Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Q -4 0 2 -3 -6 5 3 -5 8 -6 -6 -2 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -2 -6 0 4 9 0 0 30 15 0 42 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.51 1.33 2 S 1 -3 -3 -3 -4 -2 -2 1 -2 -4 -5 -2 -5 -5 4 5 1 -6 -2 -4 10 1 0 1 0 1 2 10 1 1 0 1 0 0 21 40 9 0 2 0 0.80 1.42 3 F -4 -5 -6 -6 -5 -4 -6 -7 -2 1 5 -5 -2 5 -5 -5 -4 -4 1 -3 0 0 0 0 0 1 0 0 1 5 60 1 0 26 1 0 0 0 4 0 1.26 1.57 4 G -2 -4 -3 -4 -5 -4 -4 7 -3 -5 -1 -4 -5 -4 -4 -3 -3 -2 -5 -4 2 1 1 0 0 1 1 82 1 1 7 0 0 1 1 1 2 1 0 1 1.65 1.59 5 R -1 5 -3 -4 -6 3 -2 -5 0 -3 -4 4 -2 0 -5 -3 -3 -5 1 -4 6 35 1 0 0 12 1 0 2 1 1 28 1 4 0 1 1 0 4 1 0.95 1.81 6 V 4 -5 -5 -5 -4 -4 -4 -5 -5 3 0 -4 -1 0 -2 -3 -2 -2 2 4 33 0 0 0 0 0 0 0 0 14 9 1 1 4 2 0 2 1 6 27 0.71 1.81 7 L -4 0 -6 -7 -3 -4 -6 -7 -6 4 5 -3 0 -2 -5 -5 -4 1 -4 2 0 5 0 0 0 1 0 0 0 26 48 2 2 1 0 0 0 2 0 12 1.05 1.83 8 T 3 -4 -3 -3 1 -2 -4 5 -1 -3 -5 -3 0 -5 -3 1 2 -6 -5 -2 26 1 1 1 3 2 0 35 2 2 0 1 2 0 1 8 12 0 0 2 0.74 1.81 9 I -3 -3 -4 -4 -4 6 -1 -5 -1 3 1 -3 0 -3 -4 -3 -2 -5 -4 2 2 1 0 0 0 43 3 0 1 14 13 0 2 1 0 1 1 0 0 15 0.95 1.82 10 V -2 -5 -5 -6 -1 -4 -4 -6 -2 4 4 -5 -1 1 -6 -4 -3 -5 2 4 3 0 1 0 1 1 1 0 1 18 32 0 1 5 0 1 1 0 7 27 0.83 1.84 11 H 0 -1 1 0 -5 1 0 -1 7 -5 -3 0 -3 3 0 -1 -4 -4 -2 -5 9 3 6 5 0 7 5 4 26 0 2 6 1 14 4 4 1 0 1 0 0.65 1.86 12 S -2 -1 3 2 -4 1 1 4 -2 -6 -5 1 -5 -5 -1 -1 -3 -6 -5 -6 3 3 16 12 0 7 9 29 1 0 1 9 0 0 3 5 1 0 0 0 0.62 1.87 13 D -2 2 1 -2 2 1 -2 -2 -1 0 -3 1 -3 -3 -4 -1 5 -6 -3 -1 2 11 6 2 4 7 2 4 1 5 2 8 1 1 0 4 35 0 1 4 0.52 1.88 14 C -2 -5 -6 -6 0 -4 -5 -6 0 -4 -4 -4 -3 3 -6 -5 -5 2 9 -4 4 0 0 0 2 0 0 0 1 1 0 1 0 11 0 0 0 2 76 1 2.24 1.89 15 A 1 -6 -6 -7 -3 -6 -6 -4 -6 6 3 -6 -2 -3 -5 -4 -4 5 -4 1 10 0 0 0 0 0 0 1 0 45 23 0 0 0 0 1 0 9 0 9 1.14 1.91 16 L -4 -6 -7 -7 -3 -6 -6 -7 -6 3 5 -6 1 0 -6 -5 -4 -2 -4 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 17 53 0 3 3 0 1 0 1 0 22 1.19 1.94 17 L 4 -5 -5 -6 3 -4 -4 -3 -6 2 1 -5 2 0 -5 0 0 -3 -3 2 32 0 0 0 6 0 0 1 0 10 15 0 5 3 0 6 6 0 1 13 0.56 1.96 18 E -1 -1 -2 -2 -4 5 5 -3 -2 -5 -4 -1 -5 -3 -2 -1 -1 -6 -3 -3 5 3 1 1 0 27 41 2 1 1 1 3 0 1 2 5 4 0 1 2 0.95 1.97 19 R -1 1 4 0 -3 2 -2 -1 2 0 -3 -1 -1 0 -5 1 1 -2 2 -1 6 6 16 6 1 8 2 4 4 5 3 3 1 3 0 8 10 1 7 5 0.24 1.97 20 D 0 0 1 3 -5 2 3 1 -1 -5 -5 2 -4 -5 1 0 -2 -5 -4 -5 7 4 7 14 0 8 18 11 1 0 1 13 0 0 6 6 2 0 1 0 0.43 1.97 21 G -2 -2 2 5 -6 3 3 1 -1 -6 -4 -1 -4 -5 -3 1 -1 -7 -4 -5 2 2 8 27 0 14 15 10 2 0 2 3 0 0 1 10 4 0 0 0 0.66 1.96 22 N -2 -1 0 0 -4 1 0 5 0 -4 -3 1 -4 -5 -4 0 -2 -6 -3 -5 3 3 4 4 0 7 7 48 3 1 2 8 0 0 1 5 2 0 1 1 0.79 1.96 23 I -4 -6 -7 -7 1 -6 -6 -7 -3 2 5 -6 5 2 -2 -5 -2 -3 -2 0 1 0 0 0 3 0 0 0 1 8 56 0 12 9 2 0 2 0 1 5 1.09 1.97 24 S -1 -3 -5 -6 0 -2 -3 -5 0 1 1 -5 3 2 -6 -3 -3 3 6 3 6 2 0 0 2 2 1 1 2 7 11 0 6 6 0 2 1 4 27 19 0.72 1.98 25 L -3 -6 -7 -7 -3 -6 -6 -7 -4 5 5 -6 2 -1 -6 -5 -4 -2 -3 2 1 0 0 0 0 0 0 0 1 30 49 0 4 2 0 1 1 1 0 10 1.20 1.98 26 L -2 -6 -6 -7 -3 -6 -6 -5 -6 5 2 -6 2 -1 -5 -4 -4 -6 -2 4 2 0 0 0 0 0 0 1 0 35 18 0 4 2 1 1 0 0 1 32 1.09 1.97 27 S -2 -4 0 7 -5 -3 0 -5 -1 -5 -7 -2 -6 -4 -1 1 -4 -7 -6 -6 3 1 4 71 0 0 3 0 2 1 0 1 0 1 2 10 0 0 0 0 1.62 1.97 28 L -3 -3 -4 -4 -2 7 -3 -5 1 0 2 -1 3 -2 -4 -4 -4 -5 -1 -2 1 0 0 1 1 50 0 1 3 4 22 3 7 1 1 0 0 0 2 2 1.11 1.96 29 P 0 0 -1 -2 -5 1 -2 -4 10 -5 -5 -2 -5 -4 1 -2 -3 -3 -2 -3 8 4 2 2 0 7 2 1 59 0 0 2 0 1 7 2 1 0 0 2 1.65 1.97 30 V 5 2 -3 -4 -2 -2 -3 -4 -1 0 -3 0 -3 -5 -4 -2 -2 -6 -3 1 56 10 1 1 1 1 1 1 2 6 3 5 1 0 1 1 1 0 1 9 0.83 1.96 31 A 7 -5 -4 -5 -1 -4 -4 -3 -3 -3 -1 -4 -2 -5 -3 -2 -3 -6 -4 -1 81 0 0 0 1 0 0 1 0 1 7 1 1 0 1 1 1 0 0 3 1.44 1.96 32 E -1 -2 -2 0 -7 3 5 -5 8 -6 -5 -2 -3 -4 -5 -2 -4 -1 -2 -5 5 1 1 4 0 11 35 0 35 0 1 1 1 0 0 2 0 1 1 1 1.37 2.05 33 R -3 5 -3 -3 -4 1 5 -5 -1 -5 -3 1 -3 -3 -5 -3 -3 -1 -1 -5 1 32 0 0 0 5 43 1 1 1 2 6 1 1 0 1 1 1 2 1 1.14 2.04 34 W -4 6 -5 -6 -2 -3 -3 -5 -2 4 0 0 -1 -3 -6 -4 -4 3 0 1 1 44 0 0 1 1 