Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 2 4 -5 5 4 -6 -5 -4 -4 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 40 0 16 19 0 0 0 0 0 18 1.03 1.31 2 G 3 -5 -4 -3 -5 -4 -4 6 -4 -6 -5 -4 -3 -6 1 -1 -2 -6 -6 -4 30 0 0 1 0 0 0 56 0 0 0 0 0 0 7 3 2 0 0 0 1.26 1.55 3 P 0 -3 0 -1 -6 -3 -1 -2 -2 -6 -5 -2 -3 -5 7 0 -2 -7 -6 -4 9 1 4 3 0 1 4 3 1 0 1 1 1 0 63 6 2 0 0 1 1.54 1.71 4 I -2 1 -3 -2 -4 0 -2 -4 -2 3 -1 1 1 -3 3 0 0 -6 -3 2 3 7 1 2 0 4 2 1 1 20 6 9 3 1 13 6 7 0 1 13 0.33 1.79 5 I -2 -4 -4 -3 -3 0 -2 -5 -4 4 0 -4 1 0 -4 -2 2 -6 -3 4 2 1 1 2 0 4 2 1 0 25 6 1 3 3 0 2 15 0 1 31 0.68 1.82 6 T -2 -3 -2 -3 -2 -2 -1 -4 -2 -2 -4 -2 -2 -4 -3 3 6 -6 -4 0 1 1 1 1 1 1 4 1 1 2 1 2 1 0 1 23 53 0 0 5 1.04 1.82 7 T -1 -1 -4 -3 -1 1 1 -4 3 2 1 -1 0 0 -5 -3 2 -2 0 2 5 3 0 2 1 7 8 1 6 10 13 3 2 4 0 1 14 1 3 16 0.28 1.83 8 Q -3 3 -1 -1 -3 3 4 -5 0 -4 -5 3 -3 -4 -2 -1 2 -4 -1 -3 1 15 2 3 0 11 27 0 2 1 1 15 1 1 2 3 11 0 2 2 0.63 1.77 9 V -2 -5 -6 -6 -3 -4 -5 -6 -4 4 3 -5 5 1 -6 -4 -3 -2 -1 4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 26 22 0 13 6 0 1 0 0 2 25 0.95 1.82 10 T -2 0 -2 -1 -3 2 1 -3 -1 0 1 0 0 -1 -1 0 2 -2 0 1 3 4 2 4 1 8 8 1 2 4 16 6 2 3 3 9 12 1 3 9 0.13 1.83 11 I -3 -3 -6 -6 1 -6 -6 -6 -6 6 -1 -6 -1 -1 -6 -5 -3 -6 -3 5 2 1 0 0 3 0 0 0 0 44 3 0 1 2 0 0 1 0 1 42 1.36 1.82 12 P -1 -3 -3 0 -4 -3 -2 -3 0 -5 -4 -3 -4 -4 8 -1 -3 -6 -4 -5 4 2 1 5 0 1 2 2 2 0 1 1 0 1 72 4 1 0 0 0 1.87 1.83 13 K 1 0 3 0 -2 2 1 -3 1 -3 -2 2 -3 -3 0 1 0 -6 -2 -1 10 6 14 5 1 9 7 2 3 1 4 10 0 1 5 10 6 0 2 4 0.23 1.84 14 D -1 0 2 3 -3 0 1 -1 2 -3 -4 0 -2 -4 -2 2 0 -2 -1 -3 6 5 9 17 1 4 9 5 5 1 1 6 1 1 2 18 5 1 2 2 0.33 1.83 15 L 1 -1 -3 -2 0 0 -2 -5 1 -1 3 2 2 0 -5 -2 -2 -3 2 0 13 3 1 2 2 5 3 0 4 3 25 12 5 4 0 3 2 0 7 7 0.28 1.81 16 A 2 -3 -5 -6 2 -4 -4 -4 2 4 -1 -4 0 -2 -5 -2 -1 -5 -2 4 17 1 0 0 4 0 1 1 6 23 5 0 2 1 0 2 3 0 1 31 