Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 E -3 -2 -2 1 -6 1 7 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 0 0 5 0 3 91 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.63 0.89 2 R -4 7 -3 -4 -6 3 -2 -4 -2 -3 -4 0 0 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -3 0 76 0 0 0 11 0 1 1 1 1 3 2 0 0 1 1 0 0 2 1.60 1.35 3 V -3 -4 -3 1 -5 -2 5 -5 -4 3 -2 -2 -2 -4 -5 -3 -3 -6 -5 3 0 0 0 8 0 0 48 0 0 17 3 1 0 0 0 1 1 0 0 20 0.93 1.38 4 V -4 -5 -5 -5 -3 -4 -4 -6 2 -1 -1 -4 3 1 -6 -4 -4 -1 9 0 1 0 0 1 1 0 1 0 3 3 4 1 9 3 0 0 0 0 68 8 1.70 1.42 5 T -2 -3 -1 -4 -4 -4 -4 -5 -5 -1 -4 -4 -2 -5 -4 -1 7 -6 -5 2 1 1 3 0 0 0 0 0 0 3 0 0 1 0 0 2 78 0 0 12 1.48 1.44 6 I -4 -6 -5 -6 -4 -6 -6 -7 -6 7 -1 -6 -2 -3 -6 -5 -3 -6 -4 4 0 0 1 0 0 0 0 0 0 75 3 0 0 0 0 0 0 0 0 22 1.68 1.45 7 P -4 -1 7 -2 -6 -3 -3 -4 5 -5 -6 -3 -5 -6 5 0 -2 -6 -3 -6 0 2 50 1 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 26 6 1 0 0 0 1.42 1.45 8 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 5 5 -5 2 -1 -6 -4 -3 -5 -4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31 61 0 4 1 0 1 1 0 0 1 1.28 1.45 9 R -3 5 -2 -3 -6 -2 -3 -1 8 -6 -6 0 -4 -5 -5 -1 -3 -2 -2 -6 2 33 1 1 0 0 0 6 44 0 0 6 0 0 0 5 1 1 0 0 1.49 1.50 10 D -2 3 -1 2 -6 -2 -1 -2 -2 -5 -6 7 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 2 13 2 11 0 0 3 2 1 0 0 64 0 0 0 1 1 0 0 0 1.28 1.51 11 A 1 3 -5 -5 2 -4 -4 -4 1 4 0 -3 -1 -3 -3 -2 -1 -5 -2 3 14 15 0 0 4 0 1 1 4 22 8 1 1 1 1 2 3 0 1 22 0.52 1.51 12 R -3 0 -2 -4 -3 -1 -2 -5 5 2 1 3 -2 -1 -4 -2 0 2 2 0 1 5 1 0 0 3 2 0 16 13 12 18 1 3 1 2 7 2 7 6 0.44 1.51 13 A 0 1 -2 -1 -3 -1 -1 2 7 -3 -2 2 -1 -2 -4 -1 -2 1 -1 -4 6 7 2 3 1 2 3 16 28 1 4 13 2 2 1 4 2 2 2 1 0.61 1.50 14 E 1 -3 -2 -3 -3 -3 -3 4 -4 -1 -2 0 -1 -4 -5 0 -2 -5 0 4 10 1 1 1 0 1 1 30 0 2 2 6 2 0 0 9 1 0 3 29 0.56 1.48 15 P -1 0 -4 -3 2 -2 -2 2 -5 -2 -4 0 1 -5 5 1 -1 -6 -5 1 5 6 0 1 4 2 2 17 0 3 0 5 4 0 25 12 3 0 0 12 0.53 1.48 16 N -2 4 -1 -2 -1 -2 -3 1 -3 -4 -3 1 -4 5 -3 1 0 0 -2 -2 2 23 3 3 2 1 1 11 0 1 2 7 0 23 1 10 7 1 1 2 0.49 1.48 17 H -4 -1 -1 -4 -5 1 -3 -4 1 -4 -4 4 -2 5 -2 -1 1 6 1 -4 0 3 3 0 0 6 1 1 4 0 0 26 1 25 2 5 9 10 4 1 0.75 1.46 18 K -4 3 0 -2 -6 0 0 -4 -1 -3 -4 7 -4 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -5 0 12 4 1 0 3 5 1 1 1 1 68 0 0 0 1 1 0 0 0 1.32 1.44 19 R -3 7 -3 -4 -2 -1 -3 -4 2 -6 -5 3 -4 -5 -5 -3 -4 1 -3 -5 2 69 0 0 1 1 0 1 5 0 1 17 0 0 0 0 0 2 0 0 1.57 1.45 20 A 6 -3 -4 -2 1 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -2 -4 -3 -3 1 -1 -6 -5 -2 75 1 0 2 3 0 0 2 1 0 0 1 0 1 0 8 3 0 0 2 1.16 1.47 21 D -2 -2 -1 1 -3 -4 -2 -1 -2 -5 -5 1 -4 -6 7 -1 -3 -7 -6 -4 3 2 3 9 1 0 1 5 1 0 1 11 0 0 59 4 1 0 0 1 1.42 1.47 22 K -2 6 -3 -4 -2 2 -3 -4 0 -3 -3 3 -3 -4 -2 -2 -1 3 -1 -3 2 48 0 0 1 7 0 1 2 2 2 16 0 1 2 2 4 5 2 2 0.93 1.46 23 A 7 -3 -4 -5 -1 -3 -2 -1 -5 -4 -4 -3 -4 -5 -3 -1 -2 -6 -5 -2 87 1 0 0 1 1 1 3 0 0 1 1 0 0 1 2 1 0 0 1 1.45 1.44 24 M -1 -4 -6 -6 -1 -5 -6 -5 -2 5 3 -5 4 -1 -4 -5 -2 -5 -4 4 4 0 0 0 1 0 0 1 1 29 26 0 10 2 0 0 2 0 0 25 0.90 1.45 25 I -2 3 0 -1 -6 -1 -1 -3 -2 -4 -5 6 -3 -4 -4 0 -2 -6 -3 -5 3 16 4 3 0 2 2 1 1 1 0 58 0 0 0 7 2 0 1 0 1.09 1.46 26 L -1 -1 -2 -1 -3 -1 5 -4 -1 0 0 0 2 -1 -5 -2 -3 -5 1 -1 6 3 2 2 0 1 43 1 1 6 11 5 6 3 0 2 1 0 5 3 0.56 1.46 27 I -4 -6 -3 -6 -4 -6 -6 -7 -6 7 1 -5 -2 -1 -6 -4 -2 -5 -4 3 0 0 1 0 0 0 0 0 0 68 11 0 0 1 0 1 2 0 0 16 1.42 1.44 28 R -4 6 -2 -4 -6 2 -3 -4 -3 -4 -4 4 -4 -5 -2 -4 -3 4 -4 -2 0 51 1 0 0 10 0 0 0 1 1 24 0 0 2 0 1 7 0 3 1.26 1.44 29 E 0 1 -1 0 -6 1 3 -2 -3 -3 -4 6 -3 -3 -4 -1 -2 -6 -3 -5 6 7 2 4 0 4 17 2 0 1 1 48 0 1 0 4 1 0 1 0 0.82 1.44 30 H -3 -4 -4 -6 -3 -3 -3 -6 2 0 -1 -3 -1 8 -6 -3 -3 0 3 -3 2 1 1 0 1 1 2 0 6 4 3 1 1 64 0 2 1 1 8 1 1.46 1.49 31 L 5 -5 -5 -4 -2 -4 -4 -4 -5 2 1 -4 -1 -2 -4 -1 -2 -5 -4 2 49 0 0 1 1 0 0 0 0 9 15 0 1 1 0 3 2 0 0 17 0.78 1.43 32 A 2 0 -4 -4 -4 3 0 -3 -1 -1 -2 1 6 -3 -4 0 0 -5 -3 -1 20 4 0 0 0 12 5 2 1 4 2 7 23 1 0 8 7 0 1 4 0.52 1.43 33 K -3 4 -2 -4 -6 1 -1 -4 1 -4 -3 6 -2 -5 -4 -3 -2 -5 -4 -4 1 25 1 0 0 5 2 0 3 1 2 56 1 0 0 1 1 0 0 1 1.22 1.43 34 H 0 -2 -2 -1 -2 1 3 -4 8 -3 -3 0 0 -2 -4 -2 0 -5 0 -3 9 1 1 2 1 5 20 1 36 1 3 4 3 2 0 1 5 0 2 2 0.86 1.40 35 F -1 -3 -3 -5 -4 -3 -5 -4 -4 -1 0 -3 9 3 -5 -4 0 -4 0 -2 5 1 1 0 0 0 0 1 0 1 6 2 59 13 0 0 7 0 2 1 1.43 1.42 36 S -2 1 -1 -3 -5 -2 -1 5 -1 -4 -4 5 0 -4 -4 -2 -4 -3 -5 -5 2 6 2 1 0 1 3 40 2 1 1 35 3 1 0 3 0 0 0 0 0.93 1.43 37 V 1 -4 -3 -2 -1 -3 -3 -2 -4 -1 -2 -3 -1 -3 -4 0 6 -1 -3 2 10 0 0 2 1 1 1 3 0 3 2 1 1 1 0 6 49 1 1 17 0.76 1.38 38 D -2 -1 0 2 -4 -1 3 -2 -3 -4 -4 2 -4 -4 4 -1 1 -4 -4 -4 3 4 4 13 0 2 20 3 0 1 2 13 0 0 23 3 8 0 0 1 0.59 1.29 39 E 0 -1 0 1 -2 0 3 -1 -1 -1 -1 0 -1 -2 2 -1 1 -2 -2 -1 6 3 4 8 1 4 19 5 1 4 6 4 2 2 11 5 8 1 2 4 0.18 0.77 40 D -1 -1 0 2 -1 -1 2 0 1 0 -1 0 0 -1 0 0 -1 -2 0 0 5 4 4 13 1 2 12 7 3 5 7 5 2 2 5 9 4 1 3 7 0.08 0.72 41 A -1 -1 1 6 -1 -1 0 -2 0 -3 -3 1 -2 -4 -2 -1 -3 -4 -2 -2 6 3 7 45 1 2 4 2 2 2 3 11 1 0 1 4 1 0 2 3 0.69 1.18 42 V -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 3 -1 -5 2 -3 -5 -4 -3 -5 -4 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 3 0 5 0 0 0 0 0 0 72 1.35 1.27 43 R -3 6 -2 -4 3 -1 -3 -2 2 1 -2 2 -2 -4 -5 -3 -2 3 -2 -1 1 41 2 0 6 2 0 2 6 8 3 14 1 0 0 1 2 4 1 4 0.76 1.36 44 L -4 -5 -2 -5 -4 -5 -1 -6 -5 6 2 -5 1 -1 -2 -2 0 -5 -4 1 0 0 2 0 0 0 4 0 0 53 18 0 2 3 2 2 5 0 0 8 0.93 1.31 45 D -3 -2 1 7 -6 -1 0 -2 0 -5 -4 -3 -2 -5 -4 -1 -1 -6 -2 -5 2 1 6 67 0 1 4 3 2 0 2 0 1 0 0 4 4 0 1 0 1.30 1.29 46 P -1 -2 0 -1 -4 0 -1 -3 -2 -2 -3 -1 0 -5 4 -1 5 -5 -4 1 4 1 5 3 0 3 4 1 1 2 1 4 2 0 19 3 36 0 0 9 0.60 1.28 47 S -2 5 -1 2 -5 0 0 -2 -1 -5 -3 2 0 -1 -2 1 -1 0 -2 -3 2 36 2 12 0 2 6 3 1 0 2 11 3 3 1 9 3 1 1 1 0.57 1.30 48 I -3 -4 -5 -5 3 -4 -5 -5 -5 1 4 -4 -1 1 1 -4 0 5 -2 1 0 0 0 0 6 0 0 0 0 7 51 0 0 6 6 0 6 7 0 10 0.71 0.83 49 N -1 -2 6 1 -4 -2 -2 -3 2 -4 -2 0 -3 -4 -4 0 2 -4 1 -4 6 0 48 6 0 0 0 0 6 0 6 6 0 0 0 6 12 0 6 0 0.75 0.83 50 E -2 0 0 -2 -6 1 2 -4 2 -3 -4 6 -2 -6 -4 -1 -1 -6 -4 -3 2 4 4 1 0 5 15 0 4 2 1 52 