Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 K -3 2 -3 -2 -6 3 4 -4 -3 -5 -5 5 -4 -6 3 -3 -3 -5 -4 -5 0 8 0 0 0 11 25 0 0 0 0 42 0 0 14 0 0 0 0 0 1.02 1.05 2 E -4 -2 3 5 -6 3 4 -4 -3 -4 -5 1 -3 -6 -3 -2 -2 -6 -5 -4 0 1 14 28 0 13 29 1 0 1 0 8 0 0 1 1 1 0 0 1 0.90 1.31 3 K 0 0 -2 1 -6 3 2 -4 -3 -2 -5 4 -3 -6 3 -2 -2 -6 -4 -3 9 5 1 8 0 12 15 1 0 3 0 28 0 0 13 2 1 0 0 1 0.60 1.39 4 V -1 -4 0 -2 -4 -1 -2 -5 0 3 3 0 1 0 -4 -3 -1 -5 0 3 4 0 4 3 0 2 3 0 2 16 26 7 3 3 0 1 4 0 3 17 0.37 1.39 5 L -3 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -5 -2 0 6 -1 1 0 -4 -3 -2 -4 0 -2 1 1 1 1 0 1 1 0 1 2 72 4 3 3 1 2 2 0 3 1 0.99 1.44 6 E 0 -1 2 3 -3 0 2 -2 -1 -3 -1 2 -2 -1 -5 2 -2 -3 -1 -4 6 2 10 14 0 4 15 2 1 1 7 12 1 3 0 14 2 0 2 1 0.32 1.48 7 M -1 2 -3 -4 -3 0 -2 -5 -2 3 1 0 4 -3 -5 -1 3 -3 -3 0 5 12 1 1 0 3 2 0 1 19 10 6 13 0 0 3 17 0 0 5 0.45 1.47 8 T -2 -1 -1 -1 -5 -2 -2 -3 -1 -4 -3 1 -3 3 5 3 1 -3 -2 -4 2 3 2 3 0 1 2 1 1 0 2 10 0 11 32 20 8 0 1 0 0.70 1.46 9 I -4 -6 -6 -6 -4 -6 -6 -7 -6 7 2 -6 0 -3 -6 -5 -2 -6 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 63 15 0 1 0 0 0 2 0 0 20 1.40 1.43 10 E 0 -2 -1 5 -3 0 5 -3 -2 -5 -5 -1 -5 -6 -4 1 -2 -6 -3 -3 7 2 2 32 0 3 35 2 1 0 1 2 0 0 0 8 2 0 1 2 0.87 1.52 11 E -2 -1 0 4 -6 4 4 -3 -1 -1 -4 -2 -2 -3 -4 0 -1 -6 -3 -3 2 2 4 24 0 16 29 1 1 4 1 1 1 1 0 6 4 0 1 1 0.69 1.50 12 L -3 -5 -6 -3 -2 -3 -5 -6 -6 1 6 -4 2 -1 -6 0 -3 -5 -4 -1 2 0 0 2 1 1 0 0 0 5 75 1 3 2 0 7 1 0 0 2 1.15 1.47 13 D -3 -3 3 3 -3 1 4 2 0 -5 -5 -2 -3 -6 -1 -2 -3 -2 -3 -4 1 1 15 15 0 6 32 17 2 1 1 2 0 0 3 2 1 1 1 1 0.72 1.49 14 L -4 -5 -6 -7 -1 -5 -6 -7 -6 0 6 -5 1 2 -6 -3 -2 -4 -1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 4 77 0 2 7 0 2 2 0 2 4 1.26 1.46 15 S -2 -3 -1 -2 -1 -2 -1 -2 -4 -5 -5 -2 -2 -6 3 6 1 -6 -5 -5 1 1 2 1 1 1 3 3 0 0 0 2 1 0 14 62 9 0 0 0 1.07 1.52 16 V 1 -1 -1 -2 -5 1 0 -3 0 -1 -2 -1 -1 -3 2 -1 1 -6 -3 4 10 4 3 2 0 8 6 2 2 3 4 3 1 1 10 4 7 0 1 31 0.34 1.53 17 R -2 8 -2 -4 -6 -1 -2 -4 -1 -6 -5 1 -4 -6 -1 -3 -3 -6 -5 -3 3 77 2 0 0 1 2 1 1 0 0 5 