Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -4 4 -2 -6 -5 -3 70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 30 0 0 0 0 1.37 1.40 2 L -2 2 -4 -3 -5 -2 -2 -5 -4 -2 0 5 6 -3 -3 -3 -2 -5 -4 -3 2 11 0 1 0 1 2 0 0 2 9 43 24 1 1 1 2 0 0 1 1.00 1.60 3 T -2 1 -1 0 -4 -2 -3 -4 -2 -4 -4 -3 -2 -5 -2 3 6 -6 -3 -4 2 6 2 4 0 1 1 0 1 0 1 1 1 0 1 20 57 0 1 0 1.11 1.73 4 L -2 2 -2 1 -5 -2 -3 -5 -4 1 4 -1 0 -1 -3 -3 1 -5 -3 1 4 10 2 8 0 2 1 0 0 6 36 4 2 2 1 1 10 0 0 10 0.42 1.72 5 A 0 3 -1 0 -6 0 1 -2 -1 -5 -3 4 -4 0 1 0 -2 3 -1 -4 8 16 2 4 0 4 7 3 1 0 3 24 0 4 7 7 3 4 2 0 0.42 1.78 6 E 0 -1 -1 2 -6 1 5 -2 -2 -4 -1 1 -3 -4 -2 0 -3 -4 -2 -4 7 3 2 10 0 5 41 3 1 1 8 7 0 1 2 6 1 0 1 0 0.64 1.79 7 R -1 6 -3 -2 -5 3 0 -4 -2 -2 -2 1 1 -4 -4 -2 -3 5 -3 -4 5 38 1 2 0 16 5 1 1 3 4 8 4 0 0 2 1 8 1 1 0.83 1.77 8 Q -2 3 -2 -3 -5 4 -1 -3 -2 0 0 0 -1 1 -4 -2 -2 -4 -1 2 3 15 1 1 0 20 4 2 1 4 11 6 1 5 0 2 3 0 2 17 0.40 1.77 9 R -2 2 -3 -3 -5 1 2 -4 -1 0 3 1 -1 -3 -5 -2 0 -3 -3 0 3 13 1 1 0 6 13 1 2 5 30 10 1 1 0 2 5 0 1 7 0.39 1.79 10 L -2 -2 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -1 -1 2 -4 -2 4 -4 3 -1 -1 5 -3 2 2 1 1 0 1 1 1 1 3 18 0 0 18 1 25 3 0 20 1 0.72 1.81 11 I 2 -3 -3 -3 -3 -2 -3 0 -4 3 2 -4 -1 1 -3 -2 -1 -2 -3 3 16 1 1 1 1 2 2 7 0 14 18 1 1 6 1 3 4 1 0 19 0.35 1.83 12 V 0 -5 -6 -7 -5 -5 -5 -3 -6 0 6 -5 -1 -2 -6 -3 -4 -3 -4 0 9 0 0 0 0 0 0 3 0 4 73 0 0 1 0 2 0 0 0 6 1.22 1.89 13 E -1 -1 0 4 -2 1 3 -2 -1 -3 0 -2 -2 -3 -3 2 0 -4 -3 -3 4 3 4 21 1 5 16 2 2 1 12 2 1 1 1 14 7 0 1 1 0.38 1.67 14 G 0 -1 -1 1 -3 -1 0 5 -2 -5 -4 1 -2 -4 -4 2 -1 -6 -5 -5 7 3 3 8 0 3 7 39 1 0 2 7 1 1 0 14 3 0 0 0 0.63 1.90 15 L -4 -6 -6 -7 -3 -6 -6 -7 -6 7 2 -5 0 -2 -5 -5 -3 -6 -3 2 1 0 0 0 1 0 0 0 0 68 13 1 1 1 0 0 1 0 0 13 1.55 1.90 16 P -2 5 -3 -2 -4 -2 -1 -5 -2 -5 -5 1 -4 -5 6 -1 -3 -4 -4 -5 3 27 1 2 0 1 4 0 1 0 1 7 0 0 44 5 1 0 0 1 1.27 1.94 17 H -3 2 1 -1 -4 -2 -1 5 5 -6 -4 -3 -2 -1 -4 -3 -4 -5 0 -5 1 9 6 3 0 2 4 48 15 0 1 1 1 3 1 1 0 0 3 0 1.01 1.92 18 V -3 -5 -6 -6 -2 -6 -6 -6 -6 5 1 -5 0 -3 -6 -5 -2 -6 -5 5 1 1 0 0 1 0 0 1 0 31 14 1 1 1 0 1 1 0 0 48 1.27 1.91 19 S -3 -4 -1 -3 -6 -3 -4 7 -5 -7 -7 -3 -6 -7 1 -3 -4 -3 -6 -6 1 1 2 1 0 1 1 83 0 0 0 1 0 0 7 1 1 0 0 0 1.87 1.95 20 A 0 -1 -2 -1 -3 -1 3 -4 -2 -3 -3 1 -3 -4 6 0 -2 -3 -4 -3 8 3 2 3 0 2 22 1 1 1 2 8 1 1 35 6 2 0 1 1 0.81 2.00 21 T 2 0 -2 -3 -5 -1 -2 -3 0 -1 -3 4 -2 -4 -3 0 2 -6 -3 3 14 4 2 1 0 2 3 2 2 3 1 24 1 1 1 6 15 0 1 18 0.46 1.98 22 L 0 3 -1 -2 -5 -3 -4 -3 -3 0 0 0 0 -3 -4 -1 4 -6 -2 0 9 19 3 2 0 1 0 1 1 6 10 5 3 1 0 3 28 0 1 7 0.48 1.99 23 A 6 2 -5 -5 -2 -1 -3 -3 -3 0 -2 0 -2 -3 -5 -1 -3 -6 -3 -1 59 10 0 0 1 2 1 1 0 6 3 7 1 1 0 4 1 0 1 3 0.92 2.00 24 R -1 4 -1 -1 -3 3 1 -4 0 -3 -3 4 -2 -4 -4 -3 -2 -3 -3 -3 5 21 2 3 1 14 9 1 2 1 3 29 1 1 1 1 2 0 1 2 0.70 2.02 25 R 3 3 2 0 -3 -1 -1 -4 -2 -2 0 2 -1 -4 -5 -1 0 -3 -3 -2 22 18 9 5 0 3 3 1 1 3 9 13 2 0 0 4 5 0 1 3 0.37 2.00 26 L -4 -6 -7 -7 -5 -6 -6 -7 -6 4 6 -6 1 -2 -6 -6 -3 -1 -2 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 22 68 0 2 1 0 0 1 1 1 2 1.42 2.00 27 L 3 -3 -4 -5 -1 -3 -4 -4 -3 2 3 -4 1 -3 -5 -2 -2 -1 -2 2 28 1 1 1 1 1 1 1 1 11 29 1 3 1 0 2 2 1 2 14 0.61 1.98 28 K 1 2 1 2 -2 2 3 -3 0 -4 -4 2 -1 -4 -5 0 -1 -2 -3 -3 10 10 5 13 1 10 16 1 2 1 2 14 2 1 0 7 4 1 1 1 0.41 2.09 29 H 0 2 0 -3 -2 0 0 -4 8 -3 -4 1 -2 -2 -4 -1 -1 0 3 -3 9 10 4 1 1 4 5 1 33 1 1 8 1 1 1 3 3 1 10 1 0.85 2.03 30 F -4 0 -4 -6 0 -3 -4 -4 -1 -2 -2 -5 -1 8 -6 -4 -3 2 3 -3 1 5 1 0 2 1 1 1 1 2 3 0 2 65 0 1 1 2 7 2 1.61 1.98 31 G -2 1 -1 -1 -2 -1 0 5 0 -4 -4 2 -3 -3 -1 -2 -2 -1 -3 -4 2 7 2 4 1 3 5 48 2 1 2 11 1 1 4 2 2 1 1 1 0.76 1.99 32 S -2 -2 1 1 -1 -2 -2 1 -1 -3 -3 -3 -2 -3 -3 4 3 -2 -2 -3 2 2 7 8 1 2 2 9 1 1 3 1 1 1 1 36 19 1 1 1 0.59 1.98 33 V -1 -2 -3 -5 -2 -2 -3 -4 -2 3 4 -3 2 1 -1 -3 -2 -1 -2 2 5 2 1 0 1 2 2 2 1 16 33 2 5 6 4 2 2 1 1 12 0.50 1.99 34 E -1 0 -1 3 -3 2 3 -1 1 -4 -3 1 -2 -3 0 -1 -2 -1 -2 -4 4 6 3 18 1 9 22 5 4 1 3 9 1 1 4 4 2 1 1 1 0.43 2.03 35 R 3 3 2 0 -2 0 0 1 0 -3 -3 1 -2 -3 -2 -1 -2 -5 -2 -3 21 13 8 6 1 4 7 11 2 1 3 10 1 1 2 3 3 0 1 1 0.31 2.01 36 V -2 -3 -6 -4 -2 -5 -4 -4 -6 5 3 -4 1 0 -3 -4 -3 -1 -2 3 2 2 0 1 1 0 1 1 0 30 29 1 2 4 1 1 1 1 1 19 0.78 2.02 37 F 1 2 -3 -4 -1 0 -1 -3 -2 0 0 2 4 2 -3 -1 -2 2 -1 -1 11 12 1 1 1 4 4 2 1 6 10 11 12 9 1 5 2 2 1 4 0.28 2.01 38 T 1 1 3 1 -2 1 2 -2 0 -3 -3 1 -1 -2 -3 0 1 -2 -2 -3 12 6 13 7 1 7 12 3 2 1 3 8 2 2 1 7 9 1 1 2 0.24 1.97 39 A 6 -3 -1 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -3 -1 -4 -3 -1 -1 -2 -3 -2 71 1 3 1 1 1 2 2 1 1 2 1 2 1 1 4 3 1 1 2 1.16 2.03 40 S -2 -2 1 2 -3 -2 -1 -2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 0 4 3 -6 -4 -4 3 2 5 13 0 1 3 3 1 1 1 4 1 1 5 37 18 0 1 1 0.65 2.08 41 V -1 -1 -4 -3 -3 -1 2 -4 -3 3 0 0 -1 0 2 -2 -2 -2 0 3 6 3 1 2 0 3 13 1 1 13 9 5 1 3 9 2 3 0 3 22 0.31 2.09 42 A 0 -3 -1 3 -4 0 6 -3 -1 -5 -5 0 -3 -5 -3 0 -2 -3 -4 -4 8 1 2 17 0 4 45 2 1 1 1 5 0 0 1 7 2 0 0 1 0.88 2.13 43 E -1 1 -2 4 -4 3 5 -4 -2 -5 -5 -1 -3 -5 -4 -2 -2 -3 -2 -4 6 7 1 21 0 11 38 1 1 1 1 3 1 0 0 2 2 0 1 1 0.88 2.14 44 L -5 -4 -7 -7 -5 -6 -6 -7 -6 3 6 -5 0 -1 -6 -5 -3 -2 -3 -2 0 1 0 0 0 0 0 0 0 13 78 1 1 2 0 1 1 1 1 1 1.52 2.08 45 M 2 1 -3 -1 0 1 1 -3 -3 0 1 0 3 -4 -5 -1 1 -6 -4 -1 17 6 1 4 2 6 8 2 1 5 12 7 7 0 0 5 10 0 0 5 0.22 2.08 46 K 2 1 0 0 -2 2 3 -2 -2 -5 -4 2 -3 -5 -3 1 -1 -3 -3 -4 15 6 4 5 1 10 22 3 1 0 2 14 1 0 1 8 4 0 1 1 0.43 2.08 47 V -2 -5 -5 -6 0 -5 -5 -6 -4 4 0 -5 -2 -2 -5 -4 -2 -6 -4 6 4 0 1 0 2 0 0 0 0 22 8 0 0 1 0 0 3 0 0 56 1.22 2.09 48 E -2 -1 0 3 -4 -1 3 -3 0 -4 -4 0 -3 -4 5 0 -2 -5 -2 -4 4 3 4 18 0 3 17 1 2 1 1 7 1 1 26 7 2 0 2 1 0.68 1.95 49 G -3 -3 -1 3 -5 -3 0 6 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -4 -2 -3 -5 -4 -5 1 1 2 14 0 1 6 65 0 1 1 1 0 1 1 2 2 0 0 1 1.34 1.98 50 I -4 -6 -5 -7 -3 -6 -6 -5 -6 7 0 -5 2 0 -5 -5 -4 -3 -4 4 0 0 0 0 0 0 0 1 0 58 6 0 4 3 0 0 0 0 0 23 1.43 2.06 51 G -3 -4 0 -3 -4 -4 -4 7 -4 -7 -6 -4 -6 -6 0 1 -2 -6 -6 -6 1 1 5 1 0 0 0 73 0 0 0 0 0 0 4 9 2 0 0 0 1.57 2.04 52 E -1 1 -2 1 -4 0 4 -3 -1 -4 -3 1 -2 -4 5 -2 -2 -6 -3 -3 6 6 2 7 0 4 25 2 1 1 3 9 1 1 24 3 3 0 1 2 0.61 2.03 53 K 1 1 -1 -2 -5 0 0 -3 -1 