Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 2 -4 -3 -3 -3 -3 -3 -1 -4 -2 -3 -3 -3 -4 -3 3 4 -5 -4 3 20 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 28 26 0 0 22 0.65 0.95 2 N -4 4 6 -2 -6 4 -2 -3 2 -6 -6 1 -4 -6 -5 1 -3 -6 -4 -6 0 23 34 1 0 18 0 1 4 0 0 8 0 0 0 11 0 0 0 0 1.05 1.45 3 Y -5 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -6 3 -4 -4 -5 -4 3 -4 -4 -5 0 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 7 1 0 0 1 82 1 2.32 1.55 4 W -6 -6 -7 -7 -5 -5 -6 -6 -5 -5 -4 -6 -4 2 -7 -6 -6 13 1 -6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 89 2 0 3.88 1.58 5 L -5 -6 -7 -7 -5 -5 -6 -7 -6 0 6 -6 0 0 -6 -6 -4 7 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 75 0 1 3 0 0 0 16 0 2 1.61 1.62 6 Y -2 -5 -6 -6 0 -5 -6 -6 -5 1 3 -5 7 4 -6 -5 -3 -4 -2 1 3 0 0 0 2 0 0 0 0 7 27 0 33 17 0 0 1 0 1 9 1.15 1.65 7 K -4 -1 2 -3 -2 1 -2 -4 -4 -3 -5 7 -4 -6 -4 -3 -1 -6 -5 -2 0 1 11 0 1 6 0 0 0 1 0 71 0 0 0 0 3 0 0 4 1.40 1.63 8 S 3 -2 -2 -4 1 -1 -2 -1 -4 -4 -5 -3 -4 -2 -4 5 2 -6 -5 -4 24 1 1 0 3 3 1 4 0 0 0 0 0 2 0 48 13 0 0 0 0.92 1.68 9 E -3 -3 4 0 -2 -1 7 -5 -3 -4 -6 -2 -5 -6 -4 -2 -4 -6 -5 -5 1 0 20 2 1 1 69 0 0 1 0 1 0 0 0 2 0 0 0 0 1.55 1.71 10 P -3 -3 -5 -3 -6 -3 -4 -5 -5 -6 -5 -4 -5 -5 9 -4 -2 -7 -6 -4 1 1 0 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 91 0 2 0 0 1 2.69 1.71 11 F -2 -3 1 5 -4 -1 1 -1 1 -4 -5 3 -5 0 -5 2 -2 -6 -4 0 2 0 6 28 0 1 10 4 3 0 0 18 0 4 0 13 2 0 0 8 0.57 1.77 12 K 1 -1 -2 0 0 -2 3 -4 -3 2 -4 2 -1 -3 -4 -1 1 -5 1 2 11 3 1 5 2 1 17 1 0 12 0 15 2 1 1 3 9 0 5 12 0.32 1.77 13 W -4 -4 -6 -7 1 -5 -6 -6 -4 -3 -2 -6 -3 6 -7 -4 -3 9 6 -1 1 1 0 0 3 0 0 0 0 0 3 0 0 33 0 1 2 28 23 4 1.82 1.76 14 S 0 -1 0 -2 -2 -3 -1 1 -4 -4 -5 -2 -5 -6 -3 6 -1 -6 -5 -5 5 3 4 2 1 0 3 10 0 1 0 2 0 0 1 68 2 0 0 0 1.14 1.72 15 W -4 -6 -6 -6 -5 -5 -6 -6 -5 6 -1 -6 0 3 -3 -5 -3 8 2 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 41 5 0 2 12 2 0 1 19 6 9 1.28 1.72 16 E -1 -3 0 6 -4 0 2 -3 