Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 2 -4 -3 -4 -4 -4 -4 -4 -5 -5 -5 -4 -5 -6 -4 5 5 -6 -5 -4 19 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 31 0 0 0 1.31 1.86 2 S 1 -2 3 4 -5 0 0 -3 -3 -5 -5 1 -4 -6 -1 3 0 -7 -4 -5 13 1 13 19 0 3 4 1 0 0 1 9 0 0 3 24 6 0 1 0 0.58 1.91 3 E 0 -2 -2 1 -5 0 1 -4 -2 -1 3 -3 -2 3 -4 0 -2 -5 0 -1 8 2 2 8 0 4 11 1 1 3 27 1 1 14 1 8 2 0 3 4 0.34 1.93 4 M -4 -6 -7 -7 -5 -6 -6 -7 -7 7 2 -6 1 -2 -6 -6 -4 -6 -2 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 54 13 0 3 1 0 0 0 0 1 26 1.44 1.99 5 S -1 2 1 2 -5 2 2 -4 1 -4 -5 4 -3 -5 -5 1 0 -5 -3 -4 4 10 6 10 0 10 12 1 3 1 1 24 1 0 0 10 5 0 1 1 0.53 2.03 6 T 1 0 1 2 -5 2 0 -3 0 -4 -4 1 -2 -4 -4 2 3 0 -4 -3 14 4 5 10 0 8 6 2 2 1 2 9 1 1 0 15 18 1 1 1 0.38 2.03 7 I 1 -4 -5 -5 -4 -3 -4 -5 -3 4 1 -3 1 0 -4 1 2 3 -4 2 11 1 0 0 0 1 1 0 1 22 12 1 4 4 1 13 13 3 0 12 0.49 2.04 8 C -4 -6 -6 -6 12 -7 -7 -6 -7 -5 -5 -7 -5 -6 -7 -4 -4 -6 -5 -4 0 0 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.72 2.05 9 D 0 1 3 1 -6 1 0 -2 1 -4 -5 3 -3 -5 -4 2 -1 -7 -4 -3 8 7 14 8 0 6 5 3 3 1 1 20 1 0 1 17 4 0 0 2 0.47 2.10 10 K 0 0 1 -3 -6 3 -1 -2 3 -4 -4 3 -3 -2 1 1 0 -4 -3 0 7 5 5 1 0 12 4 4 6 1 2 18 0 2 8 12 6 0 1 7 0.33 2.11 11 T 0 -3 0 -3 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -5 -4 -2 -6 -3 1 7 -6 -4 -2 9 1 4 1 0 1 0 1 1 1 0 0 1 0 1 7 68 0 0 2 1.35 2.11 12 L -2 2 -3 2 -6 0 -1 -4 -1 -1 1 -1 -2 -3 4 -1 1 -4 -4 -1 3 10 1 13 0 4 5 1 2 4 16 3 1 1 19 4 7 0 1 5 0.36 2.12 13 N -4 -4 3 2 -6 -4 -2 -4 3 -5 -5 -2 -5 2 -5 -1 -4 -2 8 -4 1 1 16 13 0 0 2 1 6 0 0 2 0 8 0 4 1 0 45 1 1.32 2.11 14 P -2 -2 -3 -4 -4 0 -3 -5 -1 -4 -5 1 -4 -1 7 -2 -3 -5 4 -4 3 2 1 0 0 5 1 0 1 1 1 10 0 3 51 2 2 0 14 1 1.34 2.10 15 S 1 -1 1 4 -6 1 2 -2 0 -4 -5 1 -4 -5 -2 2 0 -4 -3 -3 9 3 7 23 0 5 13 3 2 1 0 9 0 1 2 12 7 0 1 2 0.46 2.10 16 F -2 -4 -5 -4 -5 -3 -2 -6 -3 -1 4 -3 -2 4 -1 0 1 -5 1 1 4 1 0 1 0 1 3 0 1 3 36 2 1 17 3 8 7 0 4 8 0.55 2.10 17 C -4 -7 -6 -7 12 -7 -7 -6 -7 -5 -4 -7 -5 -6 -6 -5 -4 -6 -6 -4 0 0 0 0 98 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.77 2.11 18 L -2 -2 -2 -4 -4 -1 1 -6 -1 2 1 0 0 2 -5 -2 -1 -4 1 3 3 2 2 0 0 2 11 0 1 9 14 7 2 9 0 3 3 0 6 23 0.37 2.15 19 K 1 0 1 0 -3 2 0 -3 1 -5 -5 2 -3 -4 -4 3 1 -4 0 -4 11 5 6 4 0 10 6 1 3 0 0 12 1 1 1 25 9 0 3 1 0.44 2.18 20 F 1 -4 -3 -4 1 -4 -3 -4 -2 0 -2 -4 -1 1 -5 4 4 0 