Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 P -3 -4 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -5 -6 9 -3 -3 -6 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.79 0.84 2 T 2 -3 4 -3 -4 -3 -2 -2 -3 -3 -5 -2 -4 -5 2 4 2 -6 -4 -3 14 1 23 0 0 0 1 1 0 1 0 1 0 0 10 33 15 0 0 1 0.74 1.15 3 K -2 3 3 -1 -5 0 3 -3 -3 -2 -3 2 3 -5 -4 1 -1 -6 -5 -4 2 16 16 2 0 3 21 2 0 2 2 11 9 0 0 11 3 0 0 0 0.53 1.30 4 L -3 -3 -2 -5 2 -2 -2 -3 -1 0 4 -3 -1 1 0 -1 0 -3 4 -1 1 1 3 0 4 2 3 2 2 5 36 2 1 6 5 4 6 0 16 3 0.46 1.37 5 E -3 -1 -2 -2 -5 3 3 -3 -1 -5 -4 4 -2 -5 3 0 -2 -5 -2 -3 1 2 2 1 0 14 18 1 1 0 1 30 1 0 16 7 2 0 2 2 0.70 1.43 6 T -3 -2 -1 -4 -4 -3 -3 -5 -4 4 -2 2 -2 -2 -2 -1 4 -5 1 2 1 2 3 0 0 1 1 0 0 25 2 15 0 2 1 3 24 0 5 14 0.58 1.47 7 F -5 -5 -5 -6 -1 -5 -5 -6 1 -1 -1 -3 -2 5 -6 -5 -5 1 8 -3 0 0 0 0 1 0 0 0 3 3 5 2 1 26 0 0 0 2 58 1 1.79 1.51 8 P -2 -3 -4 -1 -5 -3 -3 -3 -5 -5 -6 -3 -5 -6 7 3 1 -6 -4 -5 2 1 0 3 0 1 1 1 0 0 0 1 0 0 60 21 9 0 0 0 1.63 1.53 9 L -3 -1 -5 -6 -1 -4 -5 -6 -1 1 2 -3 -2 1 0 -4 -4 0 7 -1 1 4 0 0 1 0 0 0 1 6 24 2 1 3 4 1 0 1 47 2 1.15 1.55 10 D 1 -2 -1 3 -6 0 5 -3 1 -5 -4 -1 -3 -4 -3 0 -1 -6 -4 -4 10 1 2 15 0 3 47 1 3 0 1 3 0 1 1 6 3 0 0 1 0.84 1.55 11 V -1 2 -4 1 -3 3 3 -4 -2 -1 0 0 3 -2 -5 -2 -2 -3 -2 1 6 13 0 8 0 13 17 0 1 3 8 5 7 2 0 1 2 0 1 12 0.34 1.52 12 L -4 -3 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 0 6 -5 -1 -1 -5 -3 -3 -4 -4 -1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 2 89 0 0 1 0 2 1 0 0 3 1.50 1.49 13 V -2 1 -3 -4 -4 1 -2 -4 -2 2 1 4 3 -4 -4 -2 0 -4 -4 1 3 6 0 1 0 5 2 1 1 10 15 26 7 0 0 2 7 0 0 11 0.42 1.42 14 N 0 -1 4 -1 0 2 0 -1 2 0 -3 0 -3 -3 -3 -1 1 -4 -2 1 8 4 19 4 2 8 6 5 5 5 2 7 0 1 1 4 8 0 1 9 0.24 1.36 15 T -2 3 -1 -2 0 0 -1 -2 -2 -2 -2 4 1 -2 -3 0 3 -4 -1 -2 2 14 2 2 2 5 2 4 1 2 5 23 3 2 1 6 18 0 3 3 0.36 1.33 16 A 1 -2 1 -1 -3 2 -1 0 -1 -1 -2 -1 1 -3 1 3 1 -3 -3 -2 10 2 6 2 0 10 4 7 1 3 3 3 3 1 8 22 9 0 1 3 0.25 1.21 17 A 1 3 2 -2 -3 -1 -1 -1 0 -2 -2 1 -2 -2 0 1 1 -3 -1 -1 13 18 9 2 0 3 3 5 