Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Q -2 0 -1 -1 -4 6 3 -3 -1 -4 -3 2 -2 -4 -2 -1 -2 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 65 22 0 0 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0.93 0.34 2 S 0 -2 -1 3 -4 1 2 -3 3 -4 -1 2 -3 -4 -3 3 -1 -4 -3 -3 5 0 0 16 0 5 16 0 7 0 8 14 0 0 0 30 0 0 0 0 0.42 0.56 3 D 1 -2 1 3 -4 2 3 -3 2 -1 0 -2 -3 -4 -3 -2 0 -5 -3 -3 13 0 7 20 0 9 24 0 5 5 11 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0.42 0.72 4 F -4 -5 -5 -6 -5 -5 -6 -6 -4 -2 0 -5 -2 9 -6 -5 -4 2 1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 92 0 0 0 2 0 0 2.05 1.00 5 S -2 2 -3 -3 -4 2 2 -4 -3 -3 -1 3 1 -4 -4 2 0 3 -4 1 1 10 0 0 0 9 15 0 0 0 5 23 4 0 0 15 4 4 0 10 0.45 1.03 6 P 0 3 -3 -3 -5 -2 0 0 -3 -5 -5 5 -4 -6 4 -1 -2 -6 -5 -5 7 15 0 0 0 0 4 7 0 0 0 39 0 0 21 4 2 0 0 0 0.87 1.13 7 Y -4 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -6 -1 -4 -3 -4 -3 3 -6 -4 -4 6 9 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 11 82 0 2.25 1.10 8 I -1 -4 2 -2 -4 -1 -1 -4 0 1 -3 -2 -3 -1 4 2 1 -5 -4 0 5 0 9 1 0 3 4 0 3 8 2 1 0 3 24 20 10 0 0 8 0.47 1.10 9 E -2 -2 -2 0 -4 -1 3 -3 -3 -5 -5 4 -4 -5 -3 5 -1 -5 -4 -4 1 0 0 5 0 0 23 0 0 0 0 26 0 0 0 44 1 0 0 0 0.92 1.12 10 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 6 3 -5 4 -1 -5 -5 -3 -5 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 56 26 0 11 2 0 0 0 0 0 5 1.21 1.14 11 D -2 -1 -3 3 -5 1 6 -4 -3 -5 -5 -2 -4 -6 2 -1 0 -6 -5 -1 1 2 0 16 0 4 51 0 0 0 0 0 0 0 12 3 7 0 0 4 0.96 1.14 12 L -2 -3 7 -1 -4 -2 -2 -3 -2 -3 -1 -3 -3 -1 -4 0 -1 -5 -1 -4 2 0 68 2 0 0 2 0 0 1 8 0 0 3 0 7 3 0 2 0 1.22 1.09 13 P 0 -3 -2 -3 -3 -2 -1 -3 7 -2 -1 -3 0 -3 3 2 -1 -4 -2 -1 9 1 1 1 0 1 3 1 31 2 5 1 3 0 16 19 3 0 0 4 0.74 1.03 14 S -2 0 2 -3 -3 -2 -3 0 1 -3 -3 0 -3 1 -3 2 2 -2 5 -3 1 5 12 1 0 1 1 7 4 1 1 5 0 5 1 15 14 0 26 1 0.52 1.00 15 E 0 -1 3 0 -4 3 2 -2 -2 -1 -2 2 1 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -2 7 2 18 5 0 14 15 2 0 3 4 16 4 1 2 2 1 0 1 2 0.38 0.99 16 S 0 2 2 -1 -3 1 -1 0 0 0 -1 1 -2 -3 -1 1 0 0 -3 -1 8 11 12 3 0 5 4 6 2 6 6 9 0 1 2 13 5 1 1 5 0.15 