Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Y -5 -5 -5 -6 -6 -4 -5 -6 5 -4 -4 -5 -4 4 -6 -5 -5 -1 9 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 11 0 0 0 0 76 0 2.22 1.38 2 K -5 3 -3 1 -7 4 6 -5 -3 -7 -6 2 -5 -5 -4 -3 -3 -7 -6 -5 0 16 0 7 0 14 44 0 0 0 0 13 0 1 0 1 1 0 0 1 1.10 1.85 3 L -5 -5 -5 -6 -5 -4 -5 -7 -4 3 5 -3 4 1 -5 -5 -3 -5 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 0 16 51 2 8 6 0 0 1 0 4 8 0.98 2.00 4 F -5 -5 -5 -6 -4 -4 -4 -3 -4 5 1 -4 0 7 -7 -5 -4 -4 0 0 0 1 0 0 0 1 1 2 0 28 11 1 1 44 0 1 1 0 2 4 1.24 2.04 5 I -2 -3 1 3 -4 -2 -1 -5 -3 3 4 -3 1 -4 -5 -2 -2 -6 -4 0 4 1 6 14 0 2 5 0 1 16 32 2 3 0 1 3 2 0 0 6 0.48 2.05 6 T -1 -3 1 -2 -4 -2 1 -3 -1 -3 -3 -1 -4 -4 0 3 5 -6 -1 0 4 1 6 1 0 1 10 2 1 1 2 3 0 1 5 19 31 0 2 7 0.54 2.04 7 E -3 2 -2 2 -5 2 5 -3 0 -5 -6 3 -4 -5 -2 0 -1 -6 -5 -5 1 9 2 12 0 10 34 2 2 1 0 15 0 1 2 6 3 0 0 0 0.75 2.04 8 G -2 3 -1 -2 -4 -1 1 5 1 -5 -6 2 -4 -6 -3 -1 -1 -6 -4 -5 3 14 2 3 0 3 8 42 3 1 0 10 0 0 1 3 4 0 0 1 0.77 2.04 9 Y -1 -2 1 4 -4 -1 3 -3 -2 -5 -3 0 -2 0 2 1 0 -3 0 -5 6 2 7 18 0 2 19 2 1 0 3 5 1 5 9 10 5 0 3 1 0.39 2.05 10 E 2 3 -4 -2 -3 4 4 -4 -2 -4 -4 2 -1 -5 -1 -2 -3 -6 -4 0 15 13 0 2 1 16 23 1 1 1 1 12 2 0 4 2 1 0 0 6 0.57 2.04 11 V -1 -4 -3 -3 -2 -4 -3 -3 -2 4 -2 -4 -1 -3 2 -2 1 -2 -2 5 5 1 1 2 1 1 2 2 1 19 3 1 1 1 11 3 7 1 2 35 0.64 1.96 12 G -1 -4 -3 -3 -3 -3 -3 7 -4 -4 -3 -4 -3 -4 -3 -1 -1 -5 -5 -2 4 1 1 1 1 1 1 73 0 1 3 1 1 1 1 3 3 0 0 3 1.45 1.97 13 R -2 1 -2 -3 -2 4 -1 -2 -1 0 -2 2 -1 -3 -1 0 -2 -6 -3 4 3 6 2 1 1 20 3 3 1 5 3 11 2 1 3 7 2 0 1 25 0.42 2.05 14 V 2 -6 -6 -5 -1 -5 -6 -1 -6 4 -2 -6 -2 -5 -4 -2 -2 -3 -5 6 16 0 0 0 1 0 0 6 0 17 2 0 1 0 1 3 2 0 0 50 1.02 2.11 15 N -2 -2 6 -3 -3 -2 -3 -4 0 -2 -4 -3 1 -1 -1 1 4 -1 2 -3 3 2 36 1 1 1 2 1 2 2 1 1 4 2 4 8 21 1 6 2 0.78 2.13 16 G 1 -6 -4 -4 0 -5 -4 7 -6 -3 -5 -4 -6 -6 -6 -1 -1 -6 -6 -4 10 0 0 1 2 0 1 70 0 2 1 1 0 0 0 4 3 0 0 1 1.44 2.14 17 L -2 -5 -5 -5 -1 -4 -5 -5 -6 0 5 -4 1 -3 -5 0 -1 -5 -3 1 3 1 1 0 1 1 1 1 0 4 58 1 3 1 1 8 4 0 1 8 0.85 2.16 18 A 6 -4 -4 -4 0 -4 -4 -1 -4 -4 -5 -4 -2 -5 -4 3 1 -3 -3 -1 53 0 0 1 2 1 1 4 0 1 0 1 1 0 0 18 8 1 1 4 0.90 2.20 19 V -3 -4 -5 -5 -1 -3 -5 -5 -3 0 -3 -6 -2 -2 -5 -4 -3 8 2 6 2 1 0 0 1 1 0 1 1 4 2 0 1 1 1 1 2 19 7 51 1.27 2.19 