Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G 0 -3 -1 -2 -3 -2 -3 6 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -1 -2 -3 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.21 0.11 2 H -2 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -4 3 4 0 -3 0 -1 -3 -3 -1 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 11 34 0 0 0 0 0 0 0 0 0 55 0.59 0.29 3 M -3 -3 -4 -5 -3 -2 -4 -5 -3 1 1 -3 9 -2 -4 -3 -2 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 2 0 91 0 0 0 0 0 0 3 1.64 0.70 4 L -3 -3 -5 -3 -3 -2 -2 -5 -3 6 3 -2 1 -2 -5 -4 -3 -1 -3 0 1 1 0 1 0 2 4 0 1 65 23 2 1 0 0 0 0 1 0 0 0.89 0.73 5 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 7 0 -5 -1 -2 -5 -4 -2 -5 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 83 1 0 0 0 0 0 0 0 0 15 1.34 0.77 6 P -3 -4 -2 -2 -5 -3 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -4 -6 8 -2 -3 -6 -5 -4 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 96 1 0 0 0 0 2.56 0.77 7 H -1 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -4 5 -1 -1 -2 -1 1 -2 -3 -4 9 5 -2 6 0 0 0 0 0 0 0 15 5 5 2 1 4 2 1 0 35 23 2 1.32 0.77 8 D -2 1 1 3 -5 6 3 -3 -1 -5 -5 0 -3 -5 -3 -2 0 -5 -4 -4 2 7 5 18 0 39 18 1 1 0 0 3 0 0 0 1 5 0 0 0 0.81 0.80 9 L -1 2 -2 1 -4 5 2 -3 -1 -4 0 1 2 -4 -3 0 -1 -4 -4 -3 4 9 1 9 0 29 16 1 1 0 9 6 6 0 0 8 2 0 0 0 0.48 0.80 10 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 3 5 -5 0 -2 -5 -4 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 78 0 0 0 0 0 0 0 0 5 1.13 0.80 11 E 1 -3 1 3 -4 0 3 -3 -2 -4 -5 -2 -4 -5 3 3 0 -5 -4 -3 9 0 5 19 0 2 18 0 1 0 0 0 0 0 14 26 5 0 0 1 0.59 0.80 12 A 2 -1 -1 -1 -4 0 2 -2 -2 -3 -4 0 -4 -5 5 0 0 -5 -4 -2 21 2 2 2 0 5 15 2 1 1 0 4 0 0 33 7 4 0 0 2 0.69 0.79 13 D -1 -3 -1 5 -5 1 5 -3 -1 -3 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -4 4 0 1 37 0 4 43 1 1 1 0 1 0 0 0 4 2 0 0 1 0.98 0.79 14 T 2 -3 -2 -3 -3 0 -3 -3 -4 0 -2 -3 -2 -4 -3 -1 6 -4 -4 -1 20 0 0 0 0 4 0 0 0 5 1 0 0 0 0 0 67 0 0 3 0.94 0.79 15 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 1 6 -4 1 1 -5 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 91 0 2 4 0 0 0 0 0 0 1.24 0.79 16 N -2 2 2 3 -5 2 2 -3 3 -3 -3 -1 -3 -2 -4 -1 2 -4 0 -3 2 11 9 18 0 10 15 1 7 2 3 2 0 2 0 1 13 0 3 1 0.40 0.79 17 N 1 1 6 -2 -4 -1 -1 3 -2 -5 -4 -2 -4 -5 -4 1 -1 -5 -4 -4 12 9 