Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -2 -2 -3 -4 -2 -1 -3 -4 -3 0 1 -2 9 -1 -4 -2 -2 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 1.10 0.32 2 S 1 -2 -1 -1 -2 -1 0 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 4 4 -4 -3 -2 9 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 46 40 0 0 0 0.60 0.32 3 Y -3 0 0 -4 -3 -2 -3 -4 1 -2 -2 -2 1 2 -4 -2 -2 1 8 -2 0 5 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 3 0 0 0 0 81 0 1.14 0.32 4 E -1 -1 -1 1 -4 1 6 -3 -1 -4 -4 1 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 5 0 0 2 0 0 88 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 1.02 0.32 5 K 0 0 -1 -1 -4 5 3 -3 -1 -4 -3 3 -2 -4 -2 -1 -1 -3 -3 -3 5 0 0 0 0 48 23 0 0 0 0 21 0 0 0 0 3 0 0 0 0.71 0.32 6 E -2 -1 0 2 -5 3 6 -3 -1 -4 -4 2 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 4 7 0 10 68 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0.86 0.32 7 F -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -2 -1 0 -4 -1 8 -5 -3 -3 0 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 1.39 0.32 8 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -3 4 0 -4 -3 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 85 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0.81 0.32 9 K -2 3 1 -1 -4 2 0 -3 0 -4 -3 5 -2 -4 -2 -1 0 -4 -3 -3 0 13 8 0 0 7 2 0 2 0 0 61 0 0 0 0 7 0 0 0 0.66 0.32 10 D -1 -2 0 6 -4 0 3 -2 -2 -4 -4 -1 -4 -4 -2 -1 -2 -5 -4 -4 5 0 0 68 0 0 27 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.05 0.32 11 F -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -2 -1 0 -4 -1 8 -5 -3 -3 0 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 1.39 0.32 12 E -1 -1 -1 1 -4 2 6 -3 -1 -4 -4 1 -3 -4 -2 0 -2 -4 -3 -3 2 0 0 0 0 4 84 0 0 0 0 5 0 0 0 5 0 0 0 0 0.97 0.32 13 D 3 -2 -1 3 -3 0 4 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -4 -2 0 0 -4 -3 -2 37 0 0 18 0 0 39 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0.55 0.32 14 W -4 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -4 -3 -4 -3 -4 -2 0 -5 -4 -3 12 1 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 3.04 0.32 15 V -1 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 3 1 -3 0 -1 -4 -3 -1 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 12 0 0 0 0 0 0 0 0 74 0.70 0.32 16 K -1 2 4 2 -4 2 1 -2 -1 -3 -4 3 -3 -4 -3 -1 -1 -4 -3 -2 3 9 31 13 0 11 5 0 0 0 0 24 0 0 0 0 0 0 0 4 0.51 0.32 17 T 0 -2 1 0 -2 1 -1 -2 -2 -2 -3 -1 -2 -3 -2 2 5 -4 -3 -2 3 0 6 4 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 62 0 0 0 0.61 0.32 18 Q -2 0 -1 -1 -4 7 1 -3 0 -4 -3 1 -1 -4 -2 -1 -2 -3 -2 -3 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.20 0.32 19 I -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 5 0 -4 0 -1 -4 -3 -1 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 51 0 0 0 0 0 0 0 0 0 49 0.75 0.32 20 Q 0 -1 -2 -3 -3 4 -1 -3 -2 0 0 0 5 -2 -3 0 0 -3 -2 0 5 0 0 0 0 26 0 0 0 6 7 5 33 0 0 8 7 0 0 3 0.37 0.32 21 V -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 5 1 -4 0 -1 -4 -3 -1 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 55 9 0 0 0 0 0 0 0 0 37 0.71 0.32 22 N -2 -1 7 0 -4 -1 -1 -1 0 -4 -4 -1 -3 -4 -3 1 -1 -5 -3 -4 0 0 91 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 1.17 0.32 23 Q -2 -1 0 2 -4 4 5 -3 -1 -4 -4 0 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -2 0 0 2 13 0 32 51 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0.81 0.32 24 L -1 -2 -3 -4 -2 -2 -3 -1 -3 1 3 0 6 -1 -3 -2 0 -3 -2 0 3 0 0 0 0 0 0 5 0 5 27 6 44 0 0 0 5 0 0 4 0.48 0.32 25 A 6 -2 -3 -3 -1 -2 -2 -1 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 