0.72 1.77 17 G -1 0 -2 -1 -3 -3 -2 6 -3 -5 -5 -2 -4 -4 0 0 -3 -6 -4 -4 5 7 1 3 1 1 3 62 0 1 1 2 0 1 5 6 1 0 0 1 1.13 1.78 18 S 2 1 -2 -1 3 -2 -1 -2 1 -1 0 1 0 1 -3 1 -2 -2 1 -1 18 8 1 3 6 1 4 3 4 3 8 8 2 6 1 11 2 0 4 5 0.18 1.76 19 I -3 -4 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -6 6 2 -5 0 -2 -6 -4 -4 -5 -4 4 1 1 0 0 1 0 0 0 0 42 20 0 2 1 0 1 0 0 0 31 1.21 1.73 20 I -3 -4 -4 -6 0 -4 -6 -7 -3 7 0 -4 1 -2 -6 -4 -3 -5 1 1 2 1 1 0 2 1 0 0 1 69 7 1 4 1 0 1 1 0 5 6 1.40 1.81 21 G -2 -3 -4 -3 -2 -5 -3 7 -5 -6 -5 -5 -3 -6 -5 -2 -3 -1 -6 -5 3 2 0 1 1 0 2 86 0 0 1 0 1 0 0 2 1 1 0 1 1.89 1.82 22 K -2 4 -3 -2 -2 0 0 -3 0 -3 -4 5 -3 -4 2 -2 -1 -6 -3 -3 2 21 1 2 1 4 6 2 2 2 1 38 1 1 9 2 4 0 1 2 0.79 1.85 23 G -1 -1 2 -1 -2 2 -2 5 -1 -6 -5 2 -3 -4 -5 0 -3 -6 -2 -4 4 3 9 3 1 9 2 45 2 0 1 11 1 1 0 5 1 0 1 1 0.79 1.82 24 G -2 -3 -2 -3 -2 -4 -5 7 -1 -6 -6 -3 -5 -3 -3 -2 -4 -5 -3 -4 1 2 1 1 1 0 0 84 2 0 0 1 0 1 1 1 0 0 1 1 1.81 1.78 25 Q 1 1 -1 -1 0 1 3 -2 -2 -2 -3 2 -2 -4 -3 2 0 -2 -3 -1 12 7 3 3 2 5 16 2 1 2 2 12 1 1 1 18 6 1 1 4 0.31 1.78 26 R -3 1 5 -2 -1 0 -2 -3 1 0 -3 1 0 -1 -5 -1 3 -2 -1 -1 2 6 25 1 1 4 2 2 3 7 2 10 2 3 0 4 18 1 3 5 0.44 1.78 27 I -3 -3 -3 -6 -2 -3 -5 -6 -5 6 2 -4 0 -2 -5 -3 -2 -5 -2 2 2 2 1 0 1 1 0 0 0 57 16 1 2 1 0 2 2 0 1 10 1.13 1.77 28 K -1 3 3 -1 -5 2 -1 -3 0 -3 -4 4 -2 -5 -2 0 -1 -5 -3 -2 5 17 14 2 0 9 2 1 3 1 1 29 1 0 2 6 3 0 1 3 0.62 1.78 29 Q -1 1 0 0 -3 4 4 -2 2 -4 -3 1 -1 -2 -3 0 -2 -1 1 -4 5 7 5 4 1 18 23 3 5 1 2 8 1 2 1 6 2 1 6 1 0.47 1.79 30 I -4 -5 -6 -6 -1 -5 -6 -6 -5 7 2 -5 3 -1 -5 -5 -2 -5 -2 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 59 21 0 6 2 0 0 2 0 2 4 1.34 1.77 31 R -2 4 -2 -4 3 4 1 -4 1 -1 -4 1 1 -2 -3 0 -1 -2 -3 -2 2 24 1 0 6 21 7 1 4 4 1 9 3 1 1 7 3 1 1 3 0.59 1.81 32 H -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 33 E -1 0 0 2 0 1 3 -2 0 -1 -2 1 0 