Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 T -3 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 -4 -1 0 -4 10 -2 -5 -3 1 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 88 0 0 0 8 0 0 0 1.88 0.97 2 G -1 -3 -2 -3 -3 -3 -2 2 -4 -3 -4 -3 1 -5 -3 2 6 -5 -4 -1 2 1 0 0 0 0 1 18 0 1 0 1 4 0 1 14 55 0 0 4 0.87 1.02 3 A -1 1 -1 -2 -5 -1 -1 -3 -3 -5 -5 7 -4 -6 -3 -1 -2 -5 -4 -5 3 4 2 1 0 0 1 1 0 0 0 83 0 0 0 3 1 0 0 0 1.41 1.06 4 G -2 -3 -3 -2 -5 -4 -3 7 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -5 -4 1 2 0 1 0 0 1 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1.91 1.07 5 T -1 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -2 2 -5 -1 0 7 -5 -4 -2 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 5 0 3 3 85 0 0 0 1.47 1.11 6 P 1 -2 -3 -3 -4 0 -2 -1 -4 -4 -3 -3 -4 -4 5 4 1 -1 -4 -3 13 2 0 0 0 5 1 5 0 0 3 0 0 1 26 34 9 1 0 1 0.75 1.13 7 S 0 -3 -2 -1 -2 -3 -3 -3 -2 -4 -3 -3 -4 -5 -2 6 -1 -1 -4 -3 6 1 0 2 1 0 0 0 1 0 3 0 0 0 2 81 1 1 0 1 1.20 1.13 8 Q -4 -1 -2 -5 -5 0 -4 -5 -2 -2 0 -3 4 8 -5 -2 -4 -2 0 -3 0 4 2 0 0 5 1 0 1 1 6 2 12 63 0 3 0 0 1 0 1.31 1.12 9 G -1 -2 -3 -4 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -3 -4 -5 -5 -5 2 3 0 0 0 0 0 93 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1.91 1.12 10 K 0 1 -3 -3 -5 -1 -1 -2 -3 -5 -2 7 -2 -5 -3 -2 -1 -6 -4 -4 8 5 0 0 0 1 2 2 0 0 5 73 1 0 1 1 3 0 0 0 1.20 1.20 11 K -4 7 -2 -4 1 -1 -3 -5 4 -5 -4 2 1 -4 -5 -3 -2 -2 0 -5 0 62 1 0 4 1 0 0 11 0 1 11 3 0 0 1 2 1 4 0 1.28 1.20 12 N -3 4 4 -1 2 1 -3 -3 7 -4 -4 -1 -4 -5 -5 -2 -3 -5 -2 -5 1 27 25 2 4 5 0 1 29 1 1 1 0 0 0 1 1 0 1 0 1.10 1.21 13 T -3 -1 6 -1 -2 -1 -2 -1 -1 -3 -4 3 -4 -4 -3 0 3 -5 -4 -3 1 2 38 3 1 2 2 5 1 1 1 19 0 0 0 7 16 0 0 1 0.75 1.12 14 T -3 2 -2 -2 -4 0 -1 -3 0 -4 -4 6 -2 -3 -2 -2 0 -2 -2 -3 1 10 1 1 0 2 1 2 2 1 1 63 1 1 2 1 7 1 1 1 1.01 1.12 15 T -1 -1 1 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -1 -2 -3 3 -4 -3 2 5 -4 -3 -1 2 4 7 0 0 1 1 1 0 3 2 0 8 0 0 17 47 0 0 4 0.73 1.03 16 H -3 0 -2 -3 0 -1 -2 -4 10 -5 -4 -3 -3 -3 -4 -3 -2 -4 2 -4 1 5 0 0 3 2 1 1 77 0 1 0 0 0 0 1 3 0 5 1 1.97 1.03 17 T -2 -2 -3 -3 -3 -3 -1 -2 -4 2 -2 -1 2 -1 -3 -1 6 -4 -3 0 2 2 0 0 0 0 3 3 0 12 3 3 6 2 0 2 53 0 0 5 0.73 1.03 18 K -2 0 -2 -4 -3 -1 -3 -3 -4 1 5 -1 1 -1 -1 -3 -1 -4 -3 0 2 5 2 0 0 2 1 2 0 7 57 4 3 2 4 2 3 0 0 4 0.62 1.06 19 C -2 -4 -4 -4 10 -4 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -4 -4 1 -2 2 0 -3 1 0 0 0 