Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 I -3 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -6 5 1 -5 0 -3 -5 -4 -3 -5 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 34 13 0 2 0 0 0 0 0 0 51 1.18 1.10 2 P -2 -2 1 -1 -5 2 1 -4 1 -5 -5 2 -4 -6 6 2 -2 -6 -5 -3 1 1 8 2 0 10 10 0 3 0 0 13 0 0 36 15 1 0 0 1 0.90 1.22 3 L -3 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 2 6 -4 0 -1 -2 -5 -3 0 -4 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 8 79 0 1 1 2 0 1 2 0 5 1.27 1.32 4 R -2 0 1 -3 0 -1 -1 -4 -2 2 -2 4 -1 -2 -1 2 -1 -5 -2 1 3 4 6 1 2 2 4 0 1 14 2 26 1 2 3 17 3 0 1 9 0.34 1.35 5 S -1 -1 -1 -3 -4 -3 -2 -3 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -2 7 0 -6 -4 -4 2 3 1 0 0 0 1 0 0 1 0 1 0 1 1 86 3 0 0 0 1.45 1.36 6 D 2 -3 0 3 -5 1 4 -3 -3 -3 -3 -2 -4 -5 -3 1 -1 -6 -4 -3 19 0 5 15 0 4 33 1 0 1 2 1 0 0 0 12 3 0 0 2 0.64 1.37 7 R 0 3 -2 -3 2 1 -2 -2 -3 -1 -2 3 -1 -4 -4 0 1 -5 -4 2 6 15 2 0 5 7 1 3 0 3 2 19 2 0 0 8 8 0 0 17 0.37 1.37 8 G -2 -2 3 0 -5 -1 -1 6 -1 -5 -5 -2 -5 -5 -4 0 -4 -5 -5 -4 1 2 12 6 0 3 5 60 1 1 1 2 0 0 0 5 0 0 0 1 1.10 1.34 9 V -1 -5 -5 -5 -4 -1 -5 -5 -3 6 0 -4 3 0 -5 -4 -2 -2 -2 3 5 0 0 0 0 4 0 0 1 46 6 1 8 4 0 1 2 0 1 21 0.91 1.37 10 D -4 -2 3 7 -6 -2 -1 -3 -1 -3 -5 -3 -3 -6 -4 -1 -3 -6 -3 -5 1 2 15 70 0 1 1 1 1 2 1 1 1 0 0 4 0 0 1 0 1.53 1.40 11 Y -5 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -6 0 -4 -2 -5 -4 2 -6 -4 -3 0 9 -4 0 0 0 1 1 0 0 0 1 0 2 0 0 5 0 0 1 1 87 0 2.37 1.45 12 Q -1 2 -1 -1 -2 3 1 -1 0 -3 -3 0 -3 -4 -4 2 3 -5 -2 -3 4 10 3 4 1 15 7 4 2 1 2 4 0 1 0 18 22 0 1 1 0.42 1.51 13 E -1 3 0 0 -3 3 1 -4 0 -3 -3 3 -3 -3 4 -1 0 -6 -4 -4 4 13 4 4 1 14 8 1 2 1 3 16 1 1 18 3 5 0 0 1 0.51 1.52 14 L -4 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -5 -6 0 6 -5 1 -1 -6 -5 -4 -5 -4 -1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 4 90 0 2 2 0 0 0 0 0 2 1.59 1.51 15 A -2 4 0 0 -4 5 3 -3 0 -3 -4 0 -1 -4 -5 -2 -3 -2 -2 -3 4 22 3 4 0 27 20 2 2 1 1 5 2 1 0 2 1 1 1 2 0.75 1.55 16 K -1 0 3 4 -4 3 1 -3 -1 -2 -3 1 -2 -3 -4 0 1 -2 0 -4 4 5 12 21 0 11 10 1 1 2 2 8 1 1 0 7 7 1 4 0 0.43 1.55 17 L 0 -3 -4 -3 -2 -1 -3 -6 1 -2 5 -3 0 2 -5 -2 -3 -1 2 -2 8 1 1 2 1 4 