20 I -2 -4 -2 -4 -3 -3 -4 -4 -2 2 0 -3 2 0 -5 -2 5 -1 1 1 3 1 2 1 0 1 1 2 1 12 9 1 5 3 0 3 37 1 5 8 0.58 2.16 21 G 1 -2 -1 1 -1 -1 -1 4 -2 -3 -3 -2 0 -2 -2 2 -2 0 -2 0 10 2 3 6 1 2 5 25 1 1 3 3 2 2 2 16 3 2 2 6 0.25 1.90 22 E -1 -2 -1 1 -2 0 3 0 1 -1 -2 -2 0 -2 1 0 1 -2 0 0 6 2 2 7 1 4 17 8 3 3 4 2 2 2 6 8 8 1 4 6 0.11 1.91 23 S -1 -2 0 -2 -3 -2 -3 2 -2 -1 -2 -4 4 1 -1 1 0 -2 2 3 5 2 5 2 1 1 2 13 1 3 3 1 10 5 3 10 5 1 6 17 0.22 2.12 24 A -1 -1 -2 -1 -4 -2 1 5 -2 -2 -2 -3 0 2 -2 0 -1 -2 -2 -2 5 4 2 4 0 1 8 36 1 2 4 1 3 8 2 6 4 1 1 2 0.42 2.13 25 G -2 0 -3 -3 -3 -3 -3 7 -2 -4 -4 -3 -1 0 -3 -3 -3 -5 -3 -4 3 5 1 1 1 1 2 64 1 1 2 1 2 4 2 2 1 0 1 1 1.15 2.11 26 I 0 -1 -3 2 -2 -2 2 1 1 1 -2 -1 0 -2 -2 0 0 -3 -1 0 7 4 1 13 1 2 14 9 3 9 5 3 2 2 2 7 6 0 2 6 0.11 2.13 27 V -1 -3 -4 -3 -3 -3 -2 -2 -3 2 2 -3 0 -3 3 -2 2 -6 -4 2 5 1 1 1 1 1 3 3 1 11 19 1 2 1 15 2 12 0 1 15 0.37 2.16 28 L -1 -1 -3 -5 -2 -3 -4 -4 -3 1 5 -4 2 -1 -1 -1 -1 -6 -2 1 5 4 1 1 1 1 1 2 1 6 44 1 4 2 3 4 4 0 1 10 0.51 2.18 29 P -3 2 -1 -2 -3 1 2 -3 1 -2 -3 -1 -2 2 3 -1 1 -2 2 -1 2 9 2 2 1 5 12 2 3 2 3 4 1 9 16 4 9 1 7 4 0.27 2.19 30 I -3 0 -4 -4 -2 -3 -3 -5 -3 6 0 -3 -1 -1 -4 -4 -2 -2 -3 3 2 5 1 1 1 1 2 1 1 48 6 2 1 3 1 1 2 1 1 18 0.88 2.17 31 I -3 -3 -2 -2 -2 2 6 -6 -2 1 -1 -3 -1 -3 -3 -2 1 -6 -3 -1 1 1 1 1 1 8 46 0 1 8 7 1 2 1 1 2 9 0 1 4 0.76 2.13 32 A 4 -3 -3 -3 1 -2 -1 -2 -2 -1 -3 -3 -1 -3 -5 1 1 -6 -5 3 34 2 1 1 3 2 4 3 1 3 2 1 1 1 0 8 9 0 0 21 0.52 2.11 33 E 0 -1 1 0 1 -1 1 -3 -1 -1 0 -2 -1 -3 -3 2 3 -6 -2 0 8 3 6 5 3 3 8 2 2 4 10 2 2 1 2 14 15 0 1 7 0.16 2.12 34 V 0 -1 -2 -2 0 -1 -2 -3 0 2 0 -2 0 -1 -2 -2 0 1 -1 4 7 3 2 2 2 3 3 3 2 10 10 3 2 2 3 3 7 2 2 28 0.28 2.07 35 T 0 -1 1 -1 2 0 -2 -2 1 -1 -2 -1 2 0 -1 1 2 2 1 1 7 4 6 3 4 5 3 3 3 4 5 5 5 4 3 11 11 2 4 8 0.09 2.12 36 P -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 37 S -1 -1 0 -1 0 -1 -1 2 -1 -2 1 0 -1 -1 1 1 1 -5 -1 -2 6 3 4 3 2 3 3 16 2 2 12 5 2 3 6 12 10 0 3 4 0.12 2.00 38 M -1 1 -1 -3 -2 0 -2 4 -1 -2 -2 0 -1 -3 -2 1 -1 -1 -2 1 5 7 3 2 1 3 3 30 2 2 5 7 2 1 2 9 4 1 1 10 0.30 2.18 39 E -1 -1 1 2 -2 -1 0 1 -1 -3 -3 3 -1 1 0 1 -1 -6 0 -3 6 3 5 10 1 3 5 10 2 2 3 16 1 6 6 10 5 0 3 2 0.16 2.18 40 G -1 -2 -2 -2 -1 -2 -2 6 0 -3 -4 -2 -2 -3 2 -1 -2 0 -2 -2 4 2 2 2 1 2 2 49 2 2 2 2 