Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 K -2 0 -1 -1 -5 3 4 -3 -2 -4 -4 5 -3 -5 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 16 29 0 0 0 0 56 0 0 0 0 0 0 0 0 0.90 0.49 2 T -2 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -4 -3 1 7 -5 -4 -2 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 6 90 0 0 1 1.46 0.94 3 Y -3 -2 -3 -5 -3 -1 -2 -5 1 0 -2 2 -3 4 -5 -4 -2 -2 7 1 0 2 1 0 1 2 1 0 3 6 1 14 0 18 0 0 3 0 38 11 0.85 0.97 4 P -1 -4 -4 -4 -5 1 -2 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -5 8 -2 1 -5 -3 -2 5 0 0 0 0 6 1 0 0 0 3 0 0 0 72 2 8 0 1 3 1.74 0.97 5 L -1 -3 -4 -4 -2 3 -3 -3 -3 3 -1 0 6 -3 -4 -1 1 -5 -4 2 5 0 0 0 1 15 1 1 0 16 1 4 28 0 0 4 10 0 0 14 0.64 1.06 6 A -2 0 -2 -1 -5 6 3 -4 -2 -5 -2 1 -3 -5 1 -1 -2 -5 -4 -4 2 2 1 2 0 50 20 0 0 0 3 8 0 0 8 2 2 0 0 0 0.99 1.03 7 A 3 -5 -5 -5 8 -4 -4 -2 -5 -1 -1 -4 -1 -4 -1 -2 -2 -5 -4 2 33 0 0 0 39 0 0 2 0 2 6 0 1 0 3 1 1 0 0 13 1.13 1.04 8 G -1 0 -1 -2 -4 -3 -3 4 3 -5 -5 0 -4 -3 -4 4 -2 -5 0 -5 1 5 1 1 0 0 0 34 6 0 0 5 0 1 0 43 0 0 3 0 0.83 1.04 9 A 3 -3 1 1 -2 0 2 -3 2 -3 -4 -1 -4 -2 -4 1 2 -5 -4 -3 31 1 6 9 1 3 12 1 5 1 0 3 0 2 0 12 14 0 0 0 0.44 1.05 10 L -3 -5 -5 -6 -1 -5 -5 -6 -5 3 5 -5 1 -1 -5 -2 -3 -4 -3 2 1 0 0 0 1 0 0 0 0 19 61 0 2 1 0 3 0 0 0 12 1.00 1.04 11 K -3 6 -3 -2 2 1 -1 -3 2 -5 -5 5 -4 -5 -1 -2 -3 -5 -4 -5 0 43 0 2 5 5 2 1 5 0 0 33 0 0 3 1 1 0 0 0 1.06 1.04 12 K -2 0 0 -2 -5 0 2 -4 -3 0 -3 6 -2 -5 -1 -2 -2 -5 -4 0 1 2 5 1 0 2 14 0 0 5 2 53 1 0 2 1 1 0 0 8 0.74 1.01 13 G -2 -1 5 -1 -5 -3 -3 5 -1 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -5 -5 0 3 31 2 0 0 0 55 1 0 0 1 0 0 0 3 2 0 0 0 1.19 1.01 14 G -2 0 0 1 -3 0 0 5 -2 -4 -5 0 -4 -5 -4 1 -2 -5 -3 -4 1 5 3 10 1 3 4 47 1 1 0 6 0 0 0 13 2 0 1 1 0.71 1.00 15 Y -4 -4 -2 -5 -4 -4 -4 -5 4 -1 -1 -4 -1 6 -5 -4 -4 -1 7 -3 0 0 1 0 0 0 0 0 12 3 5 0 1 31 0 0 0 0 44 0 1.34 0.94 16 V -1 -5 -5 -5 2 -4 -5 -5 -5 3 1 -4 3 0 -5 -4 -3 -4 -3 5 4 0 0 0 5 0 0 0 0 15 12 0 6 4 0 0 0 0 0 54 0.89 0.98 17 C -3 -5 -2 -5 1 -4 -5 -3 -5 3 2 -4 6 0 -5 -4 -2 -4 -1 4 0 0 3 0 3 0 0 2 0 14 14 0 22 3 0 0 1 0 1 37 0.81 1.02 18 I -2 -5 -5 -5 -4 -4 -3 -6 -5 5 3 -5 2 0 -5 -4 -3 -4 -3 1 2 0 0 0 0 0 2 0 0 43 33 0 5 4 0 0 0 0 0 8 0.89 1.02 19 N -3 2 0 4 -6 1 1 -1 -1 -5 -5 5 -4 -6 -4 -2 -2 -6 -4 -5 0 9 3 22 0 5 6 3 1 0 0 48 0 0 0 2 2 0 0 0 0.92 1.06 20 G 0 -2 1 2 -5 -1 0 6 -1 -5 -3 -1 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -5 -5 5 1 5 13 0 2 5 57 1 0 3 3 0 0 0 2 2 0 0 0 0.93 1.06 21 R -2 5 -1 -3 -1 1 2 -2 3 -3 -4 0 -2 0 0 -2 -2 2 -2 -1 3 37 2 0 1 6 15 3 6 2 0 2 1 4 4 2 2 3 1 5 0.55 1.06 22 P 1 -4 -4 -3 -4 0 -3 -1 -4 -4 -2 -3 -4 -5 7 0 -3 -5 -5 -1 12 0 0 0 0 4 0 4 0 0 4 0 0 0 66 5 0 0 0 4 1.53 0.83 23 C 0 -1 -4 -5 9 -4 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -3 -4 1 1 -4 2 -1 9 5 0 0 55 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 7 0 9 5 1.40 0.93 24 K -3 3 -3 -3 -4 1 0 0 -3 -1 0 4 1 0 -3 -1 -1 -4 -3 -1 1 14 0 0 0 5 5 6 0 4 8 34 4 4 0 4 4 0 0 4 0.41 0.98 25 V 1 -3 -3 -3 5 -3 -3 -3 -3 2 1 -3 -1 -3 -3 1 2 -3 -3 2 13 1 1 1 13 1 1 1 0 13 14 1 0 0 1 13 13 0 0 13 0.36 0.68 26 I -1 0 0 -1 3 0 -3 -1 -3 1 -1 -1 1 0 -4 1 2 -4 -3 2 5 6 4 4 5 5 1 4 0 9 4 4 4 4 0 10 12 0 0 19 0.19 1.11 27 D -1 2 0 2 2 0 4 0 1 -5 -4 1 -4 -5 -1 1 -1 -5 -4 -4 5 11 3 12 4 3 27 6 3 0 1 6 0 0 3 11 3 0 0 1 0.43 1.19 28 L 0 1 -4 -4 4 -3 -4 -4 -3 1 1 -3 3 2 -4 -3 1 -3 3 1 10 10 0 0 9 0 1 1 0 10 10 1 9 9 0 1 10 0 9 10 0.37 1.01 29 S 0 -3 1 0 2 1 0 -1 1 -4 -1 -3 -3 1 -3 4 2 -4 -3 -3 8 0 6 5 4 6 5 5 4 0 6 0 0 6 0 32 10 0 0 1 0.36 1.12 30 V -2 -1 -1 -3 0 -1 -1 -4 2 -2 -2 2 0 1 -1 0 5 -4 -3 -1 2 2 2 0 2 2 3 1 4 2 2 15 2 7 3 5 40 0 0 4 0.54 1.26 31 S 1 -3 -1 -1 1 0 -3 -2 0 -4 -4 0 -4 -4 -3 5 0 -5 -1 -4 12 0 2 3 2 4 0 3 2 0 0 6 0 0 0 56 5 0 2 0 0.80 1.29 32 K 0 1 1 -3 -4 -2 1 0 3 -4 0 1 3 -4 1 0 1 -4 -3 -3 8 8 8 0 0 0 8 8 8 0 8 8 8 0 8 8 8 0 0 0 