Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -3 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 3 2 -4 8 -3 -5 -4 -3 -5 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 16 0 47 0 0 0 0 0 0 22 1.28 1.11 2 D -3 -4 0 7 -6 -2 4 -3 -4 -6 -6 -2 -5 -4 -4 1 -2 -7 -6 -6 1 0 3 59 0 0 22 1 0 0 0 1 0 1 0 10 2 0 0 0 1.37 1.36 3 P 1 -4 -1 -1 -3 -3 0 -2 -3 -4 -1 -1 -3 -5 6 0 0 -6 -4 -3 14 1 3 4 0 1 6 3 0 1 7 3 1 0 42 6 7 0 0 2 0.83 1.45 4 S 1 -2 -2 4 -1 -1 2 1 -3 -2 -5 1 -4 -6 -2 1 0 -6 -5 0 12 1 1 24 1 2 13 9 0 3 0 8 0 0 2 12 5 0 0 7 0.41 1.53 5 Q -1 -1 0 3 -5 3 3 -3 -1 -1 -3 -2 -1 -6 1 3 0 -6 -5 -3 5 2 4 14 0 12 17 1 1 5 3 2 2 0 8 19 5 0 0 2 0.41 1.55 6 Y 0 3 0 -2 -3 2 2 0 -2 -4 -3 3 0 -4 -2 -2 0 -5 0 0 8 15 4 1 1 8 15 6 1 1 3 16 2 1 2 2 5 0 3 8 0.30 1.57 7 A 2 -3 2 -1 -5 -1 4 -2 -2 -4 -5 1 -3 -6 1 2 -1 -6 -5 -2 15 0 11 3 0 2 29 2 1 1 1 7 1 0 7 14 3 0 0 4 0.53 1.57 8 S -1 -1 3 3 -3 4 0 -1 0 -5 -3 2 -1 -5 -1 1 -1 -6 -4 -3 4 3 12 13 0 19 5 5 2 0 2 12 2 0 3 12 4 0 0 2 0.42 1.56 9 S -3 2 -1 -1 -4 1 0 -1 3 0 -2 3 -3 0 1 1 -1 -5 -2 -2 1 12 3 4 0 6 4 4 6 6 3 20 0 4 8 11 3 0 1 3 0.29 1.59 10 S -1 -1 -1 -4 -5 -2 -2 2 -3 -3 -4 1 -2 -3 1 5 -2 -6 -4 -2 3 3 2 0 0 1 2 16 0 2 1 8 1 1 6 48 1 0 0 3 0.69 1.59 11 S -1 0 -2 -3 -5 -1 -3 -2 0 2 1 0 0 -4 -4 3 0 -5 -1 1 5 5 2 1 0 2 1 3 2 10 16 6 2 0 1 27 5 0 3 11 0.31 1.62 12 W -4 -6 -5 -7 -1 -5 -5 -4 -5 4 3 -6 2 0 -6 -5 -4 9 -2 2 1 0 1 0 1 0 0 1 0 21 25 0 4 4 0 0 0 28 0 12 1.29 1.65 13 T -2 0 -1 -4 -5 -3 -3 -1 -3 2 0 3 0 -1 -5 1 1 7 -3 -1 4 4 3 0 0 1 1 4 0 12 9 19 2 2 0 12 8 16 1 3 0.52 1.58 14 S -1 -4 0 0 -2 1 0 0 -2 1 -2 -3 4 -3 -3 4 1 -3 -3 -1 5 0 4 6 1 5 6 7 1 10 4 0 10 1 1 28 7 0 1 3 0.34 1.59 15 F -3 -4 -5 -6 -5 -2 -5 -5 4 3 3 -5 5 5 -6 -4 -4 -1 0 0 1 0 0 0 0 2 0 0 8 13 24 0 12 26 0 1 1 1 2 7 0.84 1.60 16 L -3 -2 -5 -6 -3 -2 -5 -4 -3 4 4 1 2 -1 -6 -4 -2 0 -3 1 1 2 0 0 0 2 0 2 1 20 45 9 4 2 0 0 2 2 0 7 0.73 1.63 17 K -1 2 0 -3 -4 -1 -2 -2 -1 -1 0 6 -2 -5 -4 -1 -2 -6 -5 -4 4 8 5 1 0 2 1 3 1 3 9 55 1 0 0 5 1 0 0 1 0.86 1.60 18 S -2 -1 2 0 3 3 -2 -2 -3 -1 -3 2 0 -1 -4 4 -1 -5 -1 -3 1 2 10 5 6 13 1 3 0 4 2 11 2 2 0 30 3 0 2 1 0.45 1.60 19 I -2 -2 -3 -4 1 3 -3 -3 -2 4 2 -2 3 -1 -4 -3 -3 -2 -2 2 2 2 2 1 3 14 1 2 1 27 19 3 7 2 1 1 1 0 2 11 0.52 1.43 20 A 2 2 -2 -3 -1 -2 -2 2 -2 -1 1 0 0 -2 -2 -1 -1 -3 -3 1 15 10 2 1 1 2 2 17 1 4 14 5 2 1 3 5 3 0 1 10 0.18 1.19 21 S -1 