Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 5 -3 -2 -3 -2 -2 -2 4 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -2 0 -2 -4 -3 -2 65 0 0 0 0 0 0 35 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.81 0.38 2 H -1 0 -1 -2 -3 2 -1 -1 7 -4 -4 -1 -3 -3 -3 4 -1 -4 -1 -4 0 4 0 0 0 9 0 4 43 0 0 0 0 0 0 40 0 0 0 0 0.88 0.49 3 A 5 -1 -2 -1 2 -2 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 3 1 -4 -4 0 55 3 0 4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 6 0 0 7 0.67 0.70 4 V -1 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -5 2 -1 0 -1 -3 -4 -3 -2 -5 -3 6 1 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 8 0 0 0 0 0 0 0 83 1.09 0.75 5 S 3 -4 -5 -5 -1 -4 -4 -4 -5 0 -2 -4 -2 -3 -4 -2 0 -5 -4 6 27 0 0 0 1 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 1 4 0 0 65 1.01 0.99 6 V -3 -4 -5 -5 -3 1 -2 -5 0 1 -1 -4 -1 -3 -5 -3 -2 -5 -3 6 0 0 0 0 0 9 2 0 3 2 1 0 1 0 0 1 1 0 0 80 1.18 1.05 7 W -5 -5 -6 -7 -5 -4 -5 -5 -5 -5 -4 -6 -4 -1 -6 -5 -5 13 0 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 4.05 1.11 8 E -3 -2 -2 -1 -5 5 6 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -3 -5 -1 -5 0 0 0 0 0 25 69 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 2 0 1.44 1.08 9 F -5 -5 -6 -7 -1 -4 -5 -5 -2 -5 -3 -5 -4 0 -6 -5 -5 12 3 -5 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 0 1 0 0 0 87 9 0 3.53 1.17 10 E -3 1 4 2 -5 4 2 -4 0 -5 -2 1 0 -5 -4 -1 -3 -5 -4 -5 1 8 23 12 0 23 14 0 1 0 4 8 3 0 0 3 0 0 0 0 0.71 1.17 11 S -4 -2 2 6 -6 -2 2 -2 -3 -4 -6 -3 -5 -2 -4 1 -2 -6 -3 -5 0 2 7 58 0 0 15 3 0 1 0 0 0 2 0 10 1 0 1 0 1.18 1.17 12 R -2 4 1 3 -6 -1 3 -1 6 -6 -5 -2 -4 -5 -4 0 -2 -5 -3 -5 3 21 6 15 0 1 20 4 23 0 0 0 0 0 0 5 2 0 0 0 0.84 1.17 13 G -2 -1 0 -2 -3 -4 -3 6 -4 -6 -6 -2 -5 -6 -4 1 -1 -5 -5 -5 2 4 5 1 1 0 1 70 0 0 0 1 0 0 0 11 4 0 0 0 1.30 1.17 14 K -1 4 -2 -2 -5 1 -2 -2 2 -2 -1 1 0 -1 -4 0 2 -2 1 0 4 26 1 2 0 5 1 2 5 2 5 9 2 3 0 8 13 1 5 6 0.33 1.17 15 W -5 -5 -6 -7 1 -5 -6 -5 -5 -5 -4 -6 -4 0 -6 -5 -5 12 0 -5 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 94 0 0 3.83 1.17 16 L -4 5 -2 -4 -5 0 0 -5 6 -1 -1 0 -3 -3 -5 -3 1 -5 -3 -2 0 40 1 0 0 4 6 0 21 4 8 4 0 1 0 0 8 0 0 3 0.87 1.25 17 P -1 -4 -1 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -6 8 0 -3 -6 -5 -3 6 0 4 0 0 2 0 0 0 0 3 0 0 0 79 5 0 0 0 1 2.10 1.25 18 Y -4 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -3 1 -4 -4 -4 -4 1 -6 -3 -4 0 9 -4 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 2 0 1 0 0 93 0 2.40 1.25 19 S -1 -1 -1 2 -4 -2 1 -1 -4 -5 -3 -2 -4 -5 0 5 2 -6 -5 -4 3 3 1 