Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 6 -2 -3 -3 -1 -2 -2 -1 -3 -2 -3 -2 -2 -3 -2 0 -1 -4 -3 -1 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.88 0.33 2 L -2 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -5 1 0 5 -3 1 -1 2 -3 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 79 0 0 0 12 0 0 0 0 4 0.69 0.35 3 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 1 5 -4 1 3 -4 -4 -2 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 83 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0.84 0.39 4 K -2 1 -1 -2 -4 7 1 -3 3 -4 -4 1 -2 -4 2 -1 -2 -3 -2 -4 0 3 0 0 0 79 0 0 7 0 0 3 0 0 8 0 0 0 0 0 1.03 0.39 5 A 4 -2 -1 0 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -2 3 3 -4 -3 -1 43 0 2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 26 0 0 2 0.51 0.39 6 N -3 -2 8 0 -4 -1 -1 -2 0 -5 -5 -1 -3 -4 -3 0 -1 -5 -3 -4 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.41 0.39 7 K -2 1 -1 -2 -4 3 1 -3 -2 -4 -4 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 2 0 0 0 16 5 0 0 0 0 78 0 0 0 0 0 0 0 0 0.93 0.39 8 D -3 -3 0 7 -5 -1 2 -3 -2 -4 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -6 -4 -4 0 0 0 92 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.42 0.39 9 L -2 -3 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 83 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0.83 0.39 10 I -2 -4 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 7 1 -4 0 -1 -4 -4 -2 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.05 0.39 11 S 2 -2 1 -1 1 -1 -1 -1 -2 -3 -4 -1 -3 -4 -2 5 0 -4 -3 -3 15 0 7 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 75 0 0 0 0 0.74 0.40 12 A 1 0 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -3 -2 -1 2 0 -3 -2 2 4 -4 -3 0 11 3 0 0 0 0 2 0 0 0 4 15 3 0 0 16 40 0 0 6 0.39 0.40 13 G 2 -3 -2 -3 -3 -3 -3 6 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -3 22 0 0 0 0 0 0 78 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.19 0.40 14 L -2 -3 -4 -4 -3 -2 -3 -4 -3 4 1 -1 7 -1 -4 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 30 7 5 53 0 0 0 0 0 0 5 0.78 0.40 15 K 0 2 -1 -2 -4 2 0 -3 -2 -4 -4 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 7 5 0 0 0 8 0 0 0 0 0 80 0 0 0 0 0 0 0 0 0.91 0.40 16 E 0 -1 -1 0 -5 2 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -5 -2 -1 -2 -4 -3 -4 7 0 0 0 0 4 87 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1.09 0.40 17 F -4 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -5 -2 -1 -1 -4 -1 8 -5 -4 -3 0 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 1.54 0.40 18 S -2 0 6 0 -3 1 -1 -1 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -3 2 0 -5 -3 -4 0 2 64 0 0 7 0 2 0 0 0 2 0 0 0 20 4 0 0 0 0.87 0.40 19 V 1 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -4 -4 3 -1 0 -1 -2 0 -2 0 -4 -3 4 13 0 0 0 0 0 0 0 0 25 0 8 0 0 4 0 6 0 0 43 0.45 0.40 20 L -1 -3 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 6 -4 1 -1 -4 -3 -2 -3 -2 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.92 0.40 21 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 6 -4 1 -1 -4 -2 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0.91 0.40 22 N -2 -2 6 4 -4 -1 -1 0 2 -5 -5 -1 -4 -4 -3 0 -1 -5 -3 -4 0 0 64 22 0 0 0 5 4 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0.98 