1 0 0 4 3 0 0 1 0.88 1.29 51 A 4 -1 -3 -3 -2 0 0 -4 2 -2 -2 1 -2 1 -3 0 -1 -4 2 -1 38 2 1 1 1 3 7 0 5 1 3 9 1 7 1 5 3 0 8 4 0.42 1.29 52 A -2 -5 -6 -3 -4 -5 -5 -6 -6 5 1 -5 1 -1 -5 -5 -3 -5 -4 5 3 0 0 2 0 0 0 0 0 37 11 0 2 2 0 0 0 0 0 43 1.10 1.29 53 W -5 -3 -6 -6 -1 -2 -5 -3 -1 -5 -4 -5 -4 0 -3 -2 -2 12 1 -5 0 1 0 0 2 1 0 2 1 0 0 0 0 3 1 4 3 79 2 0 3.03 1.29 54 A 4 -2 -2 -2 -1 -1 1 -2 -1 -3 -4 1 -1 -5 -4 3 -1 -5 -2 -2 35 1 2 1 1 2 9 1 1 1 1 9 2 0 0 26 3 0 2 2 0.54 1.28 55 R -3 5 2 -2 -2 1 -1 -3 1 -5 -4 5 -2 -3 -4 -2 -2 -5 -3 -5 1 31 10 1 1 5 1 1 4 0 1 38 1 1 0 1 2 0 1 0 0.94 1.29 56 G -2 -3 -3 -4 -5 -4 -3 7 -4 -6 -6 -2 -5 -6 -3 0 -4 -5 -2 -3 1 1 0 0 0 0 1 82 0 0 0 2 0 0 1 7 0 0 1 2 1.60 1.26 57 R -3 2 -2 -4 -1 -3 -5 -5 -5 6 -1 -1 1 -2 -3 -3 -2 -5 -2 2 1 13 3 1 1 1 0 1 0 54 1 3 3 1 1 2 1 0 1 12 0.88 1.31 58 A -3 6 -1 0 -6 1 1 -3 0 -5 -5 3 -1 -3 -4 -1 -2 -1 -3 -5 1 43 3 6 0 6 10 1 2 0 0 18 1 1 0 4 1 1 1 0 0.89 1.34 59 N -3 -2 6 -1 0 -2 -3 0 3 -4 -4 4 -1 -5 -4 0 -2 -6 -3 -5 1 1 41 2 2 1 0 8 6 1 1 25 2 0 0 7 2 0 1 0 0.90 1.37 60 T -2 -5 -5 -2 -2 -5 -3 -3 -5 3 -1 -3 -3 -2 5 -2 -2 -6 -4 5 2 0 0 2 1 0 1 2 0 14 3 1 0 1 26 2 2 0 0 43 0.93 1.37 61 P -3 -3 -4 -3 -5 -3 -3 -5 -5 -2 -3 -4 -3 -6 8 -3 -2 0 -5 -2 2 1 1 1 0 1 1 0 0 2 3 0 1 0 81 1 2 2 0 3 2.16 1.37 62 S -1 4 0 -4 1 -3 -4 -2 2 -2 -3 -1 -4 1 -3 1 -1 -3 6 -3 4 22 4 0 3 0 0 3 5 2 1 2 0 5 1 13 3 0 31 2 0.71 1.37 63 K -3 6 -3 -4 2 0 -2 -4 3 -6 -4 4 -4 -4 -2 -1 -3 -5 -1 -5 0 52 0 0 5 3 0 1 7 0 1 21 0 0 2 4 0 0 2 0 1.15 1.37 64 I -3 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 1 -5 1 -1 -6 -5 -1 -5 -2 4 1 1 0 0 0 0 0 0 0 54 13 0 2 2 0 0 3 0 1 25 1.19 1.37 65 R -4 7 -3 -3 1 0 -3 -5 3 -3 -4 1 -4 -5 -3 -2 -1 0 -4 -3 0 65 0 1 3 3 1 0 8 1 1 5 0 0 1 3 4 2 0 2 1.29 1.39 66 V -2 -5 -6 -6 -4 -5 -4 -6 -6 2 0 -3 1 -4 -5 -4 -3 -6 -4 7 3 0 0 0 0 0 1 0 0 8 5 2 2 0 0 0 0 0 0 80 1.41 1.35 67 R -2 6 -3 -3 -2 2 -2 -4 0 -3 -4 3 -1 -5 -4 -3 -3 4 -2 -1 2 49 0 1 1 10 2 0 3 1 1 16 1 0 0 1 0 5 1 6 0.98 1.34 68 A 1 -5 -6 -6 