Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 6 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -1 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -3 1 1 -5 -4 -2 80 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 9 8 0 0 0 1.15 0.96 2 R -1 3 1 -1 -5 2 0 -3 -3 -4 -4 6 -4 -5 0 -1 -1 -5 -4 -4 5 12 7 3 0 8 4 1 0 0 1 50 0 0 4 2 2 0 0 0 0.82 1.11 3 P -1 -1 -1 -1 -5 0 1 -4 -4 -2 -4 5 -2 -5 5 -2 -1 -6 -5 -3 4 1 3 3 0 3 7 0 0 2 0 38 1 0 32 2 3 0 0 1 0.94 1.23 4 L -1 -2 -1 -1 -5 0 4 -4 -3 -3 -2 5 -4 -5 -1 -1 0 -6 -5 -2 6 0 2 2 0 2 34 1 0 1 4 34 0 0 3 4 6 0 0 3 0.72 1.30 5 P -1 -2 3 0 -5 0 3 -4 -3 -5 -5 3 -4 -6 4 0 1 -6 -5 -4 4 0 16 3 0 3 18 1 0 0 0 19 0 0 24 5 7 0 0 0 0.74 1.31 6 Q 0 -2 -2 -2 -3 0 1 -4 -3 0 2 2 6 -3 1 -3 -2 0 -3 -1 8 2 1 2 0 5 8 0 0 4 20 12 23 0 7 1 1 1 0 4 0.47 1.34 7 D -2 -3 3 1 -3 -2 -2 -2 -2 -5 -5 0 -4 -5 -3 5 4 -6 -4 -4 1 0 12 8 0 1 1 1 0 0 0 4 0 0 1 44 24 0 0 0 0.86 1.37 8 F -4 -5 -6 -6 -5 -5 -6 -6 -3 0 0 -5 -2 7 -6 -5 -5 -1 6 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 5 6 0 1 57 0 0 0 0 30 1 1.76 1.37 9 E -3 -2 -2 0 -6 0 7 -4 -3 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -2 -2 -6 -5 -5 1 1 1 2 0 1 89 1 0 0 0 1 0 0 0 2 1 0 0 1 1.78 1.40 10 T 1 -2 -1 2 -5 4 5 -3 -2 -5 -5 0 -3 -6 -4 0 0 -6 -4 -4 10 1 2 10 0 17 40 1 1 0 0 5 1 0 0 5 6 0 0 1 0.79 1.41 11 A 5 -2 0 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -3 -2 0 0 -5 -4 1 0 -5 -4 -3 58 2 4 1 1 1 1 2 0 1 4 5 2 0 0 11 5 0 0 1 0.76 1.40 12 L -4 2 -4 -5 -3 -3 -5 -5 -5 2 4 -4 5 3 -6 -3 -3 -4 -1 1 0 11 0 0 0 1 0 0 0 9 36 0 18 10 0 2 0 0 1 10 0.77 1.39 13 A 3 0 -1 2 -2 2 2 -2 -2 -3 -4 2 -3 -5 -4 0 0 -6 -5 -3 22 4 2 12 1 7 15 3 1 1 1 15 0 0 0 8 7 0 0 1 0.41 1.39 14 E -1 4 -2 -1 -6 3 5 -4 -2 -5 -4 2 -2 -6 -4 -2 -3 -6 -4 -5 4 22 1 2 0 11 44 1 1 0 1 9 1 0 0 1 1 0 0 0 0.97 1.39 15 L -4 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 1 6 -5 0 -1 -6 -5 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 88 0 1 1 0 0 0 0 0 5 1.51 1.35 16 E -2 -2 -1 2 -4 1 6 -4 -2 -2 -5 -1 -3 -6 -4 -2 -2 -6 -5 -1 2 1 2 9 0 4 68 1 0 3 0 2 0 0 0 1 1 0 0 5 1.21 1.35 17 S 1 0 0 1 -4 3 4 -1 -2 -4 -4 1 -3 -5 -4 0 1 -3 -4 -3 12 4 3 8 0 13 26 5 1 1 2 8 0 0 0 7 8 0 0 2 0.44 1.38 18 L -3 -4 -6 -6 -2 -4 -6 -6 -6 7 2 -3 -1 -3 -5 -4 -1 -5 -4 2 1 1 0 0 1 1 0 0 0 66 15 1 1 0 0 1 3 0 0 11 1.28 1.35 19 V -1 -5 -4 -6 -4 -4 -5 -4 -6 2 0 -5 -1 -4 -5 -2 0 -6 -4 6 4 0 1 0 0 1 0 1 0 11 6 0 1 0 0 2 4 0 0 71 1.21 1.37 20 S 1 3 0 1 -5 2 2 -1 -1 -3 -4 1 -3 -5 -4 1 0 -6 -3 -3 13 14 4 7 0 10 14 5 1 1 1 9 1 0 0 12 7 0 1 1 0.37 1.39 21 A 0 3 0 -1 -3 3 1 -3 -1 -1 -2 3 -2 -4 -4 0 0 -5 -4 -3 7 19 4 4 0 16 9 1 1 3 3 18 1 0 0 7 5 0 0 1 0.46 1.37 22 M -4 -5 -6 -6 -4 -4 -6 -6 -5 2 5 -5 6 -1 -6 -5 -2 -4 -4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 62 0 23 1 0 0 1 0 0 2 1.31 1.34 23 E -3 -1 -1 1 -6 1 7 -4 -3 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 1 2 2 6 0 5 82 1 0 0 0 1 0 0 0 2 0 0 0 0 1.61 1.33 24 N 1 1 3 1 -3 2 0 0 0 -5 -4 1 -3 -5 -4 3 0 -6 -3 -4 10 7 13 6 0 9 6 5 2 0 1 7 1 0 0 27 5 0 0 1 0.43 1.34 25 G -2 -3 0 0 -3 -2 -1 6 -4 -6 -5 -2 -5 -6 0 -1 -3 -6 -6 -6 1 1 5 6 1 1 4 71 0 0 1 2 0 0 4 4 1 0 0 0 1.31 1.34 26 T -2 -2 1 4 -6 3 4 1 -2 -6 -6 -1 -3 -6 -2 0 -1 -6 -3 -4 2 2 7 26 0 12 26 9 1 0 0 3 1 0 1 5 3 0 1 1 0.71 1.42 27 L -1 -3 -4 -6 -1 -3 -3 -3 -3 1 4 -4 2 -2 -2 -2 0 -5 -3 2 5 1 1 0 1 1 2 2 1 5 49 1 5 1 2 2 5 0 1 15 0.64 1.41 28 P -1 -3 -1 2 -5 -2 0 0 -4 -5 -4 -1 -2 -6 5 3 2 -6 -5 -5 3 1 2 12 0 1 4 7 0 0 1 3 1 0 29 23 12 0 0 0 0.76 1.41 29 L -4 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 2 6 -5 1 0 -6 -5 -4 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 80 0 3 3 0 0 0 0 0 3 1.42 1.41 30 E -1 -2 0 5 -6 0 6 -3 -1 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 4 1 4 32 0 2 50 2 1 0 0 1 0 0 0 2 1 0 0 0 1.22 1.41 31 Q -1 -1 -1 4 -3 2 5 -3 -1 -4 -4 0 -2 -6 -3 0 -1 -6 -5 -3 4 2 2 21 1 8 41 1 1 1 1 5 1 0 1 5 3 0 0 2 0.79 1.40 32 S 3 -4 -2 -4 -4 -2 -4 -2 -4 -2 1 -4 1 -4 -4 5 0 -5 -4 -1 23 0 1 0 0 1 0 2 0 2 15 0 4 0 0 44 5 0 0 3 0.72 1.41 33 L -2 -5 -6 -6 -2 -5 -4 -3 -5 4 4 -5 3 3 -4 -3 -1 -4 -2 1 3 0 0 0 1 0 1 2 0 20 42 0 7 11 1 2 3 0 1 7 0.75 1.41 34 S 2 0 1 1 -5 1 2 -2 -2 -3 -4 3 -1 -5 -3 0 0 -6 -3 -3 20 3 5 8 0 6 15 2 1 1 1 18 2 0 1 8 7 0 1 2 0.38 1.41 35 A 1 -1 -1 -3 0 2 0 -3 -1 -1 3 1 0 -2 -5 -1 -2 -5 -1 -1 14 4 3 1 2 10 5 2 1 3 31 8 2 1 0 5 2 0 3 3 0.28 1.41 36 Y -4 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -6 -1 -2 0 -5 -3 6 -6 -4 -3 6 7 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 7 0 0 31 0 1 1 10 43 4 1.55 1.29 37 R -1 0 -2 -1 -3 3 5 -3 -1 -5 -5 3 -4 -6 -4 -1 -1 -6 -5 -4 5 4 1 2 1 12 47 1 1 0 0 18 0 0 0 4 4 0 0 1 0.91 1.29 38 R -2 5 -2 -2 -6 2 4 -5 -2 -4 -4 2 -3 -5 -4 -2 0 -5 -3 -3 2 39 1 2 0 8 29 0 1 1 1 9 1 0 0 1 5 0 1 1 0.92 1.29 39 G 3 -5 -3 -4 -5 -4 -4 6 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -4 -1 -4 -5 -5 -5 24 0 0 0 0 0 0 73 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 1.58 1.29 40 V 1 -3 -2 -3 -1 1 1 -5 -3 2 -1 -2 5 -4 -5 -1 -1 -5 -4 3 12 1 2 1 1 7 12 0 0 13 3 1 17 0 0 4 4 0 0 22 0.48 1.31 41 E 2 1 -1 -2 -5 2 3 -1 -1 -4 -3 3 -2 -3 -4 -1 -1 -5 -3 -2 19 5 2 2 0 8 22 4 1 1 2 21 1 1 0 4 4 0 0 3 0.45 1.34 42 L -4 -3 -5 -4 -2 -3 -4 -6 -2 0 6 -4 0 -2 -6 -4 -3 -2 -1 -2 1 1 0 1 1 1 1 0 1 4 83 1 1 0 0 1 0 0 2 1 1.27 1.38 43 A 2 -1 -4 -5 -1 -3 -3 -3 -2 2 2 0 0 -3 -5 2 0 -5 0 1 20 4 0 0 1 0 1 1 1 12 17 6 1 0 0 14 4 0 4 11 0.33 1.41 44 R 1 4 1 -1 -3 1 0 -2 0 -4 -4 5 -2 -6 -4 -1 -2 -6 -5 -4 12 24 5 3 0 7 4 3 2 0 1 33 1 0 0 2 2 0 0 1 0.72 1.41 45 V -1 1 -2 -1 -2 2 1 -4 4 0 0 0 0 3 -5 -2 -2 -2 3 -1 5 9 2 3 1 10 9 1 11 5 8 6 2 12 0 3 2 0 9 3 0.32 1.44 46 C -2 -6 -4 -6 11 -6 -6 -2 -6 -3 -1 -6 -2 -5 -6 -2 -3 -5 -5 -3 2 0 1 0 84 0 0 3 0 1 6 0 1 0 0 2 1 0 0 1 2.67 1.42 47 Q -2 3 2 0 -3 4 3 -3 2 -5 -3 1 -2 -4 -4 0 -2 -5 0 -4 3 14 8 4 1 21 17 2 5 0 2 9 1 1 0 7 1 0 3 1 0.53 1.44 48 D 0 0 0 2 -5 3 2 0 -1 -4 -4 3 -2 -5 -4 1 0 -6 -4 -4 9 4 4 13 0 14 14 6 1 1 1 17 1 0 0 9 6 0 0 1 0.42 1.45 49 R -1 2 -3 -4 -3 2 -1 -4 1 0 0 4 1 1 -5 -1 0 4 0 -2 6 10 0 0 0 8 3 0 3 5 8 27 4 6 0 3 6 6 3 2 0.40 1.48 50 L -4 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 1 6 -5 -1 -2 -6 -5 -4 -5 -4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 91 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1.62 1.43 51 A 0 -1 1 4 -1 3 3 -3 0 -4 -4 1 -3 -6 -4 0 0 -6 -2 -4 8 3 7 23 1 11 17 1 2 1 1 10 0 0 0 7 6 0 1 1 0.52 1.44 52 Q 1 0 1 2 -4 3 2 1 1 -5 -4 2 -3 -5 -4 -1 0 -4 -4 -3 10 