Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 W -4 -4 -6 -6 -4 -4 -5 -5 -4 -3 2 -5 2 -1 -6 -5 -4 11 3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 0 6 0 0 0 0 60 11 0 2.20 0.85 2 K -4 4 -3 -4 -6 6 -2 -5 -3 -6 -5 5 -4 -6 -4 -3 -4 -5 -2 -5 0 23 0 0 0 33 0 0 0 0 0 43 0 0 0 0 0 0 1 0 1.41 1.44 3 E 0 -4 -3 0 -5 -2 2 5 -4 -5 -5 -3 -5 -5 -2 -2 4 -5 -1 -4 6 0 0 4 0 1 13 42 0 0 0 1 0 0 2 1 27 0 2 0 0.92 1.58 4 P -2 0 -3 -3 -6 -3 -4 -5 -1 -6 -5 0 -5 -6 8 -2 -3 -6 -6 -4 3 6 1 1 0 1 0 0 1 0 1 5 0 0 76 2 1 0 0 1 2.09 1.67 5 C -4 -6 -3 -6 11 -6 -7 -6 -6 -4 -4 -6 -5 -6 -6 -4 -3 -5 -6 -4 0 0 1 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 3.48 1.73 6 R -3 4 -3 0 -6 6 1 -4 4 -3 -1 0 -4 -3 -3 0 -4 -5 -3 -5 1 22 0 4 0 33 8 1 9 2 7 4 0 1 1 6 0 0 1 0 0.85 1.74 7 I 0 5 -2 -4 -3 3 -1 -4 1 -1 -1 2 -1 -5 -4 -1 1 -5 -4 0 7 31 2 0 1 13 3 1 3 4 6 10 1 0 0 3 8 0 0 6 0.55 1.75 8 E -4 -2 -2 1 -2 2 6 -5 5 -6 -2 -1 -2 -6 -3 -3 -4 -3 -4 -4 1 2 1 7 1 8 53 0 15 0 4 3 1 0 1 1 0 0 0 1 1.16 1.77 9 L -3 3 -4 -1 -2 -1 -4 -4 -1 -1 5 -2 4 -3 -5 -4 -2 -1 -1 -2 1 14 1 4 1 3 0 1 1 3 49 2 9 0 0 1 2 1 2 2 0.71 1.77 10 Y -2 -1 0 3 -5 2 4 0 2 -4 -3 -1 -3 -2 -4 0 -1 -4 2 -4 3 3 4 16 0 11 23 6 5 1 3 2 0 1 0 6 3 0 8 1 0.42 1.75 11 R -1 4 0 2 -1 1 0 -2 1 -4 -4 2 -2 -5 -3 2 -1 -5 -4 -3 4 19 5 11 1 7 5 3 3 1 1 13 1 0 1 15 4 0 0 1 0.40 1.76 12 V 2 -3 -5 -5 5 -4 -4 -4 -5 3 -1 -4 0 -3 0 -1 -1 -5 -4 4 18 1 0 0 12 1 1 1 0 16 4 0 2 1 4 4 3 0 0 28 0.61 1.74 13 V -3 -2 -4 -4 -1 -1 -2 -4 -4 0 5 -4 3 -2 -4 -3 -2 -1 -2 2 1 2 1 1 1 3 4 1 0 4 52 1 7 1 1 2 2 1 1 11 0.71 1.59 14 E 1 -1 1 1 -4 4 4 -2 0 -3 -4 0 -3 -4 -2 -1 -1 -4 -2 -4 11 3 6 8 0 18 23 4 2 1 2 4 0 1 2 4 4 0 2 1 0.42 1.61 15 S -2 3 -1 0 -4 2 2 0 2 -3 -3 2 0 -3 -3 1 -1 -4 -2 -3 3 14 2 4 0 8 13 8 4 1 2 14 3 1 1 11 4 0 1 2 0.29 1.64 16 L -1 1 -2 -3 1 0 -3 -3 -3 2 3 -1 1 0 -1 -2 -2 -4 -2 0 5 8 2 2 2 4 1 2 1 13 30 4 4 4 3 3 2 0 1 5 0.28 1.61 17 A 3 -1 -2 -2 3 