 1 1 3 1.30 1.94 31 I 5 -1 -5 -4 1 -2 -2 -2 -4 0 0 0 0 -4 -4 0 0 -6 -3 2 42 3 0 0 2 1 3 2 0 5 8 7 2 0 0 6 5 0 1 13 0.55 1.93 32 E 2 0 1 2 -4 2 4 -2 1 -4 -3 1 -3 -5 -4 0 -1 -6 -3 -3 19 5 5 12 0 7 24 2 3 1 3 7 0 0 0 5 3 0 1 1 0.47 1.94 33 S -1 -3 0 0 -3 -1 -2 -3 -3 -5 -4 -1 -3 -5 -4 6 1 -6 -3 -4 3 1 4 4 0 2 2 1 0 0 2 3 0 0 0 68 6 0 1 0 1.15 1.96 34 V -4 -6 -5 -6 -3 -6 -5 -6 -6 8 0 -6 2 -2 -6 -5 -4 -6 -5 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 77 7 0 5 1 0 0 0 0 0 5 1.74 1.96 35 T 0 5 -2 -3 -4 1 0 -4 -1 -1 -1 5 -3 -5 -4 -2 -2 -2 -4 -3 6 28 1 1 0 5 6 1 1 4 5 31 0 0 0 3 3 1 0 2 0.74 1.98 36 G 1 1 -1 -1 -3 3 4 -3 -1 -3 -3 1 -3 -4 -3 0 0 -6 -4 -3 12 7 3 3 1 12 32 1 1 1 2 9 1 1 1 6 7 0 0 2 0.54 1.96 37 S -2 1 2 1 -3 2 0 -4 6 -1 -2 0 -2 2 -5 -1 -2 -1 2 -1 3 7 10 7 1 9 5 1 18 4 3 5 1 9 0 5 2 1 6 5 0.42 1.95 38 G -3 -4 -3 -3 -6 -2 -4 7 -4 -7 -6 -3 -5 -6 -4 -3 -4 -3 -5 -6 0 1 1 2 0 2 0 90 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 2.08 1.96 39 I -3 -3 -4 -4 -2 1 -4 -3 -3 4 2 -3 0 2 -4 -2 -3 -2 -1 4 2 2 1 1 1 8 1 3 1 20 18 1 2 7 1 3 1 1 2 27 0.55 1.78 40 F -3 -2 -4 -3 -3 -3 -3 -5 -4 4 4 -4 3 2 -4 -4 -3 4 -1 1 1 2 1 2 1 1 1 1 0 22 35 1 6 8 1 1 1 6 1 8 0.72 1.80 41 W -1 0 0 0 -1 3 0 -1 1 -1 -1 1 -1 -1 -2 0 2 -1 -1 0 5 5 4 5 1 13 7 5 3 4 6 8 1 2 2 6 14 1 2 7 0.14 1.07 42 K -1 -1 2 -1 -5 7 1 -4 1 -3 -4 -1 -1 -5 2 -1 -2 -5 -3 -1 5 2 9 3 0 45 6 1 3 1 1 3 1 0 9 3 2 0 1 4 0.87 1.79 43 P -2 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -5 -2 -3 -3 -5 -6 8 -3 -3 -6 -6 -3 3 1 1 1 1 1 1 1 0 2 3 1 0 0 83 1 1 0 0 1 2.33 1.88 44 M -3 -6 -4 -5 -3 -4 -5 -5 -6 7 2 -4 -1 -4 -1 -3 -3 -6 -5 2 1 0 1 1 0 0 1 1 0 55 19 1 1 0 3 2 1 0 0 14 1.20 1.93 45 L -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -4 -3 4 2 -4 -1 -3 -4 -2 2 -2 -5 4 2 1 1 1 1 0 1 1 1 21 22 1 1 1 1 3 11 1 0 31 0.74 1.96 46 L 0 -2 -5 -5 1 -5 -5 -5 -6 1 0 -4 -2 -3 -6 -4 -3 -1 -3 6 7 2 0 1 3 0 1 1 0 6 7 1 0 1 0 1 1 1 1 67 1.23 1.94 47 A -1 6 -1 1 -3 -1 0 -3 -2 -3 -4 0 -3 -3 0 -2 0 -2 0 -2 6 45 2 8 1 3 7 2 1 2 1 3 1 1 4 2 5 1 4 3 0.73 1.85 48 K -2 2 -2 -2 -2 1 1 -3 -1 -2 -4 4 -3 -4 4 -2 -2 -1 1 -3 4 12 1 2 1 5 10 2 1 2 2 23 1 1 22 3 2 1 4 2 0.59 1.84 49 I 0 1 -1 0 -2 0 0 -2 3 1 0 2 0 -3 -1 0 0 -2 -1 1 7 8 3 5 1 4 6 2 6 9 10 11 2 1 3 6 5 1 2 9 0.11 1.70 50 P 0 -2 0 2 -2 -1 1 -1 0 -2 -2 0 -2 -2 4 1 0 -3 -2 -1 7 2 4 11 1 2 10 5 2 3 