Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -3 -3 -4 -5 -3 -2 -4 -5 -3 0 0 -3 9 -2 -4 -3 -2 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 3 1.74 0.69 2 D -2 0 0 5 -4 -1 3 -2 -3 -5 -5 -1 -4 -5 -2 2 2 -5 -4 -4 0 4 3 39 0 0 22 2 0 0 0 3 0 0 2 14 12 0 0 0 0.76 0.76 3 F -2 -3 -3 1 -4 0 -3 -2 -3 -1 -2 -1 5 4 -2 1 2 -3 0 -2 1 0 0 8 0 4 0 2 0 1 0 4 23 21 2 12 16 0 3 1 0.48 0.83 4 R -3 4 3 0 -4 0 0 -4 -2 0 0 1 -3 -1 -1 0 -1 0 1 -2 0 22 18 5 0 2 5 0 0 5 10 10 0 2 2 5 4 1 5 2 0.31 0.83 5 E -1 0 1 4 -5 4 4 -4 -2 -5 -4 2 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -2 -3 4 3 5 21 0 17 30 0 0 0 1 15 0 0 0 0 1 0 1 1 0.76 1.00 6 V 0 -2 -1 2 -4 1 4 -4 -3 -1 0 2 0 -3 -4 0 -1 -5 -4 -1 10 1 2 10 0 6 30 0 0 4 9 11 2 1 0 6 4 0 0 5 0.37 1.03 7 I -4 -5 -3 1 0 -4 -4 -5 -4 3 2 -3 4 5 -5 -4 -3 1 0 -1 0 0 1 8 2 0 1 0 0 19 22 1 11 29 0 0 1 2 2 2 0.76 1.10 8 E 0 1 -1 -1 -5 2 3 -2 3 -1 -2 3 -1 -4 -4 -3 -2 -5 -1 1 8 6 2 3 0 7 25 2 9 3 3 18 2 0 0 0 1 0 3 10 0.42 1.10 9 Q 1 -1 1 2 -5 3 4 -3 -2 -5 -3 3 -4 -5 -2 0 -2 -2 -4 -3 11 2 7 12 0 12 24 1 1 0 2 17 0 0 1 6 2 1 0 2 0.53 1.11 10 R -2 4 1 0 -5 4 1 -4 2 -2 -2 2 -1 -5 -4 0 -1 -5 0 -4 3 20 6 4 0 23 6 0 5 2 4 13 1 0 0 7 2 0 3 0 0.54 1.13 11 Y -4 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -6 -1 -4 -3 -4 -3 1 -5 -4 -4 0 9 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 2.57 1.14 12 H 0 4 -3 -3 -5 0 -1 -4 0 -2 -1 4 -2 2 -4 -1 -1 -4 0 0 9 21 0 1 0 3 3 0 2 1 6 27 1 10 0 3 4 0 3 7 0.46 1.14 13 Q 1 1 1 3 -5 2 3 -2 0 -5 -5 2 -4 -6 0 -2 -1 -6 -4 -5 12 8 5 19 0 11 21 3 2 0 0 11 0 0 5 1 2 0 0 0 0.54 1.14 14 L 1 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -5 5 4 -5 3 -1 -5 -4 -3 -4 -4 -1 15 0 0 0 0 0 0 0 0 32 45 0 6 1 0 0 0 0 0 1 0.94 1.15 15 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 2 6 -5 2 -2 -5 -5 -2 -4 -4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 79 0 4 0 0 0 2 0 0 6 1.27 1.15 16 S -1 3 0 2 -2 2 0 -3 1 -1 -2 2 1 -4 -4 1 0 -5 -3 -3 6 20 5 11 1 10 5 1 3 3 4 13 3 0 0 9 5 0 1 1 0.34 1.15 17 R 0 2 1 2 -5 3 2 0 1 -5 -1 0 -4 -5 -4 0 2 -5 -4 -4 7 11 7 10 0 13 15 6 3 0 6 6 0 0 0 4 13 0 0 0 0.36 1.15 18 Y -4 -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 1 -4 -3 -4 -3 4 -5 0 -4 -1 8 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 16 0 10 0 0 72 1 1.84 1.16 19 I -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 4 5 -5 3 -2 -5 -4 -3 1 -3 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 21 53 0 6 0 0 1 0 2 0 16 1.01 1.16 20 A -1 2 1 0 -5 2 3 -2 1 -2 -2 2 -1 -1 -4 0 1 -5 -2 -3 4 9 7 5 0 11 19 2 4 2 4 11 2 3 0 8 8 0 1 1 0.30 1.16 21 E -1 -2 2 2 -1 1 1 -1 4 -4 -5 -2 -4 -5 -4 2 3 -5 -2 -3 5 2 11 12 1 5 9 5 10 0 0 1 0 0 0 18 19 0 1 2 0.48 1.17 22 L -3 2 1 0 -5 4 2 1 1 -4 -4 2 -4 -5 1 -2 -3 -5 -1 -3 0 10 7 5 0 25 10 12 4 1 1 14 0 0 7 1 0 0 2 1 0.55 1.17 23 T -3 -3 3 5 -5 -3 0 0 -3 -5 -5 -2 -5 -3 -2 3 1 -6 -5 -4 0 1 13 36 0 0 4 7 0 0 0 1 0 1 2 25 9 0 0 1 0.81 1.17 24 E -3 -2 -3 1 -6 0 7 -3 -3 -6 -5 1 -4 -5 -2 -3 -2 -5 -1 -5 0 1 0 5 0 1 78 2 0 0 0 8 0 0 1 0 2 0 2 0 1.44 1.17 25 T 1 0 -1 2 -5 4 2 -3 0 -3 -1 1 -3 -5 -4 0 1 -5 -4 -1 11 4 2 11 0 21 15 1 2 1 6 9 0 0 0 6 7 0 0 4 0.39 1.17 26 S 3 -4 2 -2 -1 1 -1 0 -1 1 -2 -3 0 -4 -4 3 -1 -5 1 0 26 0 9 2 1 6 3 6 1 8 2 0 2 0 0 21 2 0 5 6 0.34 1.17 27 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 0 6 -5 0 0 -5 -3 -4 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 92 0 0 2 0 2 0 0 0 0 1.47 1.17 28 Y 1 -4 -1 -3 -4 -2 1 -5 -2 1 -2 -2 -3 0 -5 -2 -1 -2 7 -2 12 0 4 1 0 1 9 0 0 8 3 2 0 2 0 3 3 0 51 1 0.97 1.17 29 Q 0 -1 -1 0 0 4 2 -1 -1 0 -2 2 -2 -5 -2 0 -3 -1 -3 0 8 2 3 4 2 22 15 4 1 6 4 11 0 0 2 6 1 1 0 8 0.31 1.17 30 A 4 -4 -4 -4 6 -4 -4 3 -4 -1 -2 -4 -4 -2 -4 0 -2 -5 -4 -1 40 0 0 0 17 0 0 24 0 3 3 0 0 2 0 7 1 0 0 3 0.84 1.17 31 Q 0 -1 0 -2 -5 5 4 -4 4 -5 -4 0 -2 0 -4 -1 -1 -5 -2 -3 8 2 3 0 0 34 24 0 11 0 1 5 1 4 0 4 3 0 1 1 0.77 1.17 32 K -1 -2 1 2 -5 4 3 -3 -3 -5 -2 3 0 -5 -4 0 -1 -5 -4 -4 5 0 8 10 0 22 21 1 0 0 4 18 3 0 0 6 2 0 0 0 0.60 1.17 33 F -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -4 -1 4 -5 0 6 -6 -5 -4 1 1 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 45 0 1 44 0 0 0 2 3 3 1.27 1.17 34 S 0 -4 -2 -3 -4 -3 -3 4 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -4 5 2 -5 -5 -3 5 0 0 0 0 0 0 33 0 1 0 0 0 0 0 49 12 0 0 1 1.02 1.17 35 R -3 6 -1 0 -6 0 0 -1 -3 -5 -5 5 -4 -3 -4 -2 -2 -5 -4 -5 0 42 3 5 0 2 6 4 0 0 0 33 0 2 0 2 1 0 0 0 1.01 1.17 36 K -1 2 0 1 -5 2 4 -4 -1 -4 -1 3 -3 0 -4 -1 -1 3 -3 -3 5 10 3 6 0 8 28 0 1 0 5 16 0 4 0 4 4 4 0 1 0.47 1.15 37 T 2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -4 -5 0 4 -4 2 2 -5 0 -1 -4 -3 2 17 0 0 0 0 0 0 1 0 4 41 0 5 9 0 7 3 0 0 13 0.59 1.15 38 I -2 -1 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 5 3 -4 5 -2 -5 -3 -3 -4 -3 2 2 4 0 0 0 2 0 0 0 35 25 0 14 0 0 2 0 0 0 14 0.81 1.12 39 E 0 0 -1 1 -5 3 4 -3 1 -4 -2 2 -3 -5 -3 -1 -3 -5 -4 -3 10 5 1 9 0 14 35 1 3 0 4 11 0 0 0 4 0 0 0 2 0.62 1.12 40 H -1 0 3 2 -3 3 2 -3 4 -4 -2 3 0 -5 -4 -2 -3 -5 0 -4 4 4 12 11 