0 -5 -5 -3 -5 2 4 -5 2 -1 -4 -3 -3 -2 -4 3 14 0 0 0 2 0 0 2 0 12 44 0 4 2 0 1 1 0 0 18 0.73 1.36 69 A 2 -3 -1 -3 -1 0 1 -3 -2 0 -4 -1 0 -2 -2 5 0 -5 -4 0 14 1 3 1 1 3 8 1 1 6 1 2 2 2 1 42 5 0 0 7 0.52 1.39 70 R -4 7 -3 -4 -6 -2 -2 -4 -3 -4 -4 4 -2 -2 -5 -3 -4 -5 -3 -3 0 64 0 0 0 0 1 0 0 1 1 27 1 2 0 1 0 0 1 2 1.51 1.39 71 F -3 -1 -1 0 -5 -1 -1 -5 -2 1 -1 6 -2 3 -4 -3 -2 -5 -1 -3 1 2 3 6 0 1 4 0 1 8 6 50 1 12 0 1 2 0 1 1 0.77 1.37 72 E -2 5 -2 2 2 1 2 -2 2 -4 -4 -1 -4 -5 -1 -1 -2 -3 -3 -2 3 35 1 12 5 4 15 4 5 1 1 2 0 0 2 5 1 0 1 3 0.63 1.39 73 E -3 -2 6 3 -6 -1 4 -3 -1 -4 -5 0 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 1 1 44 16 0 1 25 1 1 1 1 4 0 0 0 2 0 0 0 1 1.14 1.38 74 E -2 -3 -2 4 -6 -1 5 2 -3 -6 -4 1 -5 -6 -4 -2 -2 -6 -5 -5 2 0 0 27 0 1 44 14 0 0 1 7 0 0 0 1 2 0 0 0 1.04 1.36 75 G -3 -3 1 6 -5 -2 1 3 -3 -4 -4 -1 -5 -5 -3 -2 1 -6 -5 -3 1 1 5 40 0 1 9 22 0 1 2 4 0 0 1 2 9 0 0 2 0.81 1.31 76 E -3 -2 -2 0 -5 -1 6 -4 -3 -2 -4 0 -4 -4 -4 -1 0 -4 1 0 1 1 1 4 0 0 64 0 0 2 1 5 0 0 0 4 5 0 5 6 1.03 1.27 77 A 1 0 -2 0 -4 -1 3 1 -3 -2 -1 -1 -3 -4 -1 0 -1 -4 -4 2 14 5 1 4 0 1 20 12 0 1 6 3 0 0 3 8 3 0 0 18 0.26 1.09 78 I 2 -1 -4 -4 -2 1 -2 -3 -4 2 0 0 -2 -3 -4 -1 -1 -5 -3 4 16 3 0 0 1 7 2 1 0 12 9 5 0 0 0 4 4 0 1 34 0.42 1.00 79 V 1 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -5 -5 2 -2 1 -2 -3 -3 -2 0 -5 -2 5 11 1 0 1 0 0 0 0 0 12 0 11 0 0 1 2 6 0 2 54 0.72 0.97 80 E -3 0 -2 -1 -5 2 7 -4 -2 -4 -1 1 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 3 0 0 0 7 76 0 0 0 9 6 0 0 0 0 0 0 0 0 1.21 0.85 81 A 5 -3 -3 0 -2 -3 -2 -2 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -3 0 -2 -4 -1 2 74 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 3 14 0.78 0.63 82 E -2 -2 -2 1 -5 2 7 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 5 0 4 90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.36 0.58 K Lambda Standard Ungapped 0.1300 0.3164 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1984 0.3173 PSI Gapped 0.0607 0.2670