0 -2 0 0 1 -1 -2 4 5 4 12 2 7 18 2 2 3 4 10 3 4 2 7 5 2 2 3 0.20 1.77 34 S -1 -4 0 -4 2 -4 -4 -2 1 -1 -1 -4 -4 0 -4 4 5 -5 0 -2 4 0 4 0 4 0 0 3 3 3 5 0 0 5 0 29 32 0 3 3 0.68 1.73 35 G -2 1 2 -1 0 0 0 5 1 -5 -3 0 0 -2 -2 -1 -2 -5 -1 -5 3 7 8 4 2 3 6 41 3 0 3 5 2 2 2 4 3 0 2 0 0.58 1.73 36 A 5 -3 -4 -5 5 -2 -3 -2 -5 -2 -2 -4 -1 -2 -4 0 2 -5 -4 2 45 1 0 0 10 1 1 2 0 2 2 0 1 1 0 5 11 0 0 14 0.77 1.71 37 S -3 3 0 -1 -2 3 -1 -3 2 -3 -4 4 -1 -2 -3 1 0 -1 0 -2 2 15 4 3 1 12 4 1 5 2 2 23 2 2 1 11 5 1 3 3 0.43 1.73 38 I -3 -3 -3 -6 0 -5 -6 -6 -1 6 0 -3 0 -1 -3 -5 -1 -5 -2 3 1 1 2 0 2 0 0 0 2 57 6 1 2 2 1 0 3 0 1 18 1.16 1.76 39 K -2 1 0 2 -2 3 0 -3 1 0 -3 3 -2 -3 -4 0 0 0 -1 -1 2 7 5 9 1 14 6 2 4 6 2 18 1 1 0 7 7 1 3 4 0.30 1.78 40 I -2 -4 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -6 6 0 -4 1 1 -6 -4 -2 -5 -2 3 3 1 0 0 1 0 0 1 0 50 8 1 3 5 0 1 3 0 1 21 1.07 1.76 41 D 0 -1 0 3 -2 1 1 -1 2 -2 -3 -1 -1 -3 -1 2 0 -5 -3 -2 9 3 4 19 1 6 8 4 5 3 2 3 2 1 4 18 4 0 1 3 0.30 1.75 42 E -3 1 2 3 -1 0 3 -2 -1 -3 -3 2 -3 -1 1 -1 -2 -2 -3 -3 2 7 8 17 1 5 20 4 2 1 3 13 1 3 7 3 2 1 1 2 0.39 1.77 43 P 0 0 0 2 0 0 0 -2 2 -3 -2 0 -1 0 4 1 0 -5 -3 -2 7 4 4 10 2 5 6 4 5 1 4 5 1 4 22 9 5 0 1 3 0.32 1.73 44 L 0 2 0 0 0 -1 1 -1 0 -1 0 1 -1 -2 1 0 -1 -5 -1 1 7 10 4 6 2 3 8 5 2 3 10 7 1 2 8 7 3 0 2 10 0.08 1.77 45 E -1 -2 0 2 -2 0 3 0 -1 -3 -3 -2 -2 -3 4 0 -1 -2 -1 -3 4 2 4 10 1 3 20 7 1 1 2 2 1 1 24 7 3 1 2 2 0.50 1.75 46 G -1 -2 2 2 -3 -1 0 5 -1 -3 -3 -2 -2 -3 -1 -1 -1 -2 -2 -3 5 2 10 11 1 3 6 38 1 1 3 2 1 1 3 5 3 0 2 2 0.53 1.79 47 S 0 -1 0 0 2 0 0 -1 -1 -3 -2 -2 -1 -3 1 4 2 -3 -3 -2 8 3 4 5 4 4 6 6 1 1 4 2 2 1 6 28 11 0 1 3 0.29 1.78 48 E -2 0 2 1 -2 -1 1 1 0 -3 -3 1 -1 -3 1 1 2 -5 -2 -2 3 4 10 9 1 3 10 10 2 2 3 9 1 1 7 9 13 0 1 2 0.23 1.84 49 D -2 -2 0 4 -2 0 5 -3 -1 -3 -2 -2 -2 -3 -2 0 -1 -3 -2 -3 2 2 4 25 1 3 33 2 2 1 5 2 1 1 2 6 4 0 2 