2 0 3 0 55 1 2 9 0 2 1 1 8 1 0.75 1.51 18 L -3 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 0 6 -5 1 -1 -6 -5 -4 -5 -4 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 91 0 3 1 0 0 0 0 0 2 1.62 1.49 19 V 4 0 -3 -4 -4 1 1 -3 -2 0 -2 3 1 -5 -4 1 -1 -6 -4 0 33 4 1 0 0 5 9 0 1 4 4 18 3 0 0 8 2 0 0 7 0.47 1.53 20 A 3 0 2 0 -3 3 1 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -4 -4 1 0 -2 -5 -2 25 5 9 5 0 16 10 2 1 1 2 4 1 1 0 9 6 0 0 2 0.39 1.53 21 E -2 1 -1 -3 -2 4 0 5 1 -6 -5 2 -5 -5 -5 -2 -4 -3 -3 -5 1 6 2 1 1 20 6 41 3 0 1 15 0 0 0 1 0 0 1 0 0.88 1.51 22 K -2 1 3 3 -3 3 2 -4 -1 -6 -5 4 -2 -6 -4 -2 -4 -6 -5 -4 3 6 16 19 1 15 11 0 1 0 1 25 1 0 0 2 0 0 0 1 0.79 1.51 23 F -5 -6 -7 -7 -2 -5 -6 -6 -5 -3 -2 -6 -4 5 -4 -6 -5 11 2 -4 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 4 0 0 21 1 0 0 67 5 1 2.89 1.53 24 E -3 3 -3 -3 -3 4 3 -2 -1 -3 -2 4 -2 -2 -4 -3 -4 -2 -2 -4 1 14 1 1 0 22 18 3 1 1 5 27 1 2 0 1 0 1 1 0 0.75 1.58 25 A 1 -1 -2 0 -6 2 5 -2 -1 -4 -4 2 -3 -6 -3 -1 -1 -6 -1 -4 13 2 1 5 0 7 46 2 1 1 2 10 1 0 0 3 3 0 2 0 0.78 1.56 26 A 7 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -1 -5 -4 -4 -4 -4 -5 -4 -1 -3 -6 -5 -2 93 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 2 1.68 1.54 27 D -5 -4 3 7 -6 -3 0 -4 -1 -6 -4 -4 -6 -6 -5 -1 -4 -7 -6 -6 0 0 13 77 0 0 3 0 1 0 2 0 0 0 0 4 0 0 0 0 1.86 1.63 28 R -3 4 -2 1 -3 3 3 -4 0 0 0 2 -1 -3 -5 -3 -1 -1 0 -3 2 22 1 8 1 13 16 1 2 6 8 10 1 1 0 1 4 1 3 1 0.45 1.63 29 L -3 -2 -3 -3 -3 0 6 -3 -2 -1 2 -1 0 -3 -5 -3 -2 -2 -1 -3 1 1 1 0 1 4 53 2 1 4 20 3 2 1 0 0 2 1 2 1 0.88 1.63 30 T -2 -4 -1 -4 -4 -4 -4 -5 -1 -2 -4 -4 -1 -5 -4 -1 7 -6 -5 -3 2 0 3 0 0 0 0 0 1 1 0 0 2 0 0 1 90 0 0 0 1.85 1.63 31 T 1 2 -1 -4 -3 0 -3 -2 -1 0 0 -1 -1 -1 -5 1 0 6 3 -1 13 13 3 1 1 3 1 4 1 6 8 3 2 2 0 9 6 11 10 5 0.34 1.63 32 Q 0 3 1 0 -1 2 0 -3 1 -2 -2 2 -2 -1 -3 -1 -1 1 -1 -2 9 19 6 5 1 9 7 2 3 2 4 15 1 3 1 3 3 2 2 3 0.30 1.71 33 K -2 -2 -3 -3 0 -2 -2 -6 -2 3 4 0 2 -2 -5 -3 -2 -5 -2 3 3 2 1 1 2 2 2 0 1 18 34 7 4 1 0 1 2 0 1 17 0.57 1.65 34 L -3 -2 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 4 3 -5 7 0 -5 -5 -2 -5 -4 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 22 30 0 