1 15 12 1 10 1 4 20 2 0 0 1 0 0 3 0 0.52 1.17 41 Q -1 0 4 3 -5 3 0 2 2 -6 -5 1 -4 -6 -4 -2 -2 -6 -4 -5 5 5 19 18 0 16 4 18 4 0 0 8 0 0 0 1 1 0 0 0 0.64 1.17 42 I -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 6 1 -5 1 -1 -5 -5 -1 -5 -4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 8 0 3 1 0 0 2 0 0 26 1.26 1.17 43 P 0 -2 -2 -3 -4 -2 -3 -2 1 -4 0 -3 -3 -5 4 5 -1 -5 -4 -2 5 1 1 0 0 1 0 1 4 0 11 0 0 0 20 51 2 0 0 2 0.82 1.17 44 P -2 -5 -5 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -1 -1 -4 1 -5 8 -3 -3 -6 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 4 7 0 4 0 83 0 0 0 0 0 2.23 1.17 45 E -2 -3 -3 2 -6 -1 7 -5 -3 -5 0 -2 -4 -5 -4 -3 -3 -5 -5 -4 2 0 0 12 0 0 76 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.40 1.17 46 E -2 -3 -1 5 -6 -1 6 -3 -1 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -5 3 0 2 29 0 0 63 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.42 1.17 47 I -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 6 1 -5 3 1 -5 -5 -2 -5 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 54 8 0 6 6 0 0 1 0 0 24 1.16 1.17 48 I -1 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -1 -6 5 0 -5 -2 -3 -5 -4 0 -5 -4 5 3 0 0 0 0 0 0 5 0 35 4 0 0 0 0 0 5 0 0 48 1.04 1.17 49 S 1 -3 3 2 0 0 3 0 1 -5 -5 -2 1 -5 -4 3 -2 -5 -4 -4 10 0 12 9 2 3 24 5 3 0 0 1 5 0 0 25 0 0 0 0 0.58 1.17 50 I -4 -3 0 -4 -2 -2 -5 -6 -2 4 3 -4 4 1 -5 -4 -1 -1 -2 2 0 1 6 1 1 2 0 0 1 31 28 0 12 5 0 0 3 1 1 10 0.71 1.17 51 H -4 -3 -2 -4 -6 0 -2 -5 11 -6 -5 -3 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -1 -6 0 0 0 0 0 3 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.77 1.17 52 R -2 2 -3 -1 -2 1 1 -4 2 2 0 4 0 0 -4 -2 -3 -5 -2 0 3 13 0 3 1 6 8 1 5 14 7 25 2 4 0 2 0 0 1 7 0.37 1.17 53 K 0 2 1 1 -5 3 3 -3 -1 -4 -5 2 -3 -5 -4 2 -1 -5 -3 -2 7 11 6 9 0 13 19 1 1 1 0 11 1 0 0 14 3 0 0 2 0.46 1.17 54 V 4 -4 -4 -5 2 -4 -4 -4 -4 1 1 -4 0 -1 -4 0 -1 -4 2 2 34 0 0 0 4 0 0 0 0 6 16 0 2 2 0 7 3 0 9 17 0.53 1.17 55 L -2 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 3 4 -5 4 1 -5 -4 -2 -4 -3 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 15 46 0 12 5 0 0 2 0 0 17 0.90 1.17 56 K -1 -1 0 0 -5 3 3 -4 -1 -2 0 2 0 -1 -4 0 -1 -5 -4 -1 6 2 3 4 0 14 21 0 1 2 11 14 2 2 0 8 3 0 0 5 0.32 1.17 57 E -2 -1 1 1 -5 3 5 -1 1 -5 -3 1 -2 -5 -4 -1 0 -5 -1 -4 2 3 7 8 0 12 37 5 3 0 2 6 1 0 0 4 7 0 2 1 0.59 1.16 58 L -4 -3 -2 -5 -4 -3 -3 -5 -3 3 4 -3 3 0 -5 -3 -1 -1 1 1 0 1 2 0 0 1 1 0 1 15 46 2 9 3 0 1 4 1 5 7 0.67 1.14 59 