Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 D -3 -2 2 6 -5 0 4 -3 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 10 52 0 0 38 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.09 0.48 2 E -1 1 -2 -1 -4 4 5 -4 -2 -4 -3 1 -3 -5 2 -2 1 -4 -4 -3 2 5 0 0 0 22 41 0 0 0 2 6 0 0 11 0 10 0 0 0 0.72 0.65 3 A 2 -1 -1 -4 -3 -3 -3 -3 -4 3 -1 -1 -1 -3 -1 0 -2 -5 -3 4 19 2 4 0 0 0 0 0 0 19 0 4 0 0 3 9 0 0 0 39 0.48 0.69 4 A 3 -3 -3 -3 -3 0 0 0 -3 -1 0 -2 0 -3 1 1 1 -4 -2 1 32 0 0 0 0 5 5 5 0 2 10 0 3 0 6 11 9 0 1 10 0.28 0.70 5 E 2 -2 -1 -1 -4 2 4 -3 2 -2 -2 -2 -3 -3 -1 0 -2 -4 -3 0 24 1 2 2 0 8 36 1 5 1 4 0 0 1 3 5 0 0 0 7 0.45 0.74 6 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 0 5 -4 1 2 0 -3 -3 0 1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 75 0 2 10 5 1 0 1 4 2 0.94 0.74 7 M -2 -2 2 0 -3 2 -1 -3 -3 0 0 0 5 0 -2 2 1 -4 -3 -1 1 0 9 4 0 11 2 0 0 6 6 5 20 5 1 20 10 0 0 2 0.33 0.75 8 Q 1 -2 -1 0 -4 4 4 -3 -2 -1 -2 1 0 -4 -1 1 -1 -4 -4 -3 13 0 1 5 0 23 27 0 0 4 3 7 3 0 3 9 2 0 0 1 0.47 0.75 9 Q -2 0 -2 -1 -5 6 5 -4 -2 -5 -4 1 -2 -5 -3 0 -2 -1 -3 -4 2 2 0 0 0 45 37 0 0 0 0 6 1 0 0 4 0 1 0 0 1.03 0.73 10 V -1 -4 1 -4 -3 -3 -2 -4 -4 4 2 -3 0 0 -4 -3 -1 -4 -1 3 6 0 9 0 0 0 2 0 0 31 20 0 1 3 0 0 2 0 2 23 0.52 0.73 11 N 0 -2 4 1 -3 0 1 -1 1 -3 -2 0 -1 -4 -3 1 3 -4 -2 -2 6 1 27 7 0 2 7 3 3 0 4 5 2 0 0 11 19 0 1 1 0.40 0.73 12 V -2 -1 -1 2 -4 2 5 -3 -2 -1 -3 -2 0 -4 -3 -1 1 -5 -4 2 1 2 1 13 0 7 42 1 0 2 1 0 2 0 0 3 9 0 0 16 0.57 0.73 13 L -2 -4 -1 -5 -1 -2 -4 -5 -4 0 5 -4 2 0 -5 -3 -3 4 0 -1 2 0 4 0 1 1 0 0 0 2 69 0 5 2 0 1 0 6 4 2 0.82 0.74 14 K -1 1 -1 -1 -4 1 1 -3 -2 -4 -4 6 -2 -5 -3 -1 1 -5 -4 -4 4 6 1 1 0 4 8 1 0 0 1 60 1 0 0 3 10 0 0 0 0.80 0.71 15 L 0 -3 0 -1 -3 -1 0 -3 -2 1 3 -3 3 -2 -4 -2 -1 -4 -3 1 9 0 5 3 0 2 8 2 1 8 40 0 9 1 0 2 4 0 0 8 0.35 0.72 16 T 1 -1 0 -2 -3 2 0 -1 1 -3 -2 0 -1 -3 -2 2 4 -4 -2 -1 11 1 4 1 0 9 5 3 3 0 4 4 1 1 1 18 28 0 1 5 0.32 0.72 17 V 1 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 0 2 2 -3 2 -2 -4 -2 -1 -1 -1 4 13 0 0 0 0 0 0 0 3 13 15 1 6 0 0 1 3 1 2 41 0.51 0.62 18 E -1 -1 -1 3 -4 2 5 -2 -2 -3 -3 1 -3 -3 -3 -1 0 -4 -3 -1 5 1 1 17 0 10 41 2 0 1 1 6 0 1 0 3 5 0 0 6 0.56 0.61 19 D -2 1 1 3 -1 0 1 3 0 -3 -4 -1 -3 -4 -3 2 0 -4 -4 -4 0 8 7 20 1 3 8 26 3 1 1 1 0 0 0 15 5 0 0 0 0.45 0.61 20 L 0 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -1 2 4 -4 1 -1 -4 -3 -2 2 -2 3 7 1 0 0 0 0 0 0 2 7 58 0 2 0 0 0 0 3 0 21 0.64 0.54 21 E -2 0 -2 1 -5 1 6 -1 -2 -4 -2 0 -3 -4 -3 -2 -1 -4 -3 -4 1 2 0 2 0 4 78 5 0 0 4 1 0 0 0 0 3 0 0 0 1.00 0.54 22 K -2 2 -2 -2 -4 2 1 -3 -2 -2 -2 5 2 -4 -3 -1 -1 -4 -3 -3 1 9 0 0 0 8 9 0 0 3 2 53 9 0 0 4 3 0 0 0 0.62 0.50 23 E -1 -1 -1 2 -5 1 6 -3 -2 -4 -4 1 -3 -5 -2 0 -2 -4 -3 -4 5 0 0 9 0 2 73 0 0 0 0 8 0 0 0 4 0 0 0 0 0.97 0.47 24 R -3 7 -2 -3 -5 0 -2 -4 -2 -5 -4 2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 1.62 0.63 25 D -3 -3 1 7 -5 -2 1 -2 -3 -5 -5 -2 -2 -5 -3 0 -2 -6 -5 -5 0 0 4 82 0 0 5 1 0 0 0 0 1 0 0 6 1 0 0 0 1.45 0.68 26 F -3 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -4 -2 -1 -1 -4 2 8 -5 -4 -3 -1 3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 6 79 0 0 0 0 8 0 1.47 0.65 27 Y -3 -3 -2 -5 3 -3 -4 -5 2 -3 -3 -4 -3 2 -5 -3 -1 0 8 -3 0 0 1 0 7 0 0 0 3 0 0 0 0 2 0 0 5 0 82 0 1.63 0.68 28 F -2 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -2 -2 0 -5 -2 8 -5 -4 -4 -1 4 -1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 77 0 0 0 0 12 3 1.48 0.68 29 G 0 1 1 2 -4 0 1 4 -1 -5 -2 -2 -4 -5 -3 2 -2 -5 -4 -4 5 7 8 11 0 3 8 37 1 0 4 0 0 0 0 16 1 0 0 0 0.53 0.75 30 K -3 2 -2 -3 -5 0 -1 -3 -2 -5 -4 7 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 92 0 0 0 0 0 0 0 0 1.45 0.75 31 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 0 6 -4 0 -1 -1 -2 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 89 0 0 0 3 4 0 0 0 5 1.10 0.75 32 R -3 7 -2 -3 2 0 -2 -4 -2 -4 -3 0 0 -4 -4 -1 -3 0 -3 -1 0 76 0 0 5 3 0 0 0 0 0 0 3 0 0 5 0 1 0 6 1.21 0.74 33 N 0 0 3 5 -5 1 2 -2 -1 -5 -3 0 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 9 5 18 35 0 7 13 1 1 0 2 5 0 0 0 1 1 0 0 0 0.67 0.75 34 I 0 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 0 -4 1 1 -4 -4 -2 -4 -3 3 8 0 0 0 0 0 0 0 0 65 3 0 2 5 0 0 0 0 0 17 0.98 0.75 35 E -2 -2 -2 1 -5 2 7 -4 -2 -5 -5 0 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 2 0 0 2 0 5 88 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1.43 0.75 36 L -1 -2 -4 -2 -3 -3 -1 -5 -4 4 3 -4 1 -1 -4 -3 -3 -4 0 2 4 2 0 2 0 0 6 0 0 27 33 0 3 2 0 1 0 0 3 16 0.53 0.75 37 I -3 -4 -4 -3 -3 -4 -2 -5 -4 4 3 -4 3 2 -5 -1 -2 3 0 0 0 0 0 1 0 0 2 0 0 32 31 0 8 10 0 5 1 4 2 4 0.62 0.75 38 C -2 -5 -2 -5 10 -4 -5 -4 -5 -1 -1 -5 1 -2 -5 -2 -1 -4 -4 0 1 0 3 0 72 0 0 0 0 2 5 0 4 1 0 1 2 0 0 8 1.82 0.81 39 Q -3 0 -1 -2 -5 7 1 -2 -1 -4 -1 1 -2 -4 -3 -2 -3 1 -3 -4 0 3 2 0 0 69 7 3 1 0 7 5 0 0 0 1 0 2 0 0 1.10 0.80 40 E -1 -1 0 1 -2 1 6 -3 -2 -3 -4 -1 -2 -5 -3 0 1 -4 -3 -2 4 3 3 6 1 5 55 1 0 1 0 2 1 0 0 8 7 0 1 2 0.77 0.85 41 N -1 -2 4 0 0 0 -1 -3 4 -1 -2 0 -2 -2 3 -1 -2 -4 1 0 5 2 26 4 2 5 3 1 10 3 3 4 1 1 14 3 2 0 5 7 0.40 0.95 42 E -2 -1 -2 1 -2 0 6 1 -3 -5 -4 -1 -3 -5 -1 -1 -2 -5 -5 -3 2 3 1 5 1 3 61 12 0 0 1 2 0 0 3 2 1 0 0 2 0.98 1.21 43 G -2 -2 0 1 -5 1 2 3 -1 -1 -1 0 -1 -1 -3 1 -2 -5 -3 -2 2 2 5 8 0 7 13 24 1 4 5 7 1 2 1 10 2 0 1 3 0.27 1.19 44 E -1 -2 0 2 -3 2 5 1 -1 -2 -3 0 -2 -5 -3 0 -2 -4 -4 -3 5 1 3 10 1 11 39 10 1 2 2 4 1 0 1 6 2 0 0 1 0.57 1.13 45 N -1 -2 5 2 -4 1 1 0 3 -4 -2 -1 -2 -4 -1 1 0 -5 -3 -1 4 1 28 11 0 5 9 6 6 0 4 2 1 0 3 9 6 0 1 4 0.43 1.13 46 D -1 -2 3 4 -2 0 0 -2 1 -1 1 -2 -2 -2 -1 1 0 -4 -3 -2 4 1 16 21 1 4 6 2 3 3 13 2 1 2 3 10 5 0 1 3 0.30 1.14 47 P -2 -2 -2 1 -5 -2 1 -1 -1 -4 -2 -1 -4 -4 7 -1 -1 -5 -5 -2 2 2 2 8 0 1 11 6 1 1 4 2 0 1 50 3 4 0 0 2 1.04 1.22 48 V -2 -4 -4 -2 -1 -4 -3 -3 -2 3 2 -4 2 2 -4 -1 1 -4 -3 3 2 0 0 2 1 0 2 2 1 14 23 0 5 10 1 4 8 0 0 24 0.48 1.22 49 L -1 -5 -5 -5 2 -4 -5 -5 -5 3 3 -2 1 -1 -5 -2 0 -5 -4 4 3 0 0 0 4 0 0 1 0 18 32 3 2 2 0 3 5 0 0 28 0.70 1.25 50 Q 0 0 0 0 -5 4 2 -2 -1 -3 -4 4 -1 -5 -2 1 -1 -5 -4 -2 7 4 4 5 0 22 13 3 1 1 1 24 1 0 1 8 2 0 0 2 0.53 1.30 51 R 1 4 -1 0 -5 1 0 -2 1 -4 -4 4 -4 -4 -4 -1 -1 -2 -4 -2 14 20 3 5 0 6 5 3 3 1 1 29 0 1 0 3 2 1 0 3 0.56 1.30 52 I -3 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -6 7 0 -4 1 -1 -5 -4 -2 -5 -4 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 62 5 1 2 2 0 0 2 0 0 23 1.29 1.28 53 V -4 -2 -3 -4 -5 5 -1 -5 -2 0 3 1 3 2 -5 -3 -2 -4 0 1 0 1 0 0 0 26 4 0 1 4 27 8 8 8 0 1 1 0 2 9 0.59 1.30 54 D 1 0 0 4 -5 0 3 -1 -2 -5 -4 3 -3 -5 -4 0 -1 -5 -1 -4 10 5 4 21 0 4 16 5 0 0 1 19 1 0 0 7 4 0 2 1 0.49 1.28 55 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 7 -1 -4 -1 -2 -5 -2 -3 -5 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 74 2 1 0 1 0 3 0 0 0 19 1.50 1.29 56 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 -1 6 -5 3 -2 -6 -5 -4 -4 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 94 0 6 0 0 0 0 0 0 0 1.61 1.24 57 Y -4 -4 -4 -6 -5 -4 -4 -6 -1 -4 -4 -4 -4 1 -5 -2 -4 0 9 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 97 0 2.48 1.20 58 A 6 -3 -3 -3 -3 -1 0 -3 0 -4 -4 -2 -4 -3 -3 2 -2 -5 -4 -3 67 1 1 0 0 3 7 0 2 0 0 2 0 1 0 17 1 0 0 0 1.01 1.17 59 T -2 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -5 -3 1 7 -5 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 92 0 0 0 1.65 1.08 K Lambda Standard Ungapped 0.1381 0.3170 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1794 0.3174 PSI Gapped 0.0549 0.2670