0 -1 -4 -3 -1 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.85 0.32 26 M -2 -2 -3 -4 -2 -2 -3 -4 -1 1 2 -1 8 -1 -4 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 17 3 69 0 0 0 0 0 0 7 0.77 0.32 27 A 1 0 1 2 -3 1 2 -2 0 -3 -3 4 -2 -4 -2 0 1 -4 -3 -1 12 0 5 11 0 6 15 0 2 0 0 34 0 0 0 2 9 0 0 5 0.35 0.32 28 T 2 -2 -1 -1 -3 1 4 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -4 -2 1 3 -4 -3 -1 23 0 0 0 0 3 41 0 0 0 0 0 0 0 0 5 26 0 0 2 0.50 0.32 29 S 2 -2 0 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 5 1 -4 -3 -2 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 80 5 0 0 0 0.73 0.32 30 Q -2 4 -1 -1 -4 5 3 -3 -1 -4 -3 3 -2 -4 -2 -1 -2 -3 -3 -3 0 23 0 0 0 46 16 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0.77 0.32 31 E -1 2 -1 0 -4 4 2 -3 -1 -4 -3 5 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 4 10 0 2 0 23 11 0 0 0 0 50 0 0 0 0 0 0 0 0 0.67 0.32 32 V -1 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 4 1 -3 0 -1 -3 -3 0 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 34 5 0 0 0 0 0 5 0 0 56 0.65 0.32 33 A 3 -1 -2 -3 -2 2 -1 1 -2 1 -2 1 -2 -3 -2 -1 -1 3 -2 0 38 2 0 0 0 13 0 13 0 10 2 13 0 0 0 0 0 5 0 4 0.29 0.32 34 D -3 -2 0 7 -4 0 1 -2 1 -4 -4 -1 -4 -4 -2 -1 -1 -5 -3 -4 0 0 0 82 0 4 5 0 5 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 1.13 0.32 35 E -2 -1 -1 2 -5 1 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 8 0 3 86 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1.05 0.32 36 R -2 6 0 -2 -4 1 1 -3 0 -4 -3 1 -2 -4 -3 -1 -1 -4 -3 -3 0 77 4 0 0 3 9 0 2 0 0 2 0 0 0 0 3 0 0 0 0.95 0.32 37 A 6 -2 -3 -3 -1 -2 -2 -1 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 0 -1 -4 -3 -1 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.85 0.32 38 K 3 2 -2 -2 -3 0 -1 -2 -2 -3 -3 5 1 -4 -2 -1 -1 -4 -3 -2 31 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 55 5 0 0 0 0 0 0 0 0.56 0.32 39 D -2 -2 0 6 -5 0 3 -3 -2 -2 -4 -1 -4 -4 -2 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 0 72 0 0 25 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.09 0.32 40 A 6 -2 -3 -3 -1 -2 -2 -1 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 0 -1 -4 -3 -1 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.85 0.32 41 F 2 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -3 -1 1 -1 -3 2 4 -3 -1 -2 0 6 -1 21 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 7 23 0 4 0 0 34 2 0.55 0.32 42 I -2 -4 -2 -4 -2 -4 -4 -5 -4 6 1 -4 0 0 -4 -3 -2 -3 -2 2 0 0 3 0 0 0 0 0 0 94 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0.84 0.32 43 R -2 7 -1 -3 -5 0 -1 -3 -1 -4 -3 1 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.29 0.32 44 Y -3 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -4 1 -2 -2 -3 -2 2 -4 -3 -3 1 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 1.53 0.32 45 E -2 -1 -1 1 -5 1 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.20 0.32 46 S 1 -2 0 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 6 1 -4 -3 -2 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 93 0 0 0 0 0.82 0.32 47 K -2 5 -1 -2 -4 0 0 -3 -1 -4 -3 5 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 42 0 0 0 0 0 0 0 0 0 58 0 0 0 0 0 0 0 0 0.92 0.32 48 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -3 2 0 -4 -3 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 0 3 0 0 0 0 0 2 0 0.84 0.32 49 D -3 -3 1 7 -5 -1 1 -2 -2 -4 -5 -2 -4 -5 -2 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.45 0.32 50 A 6 -2 -3 -3 -1 -2 -2 -1 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 0 -1 -4 -3 -1 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.85 0.32 51 Y -3 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -4 1 -2 -2 -3 -2 2 -4 -3 -3 2 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 1.48 0.29 52 E -2 3 1 -1 -4 5 3 -3 -1 -4 -3 2 -2 -4 -2 -1 -2 -3 -3 -3 0 21 8 0 0 42 18 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0.68 0.29 53 F -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -1 -1 -1 -4 -1 7 -5 -3 -3 0 4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 86 0 0 0 0 14 0 1.24 0.29 54 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 4 5 -4 1 -1 -4 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 71 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.72 0.29 55 L -2 0 -2 -2 -3 5 0 -3 -1 0 3 0 0 -2 -3 -2 -2 -3 -2 -1 0 4 0 0 0 50 0 0 0 4 39 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0.52 0.29 56 G 0 -3 -1 -2 -3 -2 -2 6 -3 -5 -4 -2 -3 -4 -3 0 -1 -4 -4 -4 2 0 0 0 0 0 2 89 0 0 0 0 0 0 0 3 2 0 0 0 1.23 0.29 57 K -2 1 -1 -2 -4 1 0 -2 -2 -4 -3 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0.98 0.29 58 F -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -2 -1 0 -4 -1 8 -5 -3 -3 0 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 1.34 0.29 59 D 3 -2 0 3 -3 1 3 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -4 -2 1 0 -4 -3 -2 32 0 3 21 0 7 27 0 0 0 0 0 0 0 0 8 4 0 0 0 0.45 0.29 60 N -2 -1 7 1 -4 -1 -1 -1 0 -4 -4 -1 -3 -4 -3 0 -1 -5 -3 -4 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.25 0.29 61 Y -3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 1 -2 -2 -3 -2 4 -4 -3 -3 1 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 89 0 1.36 0.29 62 K -2 3 0 -1 -4 2 1 -3 7 -4 -4 3 -2 -3 -3 -1 -2 -4 -1 -4 0 14 3 0 0 6 7 0 40 0 0 30 0 0 0 0 0 0 0 0 0.73 0.29 63 N 3 -1 3 1 -3 2 1 -1 0 -3 -3 1 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 -2 36 0 24 6 0 12 10 0 2 0 0 7 0 0 0 2 0 0 0 0 0.40 0.29 64 G -1 -3 -1 -2 -4 -1 -3 6 -3 -5 -5 0 -4 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 3 0 92 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 1.27 0.29 65 K -2 2 -1 -2 -4 1 0 -2 -2 -4 -3 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0.95 0.29 66 A 1 -3 -1 2 -3 -2 -2 5 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -2 2 -1 -4 -3 -3 14 0 0 12 0 0 0 49 0 0 0 0 0 0 0 25 0 0 0 0 0.67 0.29 67 F -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -2 -1 0 -4 -1 8 -5 -3 -3 0 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 1.34 0.29 68 H -3 -1 0 -2 -4 0 -1 -3 9 -4 -4 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -3 1 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.58 0.29 69 D -3 -2 0 7 -5 -1 2 -2 -2 -4 -5 -1 -4 -5 -2 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 0 90 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.28 0.29 70 I -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 2 4 -3 4 -1 -4 -3 -2 -3 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 49 0 16 0 0 0 0 0 0 23 0.58 0.29 71 P -2 -3 -3 -2 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -5 8 -2 -2 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.37 0.29 72 D -3 -2 0 7 -5 -1 3 -2 -2 -4 -5 -1 -4 -5 -2 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 0 83 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.20 0.29 73 E -2 -2 0 6 -4 0 4 -2 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 68 0 0 32 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.95 0.17 K Lambda Standard Ungapped 0.1330 0.3165 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1777 0.3172 PSI Gapped 0.0544 0.2670