5 6 1 2 18 9 7 0 1 4 0.24 1.42 51 G -1 -1 1 3 -1 0 0 3 0 -2 -3 1 -1 -2 -1 -1 -2 -1 -2 -2 6 3 6 14 1 4 7 26 2 2 3 7 1 1 3 5 3 1 2 3 0.31 1.42 52 T 0 -1 1 2 -2 0 2 2 0 -1 -3 0 -2 -2 -1 0 0 -4 -2 -2 8 3 6 12 1 3 16 16 2 4 3 5 1 2 3 6 5 0 2 3 0.21 1.52 53 D -2 0 2 4 -2 -1 1 3 -1 -3 -4 0 -2 -3 -2 -1 -2 -2 -2 -3 3 4 10 21 1 2 9 24 1 1 2 6 1 1 2 4 3 1 1 2 0.46 1.61 54 E 0 3 0 -1 -2 0 -1 1 2 -3 -2 2 -1 -2 -3 -1 1 -1 0 -3 6 18 4 4 1 3 4 10 4 1 4 14 2 2 1 5 9 1 4 2 0.26 1.70 55 Y -3 -2 -2 -5 -2 -2 -3 -3 1 -2 1 -3 -1 3 -3 -3 -3 2 8 -3 1 2 2 0 1 1 1 2 2 1 11 1 2 11 1 1 1 2 53 1 1.26 1.62 56 L -2 0 -2 -2 -2 2 3 -4 -1 2 0 -2 1 2 -3 -2 -2 -1 -1 1 3 5 1 2 1 11 19 1 2 14 8 2 4 10 1 2 3 1 2 9 0.30 1.56 57 I -2 -5 -2 -5 0 -2 -5 -3 -5 5 2 -5 1 -3 -2 -2 -2 -5 -4 3 2 0 2 0 2 2 0 2 0 35 22 0 2 0 2 2 2 0 0 22 0.77 1.41 58 V -1 -2 -1 -3 -1 -2 -3 -4 -1 4 1 -3 1 -1 -5 -3 -2 0 -1 4 5 2 3 2 1 2 1 1 1 28 12 1 3 2 0 1 2 1 2 28 0.55 1.41 59 D 3 -2 -1 4 -1 -1 -1 -2 0 0 -3 -2 0 1 -4 0 -2 0 1 -2 23 2 2 29 1 2 2 2 2 6 2 2 3 5 0 7 2 1 5 2 0.44 1.40 60 G -1 -3 -1 4 -3 -2 -1 3 -3 -1 -2 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -4 -3 2 0 0 0 33 0 0 0 33 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 33 0.46 0.22 61 H -2 -1 2 -2 1 0 2 -2 8 -5 -3 -2 -1 -1 -5 -2 -2 5 0 -3 3 2 9 2 4 4 13 2 35 0 2 2 2 3 0 2 2 8 2 2 0.87 1.41 62 H 0 4 -1 -4 0 0 -2 -2 6 -1 0 -1 0 0 -5 -2 -1 -5 0 -1 10 24 3 0 2 3 2 3 21 3 10 2 2 4 0 2 3 0 2 4 0.52 1.41 63 R -4 7 -4 -4 3 -2 0 -5 -3 -5 -1 -1 3 -5 -5 -3 0 -5 -5 -4 0 69 0 0 6 0 6 0 0 0 6 0 8 0 0 0 6 0 0 0 1.43 1.41 64 W -2 -2 -3 -4 -1 -3 -5 -6 0 0 2 -2 0 2 -6 -3 0 6 5 1 3 3 1 1 1 1 0 0 2 4 20 2 2 9 0 1 6 12 19 12 0.65 1.59 65 A 0 4 -1 -3 -2 0 2 -3 1 -2 0 1 0 -2 -5 -2 -1 2 1 -3 9 26 3 1 1 3 14 1 3 2 10 9 2 2 0 2 5 2 5 1 0.39 1.59 66 G 6 -5 -3 -5 2 -2 -3 -1 -2 -2 -3 -4 -1 -2 -2 0 -2 -6 -5 0 69 0 1 0 4 1 1 3 1 3 2 0 1 1 1 4 1 0 0 5 1.03 1.59 67 L 5 -3 -4 -5 3 -3 -4 -2 -1 -2 0 -3 1 -1 -4 1 -2 -1 -1 -2 53 1 0 0 6 1 0 3 2 2 10 1 3 2 0 11 1 1 2 3 0.76 1.67 68 Q -2 3 -1 -3 -2 3 0 -3 -1 0 -1 5 -1 -2 -3 -2 -2 -5 -2 -1 2 12 2 1 1 12 5 2 1 6 6 35 1 2 1 2 2 0 1 5 0.54 1.65 69 K 0 2 -2 -1 -3 1 1 -4 -1 0 2 2 2 -3 -5 -1 -1 -1 -2 -2 8 13 1 3 1 6 11 1 1 6 19 12 5 1 0 4 3 1 1 2 0.26 1.71 70 L 4 -3 -3 -4 -1 -3 -3 -4 -3 0 4 -4 0 -3 -4 -3 -3 -5 -3 0 34 1 1 1 1 1 2 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