75 0 1 1 0 0 1 0 0 0 0 12 0 3 3 1 2.12 0.99 20 R -1 6 -1 -4 4 0 -2 -4 1 0 -2 0 -3 -4 0 0 -2 1 -3 -1 5 42 2 0 11 4 2 0 4 5 3 2 0 0 4 6 2 2 0 5 0.66 1.11 21 R -3 6 -2 0 1 0 -2 -4 5 -1 -2 -1 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -1 1 54 0 5 4 3 0 0 14 3 4 0 0 0 0 3 0 0 0 6 0.96 1.02 22 C -3 1 -4 -4 10 -4 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -3 1 -3 2 -3 1 9 0 0 68 0 1 1 0 0 1 0 0 0 0 1 8 0 9 1 1.89 1.02 23 G -1 -4 1 0 2 -4 -4 6 1 -5 -5 -4 -5 -5 -4 -1 -4 -5 -5 -5 5 0 6 4 4 0 0 69 4 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 1.32 1.28 24 E -2 4 1 0 1 0 0 -2 2 -5 -3 3 -4 -1 -5 1 -1 2 -4 -2 3 23 7 4 3 3 6 3 4 0 3 15 0 3 0 11 4 3 0 3 0.40 1.61 25 K -1 4 0 -4 1 1 -1 -5 2 -1 -2 3 3 -5 -1 -1 -1 -6 -4 -1 4 24 4 0 3 7 4 0 5 4 3 19 7 0 4 5 4 0 0 4 0.49 1.61 26 S 3 -3 0 -3 1 -3 -3 -1 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -3 5 1 -5 -4 -2 28 0 3 0 3 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 53 7 0 0 3 0.84 0.97 27 Y -3 -2 -5 -5 0 -4 -5 -5 1 -3 0 -4 0 5 -5 -3 -4 3 7 -3 2 2 0 0 2 0 0 0 2 0 10 0 3 28 0 2 0 3 47 0 1.28 1.00 28 H -4 -3 4 -3 -5 -2 -2 -4 9 -5 -5 -3 1 -4 -4 0 -3 -5 -1 -5 0 0 21 0 0 0 0 0 69 0 0 0 5 0 0 5 0 0 0 0 1.84 1.00 29 T 0 -2 -2 -3 -1 -2 -4 -5 -4 4 2 0 0 -1 1 -2 -1 -4 0 3 8 2 2 2 1 1 0 0 0 24 19 6 1 2 6 2 3 0 3 18 0.36 1.00 30 K -1 1 -1 -1 -5 7 -1 -2 1 -5 -3 1 -3 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -2 4 8 3 2 0 63 0 2 3 0 2 6 0 0 0 2 3 0 0 2 1.08 1.00 31 K -3 1 -1 -2 -5 0 -1 -3 2 -3 -5 7 -4 -5 -3 -2 -1 0 -4 -4 0 4 2 2 0 1 2 1 4 2 0 75 0 0 0 0 4 2 0 0 1.23 1.07 32 K -2 1 -1 -3 -2 0 0 1 3 -5 -2 5 -3 -5 -4 1 -2 0 -3 -4 2 4 1 0 1 4 4 11 9 0 5 42 0 0 0 13 2 1 0 0 0.61 1.07 33 V -2 3 -3 -3 -2 0 0 -4 -1 -3 -3 0 -2 -2 -2 -1 5 -4 2 0 3 19 0 0 1 4 7 0 1 1 1 4 1 1 2 2 37 0 9 7 0.56 1.10 34 C -3 -2 -4 -5 11 -4 -5 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -2 -4 -2 -3 2 -1 -3 0 2 0 0 84 0 0 0 0 0 1 0 0 2 0 3 0 2 3 0 2.46 1.06 35 S 4 -2 -3 -3 -1 -3 -3 3 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -3 3 -1 -4 -4 -2 43 2 0 0 1 0 0 20 0 0 1 2 0 0 0 23 3 0 0 3 0.73 1.06 36 S 2 0 -1 -3 -2 1 -2 -2 1 -4 -4 3 -2 -4 -3 4 -1 -4 -2 -4 19 5 3 0 1 5 1 1 3 0 1 21 1 0 0 34 2 0 1 0 0.57 1.06 37 C -1 -2 -4 -5 11 -4 -5 -3 -4 -3 -3 -4 -3 -2 -4 -2 -3 -4 -2 -3 4 3 0 0 81 0 0 2 0 0 1 0 0 2 0 2 0 0 2 0 2.27 0.98 38 G 1 -2 -2 -3 -4 -3 -4 7 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -1 -3 -4 -4 -3 10 2 0 0 0 0 