Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 3 -3 3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -3 -4 -5 -3 5 3 -5 -4 -3 24 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 44 20 0 0 0 0.89 1.09 2 A 5 -3 -3 -1 -3 -3 -1 -2 -4 -3 -2 -1 -1 -5 -2 2 0 -5 -4 -2 61 0 1 3 0 0 2 2 0 1 3 4 1 0 1 15 6 0 0 1 0.81 1.17 3 I 0 -3 -3 -4 -2 -1 -3 -5 -5 2 0 1 5 -3 -3 -2 3 2 -4 3 7 0 1 0 1 2 1 0 0 13 7 11 15 0 1 1 17 3 0 20 0.49 1.29 4 E 0 -1 0 3 -3 2 3 -4 -2 -5 -5 4 -4 -6 0 -1 -2 -6 -4 -4 7 1 3 19 0 10 21 0 1 0 0 28 0 0 4 2 2 0 0 1 0.73 1.43 5 N -1 -2 3 5 -4 -1 1 -2 -1 -4 -5 1 -5 -1 -2 1 0 -6 -1 -4 5 1 15 32 0 2 9 2 2 1 0 9 0 3 2 8 6 0 2 1 0.61 1.48 6 F 0 0 -1 0 -3 -2 1 -1 -2 0 2 -1 3 0 -2 -2 -1 4 1 -1 9 5 3 5 0 1 8 4 1 4 19 4 9 4 2 3 4 7 4 3 0.20 1.51 7 D 0 -1 1 2 -5 -1 3 -4 -1 -4 -5 2 -4 -6 2 2 -1 -6 -3 -4 6 3 8 11 0 2 17 1 1 0 1 14 0 0 12 18 3 0 1 1 0.50 1.52 8 A 1 -1 2 -1 -5 1 0 0 -1 -4 -3 4 -3 -4 -2 2 -1 -6 -5 -3 13 3 8 3 0 6 5 7 1 0 2 30 0 1 2 13 3 0 0 2 0.47 1.58 9 H -2 -2 -2 -3 -1 -1 -1 -6 4 -1 3 -4 3 2 -2 -4 -1 -2 3 -1 3 2 2 2 1 3 4 0 9 2 33 0 8 8 3 1 3 0 12 5 0.50 1.60 10 T -2 -3 -2 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -2 -4 -5 1 3 7 -3 -3 -2 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 6 19 66 0 1 2 1.31 1.64 11 P -1 -5 -3 -3 -6 -2 -2 -1 -5 -5 -5 -2 -5 -6 8 -2 -1 -6 -4 -5 4 0 1 1 0 2 2 4 0 0 0 2 0 0 76 3 4 0 1 0 2.04 1.64 12 M -1 -5 -3 -6 -3 -2 -3 -2 -5 0 3 -4 8 2 -5 -2 -3 -3 -3 0 4 0 1 0 0 2 2 4 0 4 25 0 39 9 0 3 1 0 1 5 1.00 1.68 13 M -2 -1 -4 -2 -5 0 2 -6 -1 0 2 -3 8 -1 -5 -4 -3 -1 0 0 3 3 0 2 0 3 16 0 2 5 17 0 37 2 0 1 1 1 3 5 0.89 1.67 14 Q 0 3 -1 -2 -4 5 1 -3 -2 -4 -2 4 -2 -6 -4 -2 -2 -3 -4 -3 9 16 2 2 0 27 7 2 1 1 5 23 1 0 0 2 2 0 0 1 0.70 1.68 15 Q -3 -1 -2 -3 -6 7 1 -3 2 -5 -3 -1 -2 0 -4 -2 -2 -3 -2 -4 2 2 1 0 0 67 8 1 4 0 2 3 1 4 0 1 1 0 1 0 1.42 1.69 16 Y -3 -3 -5 -6 -5 -5 -5 -6 0 -1 -3 -5 -2 4 -6 -4 -4 5 8 1 2 1 0 0 0 0 0 0 1 4 1 0 1 14 0 1 0 7 57 9 1.64 1.67 17 L -3 0 1 -1 -3 -2 -1 -5 -1 0 3 -1 1 