Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Y -3 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -4 1 -2 -2 -3 -2 2 -4 -3 -2 2 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 1.46 0.28 2 D -3 -3 0 7 -4 -1 1 -2 -2 -4 -5 -2 -4 -5 -2 -1 -1 -5 -4 -4 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 3 0 0 0 1.37 0.35 3 G -1 -3 -1 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.53 0.35 4 T -1 -2 -1 -2 -2 2 -1 -2 -1 -2 -2 -1 -2 -3 -2 0 6 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 15 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 82 0 0 0 0.81 0.35 5 K -2 0 5 -1 -4 0 -1 -2 5 -4 -4 3 -3 -4 -3 -1 0 -4 -2 -4 0 0 44 0 0 2 0 0 20 0 0 28 0 0 0 0 6 0 0 0 0.72 0.35 6 C -1 -5 -4 -5 10 -4 -5 -4 -4 -2 -2 -4 -2 -3 -4 -2 -2 -3 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.10 0.35 7 K -2 2 -1 -2 -4 1 0 -3 -2 -4 -3 6 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 -3 0 6 0 0 0 3 0 0 0 0 0 83 0 0 0 6 0 0 0 2 0.88 0.35 8 A 4 -1 -2 -1 -2 0 4 -1 -2 -3 -3 1 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 -2 54 0 0 0 0 0 36 3 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0.58 0.35 9 A 1 -3 -3 -1 -3 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 8 -1 -2 -5 -4 -3 19 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 78 0 0 0 0 0 1.76 0.35 10 G -1 -3 -1 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.53 0.35 11 N -1 -2 5 2 -3 -2 -1 -2 -2 -1 -2 -1 -2 -3 -3 -1 -1 -5 -3 3 3 0 47 15 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 33 0.57 0.35 12 C -1 -5 -4 -5 10 -4 -5 -4 -4 -2 -2 -4 -2 -3 -4 -2 -2 -3 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.10 0.35 13 W -4 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -4 -3 -4 -3 -4 -2 0 -5 -4 -4 12 1 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 3.10 0.35 14 E -2 -1 -1 1 -5 2 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 7 93 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.16 0.35 15 P 2 -3 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -3 -4 -2 -3 -4 7 -1 -2 -5 -4 -3 23 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 76 0 0 0 0 0 1.69 0.35 16 K -2 1 -1 -2 -4 2 1 -3 0 -4 -4 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 11 2 0 2 0 0 85 0 0 0 0 0 0 0 0 0.92 0.35 17 P -2 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -2 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.43 0.35 18 G -1 -3 0 -1 -4 -3 -3 6 -3 -5 -5 -2 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 3 3 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.41 0.35 19 F -3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 0 -2 -1 -3 -2 5 -4 -3 -3 1 7 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 32 0 0 0 0 68 0 1.31 0.35 20 P -2 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -2 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.43 0.35 21 E 1 -2 -1 4 -4 0 5 -2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 17 0 0 32 0 0 51 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.80 0.35 22 K -2 2 -1 -2 -4 3 0 -3 -2 -2 -3 6 -2 -4 -2 -1 -1 -4 -3 -3 0 3 0 0 0 14 0 0 0 2 0 80 0 0 0 0 2 0 0 0 0.86 0.35 23 I -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -2 -4 5 2 -4 0 -1 -4 -3 -1 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 3 0 47 12 0 0 0 0 0 0 0 0 37 0.66 0.35 24 A 4 -1 -2 -2 -2 -1 1 -1 -2 -1 -2 2 -2 -3 -2 0 0 -4 -3 0 62 0 0 0 0 0 10 0 0 3 0 15 0 0 0 0 3 0 0 8 0.46 0.35 25 G -1 -3 -1 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.53 0.35 26 S 0 -2 0 -1 -2 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 5 2 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 80 14 0 0 5 0.73 0.35 27 K -2 2 -1 -2 -4 0 0 -3 -2 -4 -4 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 1.04 0.35 28 Y -3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 1 -2 -2 -3 -2 3 -4 -3 -3 1 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 95 0 1.53 0.35 29 D -3 -3 0 7 -5 -1 1 -2 -2 -4 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.49 0.35 30 P -2 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -2 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.43 0.35 31 K -2 1 -1 -2 -4 1 0 -3 4 -4 -4 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -2 -3 0 0 0 0 0 3 0 0 13 0 0 84 0 0 0 0 0 0 0 0 0.92 0.35 32 H -3 -1 0 -2 -4 -1 -1 -3 9 -4 -3 -2 -2 1 -3 -2 -3 -3 1 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 92 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 1.54 0.35 33 D -2 -2 2 6 -4 -1 0 -2 -2 -4 -5 -2 -4 -4 -2 1 -1 -5 -4 -4 0 0 10 77 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0 0 0 1.11 0.35 34 P -1 -3 -3 -1 -4 -1 0 -3 -3 -3 -4 -1 -3 -4 8 -2 -2 -5 -4 -1 1 0 0 2 0 3 6 0 0 0 0 3 0 0 79 0 0 0 0 5 1.72 0.35 35 K 2 0 2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -2 -2 4 -1 -3 -2 0 0 -4 -3 0 26 0 13 0 0 0 0 0 0 0 2 44 1 0 0 2 3 0 0 8 0.39 0.35 36 E -2 -1 -1 1 -5 2 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 4 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.19 0.35 37 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -4 1 -1 -4 -3 -2 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 84 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0.80 0.35 38 N 2 -2 5 1 -3 -1 -1 1 -1 -3 -4 -1 -3 -4 -2 2 -1 -4 -3 -2 27 0 39 5 0 0 3 10 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 3 0.51 0.35 39 K -2 1 -1 -2 -4 0 0 -3 -2 -3 -3 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 5 0.96 0.35 40 Q -2 0 0 -1 -4 7 1 -3 0 -4 -3 0 -1 -4 -2 -1 -2 -3 -2 -3 0 0 4 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.20 0.35 41 A 2 0 -1 0 -2 4 2 0 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 2 1 -3 -3 -1 22 3 0 5 0 24 11 7 0 0 0 0 0 0 0 15 7 0 0 3 0.33 0.33 42 D 1 -1 -1 2 -3 4 3 -2 -1 -3 -2 1 -2 -4 -2 0 0 -3 -3 -3 15 0 0 13 0 23 29 0 0 0 3 5 0 0 0 5 4 0 0 0 0.45 0.33 43 S 3 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 5 0 -3 -3 -2 29 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 67 0 0 0 0 0.66 0.33 44 I -2 -1 -3 -3 -2 -2 0 -4 0 5 1 -2 3 -1 -3 -3 -2 -3 -2 2 0 3 0 0 0 0 8 0 3 53 11 0 12 0 0 0 0 0 0 8 0.46 0.33 45 K 0 1 0 2 -4 2 2 -3 -2 -3 -3 4 -2 -4 -2 -1 -1 -4 -3 -3 8 3 2 11 0 12 16 0 0 2 2 41 0 0 0 0 3 0 0 0 0.49 0.35 46 Q 4 -2 -2 1 -2 2 1 0 -2 -3 -2 -1 -2 -4 -2 1 -1 -4 -3 -1 51 0 0 7 0 12 11 7 0 0 2 0 0 0 0 7 0 0 0 3 0.41 0.35 47 M -2 -2 -3 -4 -3 1 -1 -4 -2 0 1 -2 8 -1 -3 -2 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 6 3 0 0 2 0 0 90 0 0 0 0 0 0 0 1.00 0.35 48 E -1 -1 2 3 -4 0 5 -3 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -2 2 0 11 18 0 0 65 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 3 0.85 0.35 49 E 4 -1 -2 -1 -3 1 4 -2 -2 -3 -3 1 