Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 T -2 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -2 -4 -3 2 6 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 70 0 0 16 0.99 0.69 2 V -4 -4 0 -4 -4 -2 -4 -5 1 5 0 0 7 -2 -5 -3 -2 -5 -4 0 0 0 4 0 0 1 1 0 4 35 6 7 36 1 0 1 1 0 0 4 0.98 1.18 3 L -3 -5 -6 -6 -5 -4 -5 -6 -5 1 2 -4 10 -1 -6 -5 -3 -5 -3 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 6 16 1 70 2 0 0 0 0 0 2 1.97 1.74 4 H -4 2 0 -2 -6 -1 -1 -4 -1 -5 -5 7 -3 -6 -5 -2 -1 -6 -1 -6 0 8 5 2 0 1 2 0 1 0 0 72 0 0 0 2 3 0 2 0 1.44 1.79 5 V 5 -4 -2 -5 -3 -3 -5 -4 -5 2 -1 -2 2 -2 1 -1 1 -4 -1 1 43 0 2 0 0 1 0 0 0 13 4 2 5 2 6 4 7 0 2 8 0.61 1.81 6 Q 1 1 2 0 -5 1 1 -3 1 -4 -5 4 -4 -4 -4 3 0 -4 -3 -4 10 5 9 5 0 5 8 1 3 1 0 25 0 1 0 19 5 0 1 1 0.51 1.81 7 E -3 -3 -1 4 -7 0 7 -5 -4 -6 -6 0 -5 -7 -5 -3 -3 -7 -6 -5 1 0 2 22 0 3 65 0 0 0 0 4 0 0 0 1 1 0 0 1 1.55 1.80 8 I -3 -6 -7 -7 -5 -6 -6 -7 -6 5 5 -6 1 0 -6 -6 -4 -2 -3 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 30 54 0 2 3 0 0 0 0 1 7 1.27 1.83 9 R -3 7 -2 -2 -7 -1 -3 -6 -2 -4 -4 3 -4 -5 -5 -3 -3 -2 -5 -5 1 72 2 2 0 2 0 0 1 1 1 14 0 0 0 1 1 1 0 1 1.67 1.86 10 D 1 -3 2 2 -6 1 4 0 -3 -5 -4 1 -4 -6 -4 0 0 -6 -5 -3 11 0 10 12 0 6 28 9 0 0 1 10 0 0 0 5 5 0 0 2 0.56 1.86 11 M -4 -2 -5 -6 -5 -1 -4 -6 -4 -2 4 4 7 -1 -6 -4 -4 -3 -3 -3 0 1 0 0 0 2 0 0 0 1 35 30 24 2 0 1 0 0 1 0 1.11 1.86 12 T -1 -4 1 1 -5 -2 -1 -2 -3 -5 -5 -1 -4 -6 -2 5 4 -6 -5 -5 3 0 6 8 0 1 3 2 0 0 0 3 0 0 2 48 24 0 0 0 0.95 1.84 13 P 0 -1 0 3 -5 -2 0 -4 -3 -1 -2 1 -3 -5 2 -1 2 -6 -4 1 9 3 4 17 0 2 6 1 0 3 4 8 0 0 9 3 12 0 0 12 0.25 1.85 14 A 2 -3 -1 4 -6 0 4 -2 -2 -4 -5 0 -4 -6 -2 -1 -1 -6 -5 -3 17 1 2 19 0 4 32 2 1 1 1 5 0 0 2 3 3 0 0 2 0.63 1.85 15 E -2 -2 -3 3 -6 3 6 -3 -2 -6 -5 -2 -4 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -5 3 1 0 13 0 12 59 1 1 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0 0 1.27 1.86 16 R -4 0 -6 -7 -2 -4 -6 -7 -6 2 6 -4 1 -2 -6 -5 -4 -5 -4 -1 0 6 0 0 1 1 0 0 0 9 72 1 2 1 0 0 0 0 0 2 1.24 1.86 17 E 0 1 3 -1 -5 3 1 -3 -1 -1 0 2 -1 -4 -4 -1 0 -6 -3 0 7 6 12 3 0 12 9 2 2 3 9 11 1 1 0 3 5 0 1 7 0.20 1.86 18 A 1 -1 -1 1 -6 2 4 -3 -3 -4 -4 3 -3 -5 -5 -1 0 -6 -5 -3 11 3 3 8 0 8 25 2 0 1 1 21 0 0 0 4 5 0 0 2 0.52 1.89 19 E -3 2 -2 -2 -6 3 3 -5 -1 -3 -1 4 -1 -5 -5 -3 -1 -6 -4 -4 2 11 2 2 0 12 22 0 2 1 8 26 2 0 0 1 4 0 0 1 0.60 1.89 20 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -1 -5 -4 3 5 -4 1 -3 -6 -4 -4 -3 -3 1 1 1 1 0 0 1 4 1 0 14 58 1 3 0 0 1 0 0 0 8 0.93 1.89 21 D 0 0 1 2 -4 0 2 -1 -2 0 0 2 -2 -3 -5 -1 -1 -6 -3 1 8 4 6 10 0 4 12 4 1 5 10 11 1 1 0 5 3 0 1 10 0.12 1.88 22 D 0 -3 0 4 -6 1 5 -2 -2 -5 -5 1 -4 -6 -5 0 -1 -6 -5 -4 7 0 4 20 0 4 36 3 1 0 1 8 0 0 0 7 4 0 0 1 0.73 1.86 23 L 0 -3 -4 -4 -2 -1 -1 -5 -4 -1 5 -2 0 0 -5 -2 -1 -1 -2 -2 9 1 1 1 1 3 4 1 0 2 56 3 1 3 0 4 4 1 1 1 0.67 1.85 24 K -2 4 -2 -3 -4 1 0 -3 0 -4 -1 6 -3 -4 -5 -2 -3 -6 -2 -3 2 18 1 1 0 5 6 2 2 0 7 45 0 0 0 2 1 0 1 2 0.82 1.85 25 T 1 2 -2 -1 -6 1 3 -1 -2 -3 -3 4 -2 -6 -5 -1 0 -6 -5 -2 11 11 2 3 0 5 17 5 1 1 3 22 1 0 0 4 6 0 0 4 0.38 1.85 26 E 0 -2 0 1 -6 1 7 -4 -2 -5 -5 0 -5 -6 -5 -2 -2 -6 -4 -5 6 1 3 5 0 5 65 1 1 0 1 4 0 0 0 2 2 0 0 1 1.23 1.84 27 L -2 -3 -6 -6 -5 3 -4 -5 0 -1 5 -3 0 -1 -5 -3 -4 -1 1 -2 3 1 0 0 0 13 0 0 2 2 63 1 1 1 0 1 0 1 5 1 0.97 1.86 28 L -1 -3 -4 -4 -3 -3 -5 -4 -2 -1 1 -4 2 7 -6 0 -2 -1 0 -1 5 2 1 1 0 1 1 1 1 3 12 0 5 48 0 7 2 1 2 4 0.97 1.83 29 N -3 1 6 1 -6 2 0 -2 -1 -5 -4 2 0 -5 -5 -1 0 -6 -4 -4 2 7 35 6 0 10 4 2 1 0 2 14 2 0 0 4 5 0 0 1 0.70 1.86 30 A -2 -5 -3 -4 -3 -1 -1 -6 -2 -1 6 -4 2 -2 -6 -4 -3 -5 -1 -2 2 0 2 1 0 2 4 0 1 2 70 1 4 1 0 1 1 0 2 1 1.05 1.85 31 R -4 7 -3 -4 -2 -1 -3 -4 -1 -4 -4 2 -2 -4 -4 -3 -4 -5 -2 -4 0 72 1 1 1 2 1 1 1 1 1 10 1 1 1 1 0 0 1 1 1.57 1.76 32 A 0 -1 -1 -2 0 0 -1 0 -1 0 0 -1 1 1 -1 0 0 -2 -1 2 8 4 3 3 2 4 4 8 2 5 9 3 4 7 3 7 5 1 2 15 0.04 0.91 33 V 0 -3 -2 -4 -5 2 -3 -4 -2 -1 0 1 4 6 -5 -1 -2 -2 -1 -1 7 1 2 1 0 8 1 