Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 4 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -1 -2 -3 -2 -4 -3 2 -2 -5 -4 4 45 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 39 0.81 0.87 2 I 2 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -5 3 -1 -5 1 4 -5 -4 -2 4 -2 4 21 0 0 0 0 0 0 0 0 18 3 0 3 16 0 0 1 6 0 32 0.77 1.16 3 H -3 6 -1 1 -6 1 -2 -1 5 -6 -5 -1 -4 -5 3 -3 -4 -6 -4 -5 1 46 3 8 0 6 0 5 15 0 0 1 0 0 13 0 0 0 0 0 1.04 1.21 4 C -3 -6 -6 -6 11 -6 -7 -5 -6 -4 -4 -6 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.35 1.28 5 P 1 -3 -4 -3 -5 0 3 -1 -3 -5 -5 -3 -5 -6 7 -2 -3 -6 -5 -4 13 1 0 1 0 4 21 4 0 0 1 0 0 0 54 1 1 0 0 0 1.40 1.32 6 P -1 -4 -4 -2 -5 0 0 2 -4 -4 -5 -3 -5 -6 7 1 -1 -6 -5 -2 5 0 0 2 0 3 8 13 0 0 0 1 0 0 50 10 4 0 0 3 1.14 1.32 7 C -3 1 -5 -6 11 -5 -5 -5 -2 -4 -3 -3 -4 -5 -5 -2 -3 -5 -5 -3 1 8 0 0 83 0 0 0 1 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0 1 2.60 1.29 8 S -2 -4 -2 4 5 -3 0 2 -4 -5 -5 -1 -4 -4 -3 1 3 -5 -5 -3 2 0 1 27 14 0 6 15 0 0 0 4 0 1 1 12 17 0 0 1 0.70 1.29 9 E 2 -3 -2 3 -4 4 2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 4 -2 -1 -5 -4 -3 20 0 1 17 0 22 11 1 0 1 2 1 0 0 18 2 3 0 0 1 0.69 1.22 10 E -2 1 -2 0 -1 -1 4 2 -2 -4 -4 3 -3 -4 -3 0 -3 -4 -4 -2 2 8 1 4 1 2 31 18 1 1 1 19 0 1 1 6 1 0 0 3 0.56 1.13 11 K 3 3 -2 -1 -3 0 -2 -2 1 -2 -2 2 0 -3 -2 0 -2 -3 -3 1 29 14 2 3 0 3 2 2 4 1 5 13 2 1 2 5 2 0 1 9 0.32 1.02 12 L -1 -1 -3 -3 3 3 -3 -4 -2 -1 4 -2 2 -1 0 -2 -3 -3 -3 0 4 4 1 1 7 13 1 1 1 2 42 2 4 2 5 2 1 0 1 7 0.48 1.08 13 A 4 -2 -1 -2 -3 -1 -2 -1 -4 -3 -2 -2 -1 -4 -1 4 1 -5 -4 -3 35 2 3 1 0 2 2 3 0 1 5 2 1 0 3 32 7 0 0 1 0.61 1.27 14 R 1 2 -2 -2 -4 2 -1 2 -2 -3 1 -1 4 -4 -4 1 -2 -4 -4 -2 14 13 2 1 0 11 4 14 1 0 13 2 11 0 0 9 2 0 0 2 0.34 1.25 15 C -2 -3 -3 -6 11 -5 -6 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 1 1 1 0 93 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.04 1.29 16 R 0 1 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -2 -4 -4 2 -4 -5 7 -2 -3 -5 -4 -3 8 9 0 1 0 1 1 2 1 0 2 15 0 0 53 3 1 0 0 1 1.26 1.23 17 P 0 -2 -3 0 -4 -1 0 -2 -4 -4 -2 -1 -4 -5 7 0 -2 -5 -4 -1 8 1 1 4 0 2 5 4 0 0 4 3 0 0 50 7 2 0 0 6 1.03 1.27 18 P -1 -3 -4 -2 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -1 -4 -3 -5 7 1 -1 -6 -5 -2 5 1 0 1 0 0 3 2 0 0 7 0 0 0 59 13 3 0 0 3 1.39 1.38 19 V 2 0 -2 -1 1 -2 0 0 -2 -2 0 -2 -3 -3 4 0 0 -5 -2 1 15 5 1 4 3 1 6 8 1 1 8 2 0 1 20 5 5 0 1 10 0.29 1.36 20 G -1 -2 -1 2 -5 -2 -1 4 -2 -4 -2 -3 -3 -5 0 2 1 -5 -2 -1 4 3 2 14 0 2 3 34 1 0 5 1 0 0 5 14 7 0 1 4 0.50 1.36 21 C 0 -5 -4 -4 10 -2 -2 -1 -5 -4 -3 -5 -1 -5 -3 -2 -3 -5 -5 -3 8 0 1 1 72 2 2 6 0 0 1 0 2 0 1 2 1 0 0 0 2.13 1.33 22 E 1 0 -4 -4 4 1 1 0 -4 -3 -1 -1 -2 -2 4 -1 -1 -5 -2 0 11 5 0 0 8 7 9 8 0 0 7 4 1 1 21 4 3 0 2 7 0.36 1.29 23 E 1 1 -2 -1 -2 1 6 -1 -3 -4 -2 -1 -4 -3 -3 0 -1 -5 -2 -4 11 9 1 1 1 4 49 4 0 1 5 2 0 1 1 5 2 0 1 0 0.71 1.29 24 L 1 1 -3 -1 -4 -3 0 2 -1 0 2 -2 -2 -4 0 -1 0 -2 -4 0 10 9 1 3 0 1 6 19 1 4 22 1 1 0 4 4 6 1 0 7 0.22 1.30 25 V 2 -3 -4 0 -4 -1 -1 -1 -4 -2 1 -3 1 -2 2 0 -1 -3 0 4 14 1 0 6 0 2 3 5 0 0 11 1 3 1 9 6 2 0 4 30 0.32 1.28 26 R -1 5 -3 -3 -4 0 -2 0 -2 -2 -2 2 -2 -4 1 -1 0 1 -4 1 5 35 0 1 0 4 1 6 1 2 4 10 1 0 7 3 5 2 0 12 0.49 1.25 27 E 0 -2 -3 2 -1 1 4 -3 -3 -4 -1 -1 -2 -5 3 0 -1 -5 -3 -4 7 2 0 10 2 5 33 1 0 0 7 2 1 0 16 8 3 0 1 0 0.57 1.24 28 P 0 -3 0 3 -2 -1 0 -4 2 -4 -3 0 -4 -5 6 -2 -3 -5 -4 -2 9 0 4 19 1 3 5 1 5 0 2 7 0 0 38 1 1 0 0 3 0.87 1.18 29 G 1 3 -1 -1 -4 -2 -2 5 -1 -2 -3 -2 -4 -5 -1 -1 -3 -5 -4 -3 11 20 3 3 0 1 2 45 1 2 2 0 0 0 2 3 0 0 0 2 0.75 1.22 30 C 0 -5 -4 -4 11 -4 -3 -2 -5 -3 -2 -5 -4 -5 -5 -1 -3 -5 -5 -2 7 0 0 1 77 0 2 3 0 0 2 0 0 0 0 3 0 0 0 2 2.29 1.22 31 G 1 -1 1 -2 -4 -2 -2 6 -2 -5 -5 -2 -5 -5 -3 0 -2 -5 -5 -5 11 4 6 2 0 1 2 61 1 0 0 1 0 0 1 7 3 0 0 0 1.05 1.26 32 C -2 0 -4 -2 10 -3 1 -3 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -4 -3 -3 -4 -4 -2 3 6 0 2 70 1 9 2 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 0 2 2.03 1.22 33 C 1 -5 -4 -5 10 -5 -4 -1 -5 -4 -3 -5 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -5 -3 13 0 1 0 73 0 1 4 0 0 2 0 0 0 1 1 2 0 0 0 2.18 1.26 34 A 1 1 -2 -3 -4 0 0 -1 0 -3 1 -2 4 -1 4 0 -3 1 -3 -2 10 8 2 1 0 4 5 5 2 0 16 1 12 3 19 7 1 2 0 1 0.37 1.29 35 T 0 -4 -3 -4 -3 -2 -2 1 -1 -1 -2 -2 2 -2 -3 -2 4 -4 -4 4 8 0 0 0 0 1 2 11 2 2 2 2 5 2 1 2 30 0 0 31 0.56 1.21 36 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -4 -2 -5 -4 -5 -3 -1 -1 -5 -5 -3 2 0 0 0 85 0 0 0 0 0 3 0 0 0 1 4 3 0 0 0 2.67 1.27 37 A 6 -3 -4 -4 -3 -3 -2 -1 -4 -4 -2 -3 -2 -3 0 -1 0 -5 -2 -2 72 1 0 0 0 0 2 3 0 0 4 0 1 1 5 1 6 0 1 2 1.02 1.31 38 L 2 3 -1 -5 -4 0 -3 -5 -2 -2 4 -2 -2 -4 1 -1 -3 -5 -4 -3 15 20 3 0 0 4 1 0 1 1 42 1 0 0 6 5 0 0 0 0 0.58 1.31 39 G 2 2 -3 -3 -5 1 0 3 -3 -4 -1 -1 -1 -4 2 -1 -2 -5 -5 -3 21 14 0 1 0 7 5 23 0 0 7 2 1 1 9 3 1 0 0 2 0.41 1.31 40 L -2 0 -3 -2 -6 0 6 -3 -2 -3 0 0 -2 -3 1 -3 -3 -2 -4 -3 3 4 0 1 0 2 57 2 0 1 11 4 1 1 8 1 1 0 0 2 0.86 1.30 41 G -2 -3 -2 -2 -5 -4 -3 7 -4 -6 -5 -4 -5 -5 -4 -2 -4 0 -5 -5 0 1 1 2 0 0 1 87 0 0 1 0 0 0 0 2 0 1 0 0 1.76 1.19 42 M 1 -2 -2 1 -5 5 5 -2 -1 -5 -4 -2 -1 -5 -3 -2 -1 -5 -4 -3 13 1 1 6 0 28 36 3 1 0 1 1 1 0 0 2 3 0 0 1 0.81 1.22 43 P 3 0 -3 -4 -4 1 -2 -3 -1 -4 -1 -2 -1 -3 4 2 0 1 -4 -2 27 5 1 0 0 7 2 0 1 0 5 1 1 1 20 18 6 2 0 2 0.52 1.23 44 C -3 -5 -5 -5 11 -5 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -2 -3 5 -1 -3 0 0 0 0 82 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 3 0 9 2 0 2.61 1.16 45 G -1 -4 0 -2 -5 -4 -2 7 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -4 1 -3 -5 -5 -3 3 0 4 2 0 0 2 76 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 2 1.47 1.26 46 V -1 -1 -4 -3 -4 -4 -4 1 -5 2 -1 -1 3 -1 -1 -2 -2 -5 -4 5 4 4 0 1 0 0 0 12 0 8 5 3 7 3 3 2 1 0 0 45 0.58 1.26 47 Y 1 -2 1 0 1 -2 -2 -2 1 -4 -3 -2 -4 -1 -2 -1 -1 -2 7 -3 14 2 7 6 4 2 2 2 3 0 2 2 0 1 2 5 3 0 44 1 0.82 1.32 48 T -2 -1 -3 -1 -4 -2 -2 1 -4 -2 -2 -2 -1 0 -3 -1 6 3 0 -2 2 4 0 4 0 1 2 9 0 2 3 1 1 5 1 3 52 4 3 1 0.72 1.27 