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 2 -2 -3 -4 -4 6 1 4 44 0 4 13 1 1 1 3 1 1 1 1 14 2 0 1 1 0.87 1.76 17 M -3 -2 0 7 -5 1 0 -3 1 -3 -4 -1 0 -4 -3 -2 -1 -6 -3 -5 1 2 4 60 0 5 4 1 4 2 2 4 3 1 1 1 3 0 1 0 1.19 1.72 18 Q -1 -4 -5 -4 -2 3 -3 -4 -2 1 5 -4 3 2 -5 -3 -3 -4 -2 -1 5 0 0 1 1 12 1 2 1 6 50 0 6 7 0 2 1 0 1 3 0.73 1.72 19 K 1 0 -2 -2 -2 2 2 -2 -3 0 -1 3 -1 -3 -4 -2 -2 -3 -3 2 14 5 1 2 1 7 14 3 0 6 7 19 2 1 0 2 2 0 1 13 0.31 1.69 20 A 3 2 0 -2 -3 1 1 -2 -1 -2 -2 2 -1 -4 -4 0 -1 -5 -4 0 27 13 5 2 0 5 8 3 2 2 4 10 1 1 0 6 3 0 1 8 0.32 1.71 21 K 1 0 1 2 0 2 1 1 -2 -3 -2 2 -1 -3 -4 -1 -3 -5 -1 -2 14 5 6 10 2 10 10 9 1 1 5 14 2 1 0 4 1 0 2 3 0.24 1.65 22 G -2 -2 -1 0 -3 -1 1 4 -1 -3 -3 0 -4 -3 4 -1 1 -5 -4 -2 3 2 2 5 1 3 9 29 1 1 3 6 0 1 18 4 8 0 0 3 0.49 1.60 23 E -1 1 2 2 -3 1 3 -1 -1 -2 -3 2 -3 -3 -3 -1 -1 -4 0 -1 4 7 8 9 1 7 22 5 1 2 2 12 1 1 1 5 4 0 3 6 0.32 1.61 24 T -1 1 -1 0 -2 4 -1 -1 1 -3 -4 2 -1 -2 1 -2 3 -4 -1 -2 6 7 2 5 1 19 4 4 3 1 1 13 1 2 7 2 16 0 2 3 0.35 1.55 25 G -2 -1 -1 -2 -1 -1 -2 0 -1 2 -1 0 -1 0 -2 0 4 -2 2 1 2 3 2 2 1 3 3 7 1 10 6 5 1 4 2 6 26 1 6 8 0.25 1.50 26 E 1 -1 -2 -1 -1 -2 3 -2 -1 -1 -1 -3 1 -2 -3 0 3 -3 3 0 10 4 2 3 1 1 19 4 1 3 5 1 3 1 1 6 17 0 12 7 0.29 1.47 27 E -1 -1 0 -2 2 -2 0 -1 2 -1 -1 0 -1 -2 4 -1 0 -2 0 0 5 3 4 3 4 2 7 6 4 4 6 5 2 2 22 5 6 1 3 6 0.26 1.53 28 W -3 -5 -3 -3 -2 -5 -4 -1 -5 -1 -1 -5 -4 0 -6 -3 -3 12 2 -3 2 0 1 2 1 0 1 4 0 3 6 0 0 2 0 2 1 67 5 2 2.54 1.69 29 T -4 -3 3 6 1 -2 0 -1 -2 -5 -4 -3 -5 -2 -3 -2 1 -2 2 -4 0 1 16 42 3 1 6 4 1 0 2 0 0 1 1 2 10 1 8 1 0.89 1.64 30 G -2 -4 0 -3 -5 -4 -2 6 0 -5 -3 -1 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -5 -1 2 0 5 1 0 0 3 65 2 0 3 5 0 0 0 5 2 0 0 4 1.15 1.59 31 V -1 -1 0 -3 -2 -4 -3 -1 -2 2 -2 -2 -3 -4 -1 -3 -1 -5 -4 6 3 3 6 2 1 0 2 5 1 12 2 2 0 0 3 2 3 0 0 51 0.73 1.59 32 R -1 6 0 -2 0 -1 0 -2 3 -5 -3 2 -4 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -5 6 48 4 2 2 2 4 3 7 0 3 9 0 0 0 4 3 0 0 0 0.86 1.52 33 N -1 0 7 -1 -5 -1 -1 -1 1 -2 -5 -1 -4 -5 0 0 -3 -5 -4 -2 4 6 53 3 0 3 3 4 3 3 1 3 0 0 5 6 0 0 0 3 0.98 1.57 34 Y -1 2 1 -4 -5 -3 -4 -2 4 -2 -3 0 -4 2 0 0 -2 2 6 -2 4 10 7 0 0 0 0 3 10 2 3 7 0 7 5 8 3 2 26 3 0.58 1.57 35 Q -1 0 -3 -1 -4 5 1 -1 0 0 -1 -1 0 -1 -1 0 -1 -4 -1 0 6 5 0 4 0 26 7 6 2 6 7 4 2 2 3 6 4 0 2 8 0.28 1.50 36 A 0 1 -3 -4 -4 1 -3 0 3 1 0 1 3 2 -4 0 -3 -4 -3 1 8 8 0 0 0 8 0 8 8 8 8 8 8 8 0 8 0 0 0 8 0.23 1.23 37 R -1 5 -2 -3 -1 2 -3 -3 -3 -1 0 2 -1 -2 -4 -2 1 1 -1 -1 4 36 2 2 1 10 0 1 0 3 8 11 1 1 0 2 8 2 2 4 0.58 1.57 38 N -3 2 6 -2 -5 0 -1 -2 0 -2 -2 2 1 -5 -4 -2 -2 -5 -1 -4 2 12 47 0 0 4 3 3 2 2 4 11 4 0 0 2 2 0 2 0 0.90 1.54 39 N -3 -2 3 -4 -1 -1 -4 -3 4 -1 -2 -4 1 5 -5 -1 -2 1 5 -2 2 2 16 0 2 2 0 2 11 3 4 0 3 23 0 4 2 2 18 2 0.74 1.56 40 M -2 -1 -5 -5 -4 -4 -2 -2 -4 1 4 -4 6 1 -5 -2 -1 -4 1 -1 3 3 0 0 0 0 3 3 0 8 37 0 22 5 0 3 3 0 5 3 0.71 1.53 41 R -1 5 -1 -1 1 0 -1 -2 -4 -1 -1 2 2 -4 -1 -1 -1 -5 0 -1 4 31 3 3 3 4 3 3 0 3 7 12 5 0 3 4 3 0 3 4 0.43 1.67 42 A 0 1 1 1 3 1 0 0 3 0 -1 0 2 -4 -4 0 0 -5 -4 -4 7 7 7 7 6 7 7 7 6 7 7 7 6 0 0 7 7 0 0 0 0.19 1.56 43 M -1 -2 -4 -4 -3 -3 -2 -4 -4 0 0 -3 9 -1 -4 -2 -2 -4 -3 0 4 2 0 1 0 0 3 1 0 4 5 1 66 1 1 2 2 0 0 7 1.48 1.28 44 K 0 3 -1 -2 -2 3 0 -3 -1 -3 -3 5 -2 -3 -1 -1 -2 -5 -4 -3 9 13 2 1 1 12 5 2 1 1 2 39 1 1 2 4 2 0 0 1 0.66 1.37 45 I 0 -1 -2 -3 -1 -1 0 -4 -4 1 1 2 -1 -2 2 -2 -2 -4 0 2 8 4 2 1 1 2 7 1 0 7 16 13 1 1 12 2 2 0 4 17 0.25 1.29 46 G -2 -4 0 -1 -5 -2 0 6 -1 -5 -5 -2 -2 -5 -1 -2 -2 -5 -5 -5 2 0 3 3 0 1 8 69 2 0 1 2 1 0 3 2 2 0 0 0 1.23 1.30 47 D -3 -4 0 7 -5 0 1 -2 1 -5 -5 -3 -5 -5 -4 -3 -1 -6 -5 -5 2 0 2 73 0 3 6 3 3 0 1 0 0 0 0 0 3 0 0 0 1.53 1.30 48 K -2 2 -2 -2 -1 0 1 -1 2 -2 3 2 1 -2 -1 -2 -2 0 -1 -2 2 11 2 2 1 5 8 6 4 2 26 12 3 2 3 2 2 2 2 2 0.21 1.33 49 G 2 -4 -4 -2 3 -4 -4 -1 -4 1 -1 -4 0 0 -4 -2 0 1 -1 4 19 0 0 2 6 0 0 4 0 7 6 0 2 3 0 2 6 2 2 35 0.51 1.32 50 F -1 -4 -4 -4 -3 0 -4 -4 -3 3 2 -4 2 4 -4 -3 -3 4 2 1 6 0 0 1 0 5 1 1 0 17 21 1 6 20 0 1 1 5 5 8 0.54 0.91 51 F -3 -4 -4 -4 3 -4 -4 0 -3 3 0 -4 2 