2 2 4 10 1 2 4 8 7 0 2 4 0.22 1.20 18 E -2 1 2 3 -2 1 2 -1 -1 -3 -2 1 -1 -2 -2 1 0 -4 -1 -1 3 7 9 15 1 5 14 5 2 2 4 7 1 2 2 11 5 0 2 5 0.21 1.19 19 D -3 0 2 2 -2 0 1 -2 0 -2 -2 3 -1 -4 4 -1 -2 -4 -4 -3 1 5 11 10 1 3 8 2 2 2 4 19 1 1 19 4 2 0 0 2 0.44 1.27 20 L -2 -3 -4 -3 -2 -2 -3 -4 1 0 4 -3 0 1 1 -3 -2 1 0 1 2 1 1 2 1 1 1 1 3 4 48 2 2 6 9 2 2 2 3 9 0.56 1.18 21 P -2 -3 -4 -2 -4 -2 -3 -4 -4 -4 -2 -1 -2 -4 8 -2 -1 -5 -4 -1 3 1 0 2 0 2 1 1 0 1 4 3 1 0 68 2 3 0 0 6 1.64 1.23 22 R 0 1 -1 1 -1 0 4 -3 -1 -2 -3 2 -4 -1 1 0 0 -4 -4 -3 9 7 2 8 2 2 24 2 1 2 2 14 0 3 7 8 5 0 0 1 0.35 1.27 23 G -1 -3 0 4 -2 -3 -1 5 0 -5 -5 -3 -4 -2 -4 0 -2 0 -2 -5 5 1 3 21 1 0 4 46 2 0 1 1 0 2 0 6 3 1 1 0 0.83 1.29 24 V -2 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -5 4 0 -2 1 -3 -1 -4 -1 -4 -3 5 2 0 0 0 0 0 1 1 0 27 7 2 3 0 3 1 4 0 0 47 0.89 1.20 25 D -1 -3 1 7 -5 -1 0 -4 -3 -5 -5 -1 -4 -5 -4 -1 -1 -5 -5 -3 5 0 6 66 0 3 4 1 0 0 1 2 0 0 0 4 4 0 0 2 1.32 1.37 26 P -1 2 -2 -3 1 -1 -1 -3 0 -1 -2 1 -1 1 5 -2 -1 -4 -1 -1 4 14 1 1 3 2 4 2 2 3 4 8 2 7 30 3 3 0 2 4 0.51 1.37 27 S 1 -1 0 1 1 -1 -1 -1 -1 -3 -1 1 1 -2 -4 2 3 -4 1 -2 9 3 4 7 3 3 3 5 1 1 7 10 4 1 0 13 20 0 4 1 0.22 1.37 28 R -1 4 2 0 2 1 -1 -4 3 -3 -2 3 1 -4 -4 -1 -2 -4 -2 -3 6 20 9 4 4 5 4 1 7 2 3 22 4 0 0 4 2 0 1 2 0.47 1.36 29 K -3 1 0 -4 -3 -3 -3 -4 -3 1 3 1 3 -2 1 -3 -3 6 -2 0 1 7 5 1 0 0 1 1 0 8 33 11 8 0 7 1 1 10 0 6 0.48 0.90 30 E -3 -2 2 2 -4 2 1 -3 4 -3 0 1 -2 -4 2 -2 -3 -4 -3 1 1 1 10 11 0 10 11 1 10 1 11 11 0 0 11 1 1 0 0 11 0.36 0.90 31 N -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 0 0 -5 1 0 6 6 5 6 5 5 6 6 5 6 6 6 5 5 0 6 6 0 5 6 0.11 1.89 32 H 0 -3 2 -3 4 -2 1 -4 3 -3 -3 1 3 2 -4 1 -3 5 3 -3 9 0 9 0 8 0 9 1 9 0 1 9 9 9 0 9 0 8 9 1 0.47 1.12 33 L -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -5 0 6 -4 2 -2 0 -4 -3 -4 -3 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 4 78 0 4 0 4 1 0 0 0 4 1.25 1.39 34 S 1 -2 1 -1 0 -1 -1 -2 0 -3 -4 0 -4 -4 -1 5 2 -5 -4 -2 11 2 5 2 2 2 3 2 2 2 1 5 0 0 2 46 10 0 0 2 