Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 5 -2 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -2 -1 -2 -3 -2 1 -1 -3 -3 -1 92 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0.69 0.23 2 M -2 1 -3 -4 -3 -1 -3 -4 -2 0 1 0 8 -1 -3 -2 -2 -3 -2 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 87 0 0 0 0 0 0 0 0.93 0.34 3 D -2 1 0 5 -4 -1 0 -3 -2 -4 -4 3 -3 -5 4 -1 -2 -5 -4 -4 0 6 0 52 0 0 0 0 0 0 0 22 0 0 20 0 0 0 0 0 0.89 0.37 4 K 2 2 0 -2 -3 0 -1 -2 -2 -3 -3 5 -2 -4 -2 -1 -1 -4 -3 -3 29 6 5 0 0 0 0 0 0 0 0 60 0 0 0 0 0 0 0 0 0.65 0.37 5 S -1 -1 3 4 -3 1 0 -2 -2 -4 -4 2 -3 -4 -2 3 -1 -5 -3 -4 0 0 13 33 0 8 0 0 0 0 0 15 0 0 0 32 0 0 0 0 0.62 0.41 6 A 2 -2 3 -2 -2 -2 -2 0 -2 -2 1 -2 -2 0 -3 3 -1 -4 -3 -2 21 0 22 0 0 0 0 7 0 0 19 0 0 4 0 26 0 0 0 0 0.34 0.43 7 K -1 4 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -2 1 0 3 -2 2 -3 -1 -1 -2 3 -2 3 29 0 0 0 0 0 0 0 10 7 23 0 9 0 3 4 0 12 0 0.40 0.43 8 A 6 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -2 -3 -2 -2 -3 -2 0 1 -4 -3 -1 92 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0.89 0.43 9 P -2 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.51 0.44 10 Q -2 -3 -3 -3 5 1 0 -4 -3 2 -1 -3 1 -2 -4 -3 -2 -3 0 4 0 0 0 0 14 10 6 0 0 15 0 0 3 0 0 0 0 0 4 48 0.53 0.44 11 I -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -5 6 0 -4 0 -2 -4 -3 -2 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 66 0 0 0 0 0 0 0 0 0 34 0.92 0.44 12 T -1 -2 -1 -2 -2 2 2 -3 -2 -2 -3 -1 -2 -4 -2 0 6 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 10 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 77 0 0 0 0.85 0.44 13 I -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 6 0 -4 0 -2 -4 -3 0 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 65 0 0 0 0 0 0 7 0 0 28 0.84 0.44 14 F -3 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -4 2 -1 -1 -4 -1 8 -5 -4 -3 0 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 94 0 0 0 0 0 0 1.46 0.44 15 D -3 -3 0 7 -5 -1 0 -3 -2 -4 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -6 -4 -4 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.61 0.44 16 H 2 -2 0 -2 -4 -1 3 -3 8 -4 -4 -1 -3 -3 -3 -1 -2 -4 -1 -3 23 0 3 0 0 0 20 0 54 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.96 0.44 17 R -3 7 -2 -3 -5 2 -1 -4 -1 -4 -3 1 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 93 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.36 0.44 18 G -1 -4 -2 -3 -4 -3 -3 7 -3 -5 -4 -3 -4 0 -3 -2 -3 -3 -3 -4 0 0 0 0 0 0 0 93 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 1.45 0.44 19 