2 -5 -4 -3 7 0 0 2 6 8 3 0 2 4 1 2 4 27 4 3 8 0 1 1 14 3 7 0.52 1.68 18 R 1 1 1 2 -3 1 4 -2 -1 -4 -4 1 -4 -4 -4 0 -1 -3 -3 -4 12 6 5 13 0 6 30 3 1 1 1 9 0 1 0 7 3 0 1 1 0.54 1.67 19 L -2 -3 0 -4 -2 -4 -4 -6 -4 5 3 -4 2 -1 -5 -3 -2 -2 -1 1 4 2 4 1 1 1 1 0 0 33 31 0 5 2 0 1 2 0 2 9 0.75 1.63 20 K -3 1 -3 -4 -2 -1 -2 -5 -2 -3 -4 7 1 -6 -4 -3 -3 -3 -2 -4 1 5 0 0 1 2 0 0 1 2 1 81 3 0 0 0 1 0 1 1 1.62 1.65 21 A 3 1 -1 0 -1 2 3 -3 -2 -4 -4 3 -2 -4 -4 1 -2 -6 -4 -3 23 6 3 5 1 11 17 1 1 0 1 16 1 1 0 10 1 0 0 1 0.48 1.67 22 Q -1 2 2 1 -4 4 3 -3 -2 -5 -4 4 -3 -6 -4 -1 -2 -3 -2 -4 5 8 9 6 0 17 17 1 1 0 1 25 0 0 0 4 2 0 1 1 0.64 1.66 23 H -2 -2 2 -2 -2 -3 -3 -4 7 -4 -2 -3 -2 2 -3 -2 -2 -1 6 -3 2 1 11 1 1 1 1 1 34 1 3 1 1 9 1 2 3 1 25 1 1.14 1.62 24 P -2 -2 -3 -1 -6 -1 -1 -3 -1 -4 -4 1 1 0 7 -2 -3 1 1 -4 2 2 1 4 0 3 4 2 1 0 1 8 3 5 53 2 1 2 5 0 1.18 1.62 25 E -2 -1 1 7 -3 -2 1 0 0 -6 -5 -2 -5 -6 -2 -1 -1 -6 -4 -5 3 3 6 58 1 1 6 8 2 0 1 1 0 0 2 4 4 0 1 0 1.13 1.51 26 I 3 -3 -3 -1 4 -1 -2 -3 0 -2 -3 0 0 -2 -3 1 3 -2 -1 0 27 1 1 3 8 2 3 1 2 2 1 5 2 2 1 8 22 1 2 8 0.44 1.50 27 L -2 -5 -5 -6 -1 -5 -5 -6 -5 4 4 -3 2 1 -5 -5 -3 -4 -1 3 2 0 0 0 1 0 0 0 0 25 35 1 5 4 0 0 1 0 2 22 0.88 1.44 28 L -1 -4 -3 -5 -1 0 -4 -5 -1 1 4 -4 0 -1 -5 -3 -2 -4 0 3 4 0 1 0 1 5 0 0 1 8 49 0 1 2 0 2 2 0 3 19 0.71 1.43 29 F -2 -4 -5 -5 2 -4 -5 -1 -4 0 4 -4 3 5 -2 -3 -3 0 -1 0 3 0 0 0 4 0 0 6 0 5 39 0 7 23 2 1 1 1 1 4 0.71 1.43 30 Y -2 -3 -3 -5 1 -3 -5 -5 -1 2 -1 -4 2 6 -5 -3 0 0 3 2 3 1 1 0 3 1 0 0 1 11 4 0 6 34 0 1 6 1 9 15 0.78 1.43 31 R -1 5 -3 -3 0 3 3 -1 0 -5 -5 2 -4 -5 -1 -3 -3 -5 -4 -4 5 38 0 0 2 11 20 6 2 0 1 11 0 0 3 0 0 0 0 0 0.84 1.42 32 M -2 -2 2 -2 4 1 -3 -2 1 0 -1 0 2 -2 -4 -1 1 3 -1 3 3 2 9 2 9 6 1 3 4 4 4 6 4 2 0 4 8 5 2 22 0.31 1.53 33 G -1 -1 0 0 -5 -1 -1 6 -4 -5 -5 -1 -4 -5 -2 -1 -4 -5 -1 -5 5 3 4 4 0 2 4 63 0 0 1 4 0 0 2 3 0 0 2 0 1.09 1.41 34 D -2 -1 0 4 -5 -1 0 1 -3 -2 -3 0 -4 -1 -4 -1 0 -4 4 -2 3 4 3 29 0 2 6 11 0 2 2 7 0 2 0 5 7 0 15 2 0.48 1.41 35 F -2 0 0 -4 -1 -1 -2 -2 0 -2 -3 1 -3 7 -5 -1 -2 2 2 -2 3 5 4 0 2 3 2 4 2 2 1 9 0 46 0 4 2 3 5 2 0.82 1.41 36 Y -3 -4 -3 1 4 -3 -3 -4 3 1 0 -4 3 2 -4 0 1 5 2 1 1 0 0 8 8 0 0 1 8 8 8 0 8 8 0 8 8 8 8 8 0.43 1.23 37 T -2 0 0 -2 -5 0 6 -2 0 -2 -3 1 0 -1 -4 -3 -1 -4 0 -2 3 6 3 0 0 3 52 2 2 3 3 8 2 2 0 0 3 0 3 2 0.73 1.28 38 L 2 -4 -4 -4 3 -3 -4 -1 -4 2 2 -4 2 3 -4 0 1 -4 -3 1 17 0 0 0 6 0 0 5 0 10 18 0 6 11 0 6 8 0 0 9 0.35 1.08 39 F -3 -4 -3 1 4 -3 -3 -4 3 1 0 -4 3 2 -4 -3 1 5 3 1 1 0 0 9 8 0 1 1 9 9 9 0 9 9 0 1 9 8 9 9 0.49 1.12 40 Y -2 -2 -1 0 2 -2 1 4 2 -4 -2 -2 -1 3 -5 -1 -4 1 1 -3 2 2 3 5 4 2 10 30 6 0 3 2 2 15 0 4 0 2 6 2 0.51 1.67 41 D 1 -1 -1 1 0 -1 3 -1 1 -1 -2 -1 0 0 -1 -1 -1 2 2 -1 10 3 3 9 2 3 21 4 3 4 3 4 3 4 3 4 3 3 6 5 0.20 1.91 42 D 0 -4 1 0 3 1 0 0 3 0 -1 0 2 -4 1 0 0 -4 1 -4 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 0 6 0 0.17 1.67 43 A 0 -3 1 -4 3 1 -3 0 -4 1 0 1 3 1 -4 0 1 -4 -3 0 8 0 7 0 7 7 0 8 0 8 8 8 7 7 0 8 8 0 0 8 0.21 1.34 44 K -1 0 -1 2 1 -1 1 -2 1 2 0 0 0 -1 0 -2 -1 -4 1 -1 6 5 3 12 3 3 10 3 3 12 8 5 3 3 5 3 3 0 5 5 0.12 1.67 45 R -1 0 0 0 3 1 0 -5 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.15 2.01 46 A 4 -5 -4 -2 0 -2 -4 2 -1 0 0 -4 1 -1 -5 -1 -2 1 0 2 33 0 0 2 2 2 0 16 2 4 9 0 3 3 0 4 2 2 4 12 0.45 1.81 47 S 3 -1 -1 -4 0 0 -2 0 2 -2 -3 -2 0 -2 -4 3 -1 -5 -2 -1 30 3 3 0 2 4 2 7 5 2 2 2 3 2 0 25 2 0 2 5 0.47 1.80 48 Q -1 0 1 0 3 1 0 0 2 -4 -1 0 2 -4 0 0 0 -5 1 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 0 6 6 6 0 6 6 0.14 1.78 49 L 0 0 -2 -1 0 -1 2 -5 2 1 2 -1 0 0 -2 -2 -1 1 1 0 7 5 2 4 2 3 12 0 4 9 19 4 2 4 2 2 4 2 5 7 0.17 1.73 50 L 0 -4 -2 -5 2 -1 -2 -2 -5 0 5 -4 2 1 -5 -2 -1 -4 -4 -1 7 0 3 0 4 3 3 3 0 3 52 0 5 6 0 3 3 0 0 3 0.68 1.72 51 D -1 -2 2 3 -5 -1 1 4 0 -2 -2 -1 -4 -5 -2 -1 -2 -5 -5 -3 5 2 10 19 0 3 10 28 3 3 4 4 0 0 2 3 2 0 0 2 0.50 1.69 52 I -2 -3 -5 -5 -1 -1 -2 -4 -2 5 3 -3 0 -1 -3 -3 -1 1 -2 0 2 2 0 0 1 3 3 1 1 35 31 1 2 2 1 2 4 2 1 4 0.71 1.75 53 S 1 -1 0 -2 -1 0 -1 -1 -1 -2 -2 3 1 -2 -2 1 3 -5 0 