43 0 0 2 3 21 0 0 1 0 0 0 0 9 2 0 0 0 0.76 0.79 18 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 3 5 -4 3 -2 -5 -4 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 60 0 8 0 0 0 0 0 0 14 0.96 0.79 19 L -1 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 3 -4 2 -2 -4 -4 -2 -4 -3 2 6 0 0 0 0 0 0 0 0 53 30 0 3 0 0 0 0 0 0 7 0.89 0.70 20 E -2 1 -2 1 -5 1 6 -3 -1 -3 -4 1 -3 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -3 2 6 0 7 0 5 64 1 1 1 0 5 0 0 0 2 3 0 0 1 0.91 0.70 21 D 0 -2 0 3 -4 1 5 -2 2 -5 -4 -2 -4 -3 -3 2 -1 -5 -2 -4 9 0 3 16 0 4 43 2 5 0 0 0 0 1 0 14 2 0 1 0 0.66 0.70 22 F -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -2 0 -1 -5 0 8 -5 -4 -4 3 4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 2 0 2 69 0 0 0 4 15 4 1.41 0.70 23 V -1 -4 -5 -5 1 -4 -4 -5 -5 3 1 -4 -1 -2 -4 -3 -2 -4 -3 6 4 0 0 0 3 0 0 0 0 18 11 0 0 0 0 0 0 0 0 64 0.91 0.70 24 T -2 -3 -1 -3 -3 -1 -3 -4 -4 -1 3 -3 -1 -3 -3 1 5 -4 -3 -2 0 0 2 0 0 3 0 0 0 0 38 0 0 0 0 12 44 0 0 0 0.68 0.70 25 R -3 7 -2 -3 -5 1 -1 -4 -2 -5 -4 0 -1 -5 -4 -2 -1 -4 -3 -4 0 87 0 0 0 4 3 0 0 0 0 0 2 0 0 0 4 0 0 0 1.46 0.70 26 E -3 -2 -2 3 -6 3 6 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 2 -2 -3 -5 -4 -5 0 0 0 13 0 16 62 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 1.20 0.85 27 T 0 -1 -3 -4 -4 1 -3 4 -4 -1 -2 -3 -3 1 -4 -1 2 2 0 0 9 3 0 0 0 6 0 36 0 3 3 0 0 6 0 3 18 3 3 7 0.47 0.85 28 P 0 -3 -2 0 -4 1 -1 0 1 -4 -4 -3 -4 -3 4 3 2 -4 2 -4 5 0 0 6 0 6 4 6 3 0 0 0 0 0 25 22 14 0 10 0 0.58 0.85 29 L -3 -4 -5 0 -4 -3 -1 -6 -5 0 5 -4 2 1 -5 -4 -1 -4 -2 0 1 0 0 7 0 1 5 0 0 2 66 0 4 5 0 1 3 0 1 5 0.87 1.16 30 D 2 -3 -1 1 -5 3 5 -2 -2 -5 -4 -2 -3 -5 -2 0 1 -5 -3 -2 21 0 1 8 0 11 36 1 0 0 0 0 0 0 1 5 10 0 1 2 0.65 1.16 31 V -1 -1 -2 2 -5 4 3 -2 0 -3 -4 -1 -4 -5 -2 0 4 -5 -4 -2 3 3 1 12 0 21 19 3 2 1 0 1 0 0 1 5 25 0 0 3 0.60 1.16 32 R -2 3 -3 0 -6 0 -2 -4 -3 -5 -5 7 -4 -6 -4 -3 -3 1 -4 -5 2 14 0 5 0 2 0 0 0 0 0 75 0 0 0 0 0 2 0 0 1.40 1.16 33 V -3 0 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -5 4 -1 -1 0 -2 -5 -3 0 -5 -4 6 1 6 0 0 1 0 1 0 0 20 2 5 2 1 0 1 5 0 0 56 0.91 1.14 34 E 3 -1 -1 1 -3 2 4 -2 -2 -4 -2 0 -4 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -2 29 2 3 9 1 7 29 1 1 0 4 6 0 0 0 4 2 0 0 2 0.54 1.16 35 R -1 2 0 2 -3 6 1 -3 0 