C -2 -5 -4 -5 10 -4 -5 -4 -4 -2 -2 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.28 0.44 20 S -2 -2 0 4 -3 0 1 0 -2 -3 -1 1 -3 -4 0 2 0 -4 -3 -3 0 0 3 29 0 3 8 8 0 0 6 10 0 0 5 23 6 0 0 0 0.39 0.44 21 R 1 6 -1 -3 -4 -1 -1 0 5 -4 -4 0 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -2 -3 14 59 0 0 0 0 0 8 19 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.85 0.44 22 A 4 -2 -3 -3 -3 -1 -2 1 -3 -1 -3 1 -2 -4 3 0 -2 -4 -3 0 50 0 0 0 0 3 0 12 0 4 0 8 0 0 15 2 0 0 0 5 0.56 0.54 23 P 0 1 4 0 -3 -1 -2 -1 -2 -3 -3 -1 -3 -3 5 -1 0 -3 -3 -3 10 7 28 4 0 1 1 5 0 1 1 1 0 1 31 1 5 0 0 1 0.67 0.46 24 K 1 0 -1 -2 -3 0 -1 0 -2 -3 -3 5 -2 -3 -2 0 0 -3 -3 -1 11 1 1 1 0 1 1 7 0 1 1 57 0 1 1 8 4 0 0 4 0.55 0.46 25 E -2 -1 -1 0 -3 2 6 -3 -1 -3 -3 0 -3 -3 -2 0 -2 -3 -3 -3 1 1 1 1 0 7 73 1 0 1 1 1 0 1 1 7 1 0 0 1 0.94 0.46 26 S -2 -2 -2 -3 -3 -2 0 -3 0 -2 -2 -2 -2 1 -3 -1 -2 1 8 -2 1 1 1 1 0 1 7 1 0 1 1 1 0 1 1 4 1 0 77 1 1.23 0.46 27 T -1 -1 1 -2 -3 2 0 -3 -2 -2 -3 1 -2 -3 -2 0 5 -3 -3 0 3 0 5 0 0 11 6 1 0 0 1 10 0 0 0 0 54 0 0 6 0.58 0.50 28 G -1 1 -2 -1 -4 -3 -3 6 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -4 -5 0 9 0 3 0 0 0 88 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.43 0.54 29 G 3 0 -2 0 -3 -2 -2 2 -3 -3 -2 0 -3 -4 4 0 0 -4 -4 -3 29 4 0 5 0 0 0 14 0 0 3 7 0 0 25 6 7 0 0 0 0.54 0.54 30 K -1 1 -2 -2 -4 1 -1 -3 -2 -3 -1 5 -2 -4 2 -2 0 2 -3 -3 4 3 0 0 0 7 0 0 0 0 6 60 0 0 11 0 6 3 0 0 0.71 0.54 31 A 4 -2 -2 -3 1 -2 -2 -2 -3 -2 -3 0 -2 -4 -2 3 2 -4 -3 0 47 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 25 12 0 0 7 0.55 0.54 32 G 0 -3 4 -1 -3 -2 -2 5 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -4 7 0 30 0 0 0 0 58 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.01 0.51 33 G 1 -3 -1 4 -3 -2 -1 1 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -3 2 3 -4 -4 -3 15 0 0 30 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 13 28 0 0 0 0.59 0.54 34 Q -1 -2 1 -2 -4 3 3 2 -2 -3 -3 1 2 -3 0 -1 -1 -3 2 -3 5 0 6 0 0 17 21 16 0 0 0 8 9 0 4 2 3 0 10 0 0.36 0.54 35 D -3 -2 4 6 -5 -1 3 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 22 60 0 0 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.18 0.54 36 D -3 -3 0 7 -5 -1 2 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -2 -2 -6 -4 -5 0 0 0 91 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.59 0.54 37 E 0 -2 0 1 -4 2 5 2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -3 -1 -2 -4 0 -4 7 0 4 6 0 8 53 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0.71 0.54 38 M -2 -1 -4 -4 3 1 -3 -4 -3 -1 1 -3 8 1 -4 -3 -2 -3 -2 -1 0 4 0 0 6 6 0 0 0 0 9 0 68 7 0 0 0 0 0 0 1.00 0.54 39 M -1 -4 -4 -5 8 -3 -4 -4 -4 -1 3 -4 5 -2 -4 -3 -2 -3 -3 -1 6 0 0 0 40 0 0 0 0 0 35 0 19 0 0 0 0 0 0 0 1.05 0.54 40 V -2 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -5 1 0 -4 -1 -2 -4 -3 -1 -4 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 1.15 0.54 41 K -2 1 -1 -2 -4 0 -1 -3 -2 -4 -4 7 -3 -5 -2 0 -2 -4 -3 -4 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 90 0 0 0 7 0 0 0 0 1.17 0.54 42 V 0 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -4 -5 3 0 -4 -1 -2 -4 -3 -1 -4 -3 6 7 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 78 0.93 0.54 43 A 2 -1 -2 0 -3 4 1 -2 -2 -3 -3 2 -2 -4 -2 2 -1 -4 -3 -1 20 0 0 3 0 30 6 0 0 0 0 16 0 0 0 19 0 0 0 6 0.49 0.54 44 S 0 -2 -1 -3 -3 1 -2 -1 -2 -1 1 -2 6 0 -3 2 -1 -3 0 -2 7 0 2 0 0 8 0 4 0 0 13 0 35 3 0 25 0 0 4 0 0.46 0.54 45 T 0 1 -2 -2 -3 4 0 -3 -2 0 -2 3 -2 -3 -3 0 1 -4 -3 1 5 6 0 0 0 21 4 0 0 6 3 26 0 0 0 4 10 0 0 13 0.36 0.53 46 K 2 0 -2 -2 -3 -1 1 -1 -2 -2 -3 5 -2 -4 1 -1 -2 -4 -3 1 18 0 0 0 0 0 9 4 0 0 0 49 0 0 7 0 0 0 0 12 0.51 0.52 47 V -1 -4 -4 -5 1 -4 -4 -5 -4 6 1 -4 0 -2 0 -3 -2 -4 0 3 4 0 0 0 3 0 0 0 0 60 8 0 0 0 4 0 0 0 3 18 0.75 0.53 48 T 0 -1 -2 -2 -4 -1 3 0 -3 -4 -4 3 -3 -1 2 1 3 -4 -3 -3 7 0 0 0 0 0 20 6 0 0 0 22 0 3 12 8 21 0 0 0 0.45 0.61 49 V 1 -4 -4 -5 1 -4 -4 -4 -4 1 2 -4 -1 2 0 -3 -2 -3 0 4 12 0 0 0 3 0 0 0 0 3 17 0 0 10 6 0 0 0 4 45 0.52 0.61 50 S 1 -2 3 1 -3 -2 -2 1 -2 -4 -4 0 -3 -4 3 3 0 -5 -4 -4 9 0 20 6 0 0 0 8 0 0 0 5 0 0 18 30 3 0 0 0 0.59 0.61 51 E 1 2 -2 0 -4 1 4 -3 -2 -4 -2 -1 -3 -4 -3 0 3 -4 -3 -3 12 14 0 3 0 4 39 0 0 0 3 0 0 0 0 4 22 0 0 0 0.57 0.61 52 S 2 -3 1 3 -3 -1 -2 3 -2 -4 -4 0 -3 -3 -3 1 0 -4 2 -3 24 0 6 18 0 3 0 22 0 0 0 4 0 0 0 9 6 0 8 0 0.42 0.61 53 D 1 -3 -2 2 -3 0 2 -3 -3 -2 1 -2 -2 2 -3 -1 3 -3 0 -1 17 0 0 14 0 4 13 0 0 0 16 0 0 9 0 0 20 0 3 4 0.28 0.61 54 A 6 -3 -3 -3 -2 -2 -3 1 -3 -3 -3 -2 -3 -4 1 -1 -2 -4 -3 0 82 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 4 0.93 0.61 55 A 4 0 -2 0 -2 0 2 -2 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 -1 1 -4 -3 -1 56 4 0 6 0 5 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 5 0.54 0.58 56 K 1 -1 0 0 -3 2 1 -1 -2 -3 0 3 -2 -4 -2 3 -1 -4 -3 -3 12 0 4 4 0 10 9 3 0 0 9 23 0 0 0 24 0 0 0 0 0.33 0.58 57 K -1 -2 -3 -3 -3 -2 -1 -4 -3 2 1 1 -1 0 -3 -3 -2 -3 2 4 4 0 0 0 0 0 5 0 0 12 13 13 0 4 0 0 0 0 9 37 0.39 0.58 58 L -2 1 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -3 0 4 0 0 1 -4 -3 1 -3 -2 1 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 56 6 0 4 0 0 11 0 0 12 0.52 0.58 59 Q 1 2 