0 1 9 1 1 0 3 0 2 0 1 4 4 0 1 6 0 32 21 1 3 9 0.58 2.17 21 L -3 -6 -6 -7 -5 -5 -7 -7 -6 2 6 -6 2 1 -4 -4 -4 -3 -4 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 10 71 0 3 5 1 1 1 0 0 5 1.35 2.17 22 N 1 1 2 0 -3 1 0 0 -1 -3 -3 2 -2 -5 -2 3 0 -3 -3 -3 11 6 9 5 0 5 5 6 2 1 3 12 1 0 2 22 6 0 1 2 0.30 2.10 23 T 1 -3 0 -2 -4 -1 -2 -2 1 -4 -3 0 -4 -5 4 4 1 -6 -4 -4 12 1 5 2 0 3 2 2 3 1 2 5 0 0 21 31 7 0 0 1 0.65 2.14 24 K -1 1 2 3 -4 0 0 -2 2 -3 -3 1 -3 1 -2 1 -2 -5 3 -1 6 9 8 14 0 4 5 3 5 1 2 7 0 6 2 11 2 0 8 4 0.24 2.15 25 F 0 -3 -1 -4 -3 -3 -4 -2 0 1 -1 -2 -3 -1 5 3 0 -4 -1 -1 9 2 3 1 1 1 1 3 3 8 5 2 1 3 26 19 5 0 2 4 0.49 2.17 26 A 2 1 0 -1 -4 2 -1 2 1 -2 -4 1 -4 -3 0 2 0 -6 -4 -3 15 8 5 3 0 8 4 13 3 3 2 8 0 1 4 13 5 0 1 2 0.23 2.17 27 S 0 0 1 -3 -3 -1 -3 0 0 -2 -4 1 -4 -5 0 3 4 -6 -4 -3 7 4 6 1 0 3 1 7 2 2 2 9 0 0 4 25 23 0 1 2 0.46 2.17 28 A 4 -2 0 -3 -5 -1 -3 -2 -1 -3 0 1 -2 -3 -1 2 2 -6 -3 -1 29 2 4 1 0 3 1 3 1 2 9 9 1 1 3 13 13 0 1 3 0.36 2.14 29 N -2 -3 4 6 -6 -1 -1 -3 -1 -3 -5 -3 -5 -3 0 1 1 -6 -4 -5 3 1 18 40 0 2 2 2 2 2 1 1 0 1 4 10 9 0 0 1 0.89 2.15 30 L 0 -2 -4 -4 -4 -3 -3 -4 0 2 2 -2 0 0 4 -2 -1 -3 -1 1 8 2 1 1 0 1 2 1 2 10 20 3 2 5 21 3 4 0 2 11 0.40 2.15 31 Q -1 2 -1 -1 -4 2 0 -4 2 -2 -2 3 -2 -1 1 0 0 0 1 0 6 11 3 3 0 7 7 1 4 2 4 17 1 2 7 8 5 1 4 6 0.21 2.19 32 A -1 -1 -1 3 -6 1 2 3 -2 -3 -3 0 -3 -5 -2 0 0 -4 -4 -2 5 4 3 18 0 5 12 22 1 1 3 5 1 0 2 8 6 0 1 3 0.39 2.16 33 L -3 -4 -5 -5 -5 -4 -6 -6 -4 1 5 -4 0 1 -3 -4 -2 0 1 1 2 1 1 1 0 1 0 0 0 7 59 1 1 6 2 1 2 1 4 9 0.95 2.16 34 A 4 -3 -4 -5 1 -3 -4 0 -3 2 1 -2 -1 0 -4 -1 0 -3 -3 1 35 2 1 0 2 1 1 8 1 10 12 2 1 4 0 3 5 0 1 8 0.45 2.16 35 K -1 2 0 -1 -2 2 1 -2 2 -1 0 3 0 -3 -4 -1 -2 -3 -2 0 6 11 5 3 1 8 7 3 5 3 10 18 2 1 1 5 3 0 1 7 0.23 2.15 36 T 2 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -2 4 1 -4 2 1 -5 -1 0 -5 1 1 17 1 1 1 1 1 1 1 1 26 13 1 5 6 0 4 7 0 4 9 0.48 2.16 37 T 4 -5 -3 -4 -3 -3 -2 -2 -4 -1 0 -3 2 -3 -3 3 1 -6 -3 1 33 0 1 0 1 1 2 3 0 4 10 1 4 1 1 20 8 0 1 8 0.52 2.17 38 L -1 -5 -5 -7 -3 -4 -6 -6 -6 4 3 -4 3 2 -5 -4 -1 -5 -3 3 6 0 1 0 0 1 0 0 0 21 28 1 7 7 0 1 4 0 1 22 0.79 2.19 39 D 0 1 4 2 -4 2 1 -1 0 -4 -4 2 -1 -5 -4 1 -1 -3 -3 -3 6 7 18 10 0 10 7 5 2 1 2 11 1 0 0 9 3 0 1 2 0.36 2.22 40 S 2 -2 -2 -3 -1 0 -3 -4 -2 2 1 0 1 -2 -4 -1 -2 -3 0 3 15 2 2 1 1 4 2 1 1 9 15 7 3 2 1 4 2 0 3 22 0.29 2.21 41 T 3 -4 -3 -3 0 -2 -4 -2 -3 -1 -1 -4 -2 -3 -4 2 4 -3 -4 0 28 1 1 1 2 2 1 3 0 4 5 1 1 1 0 14 25 0 0 7 0.54 2.20 42 Q 0 1 -2 -4 -3 0 -1 -4 -1 3 3 0 3 -1 -4 -1 0 -2 -2 0 7 6 2 1 1 5 4 1 2 13 23 5 7 2 1 6 5 0 1 6 0.23 2.19 43 A 1 -1 1 2 -5 1 1 -2 1 -3 -2 1 -3 -4 -3 2 1 -3 -1 -2 13 4 7 10 0 5 7 3 3 1 4 9 1 1 1 14 7 0 2 3 0.18 2.17 44 R 0 2 4 -1 -6 1 2 -2 2 -4 -4 2 -3 -2 -5 0 -1 -6 -1 -3 9 10 17 3 0 7 11 3 5 1 2 12 1 2 0 6 4 0 2 2 0.34 2.17 45 A 4 -3 -3 -5 -1 -5 -4 -1 -3 1 0 -4 0 -2 -5 -1 1 -2 -3 2 37 1 1 0 1 0 1 4 1 7 10 1 2 2 0 5 8 1 1 13 0.48 2.20 46 T 0 1 1 -2 -3 0 -1 -1 -1 -1 -2 2 0 -2 -4 2 3 -2 -1 -1 6 8 7 2 1 5 5 4 2 3 5 10 2 2 1 13 15 1 2 4 0.15 2.19 47 Q 0 0 2 2 -2 0 1 -1 1 -3 -2 2 -1 -3 -5 2 -1 -1 -2 -3 7 4 10 9 1 4 7 4 4 2 4 14 1 1 0 16 4 1 2 2 0.21 2.20 48 T 3 -3 0 -3 -2 -3 -3 -2 -2 0 -1 -3 1 -1 -3 -1 4 -1 -2 0 24 1 5 1 1 1 1 3 1 5 6 1 3 3 1 4 24 1 1 7 0.38 2.22 49 L 0 0 -2 -3 -1 0 -2 -3 1 1 2 0 0 0 -3 2 -1 -1 0 0 9 5 2 1 1 5 2 2 3 8 16 5 2 4 1 13 4 1 3 8 0.10 2.22 50 K 1 0 2 0 -1 -1 -1 -1 0 -2 -3 2 -1 -2 -2 2 0 0 -1 -2 12 4 9 6 1 3 4 4 2 2 3 13 1 2 2 13 6 1 2 4 0.13 2.21 51 K -1 0 1 -1 -1 0 -1 -3 3 -1 0 1 2 1 -2 -2 -1 0 3 -1 6 5 6 4 1 4 4 2 6 3 10 8 5 7 2 3 4 1 9 4 0.10 2.19 52 L 0 -3 -2 -3 0 -3 -3 -6 -1 4 1 -2 2 1 -2 -1 -1 -5 -2 2 7 2 2 1 2 1 2 0 1 24 12 2 5 5 2 6 5 0 2 14 0.35 2.19 53 Q -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 54 S -1 1 2 0 -6 0 0 0 0 -4 -2 3 -2 -4 -3 2 1 -2 -2 -3 6 8 8 5 0 4 7 6 2 1 4 17 1 1 1 15 7 1 1 2 0.25 2.17 55 I -2 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -4 -1 2 5 -3 3 1 -5 -2 -2 -2 0 0 4 2 1 1 1 2 2 1 2 9 45 2 6 6 1 3 2 1 3 5 0.59 2.15 56 I 1 0 -1 -3 -2 -1 -2 0 0 1 2 0 1 -1 -4 1 -1 -2 0 -1 11 5 2 1 1 2 3 6 2 7 22 5 3 3 1 11 4 0 3 4 0.12 2.13 57 D -1 2 2 1 -6 0 0 -1 1 -4 -4 4 -2 -3 -1 1 -1 -3 -2 -4 6 11 9 9 0 5 6 6 3 1 2 21 1 1 4 9 3 0 1 1 0.31 2.15 58 G 0 0 2 -1 -5 1 0 1 0 -3 -2 3 -2 -4 -1 2 0 -6 -2 -3 7 5 10 3 0 7 6 9 2 1 4 15 1 1 3 15 6 0 1 2 0.22 2.14 59 G 1 -2 1 -1 1 -1 0 2 -2 -1 -3 0 -2 -2 -2 1 2 -2 -2 -2 12 2 7 4 3 3 7 15 1 3 2 7 1 2 2 11 11 1 1 3 0.15 2.11 60 V -1 0 2 -2 -2 -1 -1 -1 0 -1 0 2 1 -1 -1 1 2 -2 -1 -2 6 4 8 2 1 2 4 5 2 3 10 13 3 2 4 9 12 1 2 3 0.09 2.08 61 D -2 -2 2 5 -5 -1 0 0 0 -3 -4 0 -2 -2 -1 1 0 -2 -2 -3 3 2 9 34 0 2 5 6 2 2 1 5 1 2 3 10 7 1 2 2 0.52 2.05 62 P -1 0 -1 -2 -2 0 -1 -2 1 -3 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