Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 V 2 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -4 -5 1 0 -4 -1 -2 -4 -2 -1 -4 -3 6 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 78 0.80 0.49 2 G -1 -4 -2 -3 -4 -4 -4 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -3 4 -4 -5 0 0 0 0 0 0 0 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 1.65 0.57 3 F -4 -5 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -2 -1 -2 -5 -2 7 -6 -1 -4 5 7 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1 0 0 50 0 6 0 7 32 0 1.40 0.81 4 K -1 1 0 1 -5 2 2 -3 -3 -5 -5 6 -4 -6 -3 -1 -1 -5 -4 -5 4 4 3 7 0 9 13 1 0 0 0 51 0 0 0 4 3 0 0 0 0.79 0.85 5 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -3 -3 -3 -3 -5 1 2 -1 -5 -4 -1 70 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 5 13 2 0 0 4 0.91 0.93 6 G -1 -5 -3 -2 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -4 0 -4 -5 -5 -5 2 0 0 1 0 0 0 85 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 1.61 0.94 7 V -3 -5 -5 -5 0 -4 -2 -6 -6 0 0 -5 -1 -3 -5 -4 -3 -5 -4 7 0 0 0 0 2 0 3 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 84 1.23 0.98 8 K -4 0 0 -4 -5 0 -3 -5 -2 4 0 6 0 -4 -4 -3 -1 -6 -4 -2 0 3 5 0 0 3 0 0 1 22 8 49 2 0 0 1 3 0 0 2 0.76 1.13 9 D -4 -4 -2 6 -6 -1 5 -3 -4 -6 -6 0 -5 -6 4 -2 -4 -7 -5 -3 0 0 1 38 0 2 32 1 0 0 0 4 0 0 17 2 0 0 0 2 1.10 1.19 10 Y -5 -5 0 -2 -2 -4 -5 -6 3 -4 -3 -5 -4 2 -6 -4 -5 6 9 -4 0 0 4 2 1 0 0 0 6 0 1 0 0 3 0 0 0 9 73 0 1.94 1.24 11 K -3 5 -2 -4 -5 1 -2 -5 -3 -2 -2 5 -4 -4 -4 -2 -4 -4 3 0 1 33 2 0 0 5 2 0 0 2 3 31 0 0 0 2 0 0 9 7 0.81 1.29 12 L -1 -2 -3 0 -5 -2 1 -6 -5 -2 4 -1 6 0 -5 -3 -2 1 -4 -1 5 1 1 5 0 1 10 0 0 1 38 4 22 3 0 2 2 2 0 3 0.65 1.37 13 T -2 -4 1 2 -5 -3 -1 3 -4 -3 -2 1 -2 -2 -3 -1 5 -6 -5 -4 3 0 6 12 0 0 4 20 0 1 4 8 1 2 1 3 34 0 0 0 0.56 1.34 14 Y -5 -5 0 -6 -2 -3 -5 -3 0 -4 -2 -5 -4 3 -6 -2 -4 -1 9 -4 0 0 5 0 1 1 0 3 1 0 4 0 0 10 0 3 0 0 71 0 1.76 1.36 15 Y -5 -5 -3 -3 -5 -5 -5 -6 -1 1 -1 -3 -3 1 -6 -3 -4 9 7 1 0 0 2 1 0 0 0 0 1 9 4 2 0 2 0 2 0 25 40 11 1.47 1.39 16 T -3 -3 2 5 -5 -1 2 -5 -4 -2 -4 -3 0 -6 -5 0 4 -6 -5 -4 1 1 10 31 0 2 10 0 0 2 2 1 2 0 0 5 30 0 0 0 0.81 1.46 17 P 1 -1 -5 -3 -5 -3 -3 -4 -5 -3 0 -1 -1 -6 8 -3 -2 -7 -6 -5 13 4 0 1 0 1 2 1 0 1 10 4 2 0 58 1 2 0 0 0 1.36 1.48 18 E -2 -3 2 6 -6 -1 3 -2 -1 -6 -3 -1 -5 -6 -5 -1 -2 -7 -5 -6 3 1 10 46 0 1 20 3 1 0 4 3 0 0 0 4 2 0 0 0 0.98 1.48 19 Y -3 -5 -1 -3 0 -4 -5 -1 0 -2 1 -5 -3 0 -5 -4 -4 -2 9 -3 1 0 4 1 2 0 0 6 2 2 14 