0.25 1.23 33 T 0 -4 -3 -1 -4 2 -3 4 -4 0 -4 -3 1 -5 1 0 4 -5 -4 -3 7 0 0 4 0 9 0 32 0 5 0 0 4 0 6 5 26 0 0 0 0.60 1.18 34 H -2 0 1 -3 -4 -3 -3 3 7 -5 -5 -3 -4 -4 -1 1 2 -4 1 -4 2 5 5 0 0 0 0 26 25 0 0 0 0 0 3 10 16 0 5 0 0.77 1.18 35 A 4 -4 -1 -4 1 -3 0 2 -4 -2 -4 0 -4 0 1 1 0 -5 -4 -2 31 0 3 0 3 0 5 16 0 3 0 7 0 5 7 9 5 0 0 3 0.40 1.37 36 K -1 1 1 -1 1 3 0 -4 2 -4 -2 5 -4 -5 0 -1 -3 -5 -4 -2 4 6 6 4 4 12 4 0 4 0 4 40 0 0 4 4 0 0 0 4 0.62 1.34 37 V 0 -5 -4 -1 5 -4 -5 -1 2 1 0 -5 1 1 -5 -1 -1 -4 2 4 9 0 0 4 13 0 0 6 6 6 6 0 4 6 0 4 4 0 6 27 0.49 1.39 38 S -2 4 0 -4 -5 0 -1 -3 8 -2 -3 -1 0 -1 -5 -2 0 -5 0 -3 2 19 4 0 0 4 3 2 41 2 2 3 2 2 0 2 6 0 2 2 1.03 1.49 39 I -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 1 1 4 3 0 2 2 -5 -4 -4 -4 2 1 0 0 0 0 0 0 0 10 4 22 28 7 5 7 0 0 0 0 8 8 0.54 1.15 40 V -1 1 0 1 1 0 0 -4 -4 2 -1 -1 -2 0 -4 -1 0 -4 -3 4 4 9 4 10 3 4 5 0 0 10 5 4 0 4 0 4 5 0 0 29 0.30 1.19 41 A 2 -3 0 -3 3 1 0 4 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -2 0 -4 1 0 21 0 5 0 6 6 6 34 0 0 1 0 0 0 0 1 6 0 5 7 0.55 1.17 42 T -2 -1 -2 -4 3 -1 -2 -1 -4 3 1 -1 1 -1 -1 -1 -1 -4 0 2 3 4 2 0 6 3 3 5 0 20 10 4 3 2 3 6 4 0 3 16 0.22 1.44 43 D -2 -3 1 6 0 -3 -1 4 -3 -5 -5 0 -5 -5 -4 0 -3 -5 -2 -5 2 0 5 43 2 0 2 28 0 0 0 6 0 0 0 7 0 0 2 0 0.94 1.14 44 I -2 -4 -5 -5 -3 -4 -1 -5 -5 5 3 -4 3 -1 -5 -4 -1 -4 -3 3 2 0 0 0 0 0 4 0 0 38 24 0 6 2 0 0 2 0 0 17 0.80 1.14 45 F -4 -4 -4 -4 -4 -4 0 -5 1 -1 1 -4 -2 8 -5 -4 -2 -2 1 -1 1 0 0 0 0 0 6 1 3 3 13 0 0 62 0 1 3 0 2 3 1.23 1.10 46 T -3 -3 0 4 -1 -3 -1 -2 -3 -2 -3 -2 0 -4 -3 0 5 -4 -4 0 1 0 3 27 1 0 3 2 0 2 2 2 2 0 0 5 41 0 0 6 0.74 1.11 47 G -1 0 1 -1 -4 -2 -1 5 -3 -5 -5 1 -4 -3 -1 0 -2 -5 -4 -3 4 5 8 4 0 2 3 52 0 0 1 8 0 1 3 6 1 0 0 2 0.81 1.18 48 N -1 1 1 -1 -5 3 1 -2 -3 -3 -4 5 -3 -4 -3 -1 -1 -4 0 -1 3 5 7 2 0 12 10 2 0 1 1 41 0 0 0 4 3 0 4 5 0.62 1.18 49 R -3 1 -3 -2 -5 1 -1 -4 -3 -3 -2 7 -3 -1 -1 -3 -1 -5 -4 -3 0 5 0 2 0 4 