0 78 0 0 1 0 0 0 0 4 0 0 0 2 1.42 0.98 39 F -3 -3 -3 -4 -4 -3 -4 -4 1 -3 -2 -3 -2 5 -4 -3 -1 2 8 -3 1 1 1 1 0 0 1 1 3 1 1 1 0 26 1 1 4 2 55 1 1.41 0.88 40 G -1 -1 -1 -1 2 -1 -1 3 0 -1 -1 -1 -1 -2 3 -1 -1 -1 -1 -1 4 3 2 3 5 2 3 28 2 4 7 3 1 2 16 4 3 1 2 4 0.32 0.45 41 K 1 2 -2 -2 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -3 1 -2 -5 7 -2 -2 -5 -4 -4 11 13 1 2 0 0 2 2 0 0 2 9 1 0 53 2 1 0 0 1 1.20 0.96 42 S 3 -3 -1 0 -3 -2 -1 -1 -2 -4 -4 0 -3 -3 -2 4 2 -5 -2 -3 28 0 2 5 0 1 3 2 1 0 0 6 0 1 1 36 10 0 1 1 0.58 1.01 43 A 3 2 -3 -3 0 -1 -2 -3 -1 -4 -4 4 -3 -5 1 1 0 0 -4 -3 31 9 0 0 2 1 1 0 1 0 0 33 0 0 6 9 4 2 0 0 0.63 1.02 44 K -3 5 -3 -3 0 0 -2 -3 1 -5 -3 5 -1 -5 -4 -2 -2 -1 -4 -4 0 38 0 0 2 3 0 1 3 0 3 42 1 0 0 1 2 1 0 0 1.04 1.04 45 R -3 3 -3 -4 -4 -1 -3 -4 -3 3 1 3 4 -3 -4 -3 1 1 -2 -1 0 14 0 0 0 1 0 0 0 17 12 24 14 0 0 0 10 2 1 2 0.52 0.99 46 R -4 8 -2 -3 -6 -1 -2 -1 -3 -5 -4 1 -4 -5 -4 -2 -2 -5 -4 -5 0 85 1 1 0 1 1 4 0 0 1 5 0 0 0 1 1 0 0 0 1.64 1.04 47 D -2 2 -1 -1 -5 0 -1 -2 2 -5 -5 5 -4 -3 -2 3 -1 -5 -1 -4 1 12 1 4 0 4 1 3 5 0 0 40 0 1 1 22 3 0 3 0 0.68 1.05 48 Y -3 -4 -4 -2 -1 -4 -4 -5 1 -4 -3 -4 -3 4 -4 -3 -4 2 8 -4 1 0 0 2 2 0 0 0 2 0 1 0 0 17 1 1 0 1 71 0 1.76 1.06 49 E -1 -1 7 -1 -5 0 0 0 -1 -5 -5 1 -4 -5 -4 1 -1 -6 -4 -3 4 2 61 1 0 3 5 7 0 0 0 7 0 0 0 9 1 0 0 1 1.09 1.07 50 W -3 -5 -6 -7 -2 -4 -5 -5 -5 -5 -4 -5 -4 -1 -6 -5 -5 13 1 -5 2 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 94 2 0 3.71 1.04 51 Q 1 -2 -2 -2 -3 3 -1 2 -3 -4 -4 -1 -1 -5 -4 5 -1 -5 -4 -3 8 1 0 1 0 14 1 18 0 1 0 3 2 0 0 46 1 0 0 1 0.69 1.04 52 S 3 1 1 -3 -4 1 2 -2 -2 -1 -3 1 -2 -2 -3 -1 1 1 -2 0 27 7 6 1 0 6 12 2 1 4 2 8 0 1 0 4 9 2 1 7 0.26 1.07 53 K -3 1 -1 -3 -6 -1 -1 -4 -3 -3 -5 7 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 4 2 0 0 0 1 0 0 2 0 91 0 0 0 0 0 0 0 0 1.60 1.05 54 A 6 -4 -2 -4 -3 -2 -3 -2 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -3 0 1 -5 -4 0 82 0 2 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 6 0 0 5 1.11 0.94 55 G -1 1 -1 -3 -2 0 0 2 -1 -5 -5 6 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 4 3 2 0 1 2 3 18 1 0 0 64 0 0 0 1 1 0 0 0 0.96 0.84 56 E -3 7 -2 1 -6 1 0 -4 -2 -5 -4 0 -3 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 81 0 9 0 4 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.45 0.81 K Lambda Standard Ungapped 0.1237 0.3100 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1871 0.3175 PSI Gapped 0.0573 0.2670