0 0 2 0 0 0 0 61 1 1.37 1.45 20 E -3 -1 -1 -1 -5 2 4 -5 -1 2 -1 2 0 -5 -3 -2 0 -6 -5 0 2 2 3 2 0 9 30 0 1 11 5 12 2 0 1 2 6 0 0 6 0.41 1.51 21 T 0 -2 -4 0 -5 0 -1 -1 -5 -1 -5 -2 -4 -5 5 -1 4 -6 -5 1 8 2 0 6 0 4 4 4 0 3 0 2 0 0 28 3 23 0 0 11 0.64 1.47 22 K -1 0 1 0 1 -1 0 0 0 -3 -2 5 -4 -6 1 -2 -2 -6 -5 -3 4 5 6 5 3 2 5 9 3 2 4 35 0 0 6 3 3 0 0 2 0.42 1.51 23 D -2 -1 -1 6 -6 -1 3 0 0 -2 -5 -1 -5 -5 1 -2 -2 -6 -1 -2 3 3 2 35 0 2 17 8 2 3 0 4 0 0 7 2 3 0 2 3 0.59 1.39 24 T -1 1 2 1 1 0 -1 -2 1 -1 -2 0 -4 -5 -4 -1 5 -5 -4 -3 6 6 10 7 3 4 4 3 4 3 4 6 0 0 0 4 33 0 0 0 0.39 1.23 25 D -3 -4 2 2 -5 -3 1 1 4 -5 -4 -3 -4 3 2 -3 -3 -3 3 -5 0 0 11 11 0 0 11 11 11 0 0 0 0 11 11 0 0 0 11 0 0.41 0.89 26 I -4 -5 0 -5 2 0 -5 -2 -5 4 2 -5 2 1 -5 -1 0 -5 -4 2 0 0 4 0 4 4 0 4 0 27 19 0 5 7 0 6 4 0 0 10 0.42 1.22 27 L -3 -4 -5 -5 4 -4 -4 -5 -5 1 0 1 3 2 2 0 1 5 -3 1 0 0 0 0 8 0 0 0 0 8 8 8 8 8 8 8 8 8 0 8 0.35 1.22 28 A 1 -4 -3 -4 5 -4 -4 1 -4 2 -3 -4 -3 -4 2 1 2 -5 -4 1 11 0 0 0 11 0 0 11 0 11 0 0 0 0 11 11 11 0 0 11 0.31 0.89 29 A 3 -1 -4 -5 5 -4 -1 0 -5 0 -1 -1 3 -4 -1 -1 -1 2 0 -1 25 3 0 0 12 0 3 8 0 6 4 3 8 0 3 5 4 3 3 4 0.32 1.33 30 F -3 -4 -4 -5 -4 -4 -4 1 -4 2 1 -4 4 3 2 1 -3 -3 3 1 0 0 0 0 0 0 0 10 0 10 10 0 10 10 10 10 0 0 10 10 0.29 1.00 31 R -4 5 -4 -5 -6 -3 -1 -2 3 2 -2 1 -4 0 1 -4 -1 -5 3 -1 0 32 0 0 0 0 4 4 7 12 4 7 0 4 7 0 4 0 8 4 0.50 1.39 32 V 0 -5 -4 1 4 -5 -5 0 -5 1 0 -5 3 2 1 0 1 -5 2 0 7 0 0 7 7 0 0 7 0 7 7 0 7 7 7 7 7 0 7 7 0.19 1.44 33 T -1 -1 1 -2 0 -1 1 -2 0 -1 -3 1 -4 -1 -5 1 5 -6 -4 -1 5 3 6 2 2 2 9 2 2 4 3 9 0 3 0 9 32 0 0 4 0.38 1.59 34 P 0 1 1 -4 -5 1 -3 0 3 -4 -1 1 -3 1 1 0 1 -5 -3 0 7 7 7 0 0 7 0 7 7 0 7 7 0 7 7 7 7 0 0 7 0.11 1.45 35 Q 0 1 1 0 -5 1 0 0 3 -4 -4 0 2 -4 1 0 0 -5 2 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 0 1 6 6 0 6 6 6 0 6 6 0.12 1.67 36 P 0 1 1 1 -5 1 1 0 -4 0 -1 1 -4 -5 1 0 1 -5 -4 -4 7 7 7 7 0 7 7 7 0 7 7 7 0 0 7 7 7 0 0 0 0.09 1.45 37 G 1 2 2 2 -5 -2 1 1 -3 -4 0 1 -3 -5 -4 1 -3 -5 -4 -4 10 10 10 10 0 0 10 10 0 0 10 10 0 0 0 10 0 0 0 0 0.19 1.00 38 V -2 0 -5 -2 2 -1 -2 -2 2 0 -1 -2 2 3 -1 -4 -1 -4 2 3 3 6 0 3 4 3 3 4 4 5 4 3 6 11 3 0 4 0 6 22 0.24 1.75 39 P 0 1 1 1 -5 1 0 0 3 -5 -1 0 -4 1 1 0 0 -5 -4 -4 7 7 7 7 0 7 7 7 6 0 7 7 0 6 7 7 7 0 0 0 0.11 1.56 40 P -1 0 -1 1 2 -4 -4 -2 1 1 -1 -1 1 0 5 -2 -1 -5 2 -1 5 6 3 7 4 0 0 3 3 7 6 3 4 5 23 3 3 0 6 4 0.31 1.73 41 E -1 1 1 0 -5 1 0 0 -4 0 -1 0 3 1 -5 -4 0 -4 2 0 6 6 6 6 0 6 6 6 0 6 6 6 6 6 0 0 6 0 6 6 0.07 1.67 42 E 0 1 1 1 -5 1 0 -4 -3 0 -4 1 -4 1 1 0 -3 5 2 -4 7 7 7 7 0 7 7 0 0 7 1 7 0 7 7 7 0 7 7 0 0.22 1.45 43 A -1 -4 -4 -5 3 1 0 -1 3 0 -1 0 -4 1 1 0 0 4 2 0 6 0 0 0 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 0.13 1.78 44 G 0 1 -4 1 4 -4 0 0 -5 1 -5 1 -4 -5 1 0 1 5 -5 0 7 7 0 7 7 0 7 7 0 7 0 7 0 0 7 7 7 7 0 7 0.21 1.44 45 A 4 -1 0 -1 2 -1 1 1 -4 -3 -2 -1 -4 -5 -1 -1 -2 -6 -5 -1 34 4 5 3 4 3 9 9 0 2 5 4 0 0 3 4 2 0 0 4 0.30 1.53 46 A 3 -1 -4 -1 3 -3 1 -2 4 0 -2 -4 -4 0 -1 0 -1 -5 -4 0 24 4 0 3 5 0 9 4 11 6 4 0 0 5 3 5 4 0 0 6 0.25 1.44 47 V 0 1 -4 1 -5 -4 0 0 -4 1 0 -4 3 2 -5 0 1 -5 -4 0 8 8 0 8 0 0 8 8 0 8 8 0 8 8 0 8 8 0 0 8 0.11 1.33 48 A 5 0 -4 -4 3 -4 -4 0 -4 -4 -4 -3 -4 0 0 2 0 -5 -4 -1 42 5 0 0 6 0 0 7 0 0 0 0 0 5 5 13 5 0 0 5 0.51 1.17 49 A 0 -3 -3 1 4 -3 1 0 -4 1 0 1 -3 -4 -4 0 1 -5 -4 1 8 0 0 8 8 0 8 8 0 8 8 8 0 0 0 8 8 0 0 8 0.12 1.23 50 E -3 3 -2 3 -4 -1 2 -4 -2 -2 -3 3 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 2 0 17 0 17 0 0 17 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 17 0.29 0.56 51 S 0 -4 2 -4 4 2 1 -4 -3 1 0 -3 -3 2 -5 1 -3 -4 3 -3 9 0 9 0 9 9 9 0 0 9 9 0 0 9 0 9 0 0 9 0 0.24 1.11 52 S -1 -4 -2 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -4 -4 -3 -4 3 0 6 1 -4 0 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 5 66 9 0 3 0 0.95 1.07 53 T -2 0 0 -4 0 -3 -3 -4 -3 1 -3 -3 -1 -3 -1 0 6 -4 3 -1 2 6 3 0 2 0 0 0 0 7 0 0 1 0 3 5 51 0 10 2 0.69 1.08 54 G 0 0 -3 -1 -4 -3 -1 6 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -4 -1 0 4 -4 -4 9 6 0 4 0 0 5 58 0 0 1 1 0 0 0 2 5 6 0 1 0.96 1.01 55 T -1 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -1 0 -2 -3 -1 -3 -3 -3 0 7 -4 3 -3 3 0 0 0 0 0 1 5 2 3 1 3 0 0 0 5 62 0 9 1 0.90 1.06 56 W -4 -4 3 -4 4 -4 -4 -2 -4 -4 -3 -4 3 2 -5 -4 -4 11 -1 -4 1 0 17 0 7 0 1 4 0 0 1 0 9 9 0 1 0 44 0 1 1.58 1.10 57 T -1 -4 -3 1 -4 -3 0 -4 -4 0 -1 -4 -3 1 -4 0 6 -5 -4 2 5 0 0 8 0 0 5 0 0 5 4 0 0 6 0 4 44 0 0 13 0.60 1.28 58 T -1 -1 2 0 1 -1 1 1 1 1 -2 -1 0 -4 -1 -1 3 -5 -4 0 5 3 9 5 3 3 8 10 3 9 3 3 3 0 3 4 15 0 0 5 0.09 1.35 59 V -2 -4 -3 -4 5 -3 -4 1 -4 2 1 -3 4 -3 -3 -3 2 -4 -3 2 1 1 0 1 11 0 1 12 0 12 12 1 11 0 1 1 12 0 0 12 0.29 0.79 60 W 0 -1 -1 -4 1 0 0 -2 3 -5 -5 -1 -4 0 3 -1 -4 9 1 -2 8 3 3 0 3 4 6 4 8 0 1 3 0 4 13 5 0 21 5 3 0.67 1.59 61 T 0 1 1 -4 3 -3 0 0 -4 0 -1 0 -4 -4 1 0 0 -5 2 0 7 7 7 0 6 0 7 7 0 7 7 7 0 0 7 7 7 0 6 7 0.08 1.56 62 D 0 -3 1 1 -4 -3 1 0 3 -3 0 1 3 -4 -4 0 1 -5 -4 0 8 0 7 8 0 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