Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 L -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -3 1 4 -3 3 4 -4 -3 -2 -2 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 0 11 25 0 0 0 0 0 15 0.58 0.28 2 D -3 -2 2 7 -5 2 1 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 6 77 0 11 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.27 0.49 3 M -2 -3 -4 -4 -3 -1 -1 -4 -3 1 2 -3 8 -2 -4 -2 -2 -3 -3 -1 2 0 0 0 0 2 5 0 0 5 14 0 70 0 0 2 0 0 0 0 1.12 0.62 4 A 5 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -1 -2 -4 -1 3 1 -4 -3 -1 57 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 4 0 0 2 22 8 0 0 3 0.65 0.62 5 E -1 -2 0 4 -5 0 6 -2 -2 -4 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -1 -5 -4 -3 3 0 3 24 0 0 61 3 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 2 1.04 0.70 6 I -2 -3 2 -3 -1 3 -3 -4 -3 3 2 -3 1 -3 -4 0 1 -4 -3 1 0 0 12 0 1 16 0 0 0 20 21 0 4 0 0 7 8 0 0 12 0.37 0.71 7 K -1 1 0 -2 -5 3 2 -3 -2 -2 -4 6 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 3 4 4 0 0 14 11 0 0 4 0 57 0 0 0 3 0 0 0 0 0.83 0.71 8 E -1 0 2 1 -5 1 6 -3 -2 -5 -5 0 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 3 3 10 4 0 3 73 0 0 0 0 2 0 0 0 2 0 0 0 0 1.12 0.71 9 K -1 3 -2 -2 -4 1 -1 0 -3 -4 -1 5 -3 -4 -3 -1 -1 -5 -4 -4 3 17 0 1 0 4 0 6 0 0 7 54 0 0 0 3 4 0 0 0 0.74 0.72 10 I -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 7 0 -4 1 -2 -5 -4 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 76 4 0 3 0 0 0 0 0 0 18 1.20 0.72 11 C -3 -2 -5 -5 8 -4 -5 -5 -1 1 3 -4 0 0 -5 -3 -3 -3 1 -2 0 3 0 0 42 0 0 0 1 6 35 0 1 4 0 1 0 0 6 0 1.09 0.75 12 D -1 2 3 4 -5 3 1 -2 0 -5 -5 1 -4 -5 -3 0 -1 -5 -4 -4 5 10 17 28 0 14 8 2 1 0 0 6 0 0 0 6 1 0 0 0 0.61 0.75 13 Y -4 -3 -4 -5 -4 -1 -4 -5 3 -1 -1 -2 1 6 -5 -4 -4 0 7 -3 0 0 0 0 0 3 0 0 7 2 2 3 3 40 0 0 0 0 41 0 1.25 0.75 14 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 0 6 -4 0 -1 -5 -4 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 5 1.27 0.75 15 F -2 0 -3 -3 -4 -2 1 -2 0 -2 0 0 -2 6 -4 0 -3 -2 3 -2 2 5 0 0 0 0 12 3 2 0 11 7 0 36 0 10 0 0 12 1 0.55 0.75 16 N 0 0 4 1 -4 0 2 0 0 -2 -4 1 -3 -5 -3 0 2 -5 -4 -3 8 4 24 7 0 4 15 6 2 3 0 7 0 0 0 5 16 0 0 0 0.42 0.75 17 V 1 -3 3 -3 -3 0 -3 -1 0 -1 -1 -1 -2 -4 -3 3 0 -5 -3 3 11 0 14 0 0 3 0 3 2 0 5 2 0 0 0 25 3 0 0 30 0.39 0.75 18 S 0 -2 -1 -3 0 -1 1 4 -3 -4 -2 0 -3 -3 2 1 -1 -4 -2 -2 7 1 3 0 3 3 9 37 0 0 5 4 0 1 9 12 3 0 1 2 0.45 0.75 19 D -1 -2 3 1 -4 1 2 1 -3 -5 -5 1 -4 -5 4 0 -1 -5 -4 -4 3 0 17 9 0 5 14 13 0 0 0 8 0 0 22 6 2 0 0 0 0.59 0.75 20 S 1 -1 -2 -3 4 -1 -2 -1 0 -3 -2 -1 0 -4 0 4 2 -4 -3 -1 12 2 0 0 9 3 0 2 3 0 2 2 3 0 4 41 14 0 0 5 0.48 0.75 21 S -1 1 0 0 -3 0 -1 -1 -3 -2 -4 2 -3 -4 -3 3 4 -5 -4 -3 2 8 2 5 0 3 3 3 0 3 0 11 0 0 0 24 36 0 0 0 0.53 0.75 22 A 6 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -2 -4 -1 -3 -3 -3 -4 1 -1 0 -5 -4 -2 85 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 6 0 5 0 0 0 1.07 0.75 23 L -2 -4 -2 -5 -3 -4 -4 -5 1 0 5 -4 0 1 -5 -4 -1 -3 -1 0 3 0 3 0 0 0 0 0 4 1 74 0 0 5 0 0 3 0 1 5 0.84 0.75 24 N 0 -3 5 0 0 1 -1 -3 3 1 -2 -2 -3 -4 -4 1 -1 -5 -3 0 9 0 36 3 2 8 3 0 8 11 4 0 0 0 0 9 3 0 0 6 0.48 0.75 25 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 4 -4 2 -1 -4 -4 -2 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 47 43 0 3 0 0 0 0 0 0 7 0.91 0.61 26 A 5 1 -3 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 1 -1 -4 -3 -1 80 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 3 0.88 0.61 27 K -2 1 -2 -2 -5 1 -1 -3 -2 -4 -3 6 -3 -4 -3 -2 -2 2 -1 -4 0 4 0 0 0 4 0 0 0 0 2 85 0 0 0 0 0 3 2 0 1.13 0.61 28 N 1 -2 6 1 -4 1 0 -1 1 -4 -3 1 -3 -4 -3 0 -2 -5 -3 -4 13 0 51 7 0 6 6 2 4 0 2 8 0 0 0 3 0 0 0 0 0.72 0.61 29 I -1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 4 4 -4 1 0 -4 -4 -2 -4 -2 3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 30 42 0 2 3 0 0 0 0 0 19 0.72 0.61 30 G -1 -3 -2 -3 -4 -3 -2 7 -3 -5 -5 -1 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 0 0 0 0 0 3 93 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 1.59 0.61 31 L -2 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 2 4 0 4 2 -4 -3 -3 -3 0 -1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 11 52 7 13 11 0 0 0 0 2 0 0.65 0.61 32 T 0 3 1 -1 -3 -1 -2 -1 -2 -3 -3 2 -1 -4 1 2 2 -4 -3 -1 6 17 7 2 0 2 0 4 0 0 0 14 2 0 6 18 18 0 0 4 0.34 0.61 33 K -2 3 0 -2 -4 -1 -1 -3 1 -2 -4 5 -3 -4 -3 1 3 -4 -3 -3 0 14 2 0 0 0 0 0 3 2 0 42 0 0 0 12 25 0 0 0 0.65 0.61 34 A 4 0 -2 -3 -2 1 -2 -2 -2 -3 -2 1 2 -3 -2 1 -1 -3 0 -2 54 3 0 0 0 6 0 0 0 0 1 9 8 0 0 10 2 0 4 0 0.52 0.57 35 R -2 4 -2 -3 -5 -1 -1 -3 2 -4 -4 5 -3 -4 1 -2 1 -5 -3 -4 0 27 0 0 0 0 0 0 6 0 0 51 0 0 8 0 8 0 0 0 0.87 0.61 36 D -3 -2 -1 6 -4 2 3 -3 1 -4 -4 -1 -3 -4 -2 -2 -2 -4 -3 -4 1 0 0 56 0 10 24 1 3 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1.01 0.55 37 I -2 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -5 4 1 -4 0 -2 -4 -3 -2 -4 