Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 H -4 5 2 -4 -6 4 -2 -5 7 -6 -5 -2 -4 -3 -5 -3 -4 -4 4 -5 0 31 8 0 0 18 0 0 30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 1.31 1.33 2 C -3 -7 -6 -7 12 -6 -7 -6 -6 -4 -4 -6 -5 -6 -6 -4 -4 -6 -6 -4 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.59 1.60 3 P -3 3 2 2 -4 -1 -2 1 -1 -5 -5 -2 -4 -5 2 2 3 -3 -3 -4 1 15 11 11 0 2 1 10 1 0 0 2 0 0 9 17 16 0 1 1 0.50 1.65 4 C -4 -5 -6 -7 12 -4 -4 -5 -6 -4 -5 -6 -5 -6 -6 -4 -4 -6 -4 -4 0 1 0 0 96 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 3.41 1.65 5 S -2 -4 1 -1 -2 -3 -3 -2 -3 -6 -6 -3 -5 -6 -4 7 0 -6 -5 -4 0 0 7 3 1 0 1 2 0 0 0 1 0 0 0 81 5 0 0 0 1.49 1.68 6 K -2 6 -4 -3 -6 1 0 -5 -1 -4 -3 4 -3 -2 -3 -3 -3 -2 -1 -5 3 48 0 1 0 4 6 0 2 1 2 26 0 2 1 1 1 1 2 0 1.12 1.71 7 E -1 -2 -2 3 -6 1 6 -3 -2 -5 -5 0 -5 -6 -3 -2 -3 -6 -4 -5 6 1 1 16 0 6 59 1 1 0 0 4 0 0 1 2 1 0 0 0 1.20 1.70 8 R -3 7 -1 -4 -6 -2 -3 -3 -1 -5 -3 4 -2 -5 -5 -3 -3 -4 -2 -5 1 56 2 0 0 1 0 1 2 0 2 28 1 0 0 1 1 0 1 0 1.40 1.70 9 F -1 -5 -4 -6 3 -5 -5 -5 -5 3 0 -5 3 4 -6 0 0 -5 0 4 6 0 0 0 6 0 0 1 0 13 6 0 7 15 0 8 5 0 3 30 0.68 1.69 10 E 2 1 -3 -2 -5 -2 4 1 -3 -2 0 1 0 -1 -5 0 -2 -6 -2 -2 19 7 0 1 0 1 24 9 0 3 11 8 2 2 0 5 2 0 2 3 0.34 1.71 11 T 1 2 3 1 -5 1 1 1 -2 -5 -5 1 -3 -4 -2 1 0 -6 -4 -4 13 11 13 8 0 7 10 11 1 0 0 8 1 1 2 9 5 0 0 1 0.36 1.71 12 A 4 -2 -3 -4 -4 -4 -4 -2 -2 0 -1 -3 5 -3 -5 1 0 -6 -2 1 40 2 1 1 0 0 0 3 1 5 4 1 15 1 0 10 6 0 1 10 0.65 1.71 13 I -4 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 3 6 -6 1 -2 -6 -5 -3 -5 -4 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 14 77 0 2 1 0 0 1 0 0 4 1.45 1.69 14 L 1 2 -3 -3 -2 0 -1 -4 -2 3 1 2 1 -2 -4 0 -1 -6 -1 1 12 9 1 1 1 4 4 1 1 15 12 12 4 1 0 8 3 0 2 7 0.24 1.71 15 G 0 -2 0 -3 -3 0 -3 1 -2 -1 0 -3 2 -3 -3 4 2 -6 -3 -3 7 2 4 1 0 5 0 9 1 4 8 1 6 1 1 34 14 0 1 1 0.47 1.71 16 L -3 -6 -6 -7 -3 -4 -6 -7 -6 3 5 -6 3 3 -6 -5 -3 -4 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 14 56 0 6 12 0 0 1 0 3 6 1.10 1.71 17 G -2 -4 -1 -1 -4 -2 -2 6 -3 -6 -5 -3 -3 -6 3 2 -1 -6 -4 -6 2 1 2 4 0 1 2 52 1 0 1 1 1 0 15 13 3 0 1 0 1.03 1.68 18 K 1 3 -2 0 -4 2 2 -2 -2 -3 -3 3 -2 -6 0 -1 0 -6 -3 -1 13 16 2 5 0 7 14 2 1 1 2 18 1 0 6 3 5 0 1 4 0.38 1.69 19 K 1 -2 -1 3 -6 2 4 -3 0 -5 -4 2 -5 -6 -3 -1 -1 -6 -4 -4 13 1 2 16 0 8 31 1 2 0 2 13 0 0 1 4 3 0 1 