1 2 10 4 3 1 2 4 0.74 2.15 41 R -1 2 1 -1 0 0 0 0 1 -1 -2 2 1 0 -1 1 0 -5 -1 -1 5 10 6 4 2 4 6 7 3 4 3 12 4 4 3 9 6 0 3 5 0.11 2.04 42 V -1 0 -1 -2 1 -1 -2 -1 1 1 1 -2 2 2 1 -2 -1 2 1 1 5 5 3 3 2 3 3 6 3 8 13 3 5 8 7 3 4 2 4 9 0.10 2.12 43 I -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 44 A -1 3 0 1 -2 -1 -1 -2 -1 1 0 -2 2 -1 -1 -2 -1 -2 0 1 4 17 4 9 1 2 5 3 2 8 9 2 4 3 4 3 4 1 3 8 0.11 2.23 45 T -2 -1 0 -3 -5 -2 -4 -2 -2 2 -2 -2 -1 -3 -2 0 5 -6 -2 1 3 3 5 1 0 2 1 3 1 10 3 2 2 1 2 6 38 0 1 11 0.53 2.21 46 G 0 -2 -2 -2 -2 -2 1 5 -2 -3 -4 -3 -2 -3 1 0 -1 0 -3 -1 8 2 2 2 1 2 9 39 1 2 2 2 1 1 6 6 4 1 1 4 0.50 2.24 47 R -2 4 2 -3 -1 1 -1 -2 0 -2 1 1 0 -2 -1 0 0 0 -1 -1 4 18 8 2 1 6 3 3 2 3 11 7 3 2 4 7 6 1 2 4 0.14 2.15 48 L -1 2 -2 -2 0 -2 0 2 -1 -1 2 -2 0 -2 1 -2 -2 1 -1 -1 5 9 2 3 2 2 7 15 2 4 19 3 3 2 7 3 2 2 2 4 0.10 2.13 49 Q 0 -2 -1 0 0 0 -1 3 0 -2 -2 0 0 -1 -1 -1 -1 2 -1 -1 8 3 3 5 2 4 4 23 2 3 3 5 3 3 3 5 4 2 3 6 0.13 2.08 50 E -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 -5 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 0 5 5 0.04 2.01 51 I -1 -3 -2 -3 -1 -2 -2 -3 -1 3 1 -3 2 -1 -3 1 0 -5 1 4 6 2 2 1 1 2 3 3 2 14 14 2 4 2 1 10 5 0 5 22 0.31 2.13 52 A 2 -2 1 1 -2 -1 -1 0 4 0 -1 -2 5 -2 -3 0 -2 -1 -2 -1 15 2 6 8 1 3 3 8 8 5 5 2 13 2 2 8 2 1 2 5 0.26 2.14 53 R -2 4 -1 -1 -1 2 -2 0 0 -3 -3 4 -1 -2 -3 -1 -2 1 -1 -2 3 21 3 3 1 8 2 6 3 1 3 26 1 2 2 5 2 2 3 3 0.49 2.17 54 E -2 -1 1 0 0 -1 4 1 0 -2 -2 1 -1 -1 -2 -1 -1 -6 -1 -2 4 3 7 5 2 3 29 9 2 3 4 9 2 3 2 5 3 0 2 3 0.34 2.11 55 A 0 1 -1 -1 1 -1 -2 0 0 -1 -3 -1 0 -1 -1 4 -1 2 -5 -2 9 7 3 4 2 3 3 6 3 3 3 3 3 3 3 31 4 2 0 3 0.27 2.15 56 V -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 57 M -1 1 0 1 0 2 0 -2 2 0 -1 0 1 0 -1 0 -1 2 0 -1 4 7 5 7 2 9 6 3 4 5 7 5 4 3 3 7 4 2 3 5 0.02 2.18 58 N -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 59 V 4 -2 -2 -2 0 -1 -5 -1 -5 1 1 -2 1 -2 -5 -2 -2 -6 -5 2 34 2 2 2 2 3 0 4 0 8 12 2 3 2 0 3 3 0 0 12 0.39 2.10 60 S 0 1 -1 -2 1 0 -1 -2 1 0 1 0 3 1 -2 0 0 2 2 -1 7 7 3 2 3 4 4 3 3 5 13 5 6 6 2 6 5 2 6 4 0.05 2.25 61 A -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 62 I -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 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