2 0 0 1 5 70 0 3 2 0 2 0 0 1 1.11 1.16 50 L -3 4 -4 -4 -1 -2 -2 -5 3 -2 1 1 1 1 -5 -4 -4 -2 6 -3 1 22 0 0 2 1 2 0 7 1 14 10 4 4 0 0 0 0 30 1 0.78 1.20 51 E -3 -3 -1 1 -5 0 6 -4 0 -2 -4 -1 1 -5 -2 2 0 -5 -4 -2 0 0 1 5 0 2 54 0 2 2 0 2 4 0 2 17 7 0 0 2 0.88 1.21 52 D -3 -4 1 5 -3 -2 1 -4 2 1 0 -3 -2 0 -4 -3 -2 -5 1 0 1 0 7 37 1 1 9 1 5 7 12 1 1 4 0 0 2 0 4 6 0.58 1.25 53 Q -2 -4 -3 -1 -1 -1 -4 -4 -2 4 0 -4 1 -2 -3 1 1 -5 -4 4 2 0 1 5 1 3 0 1 1 28 7 0 4 1 1 10 8 0 0 26 0.54 1.27 54 A 0 0 -4 -4 7 1 -4 0 1 -1 -2 -1 -1 1 -5 0 -2 -5 0 1 7 5 0 0 27 8 0 7 3 4 3 4 2 5 0 8 1 0 3 12 0.59 1.31 55 P -3 -5 -2 -4 -5 -4 -2 -1 -5 -3 -2 -4 -3 -2 8 -1 -3 -6 -2 -3 0 0 2 0 0 0 2 4 0 2 4 0 1 2 75 4 1 0 1 2 1.89 1.31 56 S 1 -4 -3 -4 -4 -2 -1 0 -4 -1 -1 -3 -3 -2 -4 4 1 -5 -3 3 11 0 0 0 0 2 4 6 0 3 4 0 0 2 0 40 9 0 1 20 0.56 1.31 57 T -2 -1 -2 3 -4 -3 -3 -2 2 -3 -2 0 -4 -5 -3 3 4 -5 -2 -2 1 2 1 16 0 0 0 3 5 1 5 5 0 0 1 25 33 0 1 2 0.64 1.32 58 H 1 -2 -1 0 -5 1 0 -3 9 -5 -4 -2 -1 -4 -4 0 -1 -5 0 -5 14 1 2 4 0 5 5 1 51 0 1 2 2 0 0 7 5 0 2 0 1.23 1.32 59 N -3 0 6 -1 -5 1 -2 -2 1 -5 -4 3 0 -3 -4 -1 2 -6 -3 -4 1 5 39 3 0 5 1 3 3 0 1 19 3 1 0 3 11 0 0 1 0.78 1.33 60 V -2 -5 -5 -6 4 -2 -5 -5 -5 3 0 -4 6 -3 -5 -4 0 -5 -3 4 2 0 0 0 9 1 0 1 0 19 4 0 23 0 0 0 4 0 0 36 1.01 1.33 61 E -3 -3 -1 5 -6 1 3 -4 0 -4 -4 -1 0 -1 -4 0 -2 3 3 -5 1 1 2 38 0 5 21 0 2 1 1 2 3 2 0 7 1 4 9 0 0.81 1.33 62 V -1 -5 -2 -5 -1 -2 -3 -5 -5 2 -1 -4 -2 -2 -5 -1 -2 -5 -4 6 4 0 2 0 1 2 1 0 0 10 3 1 0 1 0 5 1 0 0 70 1.10 1.30 63 P -3 -5 -5 -4 -6 -4 -4 -5 -5 -6 -6 -4 -5 -6 9 -3 -4 -6 -6 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.98 1.24 64 F -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 5 1 -5 -1 4 -5 -4 -3 -3 -1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 41 8 0 0 22 0 0 0 0 1 27 0.98 0.89 K Lambda Standard Ungapped 0.1341 0.3173 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1801 0.3178 PSI Gapped 0.0551 0.2670