1 -1 -1 -2 -3 -1 2 -2 -2 -2 2 0 -4 -3 0 21 2 2 2 5 7 3 4 1 1 6 13 1 1 2 14 4 0 1 7 0.24 1.56 18 K 1 0 -2 -1 -4 3 0 -1 -2 -1 -1 2 -2 -1 -3 1 0 -4 2 -2 10 5 2 3 0 11 6 4 1 4 7 14 1 3 1 9 6 0 6 3 0.14 1.61 19 A 3 -3 -2 -3 0 0 1 -2 0 -1 -1 -1 4 -4 -1 1 0 -4 -1 -2 25 1 2 1 2 4 8 3 2 4 6 3 11 0 3 12 6 0 2 3 0.27 1.72 20 Q 0 2 0 -2 -3 5 1 -3 0 -4 -2 1 -2 -3 -2 0 -1 -5 -2 -2 7 12 4 2 1 27 8 1 2 1 5 8 1 1 2 8 3 0 1 4 0.41 1.80 21 E -1 1 -2 3 -3 3 2 -2 0 -2 -3 -1 -2 0 -2 0 1 -5 -2 -1 6 7 2 15 0 16 11 3 2 2 2 2 1 5 2 7 10 0 1 4 0.28 1.78 22 T 0 3 0 -2 -3 3 1 -1 0 -4 -1 0 -2 -3 -2 2 0 -2 -3 -4 6 18 5 2 1 12 9 5 2 1 5 5 1 1 2 14 5 1 1 1 0.28 1.76 23 S 1 1 0 -1 3 2 -2 0 0 -1 -2 -1 -2 -2 0 1 0 -5 -2 -1 13 9 5 3 7 10 2 6 2 3 3 3 1 2 5 12 7 0 1 5 0.17 1.70 24 G -1 2 0 -2 -2 0 -1 4 3 -3 -3 0 1 -2 2 -2 -2 -5 -1 -3 4 11 4 2 1 4 3 27 8 1 2 6 4 2 9 3 2 0 2 2 0.36 1.67 25 E -2 2 0 0 -5 1 4 0 0 -3 -3 3 1 -1 1 -2 -3 -5 -1 -2 2 9 4 4 0 6 23 7 2 1 2 16 3 3 6 3 1 0 2 3 0.34 1.64 26 E -2 -1 2 1 -4 3 0 1 1 -2 -2 2 -1 -3 2 -1 -1 0 -1 -1 2 2 11 9 0 11 6 9 3 3 4 12 1 1 9 3 4 1 2 4 0.21 1.56 27 I -1 -3 -2 -2 -1 -1 -2 -2 0 2 2 -2 2 1 1 -2 -2 -4 2 0 5 2 2 2 1 2 3 4 2 13 20 2 4 6 8 3 2 0 6 7 0.17 1.48 28 S -2 0 1 -2 -4 2 -2 0 2 -2 0 -2 -2 -1 1 1 -1 -1 3 0 3 6 8 3 0 9 2 8 6 2 9 2 1 2 8 10 4 1 10 6 0.15 1.41 29 K -2 2 2 -1 -1 0 -1 4 0 -2 -3 0 -2 -1 -3 0 -2 -4 -4 -2 3 13 11 4 1 3 4 30 3 2 3 4 1 3 1 6 3 0 0 2 0.39 1.39 30 F -1 -1 -3 -3 -4 1 -2 -3 0 1 1 0 0 2 -3 0 0 2 0 3 5 4 1 2 0 7 2 2 2 7 15 6 2 9 1 7 5 3 3 19 0.20 1.32 31 Y -4 -2 -2 -4 -4 -2 -3 -2 2 -2 0 -1 3 5 1 -3 -3 0 5 -2 1 2 2 0 0 2 2 4 4 1 7 3 8 27 7 1 1 1 23 2 0.74 1.30 32 L -2 1 -4 -3 2 -2 -3 0 -2 4 0 1 0 -1 -3 -1 -1 -4 -2 2 2 7 0 2 4 1 2 9 1 24 8 9 2 3 1 5 4 0 1 15 0.28 1.22 33 P -1 -4 -3 -3 -4 -3 0 1 -4 -4 -4 -3 -4 -4 7 -1 1 -5 -1 -2 4 0 0 0 0 0 6 10 0 0 1 0 0 0 58 3 10 0 3 3 1.34 1.07 34 N -1 3 1 0 -4 1 2 -2 0 -2 -3 2 -1 -2 -2 2 0 -4 -3 -2 5 14 8 4 