49 P 2 -1 -3 -1 -4 -1 2 2 -4 -4 -2 1 -1 -5 4 -1 -2 -5 -5 -2 21 4 0 3 0 2 13 13 0 0 5 8 1 0 23 2 2 0 0 3 0.51 1.18 50 R -3 5 1 -2 -5 1 0 -3 1 -4 -3 1 -1 -3 2 -1 -1 -5 -1 -2 1 39 7 1 0 7 7 1 3 0 2 6 1 1 10 4 4 0 2 4 0.60 1.14 51 C -2 -5 -4 -5 10 -5 -5 0 -4 -4 -4 -5 -4 -4 -5 0 -3 -4 1 -3 0 0 0 0 78 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 6 0 2.21 0.97 52 G 3 -1 -3 -1 -4 -3 -3 4 -4 -4 -2 -3 0 -5 -4 2 1 -5 -4 -2 26 3 0 4 0 0 0 32 0 0 3 0 3 0 0 17 8 0 0 3 0.60 0.97 53 S -1 2 -1 1 -5 4 1 -3 1 -4 -2 0 -3 -2 3 0 0 -5 -1 -3 4 13 2 6 0 22 7 2 3 0 3 5 0 2 15 7 4 0 2 2 0.44 0.97 54 G -1 -1 -1 -1 -4 -1 -1 6 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -1 -1 -4 -4 -4 4 4 3 3 0 3 3 71 0 0 1 0 0 0 0 3 3 0 0 0 1.18 0.92 55 L -3 0 -4 -4 -3 -3 -4 0 -4 -1 5 -3 2 0 -4 -3 -3 -3 -2 -1 1 5 1 1 0 0 1 10 0 1 69 1 5 4 1 1 1 0 0 1 0.78 0.79 56 R -2 5 -1 -2 -4 2 1 -2 -1 -2 -2 0 -1 -4 -3 2 0 -4 -2 -2 1 39 2 1 0 7 9 2 1 2 3 4 1 0 1 19 4 0 1 3 0.56 0.79 57 C -2 -4 -4 -4 10 -4 -4 0 -4 -3 -3 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -3 1 1 1 1 80 0 1 10 0 1 1 1 0 0 1 1 1 0 0 1 2.14 0.79 58 Y -1 0 -4 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 0 0 -4 1 0 6 6 0 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 0.10 1.78 59 P 0 -1 0 -4 -5 0 -4 -1 3 -1 -2 -1 -4 0 6 0 -3 -5 0 0 8 4 4 0 0 4 0 4 7 4 5 4 0 4 35 7 0 0 4 7 0.63 1.62 60 P -2 3 0 -1 -5 1 -2 -1 0 -2 -2 -1 -1 -1 5 0 -1 1 -4 -2 3 19 5 3 0 7 2 5 2 2 4 3 2 3 24 6 5 2 0 2 0.47 1.71 61 R 0 0 0 -1 -5 1 0 0 -4 -2 -3 -2 -1 -1 6 -1 0 -5 -5 -2 9 6 5 4 0 6 5 6 0 2 3 2 2 3 34 4 5 0 0 2 0.60 1.71 62 G -1 -1 -1 2 -6 -1 1 6 -1 -7 -6 -2 -6 -2 -5 -1 -2 -6 -6 -6 3 4 2 12 0 2 8 56 2 0 0 2 0 2 0 4 2 0 0 0 1.04 1.71 63 V 1 -1 -2 2 -5 -1 5 -3 -1 -5 -4 0 -2 -6 -1 1 -2 -6 -2 0 13 3 2 10 0 2 37 1 1 0 1 5 1 0 2 10 1 0 1 7 0.59 1.70 64 E 1 1 -2 0 -5 0 4 -3 2 -3 -3 -1 -4 -6 4 -1 -1 -6 -5 -3 10 7 1 5 0 4 29 2 4 2 3 3 0 0 20 5 4 0 0 1 0.60 1.67 65 K 1 5 -1 -4 -5 0 -2 -1 -2 -4 0 2 -1 1 -5 0 -2 -1 -1 -2 11 31 2 0 0 4 