Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 1 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -4 -1 -3 -4 -2 6 0 -4 -3 -3 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 91 0 0 0 0 0.89 0.39 2 L -1 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -4 1 4 -3 5 1 -4 -3 -2 -3 -2 1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 4 60 0 24 4 0 0 0 0 0 5 0.73 0.42 3 S -1 2 2 2 -3 -1 1 -1 -2 -3 -4 0 -3 -4 -3 4 -1 -4 -3 -2 0 11 12 12 0 0 11 3 0 0 0 3 0 0 0 44 0 0 0 4 0.47 0.44 4 C -2 -5 -4 -5 10 -4 -5 -4 -4 -2 -2 -4 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -1 -2 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 2.18 0.44 5 R -2 5 3 -2 0 -1 -1 -3 4 -4 -2 2 -2 -3 -3 1 -2 -4 -2 -3 0 40 15 0 3 0 0 0 15 0 4 9 0 0 0 13 0 0 0 0 0.60 0.43 6 K -1 3 -1 0 -4 1 1 -3 -2 -4 -4 5 -3 -4 -2 -1 -1 -4 -3 -3 4 17 0 5 0 3 5 0 0 0 0 62 0 0 0 0 4 0 0 0 0.77 0.44 7 E -1 2 -1 0 -5 3 5 -3 -1 -4 -4 2 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 5 15 0 2 0 11 56 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0.79 0.44 8 Q 0 -1 -2 -2 -4 5 0 -3 0 -3 -3 -1 -2 -4 5 0 -2 -4 -3 -1 8 2 0 0 0 41 4 0 3 0 0 0 0 0 33 5 0 0 0 5 0.84 0.44 9 G -1 -3 -1 -1 -4 0 -3 7 -3 -5 -5 -2 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 3 0 5 0 92 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.42 0.44 10 K -2 3 -2 -3 -4 0 -1 -3 2 -3 -3 3 -2 4 -3 1 -2 2 -1 -2 0 23 0 0 0 4 0 0 7 0 0 24 0 21 0 16 0 3 0 2 0.46 0.44 11 F -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 1 -2 -2 -3 -2 3 -4 -3 -3 1 9 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 96 0 1.68 0.44 12 Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 1 -3 -2 -3 -2 2 -4 -3 -3 4 9 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 95 0 1.69 0.44 13 D -3 -3 0 7 -5 -1 0 -3 -2 -4 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -6 -4 -5 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.61 0.44 14 H -1 1 -1 0 -4 3 1 -3 6 -4 -2 3 -2 -3 -1 -2 -1 -3 1 -3 2 7 0 4 0 19 8 0 28 0 5 19 0 0 2 0 2 0 4 0 0.55 0.44 15 L -3 -3 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -4 1 6 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.05 0.44 16 L -2 -3 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 85 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0.89 0.44 17 R -2 5 2 -2 -4 0 -1 1 -2 -4 -4 3 -3 -4 -3 -1 -1 -4 -3 -4 0 48 15 0 0 0 0 11 0 0 0 21 0 0 0 3 3 0 0 0 0.73 0.44 18 D -2 1 2 5 -4 0 1 0 0 -2 -4 2 -3 -4 -3 -1 -1 -5 -3 -1 2 7 8 39 0 2 5 5 2 2 0 17 0 0 0 3 3 0 0 6 0.48 0.44 19 C -2 -5 -4 -5 10 -4 -5 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.28 0.44 20 I -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 6 0 -4 2 -1 -4 -3 -2 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 65 0 0 6 0 0 0 0 0 0 29 0.87 0.44 21 S -1 0 2 0 -3 -1 0 -2 -2 -4 -4 2 -3 -4 -2 5 0 -4 -3 -3 0 4 8 2 0 0 2 0 0 0 0 19 0 0 0 65 0 0 0 0 0.67 0.44 22 C -2 -5 -4 -5 10 -4 -5 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.28 0.44 23 A 3 -2 0 1 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2 -1 -2 -1 -2 3 1 -3 0 -1 34 0 3 8 0 0 0 0 0 5 3 4 0 2 0 25 11 0 4 2 0.32 0.44 24 S 0 -2 -1 2 -3 -1 0 -1 -2 -3 -3 -2 -1 -4 1 4 2 -4 -3 -3 4 0 0 14 0 0 4 4 0 0 2 0 2 0 8 53 10 0 0 0 0.53 0.44 25 I -2 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 5 0 -3 0 -2 -4 -2 2 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 56 0 0 0 0 0 0 16 0 0 28 0.74 0.44 26 C -2 -5 -4 -5 10 -4 -5 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.28 0.44 27 G -1 -3 -2 -3 -4 -3 -3 6 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 1 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 89 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 1.38 0.44 28 Q -2 2 -1 -2 -4 7 0 -3 3 -4 -3 1 -2 -4 -3 -1 -1 -3 -2 -3 0 13 0 0 0 71 0 0 8 0 0 4 0 0 0 0 4 0 0 0 1.00 0.44 29 H -3 -1 -1 -2 -4 -1 -1 -3 10 -5 -4 -2 -3 -2 -3 -2 -3 -4 1 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.89 0.44 30 P -2 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -1 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 97 0 3 0 0 0 2.41 0.44 31 K 0 2 -2 -2 -4 3 -1 -3 -2 -2 -1 5 0 -4 0 0 -1 -4 -3 -3 7 8 0 0 0 17 0 0 0 2 5 49 2 0 4 4 2 0 0 0 0.53 0.44 32 Q -2 0 -1 -1 -4 7 3 -3 -1 -4 -4 0 -2 -5 1 -1 -2 -3 -3 -4 0 0 0 0 0 74 17 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 1.10 0.44 33 C -2 -5 -4 -5 10 -4 -5 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.28 0.44 34 A 4 -2 -2 0 -2 -2 -1 -1 -3 -1 -1 -1 0 -3 -2 1 2 -4 -3 -1 52 0 0 6 0 0 3 2 0 4 4 2 2 0 0 10 16 0 0 0 0.43 0.44 35 Y -1 -2 0 -1 -4 1 -2 -3 5 -3 -1 -2 -2 0 4 0 -1 -2 5 -3 2 0 5 3 0 7 0 0 19 0 8 0 0 3 21 7 2 0 23 0 0.56 0.44 36 F -2 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 2 1 -1 -3 -1 7 -4 1 -2 -1 2 -1 2 0 0 0 0 0 0 0 7 10 0 0 0 61 0 15 0 0 3 1 0.81 0.44 37 C -2 -5 -4 -5 10 -4 -5 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.28 0.44 38 E -2 -1 -1 2 -5 4 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -5 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 6 0 20 74 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.07 0.42 K Lambda Standard Ungapped 0.1400 0.3298 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1825 0.3234 PSI Gapped 0.0558 0.2670