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 27 8 0 0 0 0 0 0 0 0 64 0.96 0.61 38 N -3 -2 7 0 -4 -1 -2 -2 1 -5 -5 -2 -4 -4 -3 0 1 -5 -3 -4 0 0 86 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 3 7 0 0 0 1.40 0.61 39 A 2 2 -1 -3 -3 1 -2 -3 -3 -2 -4 0 -3 -4 6 0 0 -5 -4 -3 25 11 2 0 0 8 0 0 0 2 0 3 0 0 39 3 7 0 0 0 0.82 0.61 40 V -1 -3 -3 0 -3 -3 -3 -4 3 2 0 -3 1 0 -4 -1 3 -3 1 3 3 0 0 8 0 0 0 0 8 16 4 0 3 4 0 1 26 0 5 23 0.38 0.61 41 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 1 6 -4 1 -1 -5 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.18 0.61 42 I -3 -3 1 -4 -1 -3 -4 -3 -1 1 0 -3 0 2 -4 -1 -3 0 7 -1 0 0 9 0 1 0 0 1 0 12 6 0 2 5 0 4 0 0 57 2 0.92 0.61 43 D 3 0 0 4 -3 -1 -1 -2 -3 -4 -4 1 -3 -4 -1 1 1 -5 -4 -3 32 4 2 27 0 2 1 0 0 0 0 10 0 0 2 12 7 0 0 0 0.49 0.61 44 M -3 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -4 0 5 -4 5 -1 -4 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 77 0 23 0 0 0 0 0 0 0 1.09 0.61 45 E -1 1 -1 -1 -5 4 6 -4 1 -4 -3 -1 -1 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 4 7 2 0 0 19 59 0 4 0 2 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0.90 0.62 46 R -2 4 1 0 -5 1 -1 -3 -2 -4 -4 6 -3 -5 -3 0 -2 -5 -3 -4 0 25 5 4 0 4 0 0 0 0 0 58 0 0 0 4 0 0 0 0 0.94 0.62 47 Q 0 2 -2 0 -4 6 1 -3 -2 -3 -1 2 0 -4 -3 0 -2 -4 -3 -3 6 11 0 4 0 49 5 0 0 0 8 10 3 0 0 6 0 0 0 0 0.68 0.62 48 G -2 -3 1 -3 -4 -3 -3 6 4 -5 -5 1 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -3 -5 0 0 8 0 0 0 0 69 14 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 1.22 0.69 49 D -3 0 -2 4 1 3 2 -4 -3 0 1 0 -2 -4 -3 -2 -3 -4 -4 0 0 4 0 24 4 18 17 0 0 6 17 5 0 0 0 0 0 0 0 6 0.45 0.69 50 V 0 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 2 -4 -1 -2 -4 -3 -2 -4 -3 5 8 0 0 0 0 0 0 0 0 17 24 0 0 0 0 0 0 0 0 51 0.80 0.69 51 Y -2 1 0 -3 5 1 -2 -4 3 -1 -2 0 -2 3 -4 2 -2 -3 3 -1 0 7 4 0 12 9 0 0 7 3 3 6 0 17 0 19 0 0 10 4 0.40 0.69 52 R -1 4 1 -3 -5 1 -2 -1 -2 -4 -4 5 0 -1 -4 -2 -3 -4 2 -4 3 28 8 0 0 7 0 4 0 0 0 36 3 3 0 0 0 0 7 0 0.72 0.82 53 Q -1 -1 2 1 -4 3 3 -4 1 -3 -3 0 0 -4 -3 0 1 -5 -4 0 4 2 11 8 0 15 25 0 3 0 2 5 3 0 0 6 7 0 0 8 0.42 0.82 54 G -1 -3 4 0 0 0 0 4 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -1 1 0 2 -4 -4 4 0 26 3 2 3 4 34 0 0 0 0 0 0 3 12 5 3 0 0 0.67 0.82 55 T 1 -3 1 2 -1 -1 1 0 -3 -1 -3 -2 -3 0 -3 0 3 -4 -3 1 15 0 8 13 1 3 10 6 0 3 0 0 0 4 0 4 19 0 0 12 0.27 0.79 56 T -1 -3 3 -2 -3 -2 -3 -1 -3 1 -3 0 -1 -1 -3 1 5 -4 -3 0 2 0 13 0 0 0 0 3 0 7 0 