2 0.66 1.87 50 R -2 6 -1 -1 -2 0 0 0 -2 -3 -4 2 -1 -3 -2 -2 -2 -3 -3 -3 4 45 2 3 1 4 5 7 1 1 1 10 1 1 2 3 3 0 1 2 0.79 1.89 51 I -2 -1 0 -2 -2 1 0 -4 -1 3 0 0 2 -3 -1 -2 1 -3 -2 2 4 4 4 2 1 6 5 1 1 19 9 7 4 1 3 2 10 0 1 15 0.26 1.95 52 I -2 -5 -5 -5 4 -5 -5 -5 -6 4 0 -6 -1 2 -5 -4 -3 -5 -4 5 3 0 0 0 8 0 0 1 0 27 7 0 1 9 0 0 0 0 0 41 1.09 2.01 53 T -2 -1 -2 -3 -1 1 2 -4 0 1 -2 0 0 -2 -5 0 4 -3 -1 1 3 4 2 1 1 5 12 1 2 9 4 5 2 2 0 8 28 0 2 10 0.37 2.00 54 I -3 -5 -6 -6 -2 -6 -6 -6 -4 7 2 -6 0 0 -6 -5 -2 -5 -3 3 1 0 0 0 1 0 0 0 0 60 14 0 1 3 0 1 2 0 1 14 1.36 1.98 55 T -1 1 -2 -3 -1 0 1 -4 -1 -1 -3 1 -1 -1 -4 3 4 -3 -1 0 5 7 1 1 1 5 9 1 1 4 1 8 2 3 0 20 22 0 2 6 0.37 1.98 56 G -1 -3 -2 -3 -4 -4 -4 7 -4 -7 -7 -4 -6 -5 -4 -1 -4 -6 -6 -5 4 2 1 1 0 0 1 85 0 0 0 0 0 0 0 3 1 0 0 0 1.91 1.98 57 T -2 -2 2 0 -3 -2 -1 -3 -1 -3 -3 -1 -1 -4 1 3 5 -6 -4 -2 2 2 9 6 0 1 4 1 1 1 2 3 1 1 6 21 34 0 1 2 0.62 1.99 58 Q 1 1 -3 -2 -4 2 0 -3 -2 -3 -2 2 -3 -1 5 0 -1 -3 -3 -1 10 6 1 2 0 10 5 2 1 1 4 13 1 3 26 6 3 0 1 4 0.49 2.00 59 D 0 -1 0 4 -4 1 5 -3 0 -4 -4 0 -2 -4 -3 0 -2 -6 -3 -3 8 3 3 20 0 5 34 2 2 1 1 5 1 1 1 7 2 0 1 2 0.66 2.00 60 Q 3 -2 2 -1 -1 4 0 1 -1 -4 -5 -1 0 -5 -4 2 -2 -6 -4 -3 22 1 9 3 2 22 5 9 1 1 0 2 2 0 0 16 1 0 0 2 0.57 2.00 61 I 0 -4 -2 -5 1 0 -5 -5 -4 5 -1 -3 1 -3 -5 -3 0 -6 -4 5 7 1 2 0 3 4 0 1 0 32 3 2 4 1 0 1 4 0 0 35 0.88 1.99 62 Q 0 1 1 2 -4 3 3 -4 1 -3 -3 2 -1 -2 -4 0 -2 -1 -3 -3 7 7 6 10 0 14 20 1 4 1 2 11 1 2 1 6 3 1 1 2 0.42 2.00 63 N 2 2 1 -1 -4 1 -1 -4 1 -1 -1 4 1 -4 -4 -1 0 -4 -3 -2 16 9 6 4 0 5 4 1 3 4 7 22 4 0 0 4 7 0 1 3 0.33 2.01 64 A 7 -4 -5 -5 1 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -6 -4 -2 -3 -6 -4 -1 89 0 0 0 3 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 3 1.73 1.99 65 Q -3 2 -3 -4 -2 4 0 -5 1 1 1 4 -1 -3 -5 -2 -3 -4 -2 0 2 10 1 0 1 17 6 0 3 8 12 23 2 1 0 3 1 0 1 7 0.48 1.99 66 