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -1 -3 -5 -3 -4 4 12 4 13 1 50 5 1 2 0 2 1 1 0 0 3 1 0 1 1 0.94 1.17 36 A -1 -5 -5 -6 0 -5 -3 -6 -6 2 2 -5 -1 -3 -5 -4 -2 -5 -4 6 4 0 0 0 2 0 2 0 0 10 18 0 0 0 0 0 2 0 0 62 1.04 1.17 37 R -4 4 -2 -4 -5 0 -2 -5 0 -1 3 3 1 -1 -5 -3 -2 0 1 -3 0 28 1 0 0 3 1 0 2 3 26 20 4 2 0 1 1 1 6 1 0.62 1.17 38 H 1 4 0 -2 -4 3 0 -2 2 -3 -2 1 -3 -3 -1 0 -1 -2 -3 -3 11 27 4 1 0 16 5 3 6 1 3 6 0 1 2 6 4 1 1 2 0.43 1.12 39 A 1 0 -2 -3 -4 7 0 -4 -1 -4 -1 1 1 -4 -3 -2 -3 -4 -2 -3 10 4 1 0 0 60 3 0 1 0 6 6 3 0 0 1 0 0 1 1 1.06 1.11 40 L -4 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 2 6 -5 0 -1 -5 -5 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 81 0 0 2 0 0 0 0 0 4 1.27 1.12 41 R -1 3 -1 1 -5 3 3 -4 -1 -1 -3 4 -3 -5 -4 -2 0 -5 -4 -3 5 15 2 6 0 14 17 0 1 4 2 26 0 0 0 2 5 0 0 2 0.56 1.12 42 R 1 3 1 -1 1 2 -1 -3 -1 -4 -3 2 -1 -5 -3 3 0 -5 -4 -3 11 14 8 3 3 9 2 0 1 1 2 11 1 0 0 27 5 0 0 1 0.44 1.12 43 G -2 -2 -3 0 -5 -2 -1 7 -1 -6 -5 -1 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 1 2 0 5 0 2 5 76 1 0 0 4 0 0 0 2 0 0 0 0 1.40 1.12 44 E -2 -1 -2 2 -5 2 5 -4 0 -3 -4 2 -4 -5 -3 0 0 -5 -4 -3 3 3 1 10 0 10 43 0 2 2 1 12 0 0 0 7 4 0 0 2 0.73 1.12 45 A 5 -4 -5 -5 0 -4 -4 -3 -5 1 0 -4 -1 -4 -4 -2 -3 -5 -1 3 57 0 0 0 1 0 0 0 0 9 10 0 1 0 0 1 0 0 2 20 0.85 1.17 46 V -1 -2 -3 -5 -4 -3 -3 -5 -5 1 1 -1 2 1 -5 -2 -2 -5 -2 6 3 2 1 0 0 1 1 0 0 4 11 4 4 5 0 2 2 0 1 59 0.81 1.17 47 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 3 -5 -1 -3 -5 -5 -3 -5 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 55 26 0 0 0 0 0 0 0 0 19 1.25 1.17 48 L -1 -4 -5 -5 -4 -3 -2 -5 -1 0 1 -4 1 0 -5 -2 -1 0 -1 6 5 1 0 0 0 1 4 0 1 2 13 0 3 4 0 2 3 2 2 59 0.81 1.17 49 F -5 -5 -5 -6 -1 -5 -5 -6 2 -3 -3 -5 -3 7 -6 -5 -5 8 6 -4 0 0 0 0 1 0 0 0 4 0 0 0 0 46 0 0 0 19 29 0 1.84 1.17 50 D -2 -4 -1 5 -1 -2 0 -3 -1 -3 -5 -3 -4 -5 -4 5 -2 -6 -5 -5 0 0 1 40 2 0 3 0 1 2 0 0 0 0 0 51 0 0 0 0 1.15 1.10 51 P -1 -3 -3 -1 -5 1 5 -4 0 -3 -1 -2 -2 -2 3 -1 0 -5 -1 -2 5 0 0 2 0 6 47 0 2 1 7 0 0 2 14 3 6 0 2 3 0.68 1.08 52 E -1 -2 -2 1 -4 -1 3 -3 -2 -2 3 -1 -2 -4 -4 0 -1 -5 -4 -1 6 2 1 9 0 2 25 2 1 1 37 3 0 0 0 6 3 0 0 4 0.44 1.08 53 S -3 -3 -1 -1 -4 -1 -1 -4 8 -4 -4 -3 0 -1 -4 3 3 -5 -1 -4 0 0 2 2 0 2 4 0 38 0 1 0 2 2 0 24 21 0 1 0 1.01 1.08 54 Q -3 -2 0 0 -6 4 6 -1 -2 -5 -5 -1 -1 -6 -4 -1 -3 -5 -4 -5 1 0 3 2 0 16 67 5 0 0 0 1 2 0 0 3 0 0 0 0 1.24 1.08 55 Q -2 -2 -1 -2 -4 3 -2 -3 -1 -3 -3 -2 -2 -5 -3 5 4 -5 -4 -3 0 1 1 2 0 14 0 0 1 1 2 0 1 0 0 44 33 0 0 0 0.89 1.08 56 C -1 -5 -5 -5 7 -5 -5 -5 -5 3 -1 -5 -2 -3 -3 -3 1 3 -4 4 5 0 0 0 27 0 0 0 0 14 4 0 0 0 1 0 8 4 0 36 1.02 1.08 57 Q -2 -3 5 3 0 2 0 -2 -1 -1 -5 -1 -4 -5 -4 0 2 -6 -4 -4 1 0 33 18 2 8 6 3 1 4 0 3 0 0 0 7 14 0 0 0 0.69 1.08 58 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 6 3 -5 1 -1 -5 -5 -3 -5 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 54 31 0 3 1 0 0 0 0 0 9 1.15 1.07 59 M 0 -1 -4 -5 -2 0 -4 -5 -4 2 1 0 6 -1 -4 -3 -1 -4 -3 3 6 3 0 0 1 5 0 0 0 12 12 7 25 2 0 1 2 0 0 23 0.58 1.05 60 L 1 -2 0 -1 -4 -3 -2 -3 2 -2 2 -3 0 -4 5 1 1 -5 -1 -2 11 2 4 3 0 0 2 1 6 1 20 1 2 0 25 10 10 0 2 1 0.47 1.09 61 R 0 5 -2 -3 -5 0 -1 -4 -3 -4 -1 5 -3 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -4 7 34 1 0 0 2 2 0 0 1 6 41 0 0 0 4 1 0 0 0 0.93 1.05 62 S 0 2 1 3 -4 2 2 -1 2 -3 -4 -1 -1 -5 -4 2 -1 -5 -4 -4 9 13 6 17 0 10 12 4 6 1 1 1 2 0 0 14 3 0 0 0 0.41 1.04 63 E -2 -1 -1 5 -5 5 3 -4 -1 -5 -5 -1 -4 -5 -4 0 -2 -5 -3 -5 2 2 1 34 0 35 16 0 1 0 0 2 0 0 0 6 1 0 1 0 1.03 1.04 64 V -2 -5 -5 -1 -4 -3 -5 -5 -4 1 3 -5 0 5 -5 -3 -1 2 -1 3 2 0 0 4 0 1 0 0 0 6 25 0 1 30 0 1 3 3 0 25 0.73 0.99 65 P -2 0 -1 -1 -4 1 -1 -4 -1 -4 -2 2 -4 -5 6 2 -1 -5 -4 -3 2 6 2 2 0 6 3 0 2 0 5 12 0 0 42 15 2 0 0 2 0.87 0.92 66 A 3 2 -3 -3 -4 2 -1 -2 -3 -4 -4 4 -3 -5 2 0 0 -5 -4 -3 26 11 0 0 0 9 2 2 0 0 0 29 0 0 11 4 6 0 0 0 0.56 0.83 67 E -2 -2 0 2 -4 3 5 -1 -1 -4 -3 -1 3 -4 -3 -2 -1 -4 -3 -3 2 0 3 11 0 16 48 4 1 0 0 0 9 0 0 0 3 0 0 0 0.76 0.73 68 L -3 -3 -4 -1 -4 3 -1 -1 -3 1 2 -3 4 -1 -4 -3 -3 6 -2 1 0 0 0 4 0 20 2 5 0 6 20 0 15 2 0 0 0 13 0 13 0.56 0.73 69 L -1 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 2 4 -4 0 2 -4 2 -2 -3 -2 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 12 53 0 0 10 0 19 0 0 0 3 0.60 0.68 70 R -2 3 0 3 -5 3 2 -3 2 -4 -4 2 0 -5 -3 -1 -2 -5 -3 -4 2 21 2 17 0 18 14 0 4 0 0 15 4 0 0 3 0 0 0 0 0.60 0.66 71 D -3 -3 1 7 -5 -1 3 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 2 80 0 0 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.35 0.47 K Lambda Standard Ungapped 0.1392 0.3225 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2002 0.3180 PSI Gapped 0.0613 0.2670