1 0 1 20 9 4 2 1 0 1 0 4 3 8 0.98 2.06 35 L -4 -1 -2 -6 -3 -3 -5 -6 -2 4 4 0 1 -3 -6 -5 -3 -2 -1 3 1 4 2 0 0 1 0 0 1 22 33 6 2 1 0 0 1 0 2 21 0.77 2.06 36 R -4 1 1 -5 -2 -2 -4 -5 -1 1 2 1 1 2 -5 -4 -1 -2 5 1 1 7 7 0 1 1 1 1 1 7 18 11 3 9 0 0 4 0 18 9 0.48 2.05 37 Q -4 -1 -3 -2 -3 2 4 -6 0 -4 -3 -1 -2 1 -6 -4 -4 -2 7 -3 1 3 1 1 1 9 25 0 2 1 2 4 1 5 0 1 1 0 42 1 1.18 2.07 38 A -1 1 -2 0 -3 1 6 -2 -1 -3 -4 1 -2 -1 -4 -2 -3 0 2 -4 6 7 2 4 1 5 46 3 1 1 1 7 1 2 0 2 1 1 7 1 0.76 2.06 39 Q -2 4 -2 -4 -4 4 -1 -5 -1 -2 -2 3 0 1 -5 -2 -1 -3 3 -3 4 21 1 1 0 21 4 1 1 3 4 17 2 5 0 2 3 0 8 1 0.61 2.06 40 L -4 -3 -4 -4 -3 -2 -3 -6 -3 1 5 -2 4 3 -6 -4 -3 -4 1 -2 1 1 1 1 0 2 1 0 1 6 52 3 9 12 0 1 2 0 4 2 0.92 2.01 41 T 0 2 0 -1 1 1 0 -4 -1 -3 -2 5 2 -4 -5 0 0 -2 -3 -3 8 11 4 4 3 6 5 1 1 1 5 30 5 1 0 5 6 1 1 2 0.45 1.99 42 P 2 1 1 -1 -3 1 0 -3 -1 0 0 2 -1 -3 0 0 -1 -3 -3 -1 14 8 5 4 0 5 7 2 2 7 11 11 1 1 4 8 4 0 1 4 0.13 1.96 43 G 2 1 1 -1 -3 3 1 1 -1 -2 -2 1 -1 -2 -3 -1 -1 2 -3 -3 16 7 5 4 1 12 7 12 2 3 4 10 2 2 1 5 5 3 1 1 0.23 1.98 44 E -1 0 2 1 -3 2 3 -1 0 -2 -2 0 -1 -1 -3 0 -1 3 0 -2 6 4 9 7 1 9 18 6 3 2 3 6 1 3 1 6 3 4 4 4 0.22 2.01 45 A 0 1 2 0 -2 2 2 2 0 -3 -3 2 -2 -3 -1 -1 -2 -6 -3 0 7 7 8 4 1 9 12 13 2 1 2 13 1 1 3 5 3 0 1 6 0.24 1.98 46 P 0 1 1 1 -5 1 2 2 -1 -3 -3 2 -2 -3 1 0 1 -6 -2 -3 6 6 7 7 0 5 12 15 1 1 3 11 1 1 6 6 7 0 1 2 0.23 1.97 47 V -1 -1 0 -3 -2 -2 -3 0 -1 3 1 -2 2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 3 5 4 5 2 1 2 2 7 2 15 15 2 4 3 4 4 4 1 2 19 0.23 1.95 48 C 1 -1 -2 1 1 1 1 -3 0 0 -2 0 1 -3 1 0 1 -5 -1 0 11 3 2 8 3 6 10 2 2 6 4 5 3 1 8 8 8 0 2 7 0.13 1.97 49 A 0 -1 -2 -1 -1 -1 -3 -1 -1 -1 -3 -1 0 -2 1 4 1 -1 -2 1 6 3 2 3 2 3 1 4 1 4 2 4 3 2 7 33 9 1 1 9 0.34 1.94 50 Q -3 1 -2 -2 -6 8 1 -3 -1 -3 -4 -1 -1 -6 -5 -2 -2 -5 -1 -3 2 8 1 2 0 62 6 1 1 1 2 3 1 0 0 2 2 0 2 2 1.33 1.93 51 P 0 0 0 -1 0 4 -1 -3 0 -1 -1 -1 3 -2 2 -1 -1 1 0 -1 8 6 5 3 2 17 4 2 2 3 5 3 8 2 12 4 4 2 4 3 0.25 1.90 52 L -2 -1 -1 -5 1 -1 -2 -5 1 2 3 -4 1 1 -1 -2 -1 -5 0 2 4 3 3 0 3 3 3 0 3 10 32 0 3 6 3 4 4 0 3 11 0.37 1.80 53 L -2 -1 -1 -1 1 -1 -2 -2 0 1 4 -2 2 -1 -5 -1 -1 -5 0 -1 3 3 4 3 3 3 3 3 3 8 36 3 5 3 0 5 5 0 3 4 0.33 1.80 54 I -3 -4 -3 -4 -2 -4 -2 -4 -6 5 1 -4 2 3 -1 -3 -1 -5 -2 3 2 1 2 1 1 1 4 1 0 29 10 1 5 11 3 2 5 0 1 21 0.63 1.97 55 P -3 -5 -2 -4 -6 -3 -3 -3 -2 -5 -4 -2 -5 -6 8 -2 -4 -6 -5 -5 2 0 2 0 0 1 1 2 1 0 2 2 0 0 83 2 0 0 0 0 2.36 1.91 56 L -2 -3 -2 -1 -2 1 2 -4 -1 3 2 -2 2 -2 -3 -3 -2 -5 -1 3 4 1 2 3 1 8 13 2 1 13 17 3 4 2 1 2 2 0 2 20 0.33 1.90 57 R -2 1 -1 -2 -2 -1 0 -4 0 2 0 0 -1 -3 -2 1 3 -5 -1 2 3 6 3 2 1 2 7 1 2 12 7 6 2 1 2 9 17 0 2 15 0.26 1.93 58 L -3 -5 -4 -6 -1 -3 -4 -6 -2 4 3 -4 1 3 -3 -4 -3 0 -1 3 1 0 1 0 1 1 1 0 1 20 23 1 3 12 1 1 1 1 2 22 0.65 2.03 59 K -1 0 1 1 -5 1 4 -3 1 -3 -4 1 -1 -2 0 0 1 -6 -2 -4 6 4 6 8 0 5 23 1 4 1 2 7 1 2 6 8 8 0 1 1 0.29 2.03 60 V 0 -5 -5 -3 0 -3 -5 -3 -2 1 4 -3 2 2 -3 -3 -2 -5 1 1 7 0 0 2 2 1 0 2 1 6 41 1 4 7 2 2 2 0 4 11 0.53 2.06 61 S -2 -1 1 3 -1 -1 -1 -1 -1 -3 -4 -1 -2 -5 1 3 2 -6 -3 -3 3 3 7 14 1 2 4 5 1 1 2 3 1 0 8 25 13 0 1 1 0.36 2.04 62 A 1 0 0 -1 -1 0 2 -2 1 -2 -3 1 0 -2 4 0 -1 -5 -2 -2 13 4 4 3 1 4 13 2 3 2 3 8 2 2 17 5 3 0 1 2 0.23 2.04 63 E 1 0 2 1 -5 0 1 -1 1 -1 -2 0 0 -1 0 0 -1 2 0 -1 10 5 8 8 0 4 8 4 4 4 4 5 3 3 5 8 4 2 3 4 0.04 2.13 64 E -1 -1 -1 2 -6 2 4 -2 1 -2 -2 -1 0 -1 -1 -1 -1 2 -1 -2 4 3 3 12 0 8 27 3 3 3 5 3 3 3 3 4 3 3 3 3 0.31 2.15 65 K 3 -1 -3 -4 2 0 -1 -3 -1 1 0 -1 3 1 -4 -2 -1 -1 2 1 22 3 1 1 4 4 3 1 1 9 8 4 8 5 1 3 3 1 6 10 0.25 1.99 66 S 3 -1 -1 2 -4 1 3 -2 -1 -1 -1 -2 -1 -4 -2 0 -1 -3 -5 -1 21 4 3 13 0 6 17 3 1 4 6 2 2 1 1 6 4 0 0 4 0.28 1.98 67 A 2 2 -3 -4 1 -1 -3 -4 -2 2 2 -1 0 -2 -5 -3 1 0 -2 1 15 11 1 1 3 3 1 1 1 10 19 4 2 2 0 2 8 1 1 10 0.24 1.97 68 L 1 -5 -5 -6 -2 -4 -6 -5 -5 3 4 -4 0 2 -6 -3 -3 2 0 2 12 0 1 0 1 0 0 1 0 14 35 1 1 7 0 2 1 2 4 12 0.59 1.96 69 E 0 0 -1 0 -3 2 4 -3 0 -2 0 2 1 -3 -4 -2 -1 -6 -3 -2 7 4 3 5 1 9 27 1 2 2 9 10 3 1 1 3 4 0 1 2 0.31 