0 -2 -3 5 1 -2 -2 -3 -2 2 -2 -4 -3 2 -2 -4 -3 -3 16 9 4 0 0 34 5 0 0 0 4 12 0 0 0 15 0 0 0 0 0.50 0.58 60 E -2 -2 -2 1 -4 3 5 -4 -2 1 -3 1 -3 -4 -3 -1 -1 -4 -3 -1 0 0 0 7 0 14 54 0 0 10 0 5 0 0 0 4 3 0 0 4 0.73 0.60 61 F -2 -3 1 -3 4 1 -3 -4 -3 0 -1 -3 -2 6 -4 -1 3 -2 0 -2 0 0 7 0 9 7 0 0 0 4 4 0 0 39 0 3 26 0 0 0 0.63 0.60 62 I -3 -3 -4 -4 -3 0 -4 -5 -4 3 4 -3 0 0 -4 -3 1 -3 -2 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 21 54 0 0 4 0 0 10 0 0 4 0.65 0.60 63 T 0 -3 3 0 -3 -2 -2 4 -3 0 -4 -2 -3 -4 -3 2 -1 -4 -4 -3 7 0 14 5 0 0 0 42 0 7 0 0 0 0 0 22 3 0 0 0 0.64 0.60 64 F -3 -3 0 -3 -3 -2 1 -4 -1 0 -1 -1 2 2 -4 -2 0 -1 6 1 0 0 4 0 0 0 10 0 0 5 5 3 6 8 0 0 8 0 40 10 0.58 0.55 65 E 0 0 -2 1 -3 2 1 -3 -3 -1 3 -2 -1 -2 -3 -2 1 -4 -3 -2 10 7 0 11 0 12 9 0 0 0 41 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0.30 0.45 66 K -2 1 -1 -2 -4 0 -1 0 -2 -4 -4 6 -2 -4 -2 -1 1 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 82 0 0 0 0 11 0 0 0 0.87 0.41 67 G 2 3 1 -2 -3 -1 -2 4 -2 -4 -4 2 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -3 24 20 8 0 0 0 0 34 0 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0.53 0.37 68 I -2 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -5 -4 5 3 -4 1 -1 -4 -3 -2 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 39 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0.67 0.30 69 D -3 -2 3 6 -4 -1 0 -2 -2 -3 -3 -2 -3 3 -3 -1 -2 -3 -2 -4 0 0 18 66 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0.89 0.30 70 G 0 -3 -2 -2 -3 -3 -3 6 -3 -1 -2 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 74 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 0.82 0.20 71 P -2 -2 -1 4 -4 -1 0 -2 -2 -3 -4 -1 -3 -4 7 -1 -2 -4 -4 -3 0 0 0 35 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 65 0 0 0 0 0 1.42 0.14 72 F -2 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 0 2 0 -3 0 5 -4 -3 -2 1 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 0 0 0 39 0 0 0 0 35 0 0.64 0.13 73 T -1 2 -1 -2 -2 -1 -2 -3 -2 2 -1 0 -1 -2 -2 0 4 -3 -2 0 0 22 0 0 0 0 0 0 0 26 0 0 0 0 0 0 53 0 0 0 0.33 0.13 74 S 0 -2 0 -1 -2 -1 -2 5 -2 -4 -4 -1 -3 -3 -2 3 0 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 56 0 0 0 0 0 0 0 44 0 0 0 0 0.70 0.13 75 K -1 2 0 -1 -3 1 1 -2 -1 -3 -3 5 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0.56 0.03 76 N -1 0 6 1 -3 0 0 0 1 -3 -3 0 -2 -3 -2 1 0 -4 -2 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.00 0.00 K Lambda Standard Ungapped 0.1255 0.3094 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1664 0.3169 PSI Gapped 0.0509 0.2670