0 0 3 1 1 0 0 2 1.61 1.54 18 S 3 -5 -3 -5 1 -2 -4 -3 -5 1 -2 -4 -4 -3 -1 3 3 2 -4 1 28 0 1 0 2 1 0 1 0 9 3 0 0 1 4 19 18 3 0 9 0.55 1.54 19 Y 0 3 -1 -3 -1 0 -2 -4 0 -1 1 -1 -1 1 -5 -2 0 -3 5 -2 7 17 3 1 2 4 2 1 2 4 15 3 1 5 0 3 6 0 22 2 0.44 1.56 20 N -2 -1 7 -2 -1 -2 -2 -3 1 -3 -4 1 -1 -6 -5 -1 -1 -6 -2 -3 3 3 62 0 1 1 2 1 3 1 1 9 2 0 0 3 4 0 1 1 1.22 1.56 21 C 1 -3 -2 -6 9 -2 -5 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -3 -5 0 -2 -5 -2 0 13 2 2 0 44 1 0 4 1 4 6 4 1 1 0 6 2 0 1 8 1.12 1.56 22 L -5 -5 -7 -7 1 -5 -6 -7 -6 0 6 -6 2 2 -2 -5 -4 -5 -4 -1 0 0 0 0 3 0 0 0 0 3 77 0 4 6 3 0 0 0 0 3 1.35 1.56 23 K 0 2 0 -2 -1 1 0 -3 -1 -1 -2 5 -1 -3 -5 -1 -2 -6 -2 -2 7 9 4 2 1 5 6 2 2 3 5 40 1 1 0 5 2 0 1 2 0.55 1.56 24 R -1 5 3 -2 -6 -1 0 -2 -1 -4 -4 3 -2 -3 -5 0 -2 -1 -1 -4 5 35 12 1 0 2 7 3 1 1 1 15 1 1 0 8 1 1 2 1 0.68 1.67 25 A 4 -3 2 -2 -1 -2 1 0 1 0 0 -2 0 -3 -5 0 -2 -1 -3 0 32 1 9 2 1 2 8 6 3 5 11 2 3 1 0 6 2 1 1 5 0.31 1.67 26 G -3 -2 5 1 -3 -1 0 5 -1 -7 -6 0 -4 -5 -5 -1 -4 -6 -4 -6 1 2 25 8 0 3 7 41 1 0 0 7 0 1 0 4 0 0 1 0 0.94 1.61 27 I -4 -4 -6 -6 -2 -6 -6 -7 -3 7 0 -3 0 0 -6 -5 -3 -5 0 2 1 1 0 0 1 0 0 0 1 68 5 2 1 3 0 0 1 0 4 10 1.33 1.61 28 N -3 0 3 0 -2 -1 1 -3 6 -3 -2 0 -2 0 -5 -1 1 -5 1 -2 1 4 15 5 1 3 10 1 17 1 4 6 1 4 0 4 8 0 4 3 0.34 1.61 29 T -3 -1 0 -3 -2 -1 -3 -5 -2 -3 -2 0 -2 -1 -3 1 6 -1 2 -3 1 3 3 1 1 2 1 0 1 1 3 6 1 2 1 7 48 1 8 1 0.68 1.61 30 V -2 -5 -6 -6 0 -5 -5 -6 -5 4 2 -5 1 -1 -5 -4 -1 1 -1 4 3 0 0 0 2 0 0 0 0 25 17 0 2 2 0 0 4 2 2 30 0.66 1.39 31 Q 1 -1 -1 -1 -1 0 1 4 -1 -3 -3 -1 -1 -1 -5 1 -2 1 1 -3 9 3 2 4 1 3 10 26 1 1 3 4 1 2 0 10 1 2 5 1 0.21 1.39 32 E -2 -2 -1 6 -6 2 3 -2 0 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -2 -2 -5 -2 -5 2 2 2 42 0 10 18 2 2 0 2 3 2 0 0 2 2 0 2 0 0.76 1.37 33 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 1 5 -5 2 1 -6 -2 -4 -4 -4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 65 0 4 5 0 4 0 0 0 7 0.97 1.39 34 A 0 -3 -3 -5 1 -2 -3 -4 -5 1 3 -1 1 -2 -2 -1 0 -5 -2 3 7 1 1 0 3 1 1 1 0 7 26 3 2 1 2 4 6 0 1 22 