1 1 3 7 8 12 36 0 4 2 0 1 3 0.70 1.78 34 Q -2 0 -1 -3 -6 7 -1 -4 -1 -4 -4 4 -4 -4 -5 -1 -3 -6 -5 -2 3 3 2 1 0 51 2 1 2 1 2 23 0 1 0 4 1 0 0 3 1.16 1.83 35 A 2 0 1 -4 -5 2 -2 -3 4 -1 1 2 1 -3 -5 1 -1 -1 -3 1 16 5 6 0 0 8 1 2 9 3 12 12 3 1 0 9 3 1 1 9 0.28 1.73 36 A 5 -2 -3 -3 -4 -2 -3 -1 -2 -1 -3 0 1 -3 -4 1 1 -6 -5 0 52 2 1 1 0 2 1 3 1 3 2 5 3 1 0 9 8 0 0 6 0.71 1.76 37 G -1 0 0 -3 -4 -2 -2 2 -2 0 -2 -4 0 -3 -5 0 5 -6 -5 -1 5 5 4 1 0 1 2 13 1 5 4 0 3 1 0 7 44 0 0 5 0.65 1.75 38 G -1 -1 1 -2 -5 0 -1 6 0 -6 -6 -2 -2 -6 -3 0 -3 -6 -3 -4 3 4 7 1 0 5 3 59 2 0 0 2 1 0 1 6 1 0 1 1 1.07 1.75 39 A 0 1 -1 -3 -5 7 0 -3 0 -3 -3 0 -2 -3 0 -1 -1 -5 -5 -3 9 7 2 1 0 47 5 2 2 2 2 5 1 1 5 5 3 0 0 2 0.84 1.75 40 P -1 -5 -3 -4 -2 -3 -2 -4 -2 0 5 -3 1 -1 1 -2 -1 -5 -2 -1 6 0 2 1 1 1 3 1 1 4 54 2 2 3 7 3 4 0 1 4 0.66 1.76 41 E -1 -2 0 3 -5 0 5 -2 -2 -4 -4 0 -4 -3 -2 1 0 -6 -3 -3 5 1 5 14 0 3 37 2 1 1 2 6 0 1 2 10 6 0 1 2 0.61 1.71 42 N -2 1 6 1 -6 1 -1 -2 0 -4 -6 4 -5 -6 -5 0 -2 -6 -5 -6 2 6 41 6 0 7 2 3 2 1 0 22 0 0 0 5 2 0 0 0 0.98 1.76 43 P -3 -3 -1 -4 -5 -2 -4 -3 0 -3 -1 -3 -2 -2 6 0 4 -1 -2 -1 1 1 3 0 0 2 0 1 3 1 8 1 1 2 36 8 25 1 1 5 0.86 1.71 44 G 2 -1 -1 -1 -2 -2 -3 1 5 -3 -2 -1 3 -4 -5 3 -2 -2 -4 -3 17 3 3 3 1 2 1 12 16 2 3 3 7 1 0 23 2 1 0 1 0.54 1.77 45 R -2 5 -2 -3 -6 3 2 -4 -2 -3 -1 3 -1 -3 -5 -2 -2 -6 -3 -3 3 33 2 1 0 11 12 1 1 1 6 20 1 1 0 3 2 0 1 2 0.73 1.80 46 I -3 -4 -5 -6 -2 -4 -5 -5 -6 6 3 -4 3 3 -4 -5 -4 -5 -2 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 44 22 1 6 11 1 0 0 0 1 8 1.02 1.77 47 K -3 6 -1 -4 -3 -1 -3 1 -1 -5 -4 4 -3 -6 -2 -1 -1 -3 -5 -4 1 39 3 1 1 2 1 10 1 0 1 29 1 0 2 5 3 0 0 1 0.97 1.77 48 E 0 1 0 -1 -3 3 3 -2 1 -1 -2 2 -3 -4 -3 -1 0 -6 -3 0 9 7 4 3 0 13 20 2 4 3 4 11 1 1 1 4 6 0 1 8 0.32 1.75 49 L 0 -4 -3 -5 -2 -4 -5 -5 -2 3 1 -4 2 -3 -6 -3 1 -6 -3 5 9 1 2 0 1 1 0 0 1 14 14 1 5 0 0 1 9 0 0 41 0.77 1.77 50 R -4 7 -2 -5 -3 -1 -3 -4 -1 -6 -6 4 -5 -6 -5 -3 -3 -6 -5 -6 0 69 1 0 1 1 0 1 1 0 0 24 0 0 