34 4 0 0 2 0 0 3 1.19 1.63 35 C -1 0 -1 -3 5 -1 -2 -3 -1 1 4 -3 1 0 -5 -2 -1 -1 1 -2 4 4 4 1 11 3 3 2 2 7 39 2 2 3 0 2 3 1 5 2 0.46 1.57 36 E -1 1 -1 -2 -2 4 2 -3 1 -2 -3 3 -1 -3 -1 0 -2 0 -1 -1 5 8 2 2 1 19 15 2 3 3 3 18 1 1 3 6 2 1 2 5 0.39 1.58 37 L 2 -4 -1 -4 -4 -1 -2 -2 -4 4 1 -1 0 -1 -4 0 -1 3 -3 2 16 0 3 0 0 3 3 3 0 21 13 3 2 3 0 6 4 4 0 14 0.35 1.46 38 A 4 -4 -1 -4 2 -1 -2 -1 -4 0 0 -4 3 -1 -4 0 0 -5 -4 1 38 0 3 0 4 3 3 4 0 4 9 0 7 3 0 6 5 0 0 9 0.46 1.50 39 G 0 -1 2 1 0 -1 -1 4 0 -4 -3 0 0 -1 -4 0 -1 -5 -4 -1 6 3 11 6 2 3 4 32 3 0 3 5 2 2 0 7 4 0 0 5 0.39 1.45 40 P 0 1 -1 0 0 0 1 -2 0 0 -2 2 -1 -1 1 -2 0 3 -2 -1 7 7 2 5 2 4 8 4 2 6 5 15 2 3 8 3 7 3 2 5 0.13 1.52 41 L 0 -1 0 1 0 0 1 -1 0 -1 -1 1 0 -1 0 0 1 0 -1 -1 8 3 4 9 2 4 10 5 2 4 8 7 2 2 5 8 9 1 2 5 0.06 1.48 42 A 2 4 1 -1 0 0 -2 -1 -2 -2 -3 1 -2 -2 -2 1 -1 -4 0 -1 18 21 6 3 2 4 2 4 1 3 3 8 1 1 2 9 3 0 4 4 0.29 1.63 43 Q -2 0 0 0 -5 3 3 -1 -1 -1 -2 1 0 -2 -2 0 -1 2 -1 0 2 4 5 5 0 11 23 5 2 4 4 8 2 2 1 7 4 3 2 6 0.27 1.73 44 K -1 0 1 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 -4 -4 0 0 0 4 1 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 0 0 6 6 6 6 6 6 0.13 1.78 45 R -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.10 2.01 46 R -2 1 1 0 -1 0 0 4 -1 -2 -3 1 -4 0 -2 -1 -1 0 1 -3 3 6 6 6 2 4 6 33 1 2 3 8 0 4 2 3 4 1 4 2 0.39 1.87 47 W -3 -1 -2 0 -1 -1 -2 -3 0 -2 -2 -2 -4 2 -3 -2 -2 9 6 -3 2 3 2 5 2 2 2 3 2 3 3 2 0 6 1 4 2 27 27 2 1.17 1.93 48 L -3 -3 -3 -2 0 -2 -3 -3 0 2 4 -3 2 2 -2 -4 -2 -4 -1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 10 42 2 5 8 2 0 2 0 2 8 0.57 1.95 49 Y -3 1 1 4 -1 -1 -1 -1 0 -3 -2 -1 -1 1 -1 0 0 0 4 -3 2 9 7 20 1 2 3 5 2 2 3 3 1 6 3 6 7 1 15 2 0.35 1.93 50 F -1 0 -1 -1 -1 0 0 -1 -1 0 0 -1 -1 3 2 0 -1 4 0 -1 5 6 3 4 1 4 6 4 1 5 8 4 2 13 11 6 4 5 3 5 0.16 1.97 51 T -1 0 1 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 -4 1 0 0 0 -4 1 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 0 6 6 0.08 1.78 52 E -1 -1 1 4 -5 0 2 -2 2 -1 -2 -1 -4 0 -1 0 -1 -5 0 -1 6 3 6 22 0 5 15 3 5 3 3 3 0 4 3 8 4 0 3 4 0.31 1.80 53 V 0 -4 -4 1 3 1 0 0 -4 1 0 -4 3 1 -4 0 0 5 -3 0 7 0 0 7 7 7 7 7 0 7 7 0 7 7 0 7 7 7 0 7 0.25 1.45 54 E 0 1 