Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 2 -4 1 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 6 3 -6 -5 -4 19 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 14 0 0 0 1.13 1.39 2 V -3 4 -3 -5 -5 -1 -3 -5 -2 1 2 3 0 -3 -4 -3 1 -3 -3 2 1 25 1 0 0 2 0 0 1 7 20 16 2 1 0 1 9 0 1 12 0.54 1.53 3 A 6 -4 -3 -4 -3 -3 -3 1 -5 -5 -4 -3 -4 -5 -3 1 -2 -6 -5 -2 72 0 0 0 0 0 1 11 0 0 0 0 0 0 1 11 1 0 0 2 1.22 1.56 4 C -3 -6 -4 -6 11 -6 -7 -6 -6 -3 -4 -6 -4 -5 -6 -3 -4 -1 -5 -4 0 0 1 0 96 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 3.34 1.55 5 L -2 -2 1 4 -3 1 1 -3 -1 1 1 -2 -2 -2 -4 -2 0 -1 -2 0 3 2 5 26 0 6 11 1 1 7 15 2 1 2 0 2 7 1 1 6 0.35 1.62 6 S 2 3 1 -3 -2 1 1 -2 0 -3 -2 -2 -2 -1 1 0 2 -2 0 -2 15 14 6 0 1 7 8 2 2 1 3 1 1 3 7 7 15 0 3 3 0.25 1.59 7 C -3 -7 -6 -7 12 -6 -7 -6 -6 -4 -4 -6 -5 -5 -6 -4 -4 -5 0 -4 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 3.41 1.56 8 R -2 7 -2 -5 -4 -1 -3 -5 2 -5 -5 2 -3 -4 -5 -3 -3 -6 -3 -3 2 72 1 0 0 2 0 0 4 0 0 12 1 0 0 1 1 0 1 2 1.59 1.65 9 K 0 5 0 -2 -4 2 -1 -3 -1 -2 -3 3 -2 -4 -3 0 0 -6 -3 -3 7 32 3 1 0 8 4 2 1 2 3 20 1 1 1 7 5 0 1 2 0.60 1.64 10 R -3 7 -2 -4 -4 0 -3 -4 -1 -4 -2 3 -2 -4 -5 0 -3 -3 -4 -4 2 58 1 0 0 3 0 1 1 1 4 18 1 1 0 6 1 0 0 1 1.22 1.62 11 H -4 3 -2 -4 -6 -1 -2 -4 3 -6 -5 7 -4 -6 -4 -2 -3 -6 -4 -5 0 11 1 0 0 1 1 1 7 0 0 75 0 0 0 1 1 0 0 0 1.56 1.55 12 I -1 -1 -4 -4 -2 -1 -3 -4 -3 4 1 -1 3 -3 -5 0 0 -3 -3 3 4 3 1 1 1 2 1 1 0 27 12 4 6 1 0 7 6 0 1 21 0.51 1.54 13 K -3 5 -3 -4 -3 -1 -3 -4 -2 -5 -5 7 -4 -6 -2 -3 -3 -6 -4 -5 1 30 1 0 1 1 0 1 1 1 1 60 0 0 2 1 1 0 1 1 1.47 1.59 14 C -3 -7 -6 -7 11 -6 -7 -3 -6 -4 -4 -6 -5 -5 -6 -2 -4 -5 -2 -4 0 0 0 0 93 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 2 0 3.24 1.59 15 P -4 -4 2 7 -1 -2 -1 -3 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -2 1 -1 -7 -4 -5 1 0 7 64 1 1 2 1 0 1 0 2 0 0 2 12 3 0 0 1 1.34 1.58 16 G -1 2 -1 -3 -4 -2 1 6 -2 -5 -4 0 -3 -4 -3 -2 -3 -3 -3 -5 4 12 2 1 0 1 11 55 1 0 1 5 0 1 1 2 1 0 1 1 0.96 1.58 17 G 1 -1 0 -1 -2 3 2 3 -2 -3 -3 0 -3 -4 -3 0 0 -3 -4 -1 11 3 4 4 1 11 13 21 1 1 2 6 1 1 1 5 7 0 0 6 0.30 1.58 18 N -2 3 2 -1 -3 3 -1 -4 3 -2 -2 3 -1 -2 -1 0 0 -1 -1 -3 3 18 11 3 1 11 3 1 6 2 4 16 1 2 3 5 6 1 2 2 0.36 1.58 19 P -3 -1 -4 -4 -6 -3 -3 -4 -3 -4 -5 -3 -4 -5 8 -3 -2 -7 -6 -4 1 4 1 1 0 1 1 1 0 1 0 1 0 0 85 1 3 0 0 1 2.36 1.58 20 C -3 -7 -6 -7 12 -6 -7 -6 -6 -4 -4 -6 -5 -6 -6 -1 -4 -6 -6 -4 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 3.39 1.59 21 Q 1 1 0 -1 -3 2 0 0 -1 -4 -3 0 -2 -4 -3 4 1 -2 -3 -3 9 7 3 3 0 10 5 8 1 1 2 6 1 1 1 32 7 1 1 2 0.41 1.59 22 K -1 5 5 -3 -3 2 -3 -3 2 -4 -3 0 -3 -3 -2 0 0 -2 -2 -4 5 30 24 0 0 7 1 2 5 1 3 5 1 1 2 5 4 1 2 1 0.68 1.59 23 C -3 -4 -6 -6 11 -6 -6 -5 -6 -4 -4 -4 -4 -3 -6 -3 -4 -5 -5 -4 1 1 0 0 93 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 0 0 3.22 1.57 24 V 0 2 -3 -3 -3 1 -1 -3 -1 2 0 1 -1 -3 -5 1 1 -3 -3 2 9 10 1 1 1 8 4 2 1 10 8 9 1 1 0 11 9 0 1 14 0.22 1.60 25 T 0 4 1 0 -4 1 -1 -3 0 -3 -2 4 -2 -3 -4 0 -1 -3 -3 -3 9 23 6 4 0 6 4 2 2 1 3 24 1 1 0 8 3 0 1 1 0.49 1.64 26 S 2 3 0 -1 -3 0 -2 -2 1 -3 0 1 -2 -1 -4 2 -1 -2 2 -3 17 17 5 3 0 4 1 3 3 1 8 8 1 3 0 13 4 0 7 1 0.28 1.68 27 N -2 1 4 1 -3 0 -1 4 0 -5 -5 2 -4 -5 -4 -1 -3 -6 -4 -5 2 7 21 8 1 4 3 31 2 0 1 11 0 0 1 5 1 0 1 0 0.69 1.70 28 A -1 2 -2 -2 -1 -1 -2 -4 1 2 2 0 -1 -2 -4 0 0 -2 -1 2 5 13 2 3 1 3 3 1 4 10 17 5 1 2 0 8 6 1 2 13 0.20 1.71 29 I -1 0 -1 3 -4 1 4 -4 0 -2 -4 0 -3 -5 2 -1 0 -4 -4 -1 6 4 2 13 0 7 29 1 2 2 2 5 1 0 9 4 7 0 0 5 0.47 1.76 30 C -3 -7 -6 -7 12 -6 -7 -6 -3 -3 -4 -6 -5 -5 -6 -4 -4 -6 -3 -3 1 0 0 0 95 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 3.42 1.71 31 E -2 -1 -1 -1 -3 1 2 -4 1 2 -2 -2 -2 -3 -4 0 3 -6 -3 3 2 3 2 3 1 6 15 1 4 9 3 2 0 1 0 6 19 0 1 21 0.38 1.73 32 Y -4 -5 -5 -5 -1 -4 -5 -5 -1 -3 -3 -5 -3 4 -4 -4 -4 2 9 -3 1 0 0 0 1 0 0 1 0 1 1 0 0 17 1 1 1 2 71 1 2.07 1.74 33 L 0 0 -3 -1 -3 -1 0 -3 -2 1 0 -1 0 -3 2 1 0 -4 -2 2 8 5 1 4 0 3 7 2 1 9 10 4 2 1 11 9 6 0 1 15 0.17 1.66 34 E -1 1 -2 3 -3 3 4 -3 -2 -4 -5 2 -3 -5 -1 -1 -2 -6 -4 -3 4 7 1 18 1 11 31 2 1 1 1 10 1 0 3 4 3 0 0 2 0.64 1.71 35 P -2 -3 -4 -3 -6 -3 -3 -4 -4 -5 -4 -2 -4 -2 8 -1 -3 -7 -5 -4 2 1 1 1 0 1 1 1 0 0 1 2 0 3 80 4 1 0 0 1 2.16 1.65 36 S 3 -4 3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -5 -5 -3 -4 -6 -4 5 2 -6 -5 -4 21 0 16 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 52 10 0 0 0 1.10 1.51 K Lambda Standard Ungapped 0.1349 0.3228 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1793 0.3157 PSI Gapped 0.0549 0.2670