4 5 10 0 14 15 9 3 0 1 14 1 0 0 4 5 0 0 1 0.40 1.46 53 A 6 -2 -4 -5 -2 -3 -4 -2 -5 -1 -3 -2 -2 -4 -4 -1 0 -5 -3 3 61 2 0 0 0 1 0 1 0 3 1 1 1 1 0 1 6 0 1 19 0.96 1.47 54 E -3 2 -2 1 -6 3 6 -4 -3 -6 -6 1 -3 -6 -4 -2 -2 -6 -5 -4 1 10 1 7 0 11 58 0 0 0 0 6 1 0 0 2 1 0 0 1 1.17 1.45 55 Q 0 1 -2 -1 -5 5 2 0 -1 -4 -1 3 -1 -3 -4 -1 -1 -5 -4 -4 10 6 2 3 0 27 11 6 1 0 8 19 2 1 0 2 3 0 0 1 0.53 1.46 56 Q -2 4 -3 -1 -6 4 2 -5 -2 -5 -5 5 -3 -5 -4 -2 0 -6 -5 -4 2 26 0 2 0 17 10 0 1 0 1 34 0 0 0 1 5 0 0 1 0.97 1.47 57 V -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 5 2 -5 4 -2 -6 -5 -3 -5 -4 5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 35 13 0 10 1 0 0 0 0 0 40 1.20 1.44 58 K -1 1 0 1 -6 4 4 -4 -2 -2 -3 2 -2 -5 -4 -1 1 -6 -4 -3 4 7 4 8 0 16 27 0 0 2 3 14 1 0 0 5 8 0 0 2 0.55 1.45 59 V -1 -2 -4 -4 -5 1 -1 -5 -3 4 1 4 1 -3 -5 -2 0 -3 -2 2 5 1 0 0 0 6 4 0 0 21 13 24 3 1 0 2 5 0 1 14 0.47 1.45 60 L -3 -5 -6 -5 -4 -4 -6 -6 -6 4 5 -5 2 -2 -5 -5 -3 -1 -2 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 24 57 0 5 1 0 0 1 1 1 6 1.09 1.45 61 E -2 -2 1 1 -5 1 2 -3 -3 -1 2 -2 4 -4 -4 0 2 -5 -4 -1 3 2 6 8 0 6 13 2 0 4 18 1 11 0 0 8 13 0 0 5 0.31 1.40 62 G 1 -2 2 3 -5 1 3 2 -3 -4 -3 1 -3 -4 -2 0 -1 -6 -5 -4 12 1 9 13 0 6 19 15 0 1 3 7 1 1 2 6 3 0 0 1 0.38 1.40 63 D -3 -4 2 6 -6 -1 3 3 -4 -6 -6 -2 -5 -5 -3 -2 -2 -6 -6 -6 1 0 8 44 0 2 19 21 0 0 0 1 0 0 1 2 2 0 0 0 1.09 1.40 64 L -1 -2 -2 1 -5 3 3 0 -4 -2 0 -2 1 -4 -2 -1 2 -5 -4 -2 4 1 1 7 0 15 21 9 0 2 12 1 4 0 1 2 16 0 0 2 0.38 1.32 65 L 0 -3 -2 0 -4 -1 2 1 -3 -1 4 -2 -1 -4 -4 -3 0 -5 -4 0 8 0 2 5 0 2 16 10 0 3 39 2 1 0 0 1 6 0 0 5 0.39 1.25 66 R 0 3 -1 -3 -5 3 2 -3 -1 -5 -5 5 -3 -5 -4 -2 -1 -5 -4 -1 8 12 2 0 0 12 12 1 1 0 0 41 0 0 0 1 4 0 0 5 0.76 1.23 67 P -2 -4 0 3 -6 -2 2 -4 -3 -5 -6 -3 -5 -6 7 -2 -2 -6 -5 -5 2 0 4 17 0 1 13 0 0 0 0 1 0 0 59 2 1 0 0 0 1.57 1.19 68 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -4 -2 3 -5 1 7 -6 -5 -4 7 0 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 0 3 57 0 0 0 16 0 0 1.58 1.06 K Lambda Standard Ungapped 0.1315 0.3154 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1987 0.3165 PSI Gapped 0.0608 0.2670