Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 N -4 -3 8 -1 -5 -2 -3 -3 -2 -6 -6 -3 -5 -6 -5 -2 -2 -6 -5 -6 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.26 1.19 2 K -3 0 0 -3 -6 -1 -2 -4 -3 -5 -5 8 -4 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -5 0 1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 1.88 1.31 3 R -4 7 -3 -4 -6 0 -3 -5 0 -6 -4 3 -4 -2 -5 -3 -4 -5 0 -5 0 78 0 0 0 2 0 0 2 0 1 13 0 2 0 0 0 0 3 0 1.70 1.31 4 A 6 2 -4 -4 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -4 -3 -2 -1 -2 1 -2 -5 -2 -2 68 11 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0 1 3 1 7 1 0 1 2 0.97 1.29 5 L -1 -4 -5 -6 -1 -3 -5 -3 -5 -1 4 -4 8 -3 -5 -3 -1 -4 -4 -2 6 0 0 0 1 0 0 2 0 0 47 0 39 0 0 2 3 0 0 0 1.23 1.31 6 W -2 -2 -5 -6 1 -4 -5 -6 2 -3 -3 -5 -3 5 -6 -4 -4 3 8 -4 3 2 0 0 3 0 0 0 5 0 1 0 0 27 0 1 0 4 54 0 1.65 1.31 7 L -2 3 -3 -5 -3 -2 -4 -5 -1 5 1 -2 -2 -1 -5 -1 0 6 -2 -1 3 17 1 0 0 2 0 0 2 35 11 1 0 2 0 4 6 13 1 3 0.72 1.31 8 L -2 -5 -6 -6 -1 -5 -6 -6 -5 0 5 -5 1 2 -6 -5 -4 -4 -3 3 4 0 0 0 1 0 0 0 0 3 63 0 2 9 0 0 0 0 0 18 1.08 1.35 9 A 2 0 -1 -4 -1 1 -1 -4 1 -1 -3 2 -3 -3 -4 2 2 -5 -1 0 20 5 2 0 1 7 3 0 3 3 2 15 0 1 0 18 11 0 3 7 0.35 1.33 10 G 1 -5 -3 -4 0 -3 -3 6 -3 -3 -1 -4 -3 -4 -5 0 -2 -5 -5 -2 9 0 0 0 2 1 1 65 1 2 7 0 1 1 0 7 2 0 0 3 1.12 1.33 11 S 0 -1 2 0 -5 3 2 -3 3 -3 -4 2 -2 -5 -2 1 2 -5 0 -3 6 2 10 4 0 13 12 1 8 1 1 11 1 0 2 8 16 0 3 1 0.39 1.32 12 A 3 -4 -2 -4 -2 -2 -2 1 -3 -2 -2 -2 -3 -1 -2 3 3 -5 -3 -1 29 0 1 0 1 1 2 12 1 2 4 1 0 2 1 22 17 0 1 4 0.49 1.32 13 S 1 -3 2 2 -2 1 2 0 -1 -4 -4 -1 -4 -5 -3 3 2 -5 -2 -4 9 1 9 10 1 5 14 7 1 1 1 3 0 0 1 23 13 0 2 1 0.42 1.31 14 R 0 2 -1 -1 -3 2 2 -2 2 0 -1 0 -3 -1 -2 1 1 -5 -2 -1 9 9 3 3 1 11 12 3 6 7 5 4 0 2 1 11 8 0 1 4 0.18 1.31 15 L 1 -2 1 -1 -1 -1 0 -5 -2 0 3 -4 -1 -2 2 -2 1 -5 -4 1 10 2 6 3 2 2 6 0 1 5 27 0 1 1 11 3 10 0 0 10 0.28 1.32 16 P -3 -5 -2 -3 -3 -4 -4 -4 -5 1 1 -4 -3 -2 7 -3 -3 -5 -4 1 1 0 2 2 0 0 0 1 0 8 13 0 0 1 59 1 1 0 0 11 1.40 1.25 17 E 2 -2 0 1 -3 2 3 -3 -1 -3 -3 2 -2 -4 -1 1 0 -5 -4 0 15 1 5 7 0 8 20 1 1 1 3 11 1 0 3 10 6 0 0 6 0.31 1.24 18 A 4 -4 -3 -1 -1 -2 -1 -3 -3 2 -1 -3 -3 -4 3 0 1 -5 -4 -1 32 0 1 3 1 1 4 1 0 14 4 1 0 0 17 7 9 0 0 4 0.51 1.27 19 G 0 -4 0 0 -5 -3 1 6 -2 -6 -6 -3 -5 -6 0 -1 -3 -5 -5 -5 6 0 4 4 0 0 9 65 1 0 0 1 0 0 5 3 1 0 0 0 1.18 1.26 20 E 0 -3 -2 5 -3 -1 2 -2 -4 -1 -2 -2 -2 -2 -3 2 1 -5 -4 -3 6 1 0 33 1 2 15 3 0 4 3 1 1 2 1 15 10 0 0 2 0.58 1.27 21 D 2 -2 0 3 -1 1 3 -2 -1 0 -3 -1 -3 -2 -3 1 1 -5 -3 -1 15 2 4 17 1 5 17 2 1 6 2 3 0 1 1 10 8 0 1 4 0.30 1.23 22 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 5 5 -5 0 0 -5 -5 -4 -4 -4 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 29 58 0 1 2 0 0 0 0 0 8 1.17 1.27 23 E -3 -2 -3 0 -5 0 7 -4 -1 -5 -4 -1 -4 0 -3 -3 -2 -4 -2 -3 0 0 0 2 0 3 79 0 1 0 1 2 0 4 0 0 1 0 1 2 1.43 1.21 24 L -2 4 -2 -4 -4 0 -3 -3 -3 1 2 0 4 -3 -4 -1 0 3 0 -1 2 21 1 0 0 5 0 2 0 9 20 4 13 0 0 6 5 4 3 3 0.42 1.19 25 K 2 0 -2 -3 -4 6 -1 -3 -3 -4 -3 2 -3 -5 1 1 -3 -4 -1 -4 18 4 1 0 0 38 1 0 0 0 3 12 0 0 6 13 0 0 2 0 0.73 1.22 26 M -2 -4 -5 -3 -4 -2 -5 -5 -5 2 4 -2 3 -1 -5 -4 -3 -2 -4 4 3 0 0 2 0 1 0 0 0 11 40 2 8 2 0 0 0 1 0 30 0.81 1.26 27 G -2 -3 1 1 -5 -3 1 6 1 -4 -5 -2 -5 -6 -4 -2 -4 -5 -5 -5 2 1 8 6 0 0 10 64 3 1 1 2 0 0 0 1 0 0 0 0 1.17 1.27 28 E -2 -3 2 4 -6 -2 5 -2 -2 -6 -5 -1 -5 -5 -4 -1 -2 -6 -3 -5 2 0 10 27 0 0 46 3 1 0 0 3 0 0 0 4 2 0 1 0 1.06 1.26 29 N -3 -2 7 -1 -5 0 -2 1 1 -5 -5 1 -4 -5 -4 0 -1 -5 -3 -5 1 1 63 1 0 3 1 10 3 0 0 7 0 0 0 6 3 0 1 0 1.24 1.23 30 W -4 -4 -5 -5 -4 -4 -2 -1 -4 -4 -3 -4 -3 1 -5 -4 -4 12 1 -4 1 1 0 1 0 0 4 5 0 1 1 1 0 5 1 1 1 76 3 1 2.88 1.16 31 R -3 7 -2 -4 -1 0 -2 -4 -3 -5 -3 2 -3 -2 -4 -2 -2 -4 -2 -4 2 74 1 0 1 2 1 1 0 0 2 9 0 2 0 2 1 0 1 0 1.45 1.20 32 R 0 5 0 -3 -5 -1 -2 -1 -1 -3 -5 3 -4 -3 -2 2 -2 -5 -3 -3 8 39 3 0 0 1 1 6 1 1 0 16 0 1 2 16 1 0 0 2 0.72 1.25 33 T 3 -4 -4 -4 -1 -4 -4 1 -4 1 -3 -2 -3 -4 -4 0 3 -5 -4 2 31 0 0 0 1 0 0 12 0 10 0 2 0 0 0 5 23 0 0 14 0.60 1.26 34 G -2 -5 -2 -4 -5 -4 -5 7 