1 0.65 1.69 20 E -2 -3 -2 4 -6 1 6 -4 -3 -5 -5 -3 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -4 3 0 1 21 0 4 63 1 0 1 1 0 0 0 1 2 1 0 0 1 1.38 1.67 21 I -1 0 -5 -3 -2 -2 -3 -6 -4 4 4 -3 -1 -2 -4 -4 -4 -5 -3 2 5 6 0 2 1 2 1 0 0 21 41 2 1 1 1 1 0 0 0 14 0.72 1.67 22 Q 0 2 0 2 -4 3 3 -3 -1 -3 -1 2 -1 -4 -4 -1 -2 -2 -2 -3 9 9 5 10 0 14 21 2 2 1 6 10 2 1 0 3 2 1 1 1 0.39 1.67 23 D 1 -2 -1 4 -6 2 4 -2 1 -6 -4 0 -2 -4 -4 1 -2 -6 -2 -5 10 1 2 21 0 7 28 3 4 0 1 6 1 1 0 12 2 0 2 0 0.62 1.68 24 M -1 -5 -5 -4 -4 -3 -2 -6 -2 4 2 -5 7 -3 -5 -2 -1 -5 -3 0 5 0 0 1 0 1 3 0 1 25 19 0 34 1 0 3 3 0 1 3 1.03 1.66 25 I -1 -2 -5 -6 -2 -4 -4 -5 -4 5 3 -2 0 0 -4 -2 -1 -5 -1 2 6 2 0 0 1 1 1 1 0 29 30 3 1 4 1 3 3 0 2 12 0.65 1.66 26 E 2 -1 0 3 -5 1 3 -2 -1 -3 -3 1 -3 -4 -3 -1 0 -5 -5 -2 18 3 4 16 0 5 23 2 1 1 3 8 1 0 1 4 7 0 0 2 0.43 1.62 27 E -2 -2 0 3 -6 1 6 -4 -1 -5 -4 1 -4 -4 -2 -2 -2 -6 -5 -4 3 1 4 14 0 4 52 1 1 1 1 9 0 1 2 3 3 0 0 1 0.98 1.66 28 D -3 -1 2 5 -6 3 2 1 0 -5 -5 -1 -3 -5 -4 -2 -3 -6 -4 -4 1 4 10 34 0 15 13 11 2 1 1 4 1 0 1 1 1 0 1 1 0.79 1.66 29 G -3 -3 0 -1 -6 -1 2 6 3 -6 -6 2 -5 -5 -1 -3 -3 -6 -5 -6 1 1 3 3 0 2 12 53 6 0 0 13 0 1 3 1 1 0 0 0 1.04 1.68 30 Q -1 0 0 0 -3 2 1 2 -1 -2 -4 2 -2 -3 1 0 0 -6 -2 -1 4 4 4 5 0 9 10 17 1 2 2 14 1 1 8 6 6 0 1 4 0.26 1.69 31 A 3 -5 -6 -6 -1 -4 -3 -4 -6 5 0 -5 -1 -2 -4 -3 -1 -6 -4 3 22 0 0 0 1 1 2 1 0 36 9 0 1 1 1 0 4 0 0 21 0.85 1.69 32 E -2 -1 -2 1 -3 0 6 -3 0 -4 -4 -1 -3 -6 -4 0 1 -6 -4 -1 3 2 1 7 1 3 55 2 2 1 1 3 0 0 0 6 8 0 0 5 0.93 1.69 33 A 1 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 4 1 -5 4 -2 -4 -4 -1 -6 -4 5 14 0 0 0 0 0 0 0 0 19 11 0 11 1 1 1 3 0 0 39 0.94 1.71 34 V -2 1 1 2 0 0 -1 -2 4 -1 -4 0 -2 -4 -5 -1 3 -6 -3 2 2 7 5 12 2 4 4 3 8 2 1 5 1 0 0 4 21 0 1 17 0.39 1.62 35 C -4 -7 -3 -1 11 -6 -6 -3 -6 -4 -5 -6 -5 -6 -6 -3 -4 -6 -6 -4 0 0 1 5 92 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 3.19 1.62 36 H -4 0 0 3 -6 4 4 -3 7 -5 -5 -1 -5 -5 -3 -2 -4 -6 -3 -5 1 4 4 14 0 18 23 1 27 0 1 3 0 0 1 2 0 0 0 0 1.02 1.62 37 F -5 -3 -2 -6 -1 -6 -6 -5 -2 -2 -2 -6 -1 8 -7 -5 -4 2 5 -3 0 1 2 0 2 0 0 0 1 2 2 0 1 70 0 0 0 3 15 1 1.86 1.62 38 C -3 -6 -4 -6 11 -6 -7 -6 -6 -4 -4 -6 -5 -6 -6 -2 -2 -6 -6 -4 1 0 1 0 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 3.30 1.62 39 N -2 0 5 -1 -4 -2 -2 4 1 -6 -4 -1 -4 -6 -5 1 -3 -6 -4 -5 2 4 33 