1 11 3 4 2 1 4 3 4 1 2 3 16 4 2 1 8 19 0 3 8 0.24 1.77 54 L -1 -2 -2 -5 4 -1 -3 -5 0 0 3 -2 3 0 -1 -2 -1 1 0 1 6 3 2 0 9 2 2 0 2 5 31 2 7 3 4 3 4 2 3 9 0.40 2.02 55 T 0 -2 0 -2 0 0 -2 -2 1 0 -2 -2 3 1 -2 0 4 -5 1 -1 8 2 4 2 2 4 2 3 3 5 3 2 9 5 2 6 28 0 5 4 0.34 2.00 56 K -2 0 -1 0 0 1 0 -1 2 0 -2 3 1 0 2 -1 -1 1 0 -1 3 5 2 4 2 7 5 5 5 5 3 18 4 3 11 5 5 2 3 4 0.19 1.95 57 R -2 5 -1 -1 -4 -1 -1 -1 0 -1 -2 2 1 -1 -1 0 -1 2 0 -2 4 27 2 4 0 3 3 5 3 4 3 12 4 3 4 7 3 3 4 3 0.36 1.77 58 G -1 -1 1 1 -1 -1 1 3 0 -2 -2 1 -1 -2 -1 1 0 -1 -4 -2 6 4 7 7 1 2 8 23 2 2 3 10 1 2 3 9 5 1 0 3 0.24 1.80 59 A -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 60 S -1 -1 1 -1 1 -1 -1 3 3 -2 -2 -1 0 -1 0 2 0 2 0 -2 5 3 6 4 2 3 3 20 6 3 3 4 3 3 4 14 5 3 3 3 0.20 2.10 61 A 1 0 2 0 0 0 0 1 1 -2 -1 1 0 -1 -1 0 -1 -5 -1 -2 12 6 9 5 2 4 6 10 4 3 7 10 2 3 3 6 4 0 2 3 0.10 2.03 62 G 0 -1 0 2 1 -1 1 3 0 -2 -2 0 -1 -1 -1 -1 -1 0 -1 -2 9 3 5 10 3 3 9 25 2 3 3 5 2 2 3 4 3 1 3 3 0.24 1.78 63 E 0 0 0 2 0 1 2 1 1 -2 -3 0 -1 -1 -1 0 -1 -5 -1 -1 7 5 5 12 2 6 12 10 4 2 3 6 2 3 3 7 4 0 2 5 0.14 1.92 64 P -1 1 2 0 -5 0 1 0 1 -1 -2 1 1 -1 1 1 0 -5 0 -1 4 9 9 5 0 5 7 7 3 3 5 7 4 3 6 10 7 0 3 4 0.11 1.90 65 I -1 0 0 0 3 1 0 -5 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.15 2.01 66 P 0 0 -2 -1 -1 -1 -1 -3 -1 -2 0 1 1 -2 6 -2 -2 0 -2 -2 9 4 2 3 1 3 4 2 1 2 10 9 4 2 35 2 2 1 2 2 0.59 1.68 67 M -2 -2 0 -4 2 -1 -1 -4 2 0 0 -1 5 0 -4 1 1 -4 1 2 3 2 5 0 4 3 4 1 5 5 8 4 14 3 0 9 11 0 5 15 0.31 1.55 68 A 4 -4 -2 -5 5 -1 -4 -2 0 0 -1 -4 1 -1 -1 -1 1 -5 -1 1 34 0 2 0 11 3 0 2 2 4 5 0 4 2 3 4 8 0 2 12 0.49 1.60 69 G -1 3 -1 -4 -5 -3 -1 4 -4 -2 -3 -3 0 -1 -4 2 -1 2 -1 -2 3 18 3 0 0 0 3 36 0 3 3 0 3 2 0 13 4 3 2 3 0.59 1.59 70 I -3 -2 -5 -5 2 -5 -5 -3 -4 4 0 -5 0 6 -2 -2 0 -3 0 2 2 2 0 0 4 0 0 2 0 21 9 0 2 32 2 3 5 0 2 12 0.75 1.52 71 P 0 1 1 1 -4 1 -3 0 3 0 -1 -3 -3 1 1 0 -3 4 2 -4 7 7 7 7 0 7 0 7 7 7 7 0 0 7 7 7 0 7 7 0 0.25 1.45 72 Y -1 -1 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