1 1 -5 2 2 -3 0 -2 -2 1 1 -1 0 -1 -2 1 1 -2 10 7 7 7 0 10 15 2 2 2 5 9 4 3 4 4 2 2 4 2 0.20 1.54 55 Q -1 2 4 1 -5 3 -1 -2 1 -2 -3 2 -1 0 0 0 -1 -5 -1 -4 4 9 19 8 0 12 3 3 3 2 3 11 2 4 5 6 4 0 2 0 0.34 1.57 56 L 1 1 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -3 2 1 -3 3 2 -4 -2 1 -3 3 1 11 11 0 1 0 0 1 1 0 11 11 1 10 10 1 1 11 0 10 11 0.34 0.90 57 P 1 -1 0 -1 1 0 -1 -1 1 -1 -1 -3 -4 -1 4 2 -1 -5 -4 -1 10 3 4 3 3 3 4 4 3 3 6 0 0 3 24 19 3 0 0 3 0.40 1.33 58 I 0 -3 -2 -3 9 -2 -2 0 -1 0 -2 -3 -1 -2 -1 0 -1 0 0 -1 6 2 2 2 39 1 3 8 2 5 4 1 1 1 3 7 4 1 3 4 0.90 1.67 59 P 0 -2 1 0 -5 2 3 -3 -1 -1 0 0 -1 -2 0 -1 1 1 -5 0 7 2 6 5 0 10 19 2 2 3 8 5 1 1 4 5 11 2 0 7 0.21 1.67 60 D -2 -3 -1 7 -6 -2 1 -3 -1 -2 -2 -2 -2 -1 -3 -2 -1 -6 -3 -1 2 1 1 60 0 1 6 2 2 2 4 1 1 3 1 2 4 0 1 4 1.05 1.42 61 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -1 2 6 -5 1 0 -5 -5 -2 1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 8 77 0 2 2 0 0 2 2 2 3 1.20 1.21 62 Q 0 5 0 -2 1 3 -1 -3 1 -2 -1 1 -1 -3 -4 -1 -2 -1 -1 -2 7 30 5 1 3 17 2 1 4 2 6 9 1 1 0 5 2 1 2 2 0.48 1.21 63 T 1 -2 -1 -2 -4 0 1 -3 -1 2 -1 0 1 -2 -4 -1 5 -5 -1 -1 10 2 2 2 0 3 9 2 1 11 6 5 3 1 0 2 35 0 3 4 0.40 1.21 64 I -3 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -5 6 3 -5 3 -2 -5 -4 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 59 23 0 9 0 0 0 0 0 0 9 1.15 0.94 65 D -1 -3 4 7 2 -2 1 -3 -3 -5 -5 -3 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 5 0 18 65 5 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.35 0.94 66 Q -1 4 1 0 -1 4 0 -2 0 -2 -2 2 -1 -2 -4 -1 -1 1 -1 -4 6 23 6 5 1 21 4 3 2 2 3 10 1 1 0 4 4 2 2 0 0.41 0.94 67 L -2 -4 -5 -5 0 -4 -2 -5 -4 1 5 -2 1 0 -5 -4 -2 -4 -1 2 3 0 0 0 2 0 3 0 0 4 62 3 3 2 0 0 2 0 2 14 0.77 0.94 68 W -5 -5 -6 -7 2 -4 -5 -5 -5 -5 -4 -5 -4 1 -6 -5 -5 12 0 -5 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 92 0 0 3.68 1.10 69 L 0 0 -1 -2 -1 2 -1 -4 -1 -1 2 1 1 -2 -4 0 -1 1 0 2 9 5 3 2 1 9 4 1 1 2 19 8 3 1 0 8 4 2 3 15 0.16 1.10 70 A -1 -1 1 2 -2 2 2 -3 1 -1 -3 3 -2 -2 -4 0 0 -5 -1 -1 5 2 6 10 1 11 14 1 3 3 2 23 1 1 0 5 5 0 3 5 0.34 1.10 71 F -1 -1 3 -3 -4 0 -1 -2 3 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