3 0 2 2 35 3 0 2 4 0 0 0 9 1 0 0 0 0.93 1.63 40 E 0 1 0 -2 -3 2 2 -5 1 -5 -5 4 -3 -3 -4 1 3 -6 -4 -3 8 8 5 1 1 7 14 0 3 0 0 22 0 1 0 9 18 0 0 1 0.53 1.63 41 K -1 2 0 -1 -3 1 1 -3 5 -2 -4 4 -3 -4 -2 -1 1 -6 -3 1 4 11 3 4 1 5 7 1 13 2 1 22 1 1 1 4 8 0 1 10 0.44 1.64 42 Y -5 -3 -5 -6 -6 -4 -4 -6 1 -3 -3 -4 -3 1 -6 -5 -4 0 9 -4 0 1 0 0 0 0 1 0 2 1 1 1 0 3 0 0 0 1 88 0 2.45 1.64 43 L -2 3 0 -1 -3 2 1 -4 4 -2 -1 0 -3 -1 -4 0 1 -2 -1 1 3 16 5 4 0 9 8 1 11 3 6 4 0 3 1 7 8 1 2 9 0.30 1.65 44 F -3 -6 -6 -7 -5 -6 -6 -6 -3 1 0 -5 -2 8 -7 -5 -4 -2 3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 7 6 0 1 73 0 0 0 0 7 2 1.87 1.63 45 T -2 -3 2 5 -5 -2 0 -2 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -1 3 3 -6 -5 -4 2 1 9 29 0 1 4 2 1 0 1 3 0 0 3 21 21 0 0 1 0.76 1.63 46 K 2 2 -3 -2 -4 0 3 -2 -1 -2 -3 2 -3 -5 3 -1 -2 -6 -3 -1 16 11 1 2 0 4 16 2 1 2 2 14 0 0 17 5 2 0 1 4 0.44 1.65 47 E 1 -3 0 3 -4 1 4 -2 -2 -1 -4 0 -3 -4 -2 -1 -1 -6 -5 0 13 1 4 15 0 7 29 2 1 3 1 6 1 1 2 4 3 0 0 8 0.48 1.65 48 E -2 -3 -2 6 -6 1 5 -4 -1 -5 -6 -2 -4 -6 -4 -2 -2 -6 -5 -5 4 1 1 39 0 5 42 0 1 1 0 1 0 0 0 1 2 0 0 0 1.28 1.67 49 L -1 -6 -6 -7 0 -5 -6 -6 -6 4 5 -6 0 0 -6 -5 -3 -5 -4 2 4 0 0 0 2 0 0 0 0 26 48 0 1 3 0 0 1 0 0 15 1.06 1.64 50 E 2 1 0 1 -4 2 4 -2 -2 -4 -2 3 -2 -5 -4 -1 -1 -6 -4 -3 16 8 4 6 0 8 23 3 1 1 3 16 1 0 0 4 4 0 0 1 0.44 1.65 51 G 2 0 0 0 -5 3 3 0 0 -4 -4 1 -3 -6 -4 0 0 -4 -4 -3 18 4 4 6 0 13 19 8 2 1 1 10 1 0 0 7 5 0 0 2 0.41 1.65 52 L -3 -4 -6 -7 -2 -5 -5 -7 -6 4 5 -4 3 -1 -6 -5 -4 -2 -2 -1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 25 60 1 5 2 0 0 0 1 1 2 1.20 1.61 53 R -3 -1 -4 -4 -5 -4 -4 -6 -2 3 3 0 0 5 -6 -4 -4 -2 1 -1 2 4 1 1 0 1 1 0 1 18 29 7 1 27 0 0 0 0 4 2 0.78 1.60 54 D 1 -1 3 3 -5 1 3 -1 -1 -4 -5 1 -4 -6 -4 0 -1 -6 -4 -4 12 3 13 16 0 7 22 4 1 1 1 10 0 0 0 6 4 0 0 1 0.53 1.55 55 Q -3 2 0 0 -6 4 5 -3 0 -6 -5 3 -5 -6 -2 -1 -2 -6 -5 -5 1 9 5 3 0 16 37 2 2 0 0 18 0 0 2 4 1 0 0 0 0.86 1.50 56 T 5 -2 -1 -3 -2 -2 -1 -2 0 -3 -2 -1 -1 -5 0 3 1 -6 -4 -3 45 1 2 1 0 2 4 1 2 1 3 3 1 0 4 22 8 0 0 0 0.64 1.36 57 T -2 -3 2 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -4 4 6 -5 -4 -3 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 36 56 0 0 0 1.23 1.15 K Lambda Standard Ungapped 0.1356 0.3177 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1964 0.3179 PSI Gapped 0.0601 0.2670