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -6 2 0 2 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.07 1.26 35 T -2 -1 1 -2 -2 1 1 -4 0 -1 -4 2 0 -2 -4 0 5 -1 -4 -1 2 2 6 2 1 7 8 0 2 3 1 14 2 2 0 6 36 1 0 4 0.51 1.27 36 V -2 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 5 2 -5 -1 -2 -3 -5 -3 -5 -4 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 29 17 0 0 1 1 0 0 0 0 49 1.13 1.29 37 L -2 -5 -3 -6 -4 -5 -6 -6 -6 4 5 -5 1 -3 -5 -5 -2 -5 -4 2 2 0 2 0 0 0 0 0 0 28 51 0 3 0 0 0 1 0 0 13 1.07 1.33 38 A 3 1 3 -1 -2 1 0 -3 -1 -3 -2 -2 -1 -5 -4 2 0 -5 -3 -2 30 8 13 2 1 6 6 0 1 1 4 1 2 0 0 18 6 0 1 2 0.45 1.31 39 A 4 -4 -3 -4 -1 1 -2 -1 3 -2 -3 -2 -3 -2 -4 3 -2 -5 -3 1 43 0 0 0 1 7 2 5 8 2 1 1 0 1 0 19 1 0 1 9 0.63 1.32 40 V 2 -4 -5 -5 2 -2 -4 -3 -3 -1 -2 -4 -3 1 -5 -1 -2 2 5 4 17 0 0 0 5 2 0 1 0 2 1 0 0 4 0 5 1 3 23 34 0.76 1.31 41 K -2 3 1 1 -1 5 -1 -2 2 -3 -4 0 -2 -3 -2 0 -1 -5 -1 -2 3 15 7 8 1 29 2 2 5 2 1 5 1 1 2 5 4 0 2 3 0.49 1.31 42 L 0 -1 0 -3 0 -1 -2 -4 -1 0 2 -3 0 4 -2 -2 -1 1 2 0 8 4 5 1 2 2 3 0 1 4 24 1 2 17 2 3 3 2 8 7 0.30 1.26 43 E 2 -1 2 2 -2 2 2 1 2 -3 -4 0 -4 -5 -2 1 -1 -5 -4 -3 16 3 8 12 1 8 14 9 4 1 1 5 0 0 2 11 4 0 0 1 0.34 1.24 44 D -3 -3 3 6 -2 0 1 -2 -3 -4 -3 0 -4 -3 -1 0 -2 -5 -3 -5 2 0 17 46 1 4 7 2 0 1 2 5 0 1 2 6 2 0 1 0 0.87 1.26 45 G -2 -1 3 -1 -4 -1 0 5 -1 -5 -5 0 -4 -2 -4 -1 0 -4 -4 -4 2 3 15 4 0 2 6 49 1 0 1 5 0 2 0 4 5 0 0 1 0.81 1.21 46 Q -2 1 0 -1 -5 5 2 -2 2 -2 -4 1 -2 -3 -4 0 2 -4 0 -1 2 8 3 3 0 27 13 3 6 2 0 6 1 1 0 6 11 0 3 5 0.48 1.28 47 V 2 -2 -5 -5 2 -1 -5 -3 -5 2 2 -4 -2 0 -5 -2 2 -5 -2 3 16 2 0 0 5 2 0 2 0 13 21 0 0 4 0 2 14 0 1 19 0.46 1.33 48 V -3 -3 -3 -3 -2 -3 1 -5 -4 1 2 -3 0 -1 -5 -2 -1 8 3 0 1 1 1 2 1 1 12 0 0 8 23 1 1 1 0 2 4 26 10 5 0.88 1.32 49 V 1 -5 -5 -5 -4 -3 -5 2 -5 3 3 -5 1 -1 -5 -4 -3 -5 -4 3 14 0 0 0 0 1 0 16 0 17 27 0 2 3 0 0 0 0 0 19 0.60 1.32 50 Q -2 -3 -4 -4 -4 5 -2 -5 -4 -1 4 -3 0 0 -5 -1 0 -4 -4 -3 3 0 0 0 0 31 1 0 0 3 46 0 2 4 0 4 7 0 0 0 0.85 1.33 51 V 5 -5 -3 -5 -3 -4 -4 -3 -5 2 -2 -4 -1 -3 -4 -1 -3 -5 -4 4 52 0 1 0 0 0 0 1 0 10 3 0 2 1 0 4 0 0 0 28 0.91 1.33 52 V -3 -5 -6 -6 0 -5 -5 -6 -6 2 -1 -5 -2 -3 -5 -4 -3 -6 -4 7 0 0 0 0 2 0 0 0 0 9 2 0 0 0 0 0 0 0 0 87 1.63 1.33 53 M -2 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 1 6 -5 5 -2 -6 -3 -4 -4 -4 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 5 71 0 17 0 0 1 0 0 0 3 1.31 1.33 54 N 1 0 5 0 -5 0 -3 -4 -1 -5 -5 -1 -5 -6 5 0 -2 -6 -3 -4 13 4 28 4 0 5 0 0 1 0 0 3 0 0 34 5 1 0 1 1 0.99 1.32 55 N -3 -1 7 0 -5 -2 -2 -4 1 -1 -4 3 -4 -5 -4 -1 -2 -6 -4 -3 2 2 57 3 0 1 1 0 4 5 1 19 0 0 0 4 1 0 0 1 1.16 1.32 56 D -3 -3 2 7 -6 -2 1 -3 -3 -6 -6 -2 -5 -6 -2 1 -2 -6 -5 -5 1 0 10 66 0 1 6 1 0 0 0 2 0 0 2 8 1 0 0 0 1.42 1.32 57 M 1 -4 -4 -5 -2 -4 -5 -3 -1 2 4 -4 3 -1 -5 -1 3 -5 -1 0 11 0 1 0 1 0 0 1 2 11 36 0 6 2 0 5 18 0 2 5 0.54 1.32 58 E 1 -3 -1 3 -5 1 5 -4 -3 -5 -4 -2 -4 -4 -2 0 0 -6 -3 -2 14 0 3 17 0 5 41 0 0 0 1 1 0 0 2 6 6 0 1 3 0.74 1.33 59 P 2 -4 0 1 -4 -1 2 -4 -1 0 -2 -1 -4 -2 3 0 1 -5 -3 -1 21 0 5 9 0 2 14 0 2 7 4 3 0 2 13 6 8 0 1 4 0.31 1.33 60 D -2 -2 3 5 -5 0 2 1 -2 -5 -6 -2 -5 -6 -2 0 0 -6 -5 -4 3 1 13 40 0 4 10 11 0 0 0 2 0 0 1 7 6 0 0 1 0.80 1.32 61 S 1 -4 2 1 -2 1 -1 0 -2 -4 -5 -2 -4 -5 -1 3 3 -6 -5 -2 14 0 10 7 1 6 2 5 1 0 0 2 0 0 3 24 22 0 0 3 0.51 1.33 62 I -1 2 0 -3 -4 3 0 -4 -2 1 0 0 -1 -3 1 -1 -2 -5 -4 3 6 9 4 1 0 14 5 1 1 8 9 6 1 1 6 3 2 0 0 24 0.30 1.29 63 F -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 1 0 4 -5 1 6 -5 -3 -4 -1 1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 4 39 0 4 41 0 1 0 1 3 2 1.14 1.29 64 R -3 8 -3 -4 -5 1 -2 -5 0 -5 -3 0 -4 -5 -3 -3 -3 -5 -4 -5 1 82 0 0 0 4 0 0 2 0 3 3 0 0 1 1 0 0 0 0 1.70 1.28 65 V -1 -3 -6 -6 -2 -5 -3 -6 -5 3 4 -5 -1 0 -4 -3 -3 -5 -4 4 5 1 0 0 1 0 2 0 0 14 42 0 1 3 1 1 0 0 0 29 0.82 1.33 66 R 2 2 -2 -3 -2 0 0 1 -1 -5 -4 4 -4 -5 0 -1 0 -5 -2 -3 20 11 2 0 1 4 5 12 1 0 1 27 0 0 4 3 6 0 2 2 0.46 1.30 67 D -1 -4 1 5 -5 -2 2 1 2 -5 -3 -2 -4 -5 -3 1 -2 -6 -4 -3 5 0 6 37 0 0 15 11 6 0 2 2 0 0 1 11 2 0 0 2 0.71 1.30 68 D -2 -3 2 