3 3 -3 -4 -2 -2 -2 -1 -4 -3 3 -2 -4 2 3 1 -4 -4 -2 3 14 12 1 0 1 1 3 1 1 2 17 1 1 8 22 8 0 0 2 0.47 1.36 22 F -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -1 -2 3 1 -2 1 3 1 -2 -2 -2 -1 2 3 1 2 2 1 2 2 5 1 18 13 2 3 14 7 3 3 1 2 15 0.30 1.30 23 N -3 -2 1 -2 -5 -2 -4 6 -2 -2 -4 0 -3 -5 -2 0 -2 -5 -5 -3 1 2 7 2 0 1 0 62 1 3 2 5 1 0 2 6 2 0 0 3 1.06 1.47 24 G -1 0 -3 -2 1 0 -2 2 -4 -3 -2 4 5 -2 -4 0 -1 -5 -4 -3 5 4 0 2 3 3 1 18 0 1 3 29 17 2 0 8 3 0 0 1 0.56 1.45 25 D -4 -3 1 8 -6 -3 2 -3 -4 -6 -6 -2 -5 -6 -2 -1 -4 -6 -5 -4 0 1 4 73 0 0 11 1 0 0 0 1 0 0 1 5 0 0 0 1 1.62 1.48 26 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -4 -6 3 6 -5 2 -1 -4 -5 -4 -5 -2 0 1 0 0 0 0 0 0 2 0 13 70 0 5 2 1 0 0 0 1 5 1.19 1.53 27 S 0 -3 -1 -3 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -2 -3 0 -3 -4 5 5 -3 -2 -3 7 1 2 0 0 1 1 1 1 1 3 1 2 1 0 41 32 0 1 1 0.84 1.61 28 S -2 4 2 -1 -2 0 -2 -3 1 -4 -4 4 -3 -6 -5 2 0 -6 -3 -4 2 19 11 2 1 3 1 1 4 1 1 29 0 0 0 17 6 0 1 1 0.68 1.57 29 L -2 -5 -5 -5 -4 -3 -4 -6 -5 5 1 -5 3 2 -3 -4 -2 -4 -2 4 3 0 0 0 0 1 1 0 0 32 12 0 8 8 1 0 2 0 1 29 0.85 1.46 30 S 0 -3 -2 -4 1 0 -1 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -5 3 4 4 -6 -5 1 8 1 2 0 3 5 3 1 0 0 4 2 0 0 12 26 24 0 0 8 0.55 1.54 31 A 1 -3 -5 -6 0 -4 -5 -4 -5 0 4 -3 6 2 -5 -3 -3 2 -2 0 12 1 0 0 2 0 0 2 0 3 41 2 17 8 0 1 1 3 1 5 0.76 1.56 32 P -2 -5 -4 -2 -5 -2 -4 -3 1 -5 -4 -4 -5 -6 8 -2 -2 -6 -5 -5 2 0 0 3 0 1 0 2 3 0 2 0 0 0 81 2 2 0 0 0 2.22 1.53 33 P 1 -5 -4 -5 0 -4 -4 -3 -5 3 -1 -4 -1 -2 3 0 2 -5 -4 4 13 0 0 0 2 0 0 2 0 15 4 0 1 1 15 6 12 0 0 27 0.58 1.60 34 F -2 -2 0 -3 0 0 -2 -3 0 -1 -1 -1 -1 6 -3 1 1 3 1 -1 4 2 4 1 2 5 3 2 2 3 6 4 1 28 1 13 7 3 5 4 0.41 1.61 35 I -1 -5 -5 -5 3 -2 -5 -5 -1 5 2 -5 1 5 -5 -2 -2 -4 -1 1 4 0 0 0 5 2 0 0 2 29 16 0 3 20 0 3 2 0 2 8 0.70 1.59 36 L -4 -2 4 -4 2 -2 -5 -5 0 0 4 -4 3 1 -2 -2 -2 -4 1 -1 0 2 17 0 4 2 0 0 2 4 39 0 6 6 2 3 3 0 4 4 0.59 1.66 37 S 1 -2 -2 -1 0 1 5 -3 -4 -2 -2 0 0 -2 -2 2 -1 -5 -1 -2 12 2 2 2 2 7 35 2 0 2 4 4 2 2 2 12 3 0 2 2 0.46 1.66 38 P -1 0 -2 -1 0 -2 -1 -1 -1 -5 -3 0 -5 -6 7 -1 -1 -6 -5 -5 5 5 2 3 2 2 3 5 2 0 3 5 0 0 53 4 3 0 0 0 1.18 1.66 39 I -1 0 1 0 3 1 0 -5 3 0 -1 0 2 1 -5 0 0 -5 2 0 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 0 6 6 0 6 6 0.16 1.78 40 S -1 -4 1 -2 -1 -3 -3 -2 -4 -5 -4 -3 -1 -5 0 6 2 -6 -5 -5 2 0 5 1 1 0 