2 4 1 0 11 11 1 6 0 7 2 1 2 3 0.46 1.64 66 P -2 -4 -2 -4 -4 -2 -2 0 -4 -4 -3 -3 -4 -5 8 -2 -1 -5 -4 -2 3 1 2 1 0 2 2 8 0 1 3 1 0 0 68 3 4 0 0 3 1.69 1.44 67 L -2 -4 -5 -5 -4 -4 -4 -5 -5 0 5 -4 -1 0 1 -4 -1 1 -3 0 3 0 0 0 0 0 1 1 0 2 68 1 0 3 6 1 4 2 0 6 0.99 1.39 68 H -2 3 -2 -1 1 5 0 -2 6 -2 -4 1 -3 -4 -4 0 -1 -4 0 -4 3 15 1 4 3 24 5 3 17 3 1 7 0 0 0 7 3 0 3 0 0.62 1.37 69 T 5 0 -1 -1 -3 1 -1 -3 -4 -1 -2 -3 -3 -4 -3 1 -1 -4 -4 -1 55 5 3 3 0 6 3 1 0 3 3 1 0 0 0 11 3 0 0 3 0.71 1.35 70 L -2 -2 -5 -5 -4 -4 -2 -1 -5 0 5 -4 3 -3 -5 -4 1 -4 -4 -1 2 2 0 0 0 0 3 6 0 3 63 0 6 0 0 0 9 0 0 3 0.88 1.38 71 M -3 -2 -4 -5 -4 -4 -4 -2 -4 2 3 -1 2 -1 -1 -2 2 -1 -3 3 1 3 0 0 0 0 0 4 0 11 33 3 5 3 3 2 11 1 0 17 0.48 1.34 72 H -3 3 -2 0 -5 4 3 -1 5 -4 -1 1 -1 -4 -4 -3 -1 -1 -2 -4 1 17 2 4 0 17 19 4 13 1 7 6 2 0 0 1 4 1 1 0 0.57 1.38 73 G -3 0 -1 -3 -5 -4 -4 7 -1 -6 -6 -2 -5 -5 -1 0 -4 -5 0 -6 0 6 3 1 0 0 0 74 1 0 0 2 0 0 3 6 0 0 3 0 1.44 1.42 74 Q -2 6 -3 -4 -6 3 -1 -5 3 -5 -1 1 -3 0 0 -3 -3 -5 -2 -4 2 47 0 0 0 15 2 0 6 0 8 6 0 5 5 1 1 0 1 1 0.91 1.36 75 G 0 -5 -3 -4 3 -5 -5 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 2 -5 -6 8 0 0 0 6 0 0 84 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 1.82 1.36 76 V 0 2 -2 -5 -4 -2 -4 -5 -2 2 0 -3 0 -1 -5 -1 3 -5 -4 4 8 14 2 0 0 1 0 0 1 10 7 1 2 2 0 4 17 0 0 31 0.50 1.36 77 C -3 -6 -5 -6 11 -6 -6 -5 -6 -4 -4 -6 -4 -5 -6 -1 -3 -5 -5 -4 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 3.16 1.28 78 M 0 -1 -2 -4 -4 3 0 -4 -4 0 1 -3 3 -4 -4 1 3 -5 -4 1 6 3 1 0 0 17 5 0 0 4 15 0 8 0 0 13 17 0 0 12 0.39 1.16 79 E -3 -1 5 3 -5 1 3 -2 -2 -5 -5 2 -4 -4 -1 -1 -3 -5 -4 -5 1 2 34 17 0 7 17 2 0 0 0 15 0 1 3 2 0 0 0 0 0.77 0.85 80 L -2 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -5 2 4 -4 0 -1 -4 -3 -2 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 44 0 0 0 0 0 0 0 0 47 0.77 0.50 K Lambda Standard Ungapped 0.1463 0.3261 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1716 0.3177 PSI Gapped 0.0525 0.2670