0 1 1 0 0 0 1.80 1.77 51 K -4 6 -2 -4 -6 -1 -3 -4 2 -4 -4 5 -3 -6 -5 -4 -3 -6 -5 -4 1 46 1 0 0 2 0 1 5 1 1 41 1 0 0 0 1 0 0 1 1.46 1.72 52 A -2 0 2 5 -6 0 2 -3 -2 -4 -3 -1 -3 -4 -4 1 1 -3 -4 -5 3 6 11 37 0 3 10 1 1 1 3 3 1 1 0 8 10 0 0 0 0.71 1.72 53 I -3 -4 -5 -6 -4 -6 -6 -7 -6 8 1 -5 -1 -3 -6 -5 -3 -6 -3 2 1 1 1 0 0 0 0 0 0 79 8 1 1 1 0 0 1 0 1 8 1.70 1.72 54 A 7 -3 -5 -5 -4 -4 -4 -2 -5 -4 -5 -4 -4 -5 -4 -1 -3 -6 -5 -2 94 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 2 1.74 1.61 55 R -4 8 -3 -5 -4 3 -3 -5 -2 -5 -5 1 -3 -6 -5 -4 -3 0 -5 -5 0 79 0 0 0 11 0 0 1 0 0 4 0 0 0 0 1 2 0 1 1.82 1.61 56 I -1 -6 -6 -6 -1 -5 -6 -5 -6 5 2 -5 3 -2 -6 -4 -3 -5 -3 4 5 0 0 0 1 0 0 1 0 39 16 0 7 1 0 1 1 0 1 28 1.04 1.61 57 K -3 -1 0 -5 -5 0 -2 -5 -1 -3 3 5 1 -2 -5 -3 -4 -5 2 -3 1 2 5 0 0 3 2 0 1 0 33 40 4 1 0 1 0 0 7 0 0.82 1.61 58 T -3 -4 -3 -4 -4 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -1 8 -6 -5 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 1 0 1 94 0 0 0 1.94 1.58 59 I -2 -5 -6 -4 -3 -4 -1 -6 -6 5 0 -4 0 -2 -6 -4 -3 -6 -4 5 3 0 0 1 0 0 4 0 0 36 7 1 2 1 0 0 1 0 0 43 1.10 1.58 60 Q -2 -3 -4 -5 -3 2 -1 -6 -3 3 4 -1 4 -2 -5 -4 -3 -3 -2 -1 3 1 1 0 0 8 5 0 0 18 44 4 9 1 0 1 1 0 1 2 0.72 1.59 61 G -1 5 4 -3 -3 -1 -3 -1 2 -4 -5 0 -4 -5 -5 0 2 -6 -4 -4 5 35 23 0 1 2 0 4 5 1 0 5 0 0 0 6 12 0 0 1 0.84 1.59 62 E -2 -2 -3 -1 -6 5 7 -4 -2 -6 -5 -1 -3 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 2 1 0 1 0 22 66 0 0 0 1 2 0 0 0 2 1 0 0 0 1.48 1.57 63 E -4 6 -3 -3 -6 0 0 -4 -3 -6 -5 5 -2 -6 -5 -2 -3 -6 -5 -5 0 46 1 0 0 3 6 1 0 0 0 40 1 0 0 1 0 0 0 0 1.40 1.49 64 G 4 -1 2 -3 -4 -2 -2 3 -4 -4 -4 1 -2 -5 -4 2 -2 -5 -5 -4 38 3 9 0 0 1 1 20 0 0 1 7 1 0 0 17 1 0 0 0 0.66 1.23 65 D -3 -2 5 3 -5 -2 2 -3 -2 -5 -5 3 -4 -5 -4 3 -2 -6 -4 -5 0 0 29 15 0 0 14 0 0 0 0 21 0 0 0 20 0 0 0 0 0.84 1.00 K Lambda Standard Ungapped 0.1308 0.3108 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2034 0.3183 PSI Gapped 0.0623 0.2670