Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Q -3 -1 -3 -3 -4 5 0 -4 -3 -3 -2 4 7 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 31 4 0 0 0 0 29 37 0 0 0 0 0 0 0 1.09 0.90 2 T 2 3 0 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -4 -4 0 -3 -5 -3 2 5 -5 -4 -3 19 17 3 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 12 44 0 0 0 0.79 1.02 3 P 2 -4 -4 -4 0 -3 -1 -4 0 2 -2 0 -3 -5 6 -1 -3 -6 -4 1 16 0 0 0 2 0 4 0 3 12 2 7 0 0 41 3 0 0 0 9 0.88 1.14 4 M -3 -4 -5 -5 -1 -2 -2 -6 -5 -2 0 -2 10 -2 -3 -3 -3 -5 -4 -1 1 0 0 0 2 1 2 0 0 1 6 2 78 1 1 2 0 0 0 3 2.02 1.67 5 Q -2 -1 -3 -3 -5 0 -3 -6 -3 -1 -1 0 9 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -2 2 3 1 1 0 5 1 0 1 3 2 7 66 0 1 1 4 0 1 1 1.67 1.93 6 T -3 -1 5 2 -4 -1 -1 -3 -2 -4 -3 0 -3 -5 -3 0 5 -6 -3 -4 1 3 26 12 0 3 3 1 1 1 2 6 0 0 1 5 33 0 1 1 0.81 1.93 7 V -1 4 -2 -4 -4 -2 -2 -4 -1 4 1 0 -2 -1 0 -3 -2 0 0 0 6 23 2 1 0 1 2 1 2 22 11 7 1 2 5 1 2 1 4 7 0.43 1.95 8 D -1 -1 -1 3 -5 3 5 -4 -2 -5 -5 0 -4 -6 -3 0 -2 -6 -4 -5 4 2 3 17 0 11 45 1 1 1 1 6 0 0 1 6 2 0 0 0 0.96 1.95 9 D 0 1 -2 2 -4 3 5 -5 -1 -4 -4 -1 -3 -5 -4 -1 0 1 -2 -4 7 8 1 13 0 14 34 0 1 1 1 3 1 0 0 3 7 2 2 1 0.69 1.97 10 L 1 -6 -5 -6 -3 -5 -6 -6 -4 3 4 -5 -1 3 -6 -5 -3 -1 0 3 10 0 1 0 0 0 0 0 0 16 37 1 1 12 0 0 1 1 3 17 0.83 1.96 11 R -2 5 0 -1 -2 0 -1 -5 1 2 1 0 -1 1 -5 -3 -3 -4 -2 -2 3 33 5 4 1 3 5 0 3 12 13 6 1 6 0 1 2 0 1 2 0.55 1.98 12 S 2 1 0 3 -6 2 3 -3 -1 -5 -4 1 -4 -6 -4 0 0 -6 -5 -4 19 7 3 17 0 7 20 1 1 0 1 9 0 0 0 7 5 0 0 1 0.54 1.99 13 V -2 -2 -5 -6 -2 -4 -5 -6 1 1 0 -3 -2 4 -6 -4 -3 2 7 -1 4 3 0 0 1 1 0 0 3 9 9 1 1 16 0 1 1 2 45 4 1.23 2.00 14 C 3 -6 -4 -6 9 -4 -6 0 -4 0 0 -5 -2 -4 -5 -3 -3 -6 -5 1 22 0 1 0 44 0 0 6 0 6 8 0 1 0 0 1 1 0 0 9 1.43 1.98 15 D 0 -1 -1 -2 -3 1 -1 -3 -3 -1 5 0 3 -3 -5 -2 -3 -3 -3 -2 7 4 3 3 0 6 4 2 0 2 49 6 6 1 0 3 1 0 1 1 0.60 2.01 16 E 2 -1 0 1 -3 1 1 0 -2 -4 -5 0 -3 -6 -4 4 1 -3 -4 -4 18 2 5 6 0 7 10 6 1 1 1 6 1 0 0 27 7 0 0 1 0.47 2.01 17 L -4 -2 -2 -5 -4 0 -2 -5 -1 -2 4 4 0 3 -4 -4 -3 -1 0 -3 1 2 2 0 0 4 2 0 2 2 40 23 2 12 0 0 1 1 3 1 0.73 2.02 18 P -2 -3 -2 -2 -6 -2 -2 -4 -2 -4 -4 1 -3 -1 7 -3 -2 -5 4 -4 3 1 2 2 0 2 3 1 1 1 1 9 1 3 53 1 2 0 14 1 1.35 2.01 19 H 0 -3 0 1 -2 -1 2 5 2 -5 -4 -2 -3 -1 -4 -2 -4 -3 -3 -5 8 1 4 8 1 3 13 46 5 0 2 2 0 3 1 2 0 0 1 0 0.80 2.02 20 S 4 -4 -5 -3 -1 -4 -4 -3 -5 -1 -3 -4 -4 -5 -4 0 4 -6 -5 3 38 0 0 1 1 0 0 1 0 3 1 1 0 0 1 7 25 0 0 22 0.88 2.02 21 L -1 0 -2 -1 -3 0 3 -4 0 -1 -3 0 -2 0 -5 0 3 2 2 1 4 5 1 3 0 4 19 1 2 3 1 5 1 4 0 7 21 3 7 8 0.38 2.03 22 E -1 -2 -3 -2 -2 2 5 -4 2 -3 -2 0 -2 -4 3 -2 -3 -2 -1 -1 4 2 0 1 1 7 42 1 5 2 5 5 1 1 13 2 1 1 2 5 0.72 2.04 23 T -2 -1 -2 5 0 -2 2 -1 0 -4 -5 1 -3 -6 -4 1 0 -6 -1 0 2 4 1 33 2 1 15 4 2 1 1 9 0 0 1 9 6 0 2 7 0.61 2.00 24 F -2 -2 -2 -3 -1 -1 -1 -4 3 0 0 -3 1 4 -4 -3 -1 1 6 1 4 3 2 1 1 3 4 1 6 5 7 2 4 15 1 2 4 2 25 8 0.59 2.01 25 P -2 -1 -3 -3 -5 1 -3 -4 2 -5 -1 1 -3 -6 7 0 -3 -6 -3 -4 3 4 1 1 0 7 1 1 6 0 6 10 1 0 52 6 1 0 1 1 1.25 1.97 26 F -3 -3 -3 -3 -5 -3 -1 -4 2 -3 -3 -3 -2 7 -3 -2 -4 9 0 -3 2 1 2 2 0 1 4 1 6 1 2 1 1 41 2 3 1 29 1 1 1.63 1.95 27 D -1 -1 -1 3 -5 -1 1 4 3 -3 -5 0 -3 -4 -2 0 -1 -2 -3 -4 5 4 3 15 0 3 9 32 7 2 1 6 1 1 2 6 3 1 1 1 0.53 1.97 28 D -3 0 -1 3 -5 -1 2 -1 1 -4 -4 1 -2 -3 4 -2 -3 6 -3 -4 2 5 3 15 0 3 12 6 4 1 2 7 1 1 22 2 2 11 1 1 0.66 1.88 29 E -1 -2 1 4 -5 1 2 1 1 -4 -4 0 -3 -1 1 -1 -1 -1 1 -3 5 2 7 19 0 6 14 11 3 1 1 6 1 2 7 4 4 1 4 2 0.34 1.93 30 T 1 -3 2 -2 0 -3 -3 -3 1 -1 -2 -3 -1 1 2 0 2 4 2 0 13 1 10 2 2 1 1 2 3 4 3 2 1 5 10 6 13 5 8 7 0.29 1.87 31 L 1 -2 -1 2 -1 -1 0 -3 1 -1 1 -2 -1 0 0 0 0 6 -2 -2 12 2 3 11 1 3 5 2 3 4 16 2 1 3 5 6 6 10 1 2 0.25 1.84 32 V -1 -1 -2 -2 3 1 -3 -2 -1 -1 -2 -2 -1 0 -4 -1 1 0 2 4 5 4 2 2 5 6 2 3 2 3 2 2 1 4 1 4 9 1 8 35 0.44 1.73 33 F 0 -3 -4 -5 0 -4 -3 -3 -1 0 1 -2 2 5 -5 -2 -2 3 4 1 7 2 0 1 2 0 2 2 1 6 12 2 5 28 0 3 2 4 12 9 0.64 1.79 34 K -2 4 -2 -2 1 -1 -2 -3 0 -1 -3 5 -2 -2 -2 0 -1 0 -1 -1 3 21 1 2 3 2 2 2 2 3 2 34 1 2 2 7 4 1 2 5 0.60 1.74 35 V -1 -3 -4 -4 0 -3 -4 -4 0 2 0 -2 2 -1 -1 -2 -1 -4 -1 5 4 1 1 1 2 1 1 1 3 11 8 3 5 3 3 3 3 0 2 45 0.66 1.61 36 G 0 4 -1 -1 1 -1 -1 2 2 -2 -2 0 0 2 -1 -1 -1 1 -3 -2 6 22 3 3 3 3 3 15 4 3 4 5 2 8 3 5 3 2 1 3 0.27 1.70 37 Y -1 1 0 1 1 0 -1 -1 7 -1 -2 -1 0 0 -1 0 -1 -3 1 -1 5 7 4 7 3 4 4 5 23 3 4 3 2 4 3 6 5 0 5 4 0.40 1.75 38 L -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 39 S 0 0 -1 2 0 0 0 1 0 0 -1 1 -1 -1 -1 0 -1 2 1 -1 7 6 3 10 2 4 5 9 3 6 7 10 1 3 3 7 3 3 6 4 0.08 1.29 40 K -1 1 3 0 0 -1 -1 0 0 -2 -2 2 1 1 -2 0 1 -3 1 -2 5 6 13 5 2 3 4 8 2 2 4 12 4 5 2 8 7 0 5 3 0.15 1.35 41 S -1 0 0 1 -4 0 -2 4 -1 -4 -2 2 0 -1 -2 -1 -2 -4 -4 -1 5 4 5 7 0 4 2 36 1 0 5 12 2 3 2 4 2 0 0 4 0.45 1.52 42 R -2 1 -1 -4 0 0 -2 -3 -1 -3 -3 6 0 1 -2 -1 -2 -5 -4 -1 2 5 2 0 3 4 0 2 2 2 2 57 3 5 2 4 2 0 0 5 0.89 1.53 43 M -2 -4 -2 -5 0 -2 -3 -3 -4 3 -1 -2 7 0 -2 -3 0 6 -1 1 3 0 2 0 2 2 2 2 0 18 4 2 27 3 2 2 5 11 2 11 0.76 1.54 44 Y -2 -4 -5 -5 1 -5 -5 -5 1 -3 -1 -1 -3 7 -5 -4 -1 -2 3 0 4 0 0 0 3 0 0 0 3 0 4 5 0 59 0 0 4 0 9 7 1.32 1.45 45 A 4 -4 -4 -1 3 -4 -4 0 2 0 0 -4 3 -4 0 -1 0 -5 -4 0 34 0 0 5 7 0 0 7 4 5 10 0 8 0 4 4 4 0 0 7 0.47 1.69 46 L -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 47 T -2 -4 -3 -4 1 -2 -4 -1 -3 3 2 -4 2 1 -4 -1 1 -1 0 2 4 1 1 1 2 2 1 6 1 19 19 1 5 5 1 4 10 1 3 15 0.39 2.07 48 D 0 -2 2 2 -1 -3 -2 3 