Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 R -4 7 -3 -4 -6 1 -3 -5 -3 -6 -5 4 -4 -6 -5 -3 -4 -6 -5 -5 0 66 0 0 0 6 0 0 0 0 0 27 0 0 0 0 0 0 0 0 1.74 1.48 2 V 1 -4 -5 -6 -4 -4 -4 -5 -4 4 -1 -4 -2 -3 3 -3 -1 -6 -4 5 10 1 0 0 0 1 1 0 0 23 4 0 0 1 13 1 2 0 0 43 0.90 1.59 3 I -3 1 -2 -5 -5 -2 -4 -6 4 1 3 1 0 3 -1 -3 -4 -2 1 0 2 9 2 0 0 1 0 0 10 8 26 10 2 14 4 1 0 0 4 6 0.47 1.62 4 A 6 -4 -4 -5 -2 -3 -4 -3 -5 0 -3 -4 -3 -4 -3 0 -2 -6 -3 -1 78 0 0 0 1 0 0 0 0 6 2 0 0 1 1 4 2 0 1 4 1.29 1.61 5 M -1 -3 -2 -4 -4 -3 -3 -1 -4 -4 -4 -1 2 -4 -2 5 4 -6 -5 -3 3 0 0 0 0 0 0 4 0 0 1 3 5 0 1 54 26 0 0 1 1.06 1.65 6 P -3 -5 -5 -4 -6 -3 -4 -4 -5 -6 -5 -3 -6 -7 9 -3 -4 -7 -6 -6 1 0 0 1 0 1 1 1 0 0 1 1 0 0 95 1 0 0 0 0 2.89 1.68 7 S 4 -1 -4 -4 -4 -3 -4 -3 -2 -2 2 -3 -2 -3 0 2 -3 -3 -1 0 38 4 0 0 0 1 0 1 1 2 21 1 1 1 4 18 1 0 2 6 0.58 1.72 8 V 5 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -4 -6 0 -3 -5 -2 -5 -4 -3 -1 -6 -5 5 45 0 0 0 0 0 0 1 0 3 1 0 1 0 1 1 2 0 0 46 1.21 1.71 9 R -3 8 -3 -5 -6 -1 -3 -5 -3 -5 -3 3 -2 -4 -5 -3 -4 -3 -4 -5 2 74 0 0 0 1 1 1 0 0 2 15 1 1 0 0 0 0 0 0 1.72 1.75 10 K -1 5 -1 -4 -4 0 -2 -4 2 -5 -3 5 -3 -4 -4 -2 -2 -6 -3 -4 5 33 2 0 0 3 1 1 4 0 2 42 1 1 0 2 2 0 1 1 1.09 1.74 11 Y -2 0 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -2 3 5 -4 3 1 -6 -5 -2 -4 2 -1 3 5 0 0 0 1 0 0 1 16 49 1 7 5 0 0 2 0 6 3 0.84 1.73 12 A 6 -5 -5 -5 -2 -4 -4 -3 -5 -2 -1 -4 1 -5 -3 -1 -2 -6 -5 -1 80 0 0 0 1 0 0 1 0 2 6 0 4 0 1 2 1 0 0 3 1.38 1.72 13 R 2 5 -2 -1 -4 1 1 -3 1 -4 -3 3 -1 -3 -5 -2 -3 -2 -3 -4 15 35 1 3 0 5 7 1 3 1 2 18 1 1 0 3 1 1 0 1 0.72 1.77 14 E -2 -2 -2 3 -4 2 6 -4 -2 -5 -5 0 -3 -6 -5 -2 -3 -6 -5 -4 2 2 1 14 0 8 61 1 1 1 1 4 1 0 0 1 1 0 0 1 1.29 1.75 15 K -2 0 2 -4 -3 0 -2 -4 4 -3 3 3 0 -1 -5 -3 -3 1 -1 -3 4 3 11 0 0 4 3 1 11 1 29 21 2 3 0 2 1 2 2 1 0.53 1.76 16 G -2 -3 2 0 -3 -2 -3 7 -2 -6 -5 -1 -3 -6 -5 -2 -4 -6 -6 -5 1 1 9 5 1 1 1 71 1 0 1 3 1 0 0 2 1 0 0 1 1.44 1.72 17 V -3 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -3 6 1 -4 0 -2 -6 -5 -3 -1 -2 5 1 0 0 0 0 0 0 0 1 41 11 1 1 1 0 0 1 1 1 40 1.25 1.73 18 D -2 -3 3 7 -3 -2 0 -4 -2 -5 -5 -2 -3 -7 -1 0 -3 -7 -6 -5 3 1 12 65 1 1 4 1 1 1 1 2 1 0 3 6 1 0 0 1 1.43 1.80 19 I -2 -4 -5 -7 -5 -4 -5 -5 -3 2 6 -4 -1 -2 -1 -4 -3 -2 -2 -1 3 1 1 0 0 1 1 1 1 12 70 1 1 1 3 1 1 1 1 3 1.16 1.80 20 R 2 0 2 0 -3 0 0 -1 1 -4 -3 0 -3 -4 -4 3 1 -2 -3 -4 18 5 8 5 1 3 7 4 3 1 2 6 1 1 1 26 8 1 1 1 0.39 1.80 21 L 0 0 0 2 -3 4 2 -2 -1 -4 -2 1 -2 -3 -3 0 0 -2 -3 -3 10 4 4 13 1 16 13 3 1 1 5 10 1 1 1 8 7 1 1 1 0.34 1.77 22 V -3 -6 -6 -6 1 -5 -6 -6 -6 4 1 -5 0 -2 -6 -5 -2 -6 -4 6 1 0 0 0 2 0 0 0 