0 7 14 2 2 2 2 12 2 2 2 15 5 0 0 2 0.28 1.03 35 C -2 -3 -3 -3 9 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -3 4 -3 -3 1 -2 -3 -3 -2 1 1 1 1 58 1 1 1 0 1 1 1 13 1 1 14 1 0 1 1 1.47 0.75 36 N -1 0 1 2 -3 3 0 -1 1 -3 -1 3 1 -3 -3 0 0 -3 -3 -3 5 4 5 13 0 17 5 5 4 1 5 17 4 1 1 5 6 0 1 1 0.29 0.75 37 K -1 1 -1 0 -4 0 2 0 1 -2 -3 2 -1 -2 1 0 2 -4 -2 -1 5 7 3 5 0 3 12 7 3 2 3 15 1 2 7 8 11 0 1 5 0.17 1.12 38 N -1 0 3 2 3 0 0 1 1 -1 -2 0 0 -1 -4 0 -1 -4 0 -3 4 4 13 12 7 4 5 11 4 3 5 7 3 3 1 7 3 0 3 1 0.21 1.15 39 G -2 -4 1 -3 -4 1 -3 5 -4 1 0 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 1 1 1 8 1 0 8 1 51 0 8 8 1 0 0 1 1 1 0 0 11 0.80 1.15 40 F -2 0 2 0 -4 1 -2 -2 2 -3 0 -2 -1 5 -4 0 -1 -1 2 -2 3 6 10 4 0 7 2 2 5 1 11 2 1 23 1 7 4 1 7 2 0.36 1.26 41 Y -4 -4 -4 -1 -4 -3 -1 -4 0 -3 -1 -4 -3 5 -4 -4 -4 2 8 -3 1 1 1 4 0 0 4 1 2 1 4 1 0 22 1 1 1 2 54 1 1.44 1.28 42 H -1 2 1 -1 -5 0 1 -3 4 -2 -1 3 0 -4 1 0 -1 2 -1 0 5 9 5 2 0 4 8 2 12 2 6 17 2 0 6 5 3 3 2 6 0.28 1.50 43 S -1 3 -1 -1 -4 -1 -1 -2 1 -2 -2 2 -1 -2 4 1 -1 1 -4 -2 4 15 2 3 0 3 4 2 4 2 3 13 2 2 22 11 3 2 0 2 0.42 1.39 44 R -1 0 -1 -3 -4 0 1 -4 1 -1 1 2 3 0 2 -1 -1 4 0 -1 4 4 3 1 0 3 11 1 3 4 12 13 7 3 10 4 4 6 3 5 0.23 1.15 45 Q -2 3 -2 -2 -3 3 2 -3 -2 -2 1 2 -1 -3 -3 -2 -2 -3 -3 1 1 15 1 1 0 15 15 1 0 1 16 15 0 1 1 1 1 0 0 15 0.34 0.57 46 C 1 -3 -3 -3 5 3 -2 -3 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -3 2 2 -3 3 1 14 0 0 0 14 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 14 0 14 14 0.47 0.67 47 E -3 1 0 -1 4 0 -1 -4 6 -4 -2 2 0 0 -4 1 -1 2 1 -2 0 9 3 3 10 3 4 0 21 0 3 11 3 3 0 12 3 3 4 3 0.51 1.18 48 T -1 -1 1 -1 -4 -1 -1 -2 1 -2 -2 -1 2 -2 3 3 2 2 -1 -1 5 2 7 3 0 2 3 3 3 3 3 3 5 2 14 21 12 3 2 4 0.29 1.36 49 S 0 -3 -1 -1 -3 0 -1 -1 1 -4 -1 -1 -3 -1 0 4 -1 -3 3 -3 8 1 2 2 0 4 3 3 3 1 8 3 0 2 5 37 3 0 12 1 0.45 1.33 50 M -2 1 -1 -1 -3 1 -2 -2 -2 -1 2 1 0 -1 1 -1 1 1 -1 0 2 7 3 4 1 7 2 4 