Y 0 -1 -1 1 -2 -2 0 0 1 -2 -1 -3 -3 2 -2 1 -2 -3 4 0 9 4 2 9 1 1 6 7 4 2 6 0 0 10 2 14 2 0 15 6 0.24 1.12 60 P 0 -1 -3 0 -4 0 0 -1 0 -3 1 0 -3 -4 5 -1 -2 -5 -2 -2 8 3 0 5 0 5 5 5 3 1 15 7 0 0 34 3 2 0 2 2 0.58 1.12 61 S -3 -3 4 4 -5 -1 3 -2 0 -5 -4 -1 -4 -5 -4 2 0 -5 -4 -3 0 0 18 26 0 2 23 2 2 0 1 2 0 0 0 15 6 0 0 2 0.73 1.13 62 L -2 -2 -3 -2 0 0 -3 -3 -1 1 4 -3 2 -2 -3 -1 0 -4 -1 2 3 2 1 3 2 4 1 2 2 8 42 1 4 0 1 4 5 0 1 13 0.43 1.06 63 P -2 1 -2 0 -5 0 -1 -2 0 -3 -4 -2 -3 -5 6 2 -1 -5 -2 -4 2 9 1 5 0 3 4 3 2 2 1 2 1 0 42 20 2 0 2 0 0.91 1.15 64 E 0 -2 0 2 -5 -1 5 -2 0 -1 -3 1 -2 -3 0 0 -2 -5 -4 -4 8 1 5 10 0 1 44 2 3 4 2 8 1 1 4 6 2 0 0 0 0.61 1.15 65 D -1 -2 0 3 -5 3 3 -1 0 -3 -1 0 -2 0 -4 -1 -2 -4 0 -2 4 1 3 20 0 12 24 4 2 1 6 6 1 4 0 4 2 0 4 3 0.41 1.14 66 V 1 -2 -5 -5 -3 -2 -3 -4 -5 4 -1 -4 3 -2 -5 -1 0 -1 -1 5 10 2 0 0 0 1 1 1 0 24 3 0 7 1 0 4 5 1 2 38 0.66 1.15 67 F -1 0 -2 -3 -4 2 0 -4 2 1 2 1 0 0 1 -1 -2 2 -2 -1 4 4 1 1 0 11 6 1 5 7 23 9 2 3 6 6 2 3 1 4 0.20 1.17 68 H 0 3 -1 3 -5 0 0 -2 3 0 -1 0 0 -4 0 -1 -2 -5 -1 -1 8 17 2 16 0 4 4 3 8 6 6 6 3 0 5 5 2 0 2 3 0.24 1.17 69 S 2 -1 -2 -2 0 -3 -3 -2 -4 -1 -3 -3 -4 -5 -3 6 1 -5 -4 -2 16 2 0 1 1 0 0 1 0 5 2 0 0 0 0 63 6 0 0 2 0.92 1.17 70 L -2 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -4 -1 3 -5 4 6 -5 -2 -1 -3 1 -1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 1 35 0 11 38 0 4 3 0 3 2 1.00 1.17 71 D -3 -2 1 6 -5 2 3 -4 0 -4 -3 -1 0 -5 0 -1 -1 -6 -1 -3 1 2 7 42 0 8 17 0 2 1 2 2 2 0 4 3 3 0 2 2 0.77 1.17 72 F -4 -5 -5 -6 0 -5 -5 -6 -5 2 1 -5 0 6 2 -4 -4 -3 -1 3 0 0 0 0 2 0 0 0 0 12 11 0 1 42 11 0 0 0 0 21 1.01 1.17 73 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 -1 6 -5 0 -2 -5 -5 -4 -4 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.66 1.17 74 I -2 -2 -5 -5 -4 0 -2 -5 -1 4 4 0 3 -3 -5 -3 0 -5 -4 -1 2 2 0 0 0 6 2 0 2 24 40 5 9 0 0 1 6 0 0 1 0.65 1.17 75 E -2 -2 -1 -1 -6 3 7 -4 -3 -5 -5 -1 -4 -6 -4 -2 0 -5 -4 -5 2 0 2 0 0 10 79 0 0 0 0 1 0 0 0 0 6 0 0 0 1.49 1.17 76 V 0 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 3 1 -4 5 -1 -5 -3 2 -5 -4 5 7 0 0 0 0 0 0 0 0 14 10 0 15 2 0 0 12 0 0 41 0.82 1.17 77 M -2 -4 -5 -5 -4 -3 -5 -5 -4 0 2 -4 9 -1 -5 -2 0 -4 -1 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 4 14 0 61 2 0 2 5 0 2 9 1.35 1.16 78 I -2 -3 -5 -5 -4 -1 -1 -3 -5 5 -1 0 6 -3 -5 -4 -1 -5 -4 3 2 1 0 0 0 3 3 2 0 32 2 6 22 0 0 0 3 0 0 22 0.78 1.14 79 G 3 -1 -1 -2 -4 -1 -1 4 1 -5 -5 -3 -4 -2 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