0.95 17 R -2 4 1 0 -3 -1 0 -1 3 -3 -2 3 -3 0 -3 -1 -1 2 0 -1 3 21 6 5 0 1 5 5 8 1 3 16 0 5 1 4 3 3 3 6 0.31 0.92 18 I -1 -4 -4 -2 -3 -2 -1 -3 -4 6 1 -2 1 1 -4 -3 -1 -3 -1 2 4 1 1 2 0 2 5 2 0 46 9 3 3 5 1 1 3 0 2 11 0.61 1.02 19 Q -2 0 1 3 -4 3 3 -1 -3 -4 -1 2 -1 -1 -2 0 -2 -4 -3 -3 1 4 7 16 0 17 16 4 0 0 6 12 1 3 2 5 1 0 0 2 0.39 1.07 20 S 2 3 1 0 -4 3 0 -1 -3 -3 -2 2 -3 -4 0 0 -1 -4 -2 -3 17 20 6 5 0 12 5 5 0 1 3 11 0 0 5 6 3 0 1 1 0.35 1.08 21 L -2 -2 -2 -4 1 -1 -2 -3 -1 2 3 -2 -1 3 -4 -1 -1 -3 2 1 2 2 2 0 3 3 3 2 1 10 30 2 0 12 0 5 3 0 8 11 0.34 1.03 22 H -2 3 -1 0 -4 1 0 -1 0 0 -2 2 -1 0 2 -2 -1 -4 1 0 3 15 2 5 0 7 5 4 2 6 3 15 1 5 10 2 4 0 4 7 0.22 1.06 23 K -1 1 1 3 -4 -1 1 -1 -3 -3 -2 2 1 -2 0 0 1 -5 -1 -2 5 6 6 18 0 1 8 6 0 1 5 13 4 2 4 6 10 0 2 2 0.23 1.06 24 S 1 -1 2 1 2 2 0 1 1 -2 -2 -1 -1 -4 -4 1 0 -4 -2 -1 11 2 10 9 4 11 4 10 3 2 5 2 1 0 0 11 6 0 1 6 0.19 1.04 25 G -1 -1 -1 -1 -4 -2 0 4 -3 -1 -2 0 -1 2 1 -1 -1 -4 -2 -1 5 3 2 4 0 1 6 38 0 3 3 6 2 9 6 3 3 0 1 4 0.40 1.04 26 L -1 -3 -2 -2 -4 -3 -1 -2 1 0 3 -1 3 3 -1 -2 -1 -3 2 -2 5 0 2 2 0 0 4 2 4 3 37 3 7 12 3 3 3 0 8 0 0.37 0.94 27 A 2 -2 -2 0 -1 -2 -2 0 -2 -3 -2 -1 0 2 3 -1 2 3 -1 -3 20 1 1 5 1 1 2 8 1 1 4 4 2 8 16 2 16 5 1 0 0.33 0.98 28 A 0 -3 3 3 -5 -1 1 4 -1 -4 -4 1 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -2 6 0 13 18 0 1 7 33 1 0 1 11 0 0 0 3 1 0 0 4 0.60 0.96 29 Q -2 0 1 1 -1 1 2 2 -3 -1 -1 2 -3 -4 -1 -1 0 -2 -3 0 1 6 5 7 1 8 14 17 0 3 5 12 0 0 2 4 5 1 1 9 0.20 0.86 30 E -2 0 -1 3 -4 0 4 -2 -1 -3 -2 1 -3 -4 3 -1 -2 -5 -4 0 2 5 2 15 0 2 30 2 1 0 5 7 0 0 13 5 1 0 0 9 0.46 0.81 31 W -3 -4 -5 -5 -4 -4 -4 -4 -4 -1 -3 -4 -3 1 -5 -4 -2 11 3 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 5 0 0 3 63 8 14 2.12 0.78 32 V -1 -4 -3 -4 -1 -4 -2 -5 -4 3 0 -4 -1 -2 -4 -3 -1 -4 2 6 3 0 1 0 1 0 3 0 0 14 3 0 0 0 0 0 3 0 7 64 0.83 0.79 33 A 5 -4 -4 -4 2 -3 -4 -3 -4 0 -1 -3 -2 0 -3 -2 -2 -4 -3 4 54 0 0 0 5 0 0 0 0 2 2 0 0 5 0 0 0 0 0 32 0.78 0.81 34 C -2 2 -2 -3 2 2 -1 -4 -3 -3 0 -2 3 -4 -3 0 5 -4 -3 -2 0 11 0 0 5 12 3 0 0 0 9 0 10 0 0 6 45 0 0 0 0.63 0.81 35 E -3 -2 -2 0 -6 0 7 -4 -2 -5 -5 