0 22 11 0 1 1 0 0 1 0 0 58 1.30 1.77 23 Q 1 1 -1 -1 -3 2 0 -3 0 -2 -4 3 -3 -4 2 0 2 -6 -3 -2 11 7 3 3 1 8 6 1 2 2 1 18 1 1 11 7 13 0 1 4 0.34 1.76 24 G 0 -4 -3 -3 -2 -3 -3 6 -2 -4 -6 -3 -5 -6 1 -1 -1 -5 -3 -4 8 1 1 1 1 1 2 66 1 1 0 1 0 0 8 3 3 0 1 1 1.29 1.74 25 T -2 -2 -2 -3 -4 -2 -3 -3 -2 -3 -4 -2 -2 -2 -3 4 6 -6 -5 -1 2 2 1 1 0 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1 37 43 0 0 3 1.04 1.77 26 G -2 -3 -3 1 -5 -3 -3 7 -5 -6 -6 -4 -5 -3 -5 -2 -3 -5 -6 -4 2 1 0 7 0 1 2 79 0 0 0 0 0 2 0 1 2 0 0 1 1.68 1.75 27 K -2 1 -1 -1 -3 -2 0 -2 -2 -3 -4 3 -3 -4 6 -1 -2 -3 -4 -2 3 9 2 4 1 1 5 3 1 1 2 16 1 1 40 4 2 0 1 3 0.87 1.78 28 N -1 0 3 3 -3 -1 -1 3 4 -4 -2 1 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -2 -4 4 5 13 17 0 2 4 20 9 1 5 9 1 1 1 3 1 0 1 1 0.45 1.79 29 G -2 -1 -1 -1 -5 -3 -3 7 -2 -6 -5 -3 -5 -6 -5 -2 -3 -5 -4 -5 2 3 3 3 0 1 1 80 1 0 1 1 0 0 0 1 1 0 1 1 1.66 1.74 30 R -3 7 -3 -3 -3 -1 -2 -5 -1 -2 -2 -1 -2 -6 -2 -3 -2 -6 -4 0 2 73 1 1 0 1 1 1 1 2 3 2 1 0 2 1 2 0 0 7 1.49 1.75 31 V -3 -4 -6 -7 -4 -6 -6 -7 -3 7 0 -6 -1 -2 -4 -5 -3 -6 -4 5 1 1 0 0 0 0 0 0 1 56 6 0 1 1 1 0 1 0 0 33 1.46 1.76 32 L -3 2 -3 -4 -1 -2 -3 -5 -1 0 1 -2 1 -3 -5 -1 5 -6 -2 1 1 12 1 0 1 1 1 1 2 4 16 2 3 0 0 5 39 0 1 9 0.65 1.77 33 K -1 3 -3 -3 -6 -1 1 -3 2 -2 -3 6 -2 -5 -1 -3 -3 -6 -4 -2 6 18 1 1 0 2 9 2 5 3 2 44 1 0 2 1 1 0 0 3 0.82 1.78 34 E 2 0 -2 2 -4 1 5 -1 -1 -4 -5 1 -3 -5 -3 0 -2 -3 -4 -4 16 6 2 10 0 6 36 5 1 1 1 7 1 0 1 6 2 0 0 1 0.62 1.80 35 D -4 -5 -1 8 -7 -3 -1 -5 -1 -6 -7 -4 -6 -7 -5 -3 -4 -8 -6 -6 1 0 1 95 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.40 1.72 36 I -3 -6 -6 -6 -2 -5 -6 -7 -6 4 1 -6 0 -2 -6 -5 -3 -6 -4 6 1 0 0 0 1 0 0 0 0 19 10 0 1 1 0 0 1 0 0 66 1.42 1.67 37 D -3 1 -2 3 -6 2 4 -5 1 -2 2 0 0 -3 -4 -3 -2 -3 -2 -3 2 6 1 14 0 10 28 0 3 2 19 5 2 1 0 1 1 0 2 2 0.53 1.67 38 A 4 2 3 -1 -3 1 -1 -2 -1 -5 -3 2 -3 -5 -4 1 -2 -4 -4 -4 37 12 12 3 0 5 2 2 1 0 2 11 0 0 0 8 2 0 0 1 0.57 1.69 39 F 1 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 4 -3 -2 -4 -2 6 -6 -4 -4 2 7 -2 15 1 0 0 0 1 1 0 9 1 2 0 1 32 0 1 1 2 33 3 1.29 1.66 40 L 1 -4 -5 -6 -4 -1 -4 -5 -4 3 3 -2 1 -3 -5 -3 -2 -6 -4 4 10 0 0 0 0 3 0 0 0 15 29 3 2 0 0 2 1 0 0 32 0.73 1.64 41 A 3 -1 2 -2 -5 2 -1 -3 -3 -5 -5 4 -4 -6 -2 2 -2 -6 -5 -4 29 1 8 1 0 8 4 1 0 0 0 31 0 0 2 14 1 0 0 0 0.73 1.54 42 G -2 -5 -3 -4 -5 -5 -5 7 -5 -7 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -6 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.24 1.27 K Lambda Standard Ungapped 0.1410 0.3211 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2183 0.3175 PSI Gapped 0.0668 0.2670