0.40 23 Q -2 0 -1 -1 -4 8 1 -3 -1 -4 -3 0 -2 -5 0 -1 -2 -3 -3 -4 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 1.26 0.40 24 Q -2 0 -1 -1 -4 8 1 -3 -1 -4 -3 0 -2 -5 -3 -1 -2 -3 -3 -4 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.36 0.42 25 V -1 -4 -4 0 -2 -3 -1 -4 -4 2 0 -3 -1 -2 -4 -3 -1 -4 -3 6 0 0 0 6 0 0 4 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 87 0.78 0.42 26 F -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -3 0 0 -4 2 8 -5 -2 -3 0 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 3 0 8 84 0 3 0 0 0 0 1.23 0.42 27 N -1 -1 2 3 -3 -2 -1 0 -2 -4 -4 -2 -3 -4 3 3 1 -5 -4 -3 2 2 11 18 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 16 34 11 0 0 0 0.54 0.42 28 D -3 -2 2 5 -5 -1 2 -2 3 -4 -4 0 -4 -1 1 -1 -2 -4 1 -4 0 0 12 43 0 0 14 2 7 0 0 6 0 3 6 0 0 0 6 0 0.65 0.42 29 A 0 -3 -1 -2 -4 1 -2 -3 -3 -4 -4 -1 -3 -5 8 -1 -2 -5 -4 -4 5 0 4 0 0 9 0 0 0 0 0 2 0 0 78 2 0 0 0 0 1.76 0.42 30 L 0 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -4 -4 1 3 -3 -1 2 5 -1 -1 -3 -2 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 6 35 0 0 9 27 4 3 0 0 6 0.52 0.42 31 V -2 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -4 6 1 -4 1 0 -4 -3 -2 -4 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 63 7 0 2 4 0 0 0 0 0 24 0.80 0.42 32 S 0 -2 -1 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 6 4 1 -4 -3 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 37 52 7 0 0 0 0.99 0.42 33 E -1 -1 -1 1 -5 1 6 -3 -1 -4 -3 0 1 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 3 0 0 3 0 3 85 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 1.06 0.42 34 E -2 -1 -1 1 -5 1 7 -3 -1 -4 -4 1 -3 -5 -2 -1 -1 -4 -3 -4 0 0 0 3 0 0 90 0 0 0 0 4 0 0 0 0 3 0 0 0 1.16 0.41 35 D 4 -3 0 5 -3 -2 -1 -1 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -2 0 -2 -5 -4 -2 55 0 4 37 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0.70 0.41 36 M -2 -3 -4 -4 -3 -2 -3 -4 -3 0 1 -3 9 -1 -4 -3 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 96 0 0 0 0 0 0 0 1.26 0.41 37 V 0 -2 -3 -3 -3 0 2 -4 -3 1 -1 1 0 -3 -3 -2 -1 -4 -3 5 8 0 0 0 0 3 15 0 0 0 0 10 2 0 0 0 0 0 0 62 0.48 0.41 38 T -1 -3 -2 -3 -2 -2 -3 -3 -3 2 -1 -2 -1 -3 -3 0 6 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 0 0 0 0 0 0 65 0 0 19 0.71 0.41 39 V -2 -4 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 5 0 -4 4 -2 -4 -3 -1 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 37 0 0 13 0 0 0 0 0 0 51 0.77 0.41 40 V 0 -4 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -4 2 1 -4 0 -2 -4 -3 -1 -4 -2 6 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 90 0.85 0.41 41 E -3 0 5 5 -5 0 1 -1 1 -5 -5 0 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 6 33 45 0 3 4 3 2 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0.85 0.41 42 D -3 -3 0 8 -5 -1 1 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -6 -4 -5 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.57 0.41 43 W -4 -4 -5 -6 -4 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -3 0 -5 -4 -4 12 1 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 3.21 0.41 44 M -2 -4 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 3 0 -3 5 -2 -4 -3 -1 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 20 0 0 0 0 0 0 69 0.79 0.41 45 N -1 -1 7 2 -4 -1 1 -2 -1 -4 -5 1 -3 -4 -3 1 -1 -5 -3 -4 4 0 69 8 0 0 6 0 0 0 0 8 0 0 0 6 0 0 0 0 0.93 0.41 46 F -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -3 0 3 -4 3 6 -5 -4 -3 -1 2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 31 0 8 54 0 0 0 0 4 0 0.89 0.41 47 Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 1 -3 -2 -3 -2 2 -4 -3 -3 1 9 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 1.69 0.41 48 I -1 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 5 2 -4 1 -1 -4 -3 1 -4 -3 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 58 14 0 2 0 0 0 10 0 0 13 0.66 0.41 49 N -2 -2 7 0 -3 -1 -1 -2 -1 -4 -5 -1 -3 -4 -3 3 -1 -5 -3 -4 0 0 77 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23 0 0 0 0 1.11 0.41 50 Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 2 -2 -2 -3 -2 4 -4 -3 -3 1 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 12 0 0 0 0 85 0 1.49 0.41 51 Y -3 -3 -3 -5 -4 -3 -3 -4 1 -2 -2 -3 -2 4 -4 -3 -3 1 9 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 90 0 1.57 0.41 52 R 0 4 -1 -2 -3 -1 -1 -1 -2 -3 -3 4 -2 -4 -2 1 0 -4 -3 -3 6 26 0 0 0 0 0 4 0 0 0 29 0 0 0 11 4 0 0 0 0.29 0.41 53 Q -2 0 1 -2 -4 4 0 -3 -2 -3 -3 2 -2 -4 4 -1 -1 -4 -3 -3 0 1 6 0 0 25 1 0 0 0 2 17 0 0 23 0 3 0 0 0 0.42 0.41 54 Q -2 2 -1 -2 -4 4 0 -3 3 -3 -1 3 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -2 -3 0 10 0 0 0 32 0 0 8 0 7 23 0 0 0 0 0 0 0 0 0.35 0.41 55 V -2 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -4 -3 1 2 -3 6 -1 -3 -3 -2 -3 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 19 0 37 0 0 0 0 0 0 22 0.41 0.41 56 T -1 0 -2 -2 -2 -2 -2 -3 0 -1 -1 -1 -2 -1 -3 1 4 -3 -2 1 2 6 0 0 0 0 0 0 2 0 6 2 0 2 0 12 35 0 0 12 0.14 0.41 57 G -1 -3 -2 -2 -3 -3 -3 6 -3 -4 -4 -3 -4 -4 -3 -2 -3 -3 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 79 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.02 0.41 58 E -2 -2 0 3 -4 0 5 -2 -2 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 3 17 0 0 54 2 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0.57 0.41 59 P -1 1 -2 -2 1 6 1 -3 -1 -3 -3 1 -2 -4 0 -1 -2 -3 -3 -3 4 6 0 0 4 54 3 0 0 0 0 5 0 0 4 0 0 0 0 0 0.49 0.41 60 Q -1 -1 -1 -1 -4 6 2 -1 -1 -4 -3 0 -2 -4 -2 -1 -2 -3 -3 -3 4 0 0 2 0 63 9 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.62 0.41 61 E -2 -1 -2 0 -4 1 6 -3 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 3 77 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.79 0.41 62 R -2 2 -1 -2 -4 6 0 -3 -1 -4 -3 2 -2 -4 -2 -1 -2 -3 -3 -3 0 9 0 0 0 62 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0.65 0.41 63 D -2 -2 1 6 -4 -1 3 -3 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -2 0 -2 -4 -3 -2 0 0 3 52 0 0 18 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 2 0.62 0.41 64 K -2 4 -2 -2 -4 1 -1 -1 -2 -3 -3 3 2 -3 -3 -1 -1 -3 -3 -3 0 34 0 0 0 6 2 4 0 0 0 20 8 0 0 4 2 0 0 0 0.31 0.41 65 A 5 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -2 -3 -2 -2 -3 -2 0 0 -3 -3 -1 74 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0.51 0.41 66 L -2 -3 -3 -4 -3 1 -3 -4 -3 0 4 -3 3 -1 -3 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 54 0 9 0 0 0 0 0 0 6 0.34 0.41 67 Q -2 0 -1 -1 -4 6 2 -3 -1 -4 -3 1 -2 -4 -2 -1 -1 -3 -3 -3 0 2 2 0 0 59 10 0 0 0 0 4 0 0 0 0 2 0 0 0 0.60 0.41 68 E -2 -1 -1 1 -4 0 6 -3 -1 -4 -4 1 