1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 94 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 1.60 0.81 36 K -3 0 1 -2 -5 -1 -1 -3 -3 -5 -5 7 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 94 0 0 0 0 0 0 0 0 1.49 0.81 37 V -3 -5 -2 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 2 -4 -1 -2 -5 -4 -2 -4 -3 4 0 0 2 0 0 0 0 0 0 40 22 0 0 0 0 0 0 0 0 36 0.94 0.81 38 H -4 -2 1 2 -5 -1 -2 -4 10 -5 -5 -3 -4 -3 -4 -3 -3 -5 -1 -5 0 0 5 14 0 0 0 0 81 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.96 0.81 39 G -2 -4 -2 -3 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.95 0.81 40 T 4 -3 -3 -3 4 -3 -3 -3 -4 0 -3 -3 -3 -4 -3 2 5 -5 -4 -2 35 0 0 0 11 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 11 38 0 0 0 0.78 0.81 41 N 0 -2 7 -1 -4 1 -2 -2 1 -4 -4 -2 -3 -4 -3 0 -1 -5 -3 -4 7 0 73 0 0 7 0 0 3 0 0 0 0 0 0 4 3 0 0 0 1.23 0.76 42 F -2 -4 -4 -4 2 -4 -4 -4 -3 1 0 -4 -1 7 -4 -2 -1 -1 2 -1 2 0 0 1 5 0 1 1 0 10 7 1 0 57 1 3 5 0 4 2 0.95 0.73 43 G 1 3 -2 -3 3 2 -1 1 -3 -3 -1 -2 -3 -4 -3 3 -1 2 -3 -2 10 17 0 0 6 10 3 9 0 0 5 0 0 0 0 31 1 3 0 3 0.40 0.78 44 I -3 -4 -5 -5 2 -4 -5 -5 -4 4 2 -4 0 4 -4 -4 -3 -3 1 2 0 0 0 0 6 0 0 0 0 33 20 0 1 22 0 0 0 0 4 11 0.73 0.77 45 Y 1 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -2 -3 4 2 -3 0 0 -4 -2 1 1 4 1 12 0 0 0 0 0 0 3 0 25 19 0 1 3 0 1 10 2 16 7 0.41 0.75 46 L -2 -4 -4 -4 2 -4 -4 -3 -4 1 1 -4 2 3 -4 0 1 -3 1 3 0 0 0 0 5 0 0 2 0 7 15 0 5 15 0 6 11 0 5 26 0.44 0.78 47 I -1 -2 1 1 -2 -1 -1 -1 -2 2 -1 0 -1 -2 -2 0 2 4 -2 2 4 2 6 8 1 1 4 6 1 11 6 7 1 1 2 7 13 5 1 14 0.13 0.52 48 N 1 1 1 1 0 0 1 0 -1 -2 0 0 0 -2 -1 0 0 -2 1 -1 14 6 7 8 2 5 9 7 1 2 8 6 3 2 2 5 5 1 5 4 0.06 0.49 49 Q 0 0 0 2 -2 0 1 2 0 -2 -1 0 -2 -2 -1 -1 0 -2 -2 0 8 5 5 13 1 4 9 15 2 2 6 4 1 1 2 4 7 1 1 8 0.11 0.49 50 G 1 -1 1 1 1 -1 0 2 -1 -2 -2 -1 -2 -2 0 1 1 -2 0 -2 11 3 6 9 3 1 5 19 2 2 3 3 1 1 4 11 9 0 3 2 0.18 0.52 51 D 0 -2 2 5 0 0 1 2 -1 -3 -2 0 -3 -4 -3 -1 -1 -4 -3 -3 7 1 10 33 2 3 7 16 1 2 4 5 0 1 1 4 2 0 1 1 0.49 0.91 52 H -2 0 1 0 -4 0 4 4 0 -1 -3 -1 0 -4 -1 -1 -2 -4 -3 -2 1 6 6 5 0 3 26 30 2 4 2 3 3 1 2 3 1 0 1 2 