1 -4 4 -3 -5 -3 0 1 -6 -4 2 12 6 3 2 0 3 7 2 1 7 1 29 1 0 1 5 8 0 0 12 0.43 2.04 54 I -1 2 -4 -5 -4 -3 -4 -4 -4 3 1 1 2 -4 -5 -2 2 -3 -4 3 4 10 1 0 0 1 0 1 0 17 14 10 4 0 0 3 15 0 0 17 0.49 2.05 55 A 6 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -3 -4 -2 -1 -3 -3 -1 -4 -2 -3 -6 -2 -1 79 0 0 0 0 0 0 1 0 2 5 1 1 2 0 2 1 0 1 4 1.39 2.03 56 K 0 2 -1 0 -4 4 4 -3 0 -4 -4 2 -3 -5 -4 -1 -1 -4 -3 -4 9 12 3 4 0 16 26 2 2 1 2 13 0 0 1 4 3 0 1 1 0.58 2.03 57 E 1 2 0 -1 -2 1 1 -3 1 -3 -3 2 -1 -4 -4 3 0 -3 -4 -3 12 11 5 3 1 6 7 1 4 2 3 14 2 0 0 23 5 0 1 2 0.38 2.04 58 I -4 -6 -7 -7 -5 -6 -6 -7 -7 7 2 -6 0 -2 -6 -5 -3 -3 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 57 16 0 2 1 0 1 1 0 0 22 1.45 2.02 59 R -1 3 -3 -4 -3 0 -3 -5 3 0 -1 3 -3 0 -6 -3 -1 0 5 1 4 17 1 1 1 3 1 1 7 5 6 15 0 4 0 2 4 1 18 11 0.53 2.01 60 R 0 1 1 4 -5 1 4 -3 0 -4 -4 1 -4 -5 -3 -1 0 -4 -3 -4 7 6 7 20 0 6 24 2 3 1 1 8 0 0 1 5 6 0 1 1 0.53 2.00 61 V 0 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 2 -1 0 -3 -2 6 -5 -2 -2 5 5 0 8 1 0 0 0 2 1 1 4 3 7 1 1 30 0 3 2 8 19 7 0.88 1.98 62 I -4 -5 -6 -6 -3 -6 -6 -7 -4 1 3 -5 0 7 -6 -5 -4 -2 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 6 27 0 1 52 0 0 0 0 1 8 1.43 1.97 63 T 1 1 2 0 -4 2 1 -1 6 -5 -5 1 -4 -6 -4 1 1 -4 -3 -4 10 7 8 6 0 8 8 4 22 0 0 8 0 0 0 9 9 0 0 1 0.59 1.96 64 A 1 -1 3 1 -5 2 3 -2 -2 -3 -3 0 -3 -5 -2 1 0 -5 -5 0 10 3 12 9 0 8 19 3 1 1 2 5 0 0 2 11 6 0 0 7 0.34 1.92 65 P -2 -2 -3 3 -6 -1 4 -3 -3 -6 -5 2 -5 -5 5 -2 -2 -7 -5 -5 4 2 1 14 0 2 30 1 0 0 1 13 0 0 27 2 2 0 0 0 0.99 1.90 66 Y -4 -3 -2 -4 -6 2 -1 -3 7 -5 -4 0 -4 3 -5 -3 -3 7 5 -5 1 1 2 1 0 8 4 2 27 0 1 5 0 11 0 1 2 16 18 0 1.25 1.80 67 I 0 2 6 -2 -5 -2 0 -3 -2 -2 -2 -1 0 -6 -1 1 -1 -6 -5 0 9 10 38 2 0 1 6 1 0 2 5 3 3 0 3 10 2 0 0 6 0.62 1.74 68 E -4 -2 -3 1 -7 4 6 -5 -3 -6 -6 3 -5 -6 -4 -3 -4 -6 -5 -6 0 0 0 5 0 20 56 0 0 0 0 19 0 0 0 0 0 0 0 0 1.42 1.58 K Lambda Standard Ungapped 0.1366 0.3224 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1925 0.3178 PSI Gapped 0.0589 0.2670