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 0 6 0 0 66 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0.66 0.41 69 L -3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -3 0 5 -3 1 2 -4 -3 -2 -2 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 72 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0.52 0.41 70 R -2 4 -2 -2 -4 5 0 -3 -1 -4 -3 1 -2 -3 -3 -2 -2 4 -2 -3 0 31 0 0 0 40 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 6 0 0 0.56 0.41 71 Q -2 1 -1 -1 -4 6 3 -1 -1 -4 -3 0 -2 -4 -2 -1 -2 -3 -3 -3 0 6 0 0 0 50 17 4 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0.52 0.41 72 E -2 -1 -1 0 -4 2 5 -1 -2 -4 -3 0 -3 -4 -2 -1 0 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 7 59 5 0 0 0 2 0 0 0 0 6 0 0 0 0.52 0.41 73 L -3 -3 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -4 1 6 -4 2 -1 -4 -4 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 96 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0.98 0.41 74 N -2 3 5 1 -4 1 -1 -2 -1 -4 -2 2 -3 -4 -3 1 1 -4 -3 -3 0 16 41 5 0 6 0 0 0 0 4 11 0 0 0 8 10 0 0 0 0.56 0.41 75 T 2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -1 -3 0 -2 -2 -2 -3 -2 1 5 -4 -3 -1 19 0 0 0 0 0 2 3 0 8 0 0 0 0 0 6 62 0 0 0 0.63 0.41 76 L -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 1 5 -3 2 -1 -4 0 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 80 0 3 0 0 11 0 0 0 0 0.74 0.41 77 A 4 -2 -2 -2 -2 -2 -2 2 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 3 0 -4 -3 -2 52 0 0 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 0 0 34 2 0 0 0 0.64 0.41 78 N 2 1 4 -1 -3 -1 1 -2 0 -2 -3 1 -2 -4 -3 2 0 -4 -3 -1 20 6 26 0 0 0 8 0 2 2 0 7 0 0 0 20 5 0 0 4 0.36 0.41 79 P -2 -3 -2 -2 -4 2 -2 -3 1 -4 -4 -2 -3 -5 8 1 -2 -5 -3 -4 0 0 0 0 0 12 0 0 4 0 0 0 0 0 72 12 0 0 0 0 1.63 0.41 80 F -4 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -5 -2 -1 -1 -4 -1 8 -5 -4 -3 0 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 1.55 0.41 81 L -3 -3 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 6 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0.96 0.41 82 A 3 -3 0 5 -3 -2 0 -2 0 -1 -3 -2 -3 -4 -2 -1 1 -5 -3 -1 36 0 3 38 0 0 3 0 2 3 0 0 0 0 0 0 11 0 0 4 0.52 0.41 83 K -2 2 -1 -2 -4 0 0 -3 -2 -4 -4 7 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 1.12 0.41 84 Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 1 -3 -2 -3 -2 2 -4 -3 -3 1 9 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 1.66 0.39 85 R -2 7 -1 -3 -4 0 -1 -3 -1 -4 -3 2 -3 -4 -3 0 -2 -4 -3 -4 0 84 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 7 0 0 0 0 1.15 0.39 86 D 4 -2 2 2 -2 -2 0 -2 -2 -1 -2 -2 -2 -4 -2 0 1 -4 -3 0 49 0 10 16 0 0 5 0 0 2 2 0 0 0 0 0 10 0 0 5 0.41 0.39 87 F -3 -4 -4 -5 0 -4 -4 -4 1 0 -1 -4 -1 8 -5 -4 -3 0 2 -2 0 0 0 0 2 0 0 0 5 6 0 0 0 87 0 0 0 0 0 0 1.25 0.39 88 L -3 -3 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.95 0.39 89 K -2 1 2 -1 -4 0 1 -3 -2 -4 -4 6 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 2 13 0 0 0 5 0 0 0 0 79 0 0 0 0 0 0 0 0 0.90 0.39 90 S 1 -2 -1 -2 -2 -1 -1 -1 0 -3 -3 -1 -3 -4 -2 5 2 -4 -3 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 81 11 0 0 0 0.79 0.39 K Lambda Standard Ungapped 0.1331 0.3174 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1832 0.3178 PSI Gapped 0.0561 0.2670