0.47 0.92 53 E 0 0 -1 1 -3 0 3 0 -1 -2 -1 1 0 -1 -2 0 -1 -3 -1 0 7 5 3 9 0 3 19 6 1 2 5 10 2 3 2 8 4 0 2 7 0.14 0.92 54 V -1 2 0 -1 -1 -1 1 0 2 -3 -2 1 -1 2 -1 0 2 2 -2 0 4 10 3 3 2 2 10 8 5 1 3 8 1 8 3 6 13 3 0 6 0.14 0.94 55 V -2 -4 -4 -4 0 -2 -4 -2 -4 4 0 -4 -1 0 -4 -2 -1 -1 -3 5 2 0 0 0 2 2 1 3 0 20 7 1 1 4 0 3 2 1 0 51 0.76 1.00 56 R -2 3 -1 -3 -2 3 2 -3 -1 -1 -3 1 -3 -2 -4 0 2 -4 1 -1 2 18 2 0 1 15 12 2 1 3 2 8 0 1 0 8 15 0 6 3 0.38 1.06 57 F 1 -2 -4 -5 4 -4 -4 0 -3 1 -3 -4 -2 5 1 -2 -2 -3 3 1 14 2 0 0 8 0 0 7 0 7 0 0 1 27 6 3 1 0 12 11 0.56 1.08 58 A 4 -2 -2 -3 -1 -3 -3 4 0 -4 -3 -3 -3 -4 -3 1 -3 -4 -4 -3 45 2 2 0 1 0 0 35 2 0 3 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0.84 1.03 59 K -2 3 -1 -3 -4 -1 -2 -1 -3 -4 -4 6 -3 -5 -3 2 -1 -5 -4 -4 2 13 2 0 0 0 0 5 0 0 1 57 0 0 0 17 2 0 0 0 0.96 1.03 60 R -3 8 -2 -4 -5 -1 -2 -2 -3 -5 -5 0 -4 -5 -1 -1 -3 -5 -4 -5 0 85 1 0 0 1 0 3 0 0 0 2 0 0 2 3 0 0 0 0 1.66 1.08 61 S -2 1 3 -3 -4 -1 -3 -2 2 -4 0 2 0 -2 -4 3 3 -5 -4 -3 0 7 12 0 0 2 0 2 5 0 9 13 2 1 0 22 22 0 0 0 0.46 1.08 62 G 2 -3 -1 1 -4 1 1 3 1 -4 -3 -1 -4 -4 -3 1 1 -4 -1 -4 16 0 3 8 0 6 11 25 4 0 2 2 0 0 0 11 10 0 2 0 0.41 1.05 63 I -1 -4 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 2 2 -2 1 3 2 -3 -1 3 2 0 6 0 1 0 0 2 2 1 0 14 23 2 3 12 11 1 3 5 8 6 0.41 1.02 64 M -1 -1 -4 -4 0 -3 -4 -4 0 3 4 -1 3 -2 -4 -2 -3 -4 -1 1 5 3 0 1 2 0 1 1 3 20 41 5 7 0 1 3 1 0 2 6 0.60 1.26 65 D 1 2 -1 2 -1 0 1 1 -4 -4 -2 0 -2 -2 1 0 1 -5 -4 -2 10 12 3 11 2 3 11 12 0 0 4 4 1 2 7 7 9 0 0 3 0.21 1.34 66 P 0 0 -2 3 -5 -3 3 -2 -4 -3 -3 -1 -4 -2 4 1 -2 1 -4 -4 7 6 1 19 0 0 17 3 0 2 3 3 0 2 24 9 2 2 0 0 0.59 1.34 67 N 0 -3 2 4 -5 -2 3 1 0 -4 -2 0 -4 -2 -1 0 0 -5 -1 -3 7 0 10 22 0 0 17 11 2 0 4 5 0 2 3 6 5 0 3 2 0.38 1.31 68 E -2 -1 -2 4 -4 0 5 -2 -3 -4 -4 -1 -4 -4 -3 0 -1 -4 -1 -1 3 4 0 22 0 2 41 3 0 1 1 3 0 0 1 7 4 0 2 4 0.74 1.25 69 N -2 -1 4 3 -4 0 0 -2 3 -4 -4 2 -1 -4 0 1 -1 -4 -1 -4 3 2 21 17 0 4 4 3 6 0 1 14 2 0 5 9 4 0 2 1 0.48 1.26 70 F -4 -2 0 -4 -4 -2 -4 -4 -3 -2 1 -4 -2 8 -2 -2 -3 -2 1 -3 1 3 5 1 0 2 1 1 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