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 -2 51 0 0 0 0 6 37 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0.59 0.35 50 R -2 7 -1 -3 -5 0 -1 -3 -1 -4 -3 1 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.34 0.35 51 N -3 -1 7 0 -4 -1 -1 -1 0 -4 -5 -1 -3 -4 -3 0 -1 -5 -3 -4 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.35 0.35 52 K 3 1 -2 -1 -3 2 2 -2 -2 -3 -2 3 -2 -4 -2 -1 -1 -4 -3 -2 42 8 0 0 0 9 18 0 0 0 2 21 0 0 0 0 0 0 0 0 0.44 0.35 53 K 0 1 -1 -2 -4 2 0 -3 -2 -3 -2 6 0 -4 -2 -1 -2 2 -3 -3 8 0 0 0 0 8 3 0 0 0 4 71 2 0 0 0 0 3 0 0 0.68 0.35 54 R -2 7 -1 -3 -5 0 -1 -3 -1 -4 -3 1 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.34 0.35 55 V 1 -2 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -3 2 0 -3 -1 -2 -3 -1 1 5 0 4 12 1 0 0 0 2 0 0 0 14 2 0 0 0 0 4 12 10 2 41 0.41 0.35 56 E 3 0 -1 2 -3 1 4 -2 -2 -3 -3 0 -2 -4 -2 -1 -2 2 -3 -3 31 3 0 8 0 4 46 0 0 0 1 4 0 0 0 0 0 3 0 0 0.54 0.35 57 N -1 -1 5 -1 -4 1 -1 -2 6 -3 -3 -1 -2 -1 -3 -1 -2 -2 3 -3 6 0 43 0 0 6 0 0 26 0 1 0 0 0 0 0 0 0 17 1 0.72 0.35 58 F 1 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -2 -1 1 -3 1 7 -4 -2 -3 -1 2 -1 16 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 4 66 0 0 0 0 1 0 0.83 0.35 59 K 0 1 0 -2 -3 1 0 -2 -2 0 -3 5 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 -1 9 2 3 0 0 7 1 0 0 8 0 61 0 0 0 5 0 0 0 4 0.53 0.35 60 K 0 1 0 -2 -3 1 0 -2 -2 -3 -2 5 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 -3 10 1 2 0 0 4 4 0 0 0 5 68 0 0 0 5 0 0 0 0 0.63 0.35 61 T -1 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 2 6 2 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 87 3 0 0 0.89 0.35 62 G -1 -3 -1 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.53 0.35 63 K -1 1 1 -2 -3 1 0 -3 -2 -3 -3 5 -2 -4 -2 0 2 -4 -3 -2 2 4 5 0 0 5 2 0 0 0 0 61 0 0 0 1 17 0 0 3 0.60 0.35 64 F -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -3 -2 -1 -4 -1 7 -5 -4 -3 9 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 61 0 0 0 39 0 0 1.64 0.35 65 E -1 -2 -1 0 -3 -1 3 -3 -3 1 -1 1 -1 -3 -3 0 -1 -4 -3 4 0 0 2 3 0 0 23 0 0 7 0 9 0 0 0 6 0 0 0 50 0.37 0.35 66 Y -3 -3 -1 -3 -4 -2 0 -4 1 -2 -2 -3 -2 3 -4 -3 -3 1 8 -2 0 0 2 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 80 0 1.22 0.35 67 D -3 -2 1 7 -5 -1 2 -2 -2 -4 -5 0 -4 -5 -2 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 2 83 0 0 12 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1.21 0.32 68 V -1 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 2 0 -3 0 -2 -3 -2 0 -4 -2 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 4 0 0 94 0.78 0.32 69 A 1 -1 3 3 -3 -1 1 -2 -1 -3 -3 1 -3 -4 -2 2 1 -4 -3 -3 12 0 19 18 0 0 10 0 0 0 0 10 0 0 0 22 9 0 0 0 0.40 0.28 70 K -2 1 -1 1 -4 2 2 -2 -1 -4 -3 5 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 0 7 0 10 16 0 0 0 0 67 0 0 0 0 0 0 0 0 0.71 0.27 71 I -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 6 2 -4 1 -1 -4 -3 -2 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 81 19 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.75 0.27 72 S 3 -1 2 -1 -1 1 -1 -1 -1 -3 -3 -1 -2 -3 -1 3 0 -3 -2 -2 39 0 15 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 38 0 0 0 0 0.38 0.13 K Lambda Standard Ungapped 0.1306 0.3093 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1742 0.3170 PSI Gapped 0.0533 0.2670