1 3 20 9 2 3 7 4 10 2 3 7 0.14 1.08 51 D -1 -1 1 2 -3 0 -1 3 4 -3 -3 -1 -2 -1 2 0 -1 -3 -2 -1 4 3 8 12 1 4 4 19 11 2 3 4 1 3 9 5 3 0 1 5 0.30 1.03 52 G -1 2 -1 -1 -3 1 -1 4 2 -3 -1 1 1 -3 -1 -1 -2 1 -1 -2 5 11 2 3 1 8 3 27 4 2 6 7 4 1 3 3 3 2 2 3 0.29 1.08 53 E -2 2 -1 -1 -3 3 2 -1 0 -3 -2 1 -1 0 0 1 -1 -3 -1 -1 3 11 3 3 1 15 12 5 2 2 4 8 2 5 5 11 3 0 2 4 0.23 1.10 54 A 0 4 -2 -2 -1 -1 -2 -1 0 -2 -2 -1 -1 -3 1 0 4 -3 -3 -2 7 26 2 2 1 2 2 4 2 3 3 3 2 1 7 7 23 0 1 3 0.44 1.27 55 G 0 -2 -1 -2 -4 -2 -2 6 -3 -4 -4 -2 -4 -4 -1 -1 -3 -4 -4 -3 8 2 3 2 0 2 3 65 0 1 1 2 0 1 3 4 1 0 1 2 1.14 1.37 56 L -3 0 -2 -1 -5 1 1 -2 3 -1 0 0 -1 1 1 -3 -3 -3 5 0 1 6 2 4 0 5 11 3 6 3 9 6 1 6 6 2 1 0 21 6 0.35 1.52 57 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -2 -5 -1 -3 -5 -5 -4 2 0 0 0 88 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 5 0 0 0 0 2.97 1.50 58 W -5 -6 -6 -7 -5 -5 -6 -1 -5 -5 -3 -6 -4 -1 -1 -6 -5 12 0 -6 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 1 0 0 2 4 0 0 87 1 0 3.59 1.47 59 C -1 -6 -5 -6 11 -6 -6 -5 -6 -4 -4 -6 -4 -2 -6 -2 -4 -5 -1 -4 5 0 0 0 89 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 2 0 2.94 1.39 60 V -1 -5 -5 -6 -1 -5 -5 -6 -6 0 -2 -5 -2 -4 -5 0 -2 -6 -4 7 2 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 9 1 0 0 84 1.45 1.34 61 Y -4 -3 3 6 -5 -2 -2 -4 2 -4 -4 -3 -5 -1 -5 -1 2 2 3 -3 0 1 12 49 0 1 1 0 4 0 1 0 0 2 0 3 12 3 9 2 1.01 1.33 62 P -1 3 -3 -3 -5 1 0 -4 -3 -4 -4 3 -4 -4 5 1 0 -5 -4 -1 5 14 1 1 0 5 6 0 0 1 1 19 0 1 28 10 4 0 0 5 0.68 1.30 63 W -2 0 -1 1 -3 -1 -1 -1 1 0 -1 0 -1 0 -3 -2 0 6 4 -2 4 5 3 8 1 2 4 6 4 5 7 7 2 4 2 3 5 12 16 3 0.35 0.98 64 N -1 -2 4 1 -3 0 0 -1 1 -3 -3 -2 0 -3 -3 1 4 -3 -3 -2 4 2 20 8 0 4 5 4 4 1 2 2 3 1 1 11 26 0 1 2 0.46 1.09 65 G -3 -3 -1 -4 -5 -3 -5 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -6 0 1 2 0 0 1 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.08 1.34 66 K -1 3 0 -2 -5 3 1 -3 0 -1 -3 3 1 -5 -4 -2 1 -5 -4 1 4 18 5 1 0 11 7 1 3 3 2 20 3 0 0 1 8 0 0 12 0.43 1.33 67 R -2 2 -2 -2 -6 1 5 -5 -2 -4 -4 3 -2 -6 4 -3 -2 -6 -4 -4 3 12 2 1 0 5 36 0 1 1 1 15 1 0 21 1 1 0 1 1 0.86 1.36 68 I -3 -3 -6 -5 -4 -4 -5 -6 -5 6 3 -3 1 -1 -3 -5 -3 -5 -2 3 1 2 0 0 0 1 0 0 0 47 25 1 2 2 1 0 1 0 1 15 1.00 1.34 69 P 0 -2 -1 -1 -5 0 0 -4 -2 -3 -3 -3 -1 -4 7 0 0 -6 -5 -3 8 2 3 3 0 4 7 0 1 1 3 0 2 0 53 7 5 0 0 1 1.15 1.35 70 G -1 -4 0 -1 -5 -3 -2 7 -1 -6 -6 -3 -5 -6 -3 -1 -3 -3 -4 -5 2 0 4 3 0 1 2 76 2 0 0 1 0 0 1 4 1 0 0 1 1.47 1.37 71 S 0 -3 -2 -2 -4 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -3 0 -4 -2 4 6 -5 -1 -3 5 1 1 2 0 0 0 0 1 1 1 0 2 0 2 33 48 0 2 0 1.00 1.39 72 P 0 4 -2 0 -2 -1 0 -3 -3 -3 -1 -1 -2 -3 3 2 1 -2 -2 -2 6 22 2 5 1 3 7 2 0 1 5 2 1 1 16 14 8 1 1 3 0.37 1.23 73 E -2 3 -3 1 -5 0 2 -2 -2 -2 -4 1 -2 -3 -3 -1 3 -5 1 2 3 17 0 7 0 3 12 3 1 1 1 9 1 1 1 4 17 0 6 14 0.35 1.42 74 I -1 1 -2 -2 -3 2 -2 -1 -1 0 0 0 1 -3 1 0 1 -3 0 2 5 9 1 2 1 8 2 5 1 6 8 5 3 0 7 8 8 0 3 16 0.13 1.42 75 R -2 4 2 1 -6 -2 -1 1 3 -3 -3 1 -3 -4 3 -2 -2 -4 -1 -4 2 24 9 8 0 1 4 12 8 1 2 6 0 1 13 1 2 0 3 0 0.51 1.47 76 G -1 -1 -2 -1 -1 -1 -2 6 -3 -6 -6 0 -5 -5 -4 -1 -2 -4 -5 -3 4 3 1 3 1 3 2 68 1 0 0 6 0 0 1 4 2 0 0 2 1.21 1.49 77 D -2 1 2 5 -5 -1 0 -3 0 -2 -3 1 0 -4 0 0 1 -6 -5 -3 2 8 8 29 0 3 6 2 3 3 3 8 3 1 5 7 10 0 0 2 0.45 1.49 78 P 0 -4 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -1 -1 0 -4 -2 -2 7 -2 -1 -6 -5 -2 8 0 0 0 0 1 0 0 2 3 10 0 1 2 62 3 3 0 0 3 1.49 1.49 79 N -2 1 4 4 -6 3 1 -4 4 -4 -4 1 -3 -6 0 0 -2 -6 -4 -4 2 7 19 19 0 11 9 0 9 1 1 6 0 0 5 5 2 0 0 1 0.61 1.50 80 C -3 -7 -6 -7 11 -6 -7 -6 -6 -4 -4 -6 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -4 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.49 1.46 K Lambda Standard Ungapped 0.1371 0.3177 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1535 0.3182 PSI Gapped 0.0470 0.2670