0.29 1.49 35 N 0 0 3 1 -2 2 1 -2 -1 -2 -3 2 -1 -3 -5 1 -1 -6 -2 -2 7 4 13 7 1 10 8 3 1 2 2 15 2 1 0 9 3 0 1 3 0.20 1.57 36 K -2 2 -1 -5 1 -2 -2 -4 1 -1 0 4 4 -1 -5 -2 -1 -1 3 -2 3 11 4 0 3 1 3 1 3 3 11 22 10 3 0 2 3 1 9 2 0.32 1.66 37 T -2 -2 1 0 -5 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -1 -4 -4 0 4 4 -6 -3 -4 1 1 7 4 0 1 2 3 1 1 2 3 0 1 5 29 30 0 1 0 0.56 1.67 38 E -2 1 -3 0 -3 2 5 -4 -2 -2 -3 1 -1 -4 0 -3 -2 -1 -1 -2 3 8 1 5 1 8 36 1 1 3 3 8 2 1 5 1 2 1 2 3 0.45 1.73 39 E 0 -1 1 3 -5 0 4 -2 0 -4 -5 1 -2 -2 -2 0 -1 -2 -3 -2 9 3 6 13 0 3 28 2 2 1 1 7 1 2 2 7 3 1 1 3 0.36 1.72 40 D -3 -2 0 6 -6 0 4 -2 -2 -5 -6 -1 -2 -6 -5 -2 -2 -6 -4 -5 2 2 5 40 0 3 29 3 1 1 0 3 1 0 0 2 2 0 1 1 0.98 1.74 41 M -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 2 5 -5 5 -1 -4 -4 -3 -5 -3 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 9 60 0 16 2 1 1 1 0 1 2 1.11 1.72 42 M -2 -2 -2 -4 -3 -1 0 -4 -3 0 4 0 6 -2 -4 -1 -1 -5 -2 -2 3 2 2 1 1 3 6 1 1 4 32 7 19 1 1 4 4 0 2 2 0.46 1.76 43 K -2 2 2 -1 -4 0 1 -3 -1 -4 -4 5 -3 -4 -3 0 -2 -6 -3 -5 3 9 10 3 0 4 7 2 1 1 1 39 1 1 1 7 2 0 1 0 0.62 1.79 44 V -3 -6 -6 -6 -2 -3 -4 -6 -6 5 1 -5 2 2 -6 -3 1 -2 -1 3 2 0 0 0 1 1 1 0 0 36 12 0 5 9 0 2 8 1 2 15 0.71 1.77 45 R -2 6 -2 -3 -6 -1 0 -4 -2 -6 -5 4 -5 -6 2 -3 -3 -6 -3 -5 3 37 2 1 0 2 6 1 1 0 0 28 0 0 11 1 1 0 1 0 0.94 1.76 46 N -4 -2 7 -2 -4 -3 -4 2 3 -5 -6 -2 -5 -4 -5 -2 -3 -1 0 -6 0 1 61 1 0 1 0 14 6 0 0 1 0 0 0 2 1 1 3 0 1.36 1.75 47 L -3 -6 -6 -7 -1 -6 -6 -6 -5 1 4 -6 3 7 -6 -4 -5 -4 -1 -1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 7 32 0 7 39 0 1 0 0 1 4 1.10 1.72 48 G -2 -1 -2 -4 -1 -4 -4 7 -1 -7 -6 -4 -6 -6 -3 -2 -3 -2 -6 -6 1 4 1 1 1 0 0 83 1 0 0 0 0 0 1 2 1 1 0 0 1.78 1.70 49 R 0 4 -1 -1 -6 1 1 -4 -2 0 -3 5 -2 -6 -1 -2 -2 -6 -4 -1 6 23 3 3 0 6 8 1 1 6 2 30 1 0 3 3 2 0 0 4 0.60 1.70 50 K -2 1 -2 -2 -6 0 1 -4 -1 -4 -4 7 -3 -6 -4 -2 -1 -1 -4 -4 2 4 1 1 0 3 8 1 2 1 1 67 0 0 0 2 3 1 0 1 1.24 1.71 51 S 0 -2 -2 1 1 -2 -3 -2 0 -3 -5 -4 -3 -6 -4 6 1 -6 -5 -3 5 1 0 8 3 1 1 2 2 1 0 0 0 0 0 65 7 0 