0 2 0 0 1 0 2 0 5 67 12 0 0 0 1.16 1.69 41 L -1 -5 1 -2 -1 0 -2 -5 -5 0 3 -5 4 3 -5 -1 0 0 -1 0 6 0 6 2 2 4 2 0 0 4 29 0 10 13 0 5 7 1 2 6 0.44 1.78 42 T -3 -5 -2 -6 0 -5 -5 -4 -1 0 6 -5 1 -3 -6 -2 0 -5 -4 1 2 0 3 0 2 0 0 2 2 3 66 0 2 0 0 4 7 0 0 7 1.01 1.77 43 E -3 -2 -2 -1 -2 6 5 -3 -1 -4 -5 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -5 0 -4 1 1 1 3 1 40 35 2 1 1 0 1 1 1 1 1 2 0 3 1 1.13 1.76 44 F -2 5 -2 -4 1 -1 -3 -3 -1 -2 -2 3 1 3 -5 -2 -3 0 3 -1 3 30 2 0 3 2 1 2 1 2 3 16 4 10 0 2 2 1 11 4 0.62 1.71 45 S -1 -1 -1 -5 4 0 -2 -1 0 1 0 -4 2 0 1 1 -1 5 1 -1 5 3 3 0 9 4 3 5 3 9 10 0 5 4 7 10 4 7 4 4 0.25 1.97 46 Q 2 -1 -1 -1 3 0 -1 -1 2 0 -2 -1 0 1 -1 1 1 -5 0 -1 20 4 3 3 6 4 3 5 4 6 4 3 3 5 3 9 9 0 3 4 0.17 1.91 47 Y -3 -2 2 4 1 -2 5 -5 0 -3 -4 -1 -2 -2 -5 -1 -2 -4 4 -5 1 2 9 18 3 1 33 0 2 1 1 3 1 2 0 4 2 0 15 0 0.78 1.91 48 W -2 -2 -1 2 -1 -1 -1 -2 -1 -2 -2 -4 1 3 -1 -1 -1 7 4 -2 4 2 3 10 2 3 5 3 2 3 3 0 4 13 3 4 3 15 15 3 0.57 1.90 49 A 0 -2 -2 -5 2 -2 -5 -1 -1 -1 2 -5 6 3 -5 -1 -1 3 2 -1 9 2 2 0 4 2 0 6 2 3 19 0 17 12 0 4 4 4 6 4 0.49 1.91 50 E 0 -1 -1 2 1 2 5 -2 0 -2 -3 0 0 -1 -2 -1 -1 -5 0 -3 6 3 3 9 3 8 31 4 2 2 3 5 2 3 2 5 4 0 3 2 0.39 1.99 51 H -2 0 -1 -2 0 -1 -4 -3 7 -1 -3 -2 0 2 -1 -2 -1 -4 6 -2 4 5 3 2 2 3 0 2 23 4 2 2 2 7 3 3 3 0 26 3 0.82 2.01 52 P 1 -2 -1 -2 1 -2 -2 -2 0 -2 -2 -2 -1 0 6 0 0 1 -1 -1 11 2 3 2 3 2 2 4 3 3 3 3 2 4 32 7 5 2 3 4 0.52 2.00 53 E -2 -1 1 4 -2 1 2 -3 2 -2 -3 -2 -2 -2 2 0 -2 -1 3 -3 3 3 6 22 1 6 13 2 4 3 3 2 1 2 9 7 3 1 8 2 0.38 1.86 54 L -1 -3 -3 -3 2 -2 -3 -6 -2 2 5 -5 1 0 -3 -3 0 -5 0 0 5 1 2 2 4 2 2 0 1 11 46 0 3 3 1 2 6 0 4 5 0.59 1.87 55 F 0 1 -4 -5 4 -4 -4 0 -4 1 0 -4 3 2 -4 -3 1 5 2 0 8 8 0 0 7 0 0 8 0 8 8 0 7 7 0 1 8 7 7 8 0.28 1.34 56 L -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 57 E 1 1 0 0 1 2 1 -1 1 -1 -2 2 0 -1 0 -1 -1 -5 0 -2 10 8 4 4 3 8 8 5 3 3 5 10 3 3 4 5 4 0 3 3 0.04 2.09 58 P 4 -2 -2 -2 0 -2 -2 -2 -1 3 -1 -2 1 -2 1 -1 -2 1 -1 -1 36 2 2 2 2 2 2 3 2 14 5 2 3 2 7 3 2 2 2 4 0.41 2.09 59 S 3 -1 1 -1 2 -1 -1 -1 1 -1 -2 -1 0 -1 0 1 0 -5 0 0 25 3 6 4 4 3 3 5 3 3 3 3 3 3 5 12 5 0 3 7 0.20 2.01 60 F -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.13 2.01 61 I -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 62 N -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 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