1 -4 -4 -2 2 0 -1 1 0 0 1 -4 7 2 8 11 1 1 2 23 3 1 1 2 6 4 4 10 7 2 5 1 0.35 2.07 49 I -2 -1 -1 0 -2 0 2 -2 0 1 2 -3 2 -1 -1 -1 -1 3 -1 -1 4 3 3 6 1 4 15 4 3 8 21 1 4 2 4 4 5 4 2 3 0.19 2.03 50 T -1 1 0 3 -5 0 2 -1 2 -2 -2 1 -1 -2 -1 0 0 -1 -1 0 5 7 4 14 0 4 15 5 4 2 4 9 1 2 3 5 6 1 2 7 0.18 1.99 51 Q 0 1 2 2 -1 0 3 2 2 -3 -4 0 -5 -6 -1 0 -1 -1 -3 -3 8 6 9 12 1 5 16 13 4 1 1 5 0 0 3 5 4 1 1 2 0.31 2.01 52 D -1 0 0 2 -2 -1 1 4 2 -3 -4 -1 -2 1 -1 -2 -2 -1 -1 -3 5 5 4 12 1 2 8 31 5 1 2 4 1 6 3 3 2 1 2 2 0.41 1.99 53 P -1 1 0 2 -2 1 1 -1 1 -1 -3 0 -2 -2 3 -2 -1 -1 -1 0 5 9 4 10 1 6 11 5 3 4 2 7 1 2 16 3 4 1 2 6 0.23 1.97 54 L -1 -1 -1 0 0 -1 0 -2 0 1 1 -1 0 1 3 -1 0 2 -1 -1 6 3 2 7 2 2 6 3 3 7 14 3 2 7 14 4 5 3 2 5 0.14 1.93 55 R 1 2 -1 -2 2 0 -2 0 1 1 -1 -1 1 0 0 0 -1 3 0 0 12 10 3 3 4 3 3 8 3 9 5 3 3 3 4 6 4 4 3 6 0.09 1.76 56 L 0 -4 -3 1 3 -3 0 0 -4 1 0 -4 3 2 -4 0 1 -4 2 0 8 0 0 8 7 0 8 8 0 8 8 0 7 7 0 8 8 0 7 8 0.22 1.34 57 S 0 -3 5 0 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -2 -1 -1 -5 -4 2 3 3 -2 -1 8 1 28 6 1 0 1 3 1 2 3 4 1 0 0 14 16 4 2 4 0.55 1.81 58 L -3 -5 -6 -6 3 -5 -6 -6 -5 1 4 -5 0 4 -6 -3 -2 -4 -1 4 2 0 0 0 5 0 0 0 0 7 36 0 2 16 0 2 2 0 2 25 0.88 1.91 59 K -1 1 -2 -3 -3 -2 -2 -2 0 -3 -4 7 -4 -4 -2 -3 -4 0 -2 -4 4 5 1 1 1 1 1 3 2 1 1 72 0 1 1 1 0 1 1 1 1.38 1.92 60 V 1 -4 -1 -2 7 -3 -5 -3 0 0 0 -4 -1 -2 -3 -1 0 -1 -3 3 14 1 3 2 27 1 0 2 2 4 10 1 1 2 1 4 6 1 1 18 0.73 1.92 61 D -1 -1 0 5 -2 -1 1 -1 -2 -3 -3 -1 -3 -3 2 2 0 -6 -5 -3 5 3 5 30 1 2 8 5 1 1 3 3 1 1 10 14 6 0 0 2 0.51 1.88 62 P 0 -1 -2 0 -2 -2 0 -3 -1 -3 -4 -1 -2 -4 7 -2 -2 -6 -5 -3 7 4 1 6 1 2 6 2 2 1 1 4 1 1 53 3 3 0 0 2 1.19 1.86 63 E -1 -2 -2 3 -3 1 5 0 -1 -1 -2 -2 0 -2 -2 -1 -2 -5 -3 -2 6 2 2 16 1 5 34 7 1 4 4 2 3 2 2 5 1 0 1 3 0.50 1.88 64 R 