1.97 70 K 0 1 0 2 -3 2 4 -3 -1 -4 -4 0 -3 -6 -2 0 -1 -1 -4 -4 9 7 4 9 0 9 29 2 2 1 2 5 1 0 2 5 4 1 1 1 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V -4 -5 -5 -4 -2 -5 -5 -6 -5 1 4 -4 7 -2 -4 -4 0 0 -4 1 1 0 1 1 1 0 1 0 0 7 42 1 27 1 1 1 5 1 0 9 1.08 1.93 153 E -3 -1 -3 0 -6 1 7 -4 -2 -5 -3 -2 -2 -4 0 -1 -3 -6 -4 -4 2 3 1 3 0 4 68 1 1 1 3 1 1 1 4 3 1 0 1 1 1.29 1.92 154 R -1 5 -1 -3 -6 5 -1 -5 2 -6 -4 1 -4 -3 -3 -2 -2 -5 3 -5 4 29 3 1 0 29 2 1 4 0 1 7 0 1 1 3 3 0 11 1 0.92 1.92 155 L -2 -4 -3 -4 6 -4 -4 -5 3 0 4 -5 -2 1 -5 -4 0 -3 2 -1 4 1 1 1 14 1 1 1 6 4 44 0 0 5 1 1 7 0 6 3 0.79 1.87 156 C -2 -2 -4 -5 10 -4 -5 -4 -4 -2 0 -5 0 -3 -5 -3 -3 4 0 -1 2 2 1 1 60 0 1 1 0 2 10 0 2 1 0 2 1 5 4 4 1.89 1.88 157 P -1 -2 -1 -1 -4 1 -1 -1 1 -5 -5 -1 -3 -5 7 -2 -3 -6 -5 -4 5 2 3 4 0 8 3 4 3 1 1 3 1 0 58 2 1 0 0 1 1.40 1.88 158 Q -3 -1 -1 -2 -6 4 1 -1 9 -6 -4 0 -4 -5 -4 -2 -3 -6 -3 -5 2 3 3 2 0 20 8 6 44 0 2 4 0 0 1 3 2 0 0 1 1.31 1.89 159 L -1 -2 -3 -3 -3 1 -2 4 -3 -2 3 -2 -2 -4 -3 -2 -2 4 -2 -1 5 2 1 1 0 8 2 31 1 2 30 2 0 0 1 2 2 5 2 3 0.56 1.83 160 V -2 5 0 -4 -5 -1 -4 -3 -3 0 3 -2 0 0 -4 -3 -2 -5 -1 2 3 33 4 0 0 3 0 2 1 4 24 1 2 4 1 1 2 0 2 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0 2 0 0 12 0 0 0 2 10 0 0 1 0.53 1.41 179 A 5 -1 -4 -1 -4 3 -1 -3 -1 -1 -4 1 -1 -2 -4 -1 0 -5 -4 -2 49 3 0 3 0 13 3 1 2 4 1 10 1 2 0 3 5 0 0 2 0.65 1.39 180 L -5 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -6 -5 -2 5 -6 1 6 -6 -5 -4 -3 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 66 0 3 32 0 0 0 0 0 0 1.46 1.36 181 K -2 0 4 -3 -5 2 -1 -4 -3 -5 -5 5 -4 1 -4 -2 2 -5 -4 -4 2 3 21 0 0 10 3 0 0 0 0 39 0 8 0 0 15 0 0 0 0.83 1.21 182 D -3 -2 7 4 -5 -2 -1 -2 -1 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -1 -2 -6 -4 -5 0 0 78 22 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.49 0.67 K Lambda Standard Ungapped 0.1341 0.3195 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1775 0.3174 PSI Gapped 0.0543 0.2670