Y 1 1 0 1 -2 2 1 -2 1 -3 -3 1 0 0 -5 1 -1 -3 3 -2 11 8 5 7 1 10 10 2 4 2 3 8 2 4 0 10 3 0 9 3 0.23 1.99 67 L -1 1 -5 -4 -3 0 0 -5 -1 0 4 -1 5 -1 -6 -3 -3 0 -1 -1 5 7 0 1 1 4 6 0 2 5 40 3 17 2 0 1 1 1 2 2 0.66 2.00 68 L -4 -6 -5 -7 -3 -6 -6 -7 -6 7 2 -6 -1 -2 -5 -6 -3 -6 -4 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 65 17 0 1 1 0 0 1 0 0 13 1.56 1.98 69 Q -1 1 2 0 -1 3 2 -3 1 -3 0 1 1 -1 -4 -1 -1 -2 1 -3 6 8 8 5 1 14 13 2 3 1 9 7 4 3 1 5 3 1 4 1 0.25 1.97 70 N 2 -2 2 2 -4 2 3 -1 0 -4 -5 0 -1 -5 -4 0 -1 -4 -2 -3 15 2 8 13 0 10 20 5 2 1 1 6 2 0 0 8 3 0 2 2 0.42 1.98 71 S -2 2 -2 -3 1 -2 -4 -5 1 4 1 3 -1 1 -5 -1 -2 -4 -2 0 2 11 2 1 3 2 1 0 4 22 14 18 2 6 0 5 2 0 1 5 0.44 1.99 72 V -3 -5 -6 -7 -3 -4 -5 -6 -6 5 3 -5 2 0 -5 -4 -2 -6 -4 4 2 0 0 0 0 1 0 0 0 28 23 0 5 3 0 1 2 0 0 32 1.01 2.00 73 K 1 2 1 -1 -4 1 3 -3 1 -4 -3 3 -3 -5 -2 1 -2 -4 -2 -3 11 11 7 3 0 6 18 2 3 1 3 17 1 0 1 12 2 0 1 2 0.41 1.99 74 Q -2 1 -1 0 -4 3 5 -3 -3 -5 -4 1 -2 -5 -4 1 -2 -3 -3 -4 2 8 3 5 0 13 43 2 0 0 2 8 1 0 0 9 2 0 1 1 0.83 1.92 75 Y 0 0 1 0 2 0 3 -3 3 -1 -2 -2 -3 2 -3 -2 -3 1 3 -1 8 5 5 5 4 4 21 2 8 4 3 1 0 8 1 3 1 2 9 4 0.34 1.85 76 S 0 0 1 0 -2 1 1 -1 -4 -4 -3 2 -3 -5 0 4 2 -6 -4 -4 7 4 5 4 1 6 9 3 0 1 2 11 1 0 5 27 13 0 0 1 0.43 1.84 77 G 3 -2 -1 -1 -3 0 1 4 0 -5 -5 -3 -4 -6 -2 1 -1 -1 -4 -5 24 2 3 3 0 4 8 33 2 1 1 1 0 0 1 11 3 1 0 0 0.63 1.78 78 K -2 5 2 -2 -5 2 0 -3 -1 -3 -5 4 -4 -5 -4 0 -2 -4 -4 -3 2 30 9 2 0 8 6 1 1 2 1 27 0 0 1 7 2 0 0 1 0.79 1.72 79 F -1 -1 -1 -5 -2 -4 -4 -4 -3 -2 -1 -3 -3 7 -5 -1 -3 -2 4 -1 5 4 3 0 1 0 0 1 0 2 3 1 0 55 0 5 1 0 14 3 1.22 1.54 80 F -5 -5 -6 -6 -5 -6 -6 -6 -4 -3 1 -6 1 8 -6 -5 -5 -2 3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 3 77 0 0 0 0 7 0 1.95 1.40 K Lambda Standard Ungapped 0.1352 0.3145 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1746 0.3172 PSI Gapped 0.0534 0.2670