7 1 2 0 7 49 0 0 5 0.61 0.79 57 P -2 -1 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -3 -3 0 -3 -4 8 -1 -2 -4 -3 -3 1 4 1 1 0 1 1 1 0 1 1 5 0 1 75 4 1 0 1 1 1.78 0.69 58 P -1 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -3 2 -3 -3 -2 -3 -3 7 -2 -2 -4 0 0 3 1 1 1 0 1 1 1 7 1 1 1 0 1 69 1 1 0 3 7 1.58 0.70 59 I -1 1 -3 -3 -3 -2 -2 -4 0 1 1 3 2 -3 -3 -2 1 -4 -3 2 3 9 0 0 0 0 1 1 2 8 16 19 7 0 0 2 10 0 0 20 0.31 0.75 60 W -5 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -5 -4 -5 -4 -5 -3 -1 -6 -5 -4 12 0 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 3.77 0.82 61 H 0 -3 -2 1 1 -2 2 -3 1 0 -3 0 2 -1 -3 3 1 -3 3 -2 5 0 0 9 4 0 13 0 3 5 0 5 5 2 0 27 8 0 11 2 0.34 0.86 62 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 4 5 -1 2 -2 -5 -4 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 60 4 4 0 0 0 0 0 0 8 0.92 0.82 63 T 1 -3 1 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -2 3 -3 -3 2 5 -3 3 -2 12 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 13 49 0 11 0 0.69 0.72 64 D 0 -3 2 5 -4 -2 2 0 2 -4 -4 -2 -4 -5 1 -1 0 -5 -4 -1 9 0 10 36 0 0 16 6 6 0 0 0 0 0 6 2 5 0 0 5 0.59 0.73 65 K -2 2 0 -2 -4 -1 -1 -3 5 -4 -4 5 -3 -4 -3 1 1 -4 0 -4 0 7 2 0 0 0 0 0 16 0 0 48 0 0 0 12 11 0 4 0 0.75 0.69 66 K -2 4 1 -2 -5 -1 1 1 -2 -5 -4 5 -3 -5 -3 0 -2 -5 -4 -4 0 28 7 0 0 0 6 11 0 0 0 43 0 0 0 4 0 0 0 0 0.79 0.67 67 R -3 6 1 -3 -5 2 -2 -4 -2 -4 -4 2 -3 1 -4 -2 -1 -4 -3 -4 0 64 7 0 0 8 0 0 0 0 0 11 0 7 0 0 4 0 0 0 1.03 0.67 68 E -1 -1 -2 0 -5 2 6 -4 -2 -5 -4 1 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 3 2 0 2 0 5 82 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 1.24 0.66 69 R -3 7 -2 -3 -5 0 -1 -4 -2 0 -3 3 -3 -4 -3 0 -2 -4 -3 -3 0 70 0 0 0 0 0 0 0 7 0 17 0 0 0 6 0 0 0 0 1.09 0.57 70 M -2 -3 -4 -4 -3 -2 -4 0 -3 1 3 -3 8 -1 -4 -3 -2 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 6 23 0 59 0 0 0 0 0 0 3 0.91 0.53 71 Q -2 1 -2 -1 -5 6 5 -3 0 -4 -1 0 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -3 0 4 0 0 0 46 41 0 2 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.91 0.51 72 I -2 -3 -1 -3 -3 -2 0 -4 -3 4 3 -3 4 -1 -4 -3 -2 -3 -2 1 0 0 5 0 0 0 9 0 0 30 31 0 18 0 0 0 0 0 0 7 0.49 0.40 73 K -2 5 -1 -2 -4 0 -1 -3 -2 -4 -4 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 33 0 0 0 0 0 0 0 0 0 67 0 0 0 0 0 0 0 0 1.00 0.40 K Lambda Standard Ungapped 0.1347 0.3187 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1815 0.3173 PSI Gapped 0.0556 0.2670