5 -2 4 3 -4 -1 -4 -4 -2 -4 -1 -4 0 -1 -5 -1 -4 3 1 8 29 1 21 15 0 1 0 1 1 0 3 0 8 4 0 2 1 0.69 1.32 69 A 1 -4 -3 -1 -5 0 2 2 -1 -3 -4 -1 -4 -5 5 0 -1 -5 -5 -3 12 0 0 3 0 5 15 18 2 2 1 3 0 0 27 7 4 0 0 2 0.63 1.31 70 N -1 -3 3 1 0 2 0 -1 1 -1 -2 -2 -4 -5 0 3 1 -5 -4 -1 3 0 12 9 2 10 6 4 4 3 5 1 0 0 5 25 8 0 0 4 0.35 1.33 71 T 0 -1 -2 -4 -3 2 -1 -4 -1 1 0 -1 -1 -4 0 2 3 -5 -4 1 8 3 1 0 0 11 2 0 2 7 8 4 1 0 6 17 20 0 0 11 0.32 1.33 72 L -4 -5 -6 -7 1 -5 -6 -6 -5 -1 5 -5 0 3 -6 -5 -4 7 -2 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 2 63 0 1 11 0 0 0 14 1 6 1.27 1.33 73 H 0 -1 0 -1 -3 2 1 -4 3 -3 -3 -1 -3 0 -4 2 4 -4 1 -3 7 4 4 3 1 11 9 0 6 1 3 2 0 4 0 14 26 0 4 1 0.41 1.33 74 I -3 -2 -4 -5 -2 -2 -5 -6 -2 5 3 -2 1 -1 0 -4 -3 -5 -2 2 1 2 1 0 1 1 0 0 1 42 26 3 3 2 5 0 1 0 1 10 0.79 1.33 75 E -1 -1 -1 -4 0 5 0 -4 1 -2 2 1 1 -3 -4 0 -2 -2 -1 0 6 3 2 0 2 30 5 0 3 1 18 7 4 1 0 6 1 1 2 7 0.44 1.36 76 P 2 -4 -3 1 -5 -1 1 -4 -4 -5 -4 -3 -5 -6 7 -1 0 -6 -5 -4 15 0 1 9 0 2 8 0 0 0 1 1 0 0 52 4 6 0 0 0 1.28 1.32 77 L -4 -2 -6 -6 -4 -2 -5 -6 -5 -1 6 -5 0 -2 -3 -5 -4 -4 -4 -1 0 2 0 0 0 2 0 0 0 0 93 0 1 0 1 0 0 0 0 1 1.52 1.32 78 P -3 -5 -3 -4 -6 -4 -4 -5 -5 -6 -6 -4 -5 -6 9 -2 -4 -6 -6 -5 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 98 1 0 0 0 0 2.88 1.26 79 Y -4 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -6 -1 -4 -4 -4 -4 1 -6 -4 -4 0 10 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 2.67 1.26 80 S -1 -3 -2 -1 -4 -1 0 -2 -2 -3 -4 -2 -2 -5 1 6 1 -5 -4 -2 3 0 0 3 0 2 7 2 1 1 1 1 1 0 5 61 9 0 0 3 0.84 1.24 81 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 2 6 -5 0 -1 -6 -5 -3 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 82 0 1 2 0 0 1 0 0 3 1.36 1.22 82 E -3 -3 -2 6 -6 1 6 -4 -3 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 0 42 0 4 54 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.47 1.03 K Lambda Standard Ungapped 0.1330 0.3150 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1925 0.3171 PSI Gapped 0.0589 0.2670