5 -4 -3 -3 4 2 0 1 1 0 1 6 0 1 8 0 22 7 1 5 29 1 1 1 5 6 6 0.65 0.90 52 Y -4 -2 -4 -4 -5 -2 -1 -5 0 -4 -2 -4 -3 1 -5 -4 -4 5 9 -4 1 2 0 0 0 2 5 1 2 0 3 0 0 2 0 1 0 7 72 0 1.83 1.30 53 H -2 -2 1 -2 -1 -1 1 -4 9 -3 -4 0 0 -4 -4 -2 -2 -4 -1 -2 3 2 7 1 1 2 8 1 59 2 1 5 2 0 0 1 2 0 1 3 1.45 1.30 54 S 1 0 0 -3 0 -3 -3 -2 -3 -4 -4 0 -4 -2 -3 6 1 -5 -4 -4 9 4 4 0 2 0 0 2 0 0 1 6 0 2 0 59 9 0 0 0 0.87 1.30 55 N -2 -2 6 -2 -2 0 -2 2 0 -3 -4 -2 -2 -3 -4 2 -1 -5 0 0 2 2 36 1 1 3 1 17 2 1 1 2 1 1 0 13 4 0 3 8 0.62 1.30 56 E 1 -1 -1 -1 6 -1 0 -3 -2 -2 -2 2 0 -4 3 0 0 -5 -3 -2 10 3 3 3 18 2 7 2 1 2 3 13 2 0 17 6 6 0 1 2 0.49 1.30 57 G -2 -1 2 0 -5 1 3 1 2 -3 -4 3 -4 -5 -1 -1 -1 -5 -4 -1 3 2 9 4 0 5 22 12 5 1 2 19 0 0 3 3 4 0 0 6 0.39 1.29 58 L -1 2 -2 -3 -4 1 -2 -4 -1 -2 -1 4 -2 -3 5 -2 -1 -4 -2 -2 6 12 1 1 0 7 1 1 1 3 5 22 1 1 29 2 3 0 1 3 0.67 1.28 59 D 2 0 -2 -2 -1 2 1 4 0 -4 -4 -1 -2 -4 -2 1 -2 -4 -4 -3 15 5 2 2 1 9 11 30 2 1 1 3 1 0 2 12 1 0 0 2 0.47 1.27 60 V -1 -2 -4 -4 -1 -4 -3 -3 -5 6 -1 -4 -1 -2 -4 -3 -2 -4 -3 4 5 3 0 1 1 0 1 2 0 51 3 1 1 1 1 2 1 0 0 26 0.99 1.31 61 V 1 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -2 1 -2 -2 0 -2 -4 -2 -1 -1 2 5 14 2 0 0 1 1 1 1 1 6 2 3 2 1 0 3 2 1 8 50 0.71 1.32 62 G 1 -3 -3 -4 -1 -4 -3 7 -2 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -2 -4 -5 -3 0 11 1 0 0 2 0 1 71 1 0 1 0 0 0 0 2 0 0 1 6 1.39 1.51 63 I -3 -3 -5 -5 -2 -3 -3 -1 -5 5 3 -4 0 -2 -5 -3 0 -1 -3 2 1 1 0 0 1 1 1 6 0 37 23 1 1 1 0 2 6 1 1 14 0.70 1.50 64 V 4 -5 -5 -5 2 -4 -3 0 -5 -1 -2 -4 5 -1 -5 -2 -2 -5 -2 3 37 0 0 0 4 0 2 7 0 2 3 0 15 3 0 2 1 0 1 23 0.79 1.88 65 E -2 3 -2 -1 -2 0 4 -3 -1 -3 -4 3 -2 -6 -3 -1 0 -6 -3 1 2 15 1 2 1 3 30 2 1 1 1 18 1 0 1 4 6 0 1 10 0.60 1.91 66 V -2 -2 -5 -5 0 -2 -3 -6 -6 4 -2 -3 -3 -4 -2 -1 -2 -6 -5 5 2 3 0 0 2 2 2 0 0 26 2 2 0 0 2 5 2 0 0 44 0.89 2.00 67 C 1 -3 -3 -3 3 -3 -3 -3 -2 2 -2 -3 -1 -2 -2 0 0 -1 -2 4 11 1 1 2 5 1 2 2 1 11 3 1 1 1 3 9 7 1 1 31 0.38 1.98 68 A 1 3 -1 -1 0 0 1 -1 1 -2 -3 2 -1 -5 -5 2 -1 -6 -5 0 10 13 2 3 2 3 9 6 3 2 2 14 1 0 0 13 4 0 0 8 0.22 1.98 69 L 0 2 -2 -1 -2 -1 4 -2 0 -3 -2 -1 -2 -3 1 0 1 0 -2 -1 9 11 1 4 1 2 23 4 2 1 5 2 1 1 6 6 7 1 2 4 0.21 1.98 70 S -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 0 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 71 H -2 0 -4 -1 1 -1 -2 -2 4 1 -1 -1 1 0 -1 -1 -1 3 5 1 4 5 0 4 3 3 3 3 11 7 6 3 3 3 3 5 3 4 17 10 0.35 2.06 72 P -1 -3 -1 -2 1 -1 0 -2 1 0 -2 -2 -1 -2 5 -2 -1 -5 1 1 5 2 3 3 3 3 7 4 4 6 4 2 1 2 30 2 5 0 5 8 0.44 1.95 73 D -4 -2 0 7 -5 -3 0 -2 -4 -3 -3 -1 -5 -1 -2 -2 -2 1 -2 -3 1 2 3 59 0 0 5 3 0 2 3 3 0 3 3 3 3 2 2 2 1.12 1.97 74 S -1 -3 -1 -1 -2 -1 1 -2 3 -4 -4 0 -2 -3 6 1 -2 -1 1 -4 5 1 3 4 1 3 8 3 6 1 1 6 1 1 33 10 2 1 5 1 0.61 1.92 75 T -2 -4 0 -2 -4 -3 0 -1 0 -2 -3 -1 -4 -2 0 2 5 -5 -2 -2 2 1 4 2 0 0 6 4 2 2 3 3 0 2 5 15 40 0 1 2 0.58 1.85 76 A 2 -2 -2 2 -4 3 0 0 -2 -1 -3 0 -4 -4 -2 0 2 -5 0 -1 17 1 2 10 0 11 6 6 1 4 3 5 0 0 2 5 13 0 3 3 0.21 1.87 77 E -1 -1 -3 1 -5 0 3 -3 0 -3 -2 0 -4 3 4 -3 -3 0 -1 -3 5 3 1 9 0 5 16 2 2 1 4 5 0 14 18 2 2 2 2 1 0.38 1.81 78 G -1 -3 -1 6 -5 -2 2 1 -2 -3 -5 -1 -3 -3 -3 -1 -1 -5 -2 -3 5 1 3 40 0 1 15 10 1 1 1 4 1 1 1 4 3 0 2 1 0.70 1.92 79 D -2 0 4 4 -5 -1 0 1 -2 -3 -5 1 -5 -5 1 0 -2 -6 -3 -2 3 5 18 23 0 2 5 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0 -3 -6 -5 -2 4 0 0 5 0 4 1 7 1 4 2 6 3 0 54 6 0 0 0 3 1.11 1.00 143 K -2 5 -1 -3 -5 2 2 -4 0 -4 -3 3 0 -5 -4 0 1 -5 -4 -1 2 30 2 0 0 8 12 0 2 0 2 19 2 0 0 6 10 0 0 5 0.56 0.88 144 S 3 -3 0 -3 -3 -2 0 0 -3 0 -4 -2 -3 -4 -3 4 2 -5 -4 -3 28 0 5 0 0 0 5 5 0 6 0 0 0 0 0 37 15 0 0 0 0.59 0.83 145 P -1 -2 -3 1 -5 -2 -2 -4 -3 -4 -2 3 -4 -5 7 -2 -1 -5 -4 -4 4 0 0 11 0 0 0 0 0 0 4 21 0 0 57 0 3 0 0 0 1.34 0.70 146 D -3 -2 0 7 -5 -1 4 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 0 75 0 0 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.33 0.48 K Lambda Standard Ungapped 0.1320 0.3150 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1690 0.3174 PSI Gapped 0.0517 0.2670