0 1 0 1 1 0 1 -2 3 -1 0 0 2 -1 -5 -1 -1 3 0 -1 7 8 4 9 3 4 10 4 6 3 9 5 4 3 0 5 4 4 4 4 0.15 2.09 65 G 2 0 0 -2 1 0 -2 0 0 0 -2 -1 1 2 -1 0 -1 2 1 0 20 5 4 3 3 5 3 6 3 6 4 3 3 7 3 6 3 3 5 5 0.13 2.06 66 E 1 -1 -1 2 -5 0 3 0 1 0 0 -2 0 -2 -1 -1 -1 1 -1 -1 13 3 3 11 0 5 16 6 3 6 9 2 2 2 3 5 3 2 2 4 0.16 2.08 67 E 1 -1 -2 -1 -1 0 2 -1 -1 0 0 -1 2 3 -2 0 -1 0 -1 -1 12 3 2 3 1 3 16 4 2 5 9 3 5 11 2 7 4 1 1 4 0.16 1.99 68 L -3 -3 -2 -6 0 -2 -5 -4 1 0 5 -5 1 0 -6 -5 -2 4 1 -1 2 2 2 0 2 2 0 2 3 4 60 0 2 3 0 0 2 5 4 4 0.95 1.97 69 R -1 5 -2 -3 0 1 -2 -1 -1 0 0 -1 1 -2 -2 -1 -1 0 -1 1 4 35 2 1 2 5 2 4 1 5 8 3 3 1 2 5 4 1 2 9 0.47 1.94 70 Q 1 -1 0 3 -1 2 3 -2 1 -3 -1 -1 1 -2 -2 -1 -1 -5 -1 -3 11 3 4 14 1 10 19 3 3 2 6 4 3 2 2 5 4 0 2 2 0.28 1.97 71 A 1 1 -2 -2 0 3 1 -2 0 0 -1 0 1 -2 -2 0 1 -5 -2 -1 13 9 2 2 2 13 8 3 2 6 6 5 3 2 2 6 11 0 1 4 0.16 1.88 72 H -2 -1 0 2 0 -1 0 -1 4 -1 -2 -3 -1 2 -1 -2 -2 0 5 -2 4 3 4 11 2 3 6 4 10 4 3 1 2 7 4 3 2 1 22 3 0.44 1.59 73 P -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 74 Q -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 75 S 2 1 -1 0 0 -1 -2 3 0 -1 -2 0 -1 -1 -2 0 -1 1 0 0 15 8 2 6 2 3 3 20 2 4 3 5 2 3 2 6 3 2 3 6 0.17 1.97 76 I -1 -1 -5 -5 1 -1 -1 -2 1 4 -1 -1 1 2 0 -2 -1 -5 2 2 4 3 0 0 3 3 4 3 3 24 3 3 3 9 4 3 3 0 7 16 0.39 1.99 77 A -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 78 P 0 0 -2 -3 0 -2 -2 -2 -1 -1 -4 -1 -2 -2 6 -1 -2 0 -2 0 8 6 2 1 2 1 2 3 1 3 1 4 1 2 47 3 2 1 2 7 0.94 1.96 79 G 2 -3 -4 -1 0 -1 -2 3 -1 -2 -3 -4 0 -4 2 1 -2 3 2 -2 20 2 0 4 2 2 3 20 2 2 2 0 2 0 11 11 2 3 8 2 0.42 1.88 80 Y 0 -2 -2 -1 0 -2 -1 0 -1 -2 -1 -2 -1 3 2 -2 -2 4 5 -3 8 3 2 4 2 2 4 8 2 2 6 2 1 10 11 2 3 6 23 2 0.49 1.87 81 H 0 -1 1 -2 0 -1 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