0.63 1.39 35 D -1 -1 -1 4 -5 0 2 -3 0 0 -3 -2 -2 -1 3 -1 -2 -5 -1 -3 5 4 3 28 0 4 12 2 2 7 2 2 1 2 17 4 2 0 2 2 0.50 1.39 36 E 0 -2 0 4 -1 1 4 -2 -1 -3 -3 0 -1 -2 -2 0 -2 -4 -4 -2 9 2 4 21 1 6 28 2 2 2 3 4 1 2 2 6 2 0 0 2 0.48 1.33 37 D -2 -4 0 6 0 0 4 -4 0 -2 -3 -3 -4 -5 -4 0 -1 -6 -5 -1 2 0 3 39 2 3 29 0 2 2 2 0 0 0 0 6 3 0 0 6 0.90 1.44 38 F -5 -6 -6 -7 1 -6 -6 -6 -4 -3 0 -6 -3 8 -7 -5 -5 3 2 -4 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 7 0 0 81 0 0 0 4 5 0 2.09 1.43 39 K -1 1 -1 -2 2 3 3 -4 2 1 0 0 -1 0 -1 -2 -1 -5 -1 -1 5 6 3 1 4 13 22 1 5 8 8 5 1 5 3 2 3 0 2 4 0.28 1.43 40 A 1 1 -1 1 -2 1 4 -1 1 -1 -3 1 -1 -3 -4 0 0 -1 -4 -2 12 7 3 8 1 5 24 4 4 4 1 10 1 1 0 7 6 1 0 2 0.33 1.49 41 V 2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -2 -2 4 1 0 -1 -4 -5 -3 -2 -5 0 3 21 1 1 0 1 1 1 3 1 20 14 5 1 0 0 1 2 0 3 24 0.52 1.51 42 F -5 -3 -6 -6 -5 -5 -6 -6 -4 -1 3 -2 1 8 -6 -4 -5 0 1 -2 0 1 0 0 0 0 0 0 0 2 24 3 3 62 0 1 0 1 2 1 1.53 1.46 43 G -2 -1 1 -1 -2 1 0 5 0 -6 -6 2 -5 -5 -4 0 -4 -5 -5 -5 2 3 6 3 1 6 6 51 2 0 0 12 0 0 0 7 0 0 0 0 0.91 1.45 44 M -3 -2 -5 -5 2 -2 -4 -5 -4 1 0 -1 9 1 -5 -3 -2 -4 -1 0 2 2 0 0 4 1 0 0 0 6 6 4 60 5 0 2 2 0 1 4 1.40 1.45 45 T 0 -3 0 -1 1 -2 0 -2 -4 -4 -5 0 -3 -5 0 4 4 -5 -4 -3 6 1 3 3 3 1 6 2 0 0 0 6 1 0 5 32 29 0 0 1 0.65 1.45 46 R -3 5 -3 -4 -5 -1 -2 -4 -3 1 -2 4 0 -1 1 -3 -3 -1 1 -2 2 29 1 0 0 1 2 1 0 10 4 28 2 3 7 1 1 1 5 2 0.68 1.45 47 S 2 -2 0 2 -5 2 4 -1 -1 -1 -3 -1 -2 -4 -2 0 -1 -2 -3 -1 15 1 3 10 0 10 26 4 1 4 2 3 1 1 2 8 4 1 1 3 0.36 1.45 48 A 1 -3 -2 2 -5 1 6 -4 -3 -4 -3 -1 -2 -1 -4 -2 -1 -5 -4 -3 13 0 1 13 0 7 49 1 0 1 2 3 1 3 0 2 3 0 0 2 0.85 1.43 49 F -5 -3 -6 -6 -5 -6 -6 -6 -4 -3 -1 -6 -3 9 -6 -3 -5 2 3 -4 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 84 0 2 0 2 8 0 2.17 1.48 50 A 1 -2 1 3 -3 0 1 -3 -1 -2 -3 -1 -4 -2 -4 1 -3 -3 6 -2 12 2 7 15 1 4 7 1 1 2 2 3 0 1 1 12 1 0 26 3 0.52 1.48 51 N 2 3 -1 -3 -3 1 0 -2 -2 -5 -4 4 -3 -4 -4 2 -1 -6 -3 -3 17 17 2 1 1 7 4 2 1 0 1 24 1 0 0 16 3 0 1 2 0.55 1.49 52 L -4 -5 -4 -6 -4 -1 -5 -6 -5 -1 6 -3 4 -1 -3 -5 -3 1 -3 -2 0 0 1 0 0 3 0 0 0 2 75 1 10 2 1 0 1 2 1 1 1.26 1.49 53 P 1 -3 -5 -4 -3 -3 -4 -4 -5 -5 -6 -1 -5 -6 8 -2 -3 -6 -6 -4 10 1 0 0 1 1 0 1 0 0 0 4 0 0 79 2 1 0 0 1 2.18 1.47 54 L 1 0 -1 -3 -5 0 1 -1 -2 -2 2 3 -2 -5 -1 0 0 -5 -5 -1 13 5 2 1 0 5 9 5 1 1 21 18 1 0 3 7 5 0 0 4 0.25 1.45 55 W -4 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -3 -6 -4 -1 -6 -5 -5 12 0 -5 1 0 0 1 0 0 0 1 0 0 2 0 0 1 0 0 0 92 1 0 3.80 1.42 56 K -4 3 -2 -4 -3 1 -1 -5 -3 -4 -5 7 -3 -6 -4 -2 -3 -6 -3 -5 0 11 1 0 1 4 1 0 0 1 0 79 0 0 0 1 0 0 1 0 1.60 1.44 57 Q -4 5 -3 -4 -6 7 -1 -5 -3 -5 -3 2 -2 -6 -4 -3 -2 -5 -4 -5 0 28 0 0 0 58 0 0 0 0 2 10 1 0 0 1 1 0 0 0 1.49 1.40 58 Q -3 -1 5 2 -3 3 0 -4 -2 0 -1 0 0 -5 -5 -1 1 -6 -5 -1 1 3 29 9 0 16 4 1 0 6 5 5 3 0 0 3 9 0 0 5 0.54 1.41 59 N -2 0 4 3 -4 3 2 -3 1 -5 -3 2 -1 -6 -3 -1 -2 -2 -4 -3 3 4 22 16 0 11 14 1 3 0 2 13 2 0 1 4 1 1 0 1 0.58 1.43 60 L -3 -3 -5 -5 -4 0 -1 -6 -1 1 5 -1 3 -2 -5 -5 -3 -1 -3 -2 2 1 0 0 0 5 5 0 2 5 64 5 8 1 0 0 0 1 1 1 0.94 1.42 61 K -4 2 -3 -4 -6 -1 -1 -4 -3 -6 -5 7 -4 -3 -4 -2 -3 -6 -4 -5 0 7 0 0 0 0 1 0 0 0 0 89 0 1 0 2 0 0 0 0 1.78 1.39 62 K -3 2 -3 -4 -6 1 -2 -5 -2 -2 -4 7 1 -4 -4 -2 -3 -6 -4 -3 1 11 0 0 0 6 0 0 1 2 1 70 4 1 0 1 1 0 0 2 1.31 1.41 63 E 1 2 -2 1 -4 2 2 -4 -2 -4 -4 4 -4 -4 -3 1 -2 -6 -4 -4 12 8 1 8 0 8 15 0 1 1 1 28 0 0 0 13 2 0 0 1 0.57 1.41 64 K 3 0 -2 -5 -3 -2 -4 -4 2 -1 1 3 -2 -2 -4 -2 -2 -5 -1 2 27 5 2 0 0 1 0 0 4 2 14 21 1 2 0 2 1 0 2 16 0.44 1.41 65 G -3 1 0 1 -3 1 -2 5 0 -6 -2 2 -4 -2 -5 -2 -4 0 -2 -5 1 8 5 8 1 6 2 45 2 0 4 12 0 2 0 1 0 1 2 0 0.72 1.41 66 L -4 -5 -6 -7 -4 -4 -6 -7 -6 0 6 -5 2 0 -6 -5 -4 -4 -4 -1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 2 91 0 3 3 0 0 0 0 0 1 1.58 1.38 67 F -5 -5 -6 -6 -5 -6 -6 -6 -3 -3 -2 -6 -3 9 -6 -5 -5 -1 4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 90 0 0 0 0 10 0 2.32 1.30 K Lambda Standard Ungapped 0.1339 0.3156 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1789 0.3175 PSI Gapped 0.0548 0.2670