0 2 1.09 1.71 52 L -1 -1 -6 -7 -1 -5 -5 -5 -6 3 5 -4 2 0 -6 -4 -4 -2 0 3 5 4 0 0 1 0 0 1 0 12 47 0 4 4 0 1 0 1 3 17 0.82 1.70 53 E -2 1 2 3 -4 0 3 -4 -1 -3 -3 3 -3 -4 -3 -1 1 -3 -3 -2 4 6 10 13 0 4 22 1 2 2 3 18 0 1 1 3 7 1 1 3 0.46 1.72 54 E -4 -2 -3 0 -7 2 7 -5 1 -5 -4 -1 -3 -5 -5 -3 -4 -6 -4 -4 1 1 1 4 0 9 74 0 3 1 1 2 1 0 0 0 0 0 0 1 1.53 1.71 55 V -4 -6 -6 -7 -2 -6 -6 -7 -7 7 1 -4 -1 -3 -6 -5 -2 -6 -5 4 0 0 0 0 1 0 0 0 0 58 11 1 1 0 0 0 1 0 0 27 1.45 1.67 56 K -3 2 -2 0 -4 0 2 -5 -2 1 1 4 0 -3 -5 -2 -3 -2 -3 -1 2 10 2 5 0 4 13 0 1 9 15 28 3 1 0 2 1 1 1 3 0.45 1.68 57 A 0 -2 1 4 -4 1 4 -1 0 -3 -3 1 -4 -4 -5 -1 -1 -4 -4 -3 8 2 6 18 0 5 29 4 2 1 2 8 0 1 0 5 4 0 0 2 0.52 1.69 58 K 2 0 -4 -4 -1 -1 -3 -4 -5 2 0 5 -1 -1 -5 -2 -1 -6 -3 1 16 5 0 0 1 2 1 1 0 11 8 34 1 2 0 3 3 0 1 11 0.52 1.69 59 L -4 -3 -7 -7 -2 -5 -6 -7 -6 1 6 -4 2 -2 -6 -5 -3 -5 -4 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 7 74 1 5 1 0 0 1 0 0 9 1.32 1.66 60 E 2 1 0 0 -4 2 3 -1 1 -3 -4 3 -3 -5 -4 -1 -1 -2 -4 -3 19 7 4 4 0 9 19 4 4 2 1 17 0 0 0 3 3 1 0 2 0.43 1.68 61 E 0 -1 1 0 -6 2 4 -2 -1 -3 -3 4 -3 -5 -3 1 -1 -6 -4 -4 7 2 6 5 0 9 27 2 1 2 2 22 0 0 1 9 3 0 1 1 0.55 1.66 62 L -3 2 -3 -6 -2 -3 -3 -6 3 0 3 2 4 3 -6 -4 -4 -1 2 -2 1 9 1 0 1 1 1 0 7 4 33 11 10 11 0 0 0 1 7 2 0.62 1.64 63 G -3 -3 2 -1 -6 -2 -3 7 -2 -7 -6 -2 -6 -5 -5 -2 -4 -1 -6 -6 1 1 10 4 0 2 2 74 1 0 0 3 0 0 0 2 0 1 0 0 1.52 1.57 64 L -4 -3 -6 -7 -5 -5 -6 -7 -4 2 6 -3 0 2 -6 -5 -3 -4 0 -1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 11 69 2 1 7 0 0 1 0 3 3 1.17 1.55 65 G -1 0 0 1 -2 0 1 0 1 -4 -4 1 -4 -3 -2 4 2 -6 0 -3 5 4 3 8 1 3 8 6 4 1 1 9 0 1 1 27 13 0 3 1 0.37 1.54 66 L -5 -6 -7 -7 -5 -6 -6 -7 -5 -1 6 -6 0 6 -6 -6 -4 -4 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 67 0 1 30 0 0 0 0 0 1 1.48 1.50 67 R -4 5 -3 -4 -6 1 -2 -4 -3 -6 -5 7 -4 -6 -4 -3 -3 -6 -4 -5 0 32 0 0 0 4 0 0 0 0 0 64 0 0 0 0 0 0 0 0 1.52 1.19 K Lambda Standard Ungapped 0.1301 0.3105 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2010 0.3165 PSI Gapped 0.0615 0.2670