10 0 1 11 4 0 0 2 1 0 0 5 47 13 0 0 0 0.71 1.25 20 P 2 0 -2 -4 -4 -3 -2 1 -2 -4 -2 -3 3 -5 5 1 0 -5 -5 -2 21 7 2 0 0 0 1 10 1 0 4 0 7 0 30 9 6 0 0 2 0.67 1.25 21 A 3 -2 0 1 0 1 2 -1 1 2 -2 -2 -2 -5 -4 0 0 -2 -4 -1 23 1 4 10 2 5 13 3 3 15 3 1 1 0 0 7 6 1 0 2 0.28 1.25 22 V -1 -5 -4 3 -4 -4 -2 -5 -1 1 -2 -4 -2 -4 -5 -2 0 -6 -4 6 5 0 0 19 0 0 2 0 2 4 0 0 0 0 0 2 4 0 0 62 0.99 1.25 23 S 0 -4 -1 -4 8 -4 -4 0 -4 -4 -4 -4 -4 -3 -4 4 0 -5 -4 0 4 0 2 0 33 0 0 7 0 0 0 0 0 1 0 38 5 0 0 6 1.07 1.25 24 Q 0 4 0 -2 -1 2 0 -3 4 1 -2 -1 0 -4 -4 1 0 -5 -2 -1 8 21 5 1 2 8 6 1 10 8 3 3 2 0 0 10 6 0 1 5 0.32 1.19 25 H -1 -3 -3 -2 -4 1 -2 -3 6 2 0 -1 1 2 -4 -3 0 -3 4 -2 4 0 0 2 0 7 2 1 18 14 10 4 4 8 0 1 7 0 15 1 0.49 1.19 26 L -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -6 -5 7 3 -5 -1 -1 -5 -5 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 62 27 0 0 2 0 0 0 0 0 6 1.26 1.19 27 E -3 -2 -1 1 -6 2 7 -4 -3 -5 -3 -2 -4 -5 -3 -3 -3 -5 -4 -5 0 0 2 5 0 6 82 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.55 1.19 28 R 2 4 1 0 -4 3 -2 -4 3 -4 -3 1 -1 -5 -4 0 -2 -5 -3 -3 17 23 8 5 0 16 1 0 7 0 2 8 2 0 0 6 2 0 1 2 0.52 1.19 29 A 5 -1 -2 -4 1 1 -2 -3 -2 -2 -3 -3 -3 -4 -3 1 -2 -5 -4 2 58 3 2 0 3 6 1 0 1 2 0 0 0 0 0 8 0 0 0 13 0.79 1.18 30 H -3 -1 -1 -3 -5 -3 1 -1 6 -3 0 0 -3 4 -4 0 -3 -3 4 -1 1 3 2 1 0 0 9 5 24 1 8 5 0 16 0 6 0 0 14 4 0.62 1.19 31 A 1 1 -2 0 -2 3 0 1 -3 -3 0 1 0 -3 -2 1 0 -4 -3 -1 12 8 1 5 1 14 5 10 0 1 10 9 2 1 2 9 5 0 1 5 0.18 1.18 32 K 0 1 2 -1 -2 2 0 -3 -2 -4 -4 4 -4 -3 3 0 -2 -5 -4 -3 9 5 12 2 1 11 4 1 1 0 1 25 0 1 15 7 2 0 0 2 0.50 1.16 33 K -1 3 0 0 -4 3 -2 4 -3 -4 -3 1 -4 -5 -2 0 -2 -5 -4 -3 5 14 5 5 0 14 1 30 0 0 2 9 0 0 2 8 1 0 0 2 0.51 1.16 34 L 0 0 0 1 -1 0 3 1 0 -4 0 0 1 -2 -1 -1 -1 2 -4 -3 10 5 4 9 2 4 18 10 2 0 10 4 3 2 3 4 4 2 0 2 0.17 1.30 35 T -1 -1 1 3 -4 -3 0 2 0 -4 -4 -1 -4 -5 2 2 3 -5 -4 -1 3 2 7 14 0 0 5 14 2 0 1 2 0 0 9 17 18 0 0 4 0.41 1.25 36 R 0 0 0 0 2 0 3 -3 -3 -3 -1 0 -3 3 -3 1 0 3 -2 -3 8 6 4 4 4 4 22 1 0 1 5 4 0 15 1 12 4 4 0 1 0.31 0.94 37 V 1 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 3 -1 -3 3 2 -4 -3 1 -4 -2 4 13 1 0 1 0 0 1 1 0 21 1 1 8 8 1 1 9 0 0 36 0.62 0.95 38 M -1 -3 0 0 3 0 -3 -1 -1 -1 0 -3 -1 -1 3 2 0 2 -3 2 3 0 5 6 6 5 0 4 2 3 8 0 1 2 12 18 5 3 0 15 0.24 1.05 39 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 1 6 -4 0 0 -2 -4 -3 -4 -3 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 5 81 0 0 4 2 1 0 0 0 4 1.15 1.04 40 S -1 -1 0 0 -3 -3 -3 5 0 -3 -4 -1 -3 -4 -3 2 -1 -4 -3 0 5 3 4 6 0 1 1 43 2 1 1 3 0 1 1 20 3 0 0 7 0.63 0.97 41 D -1 -1 -1 4 -3 4 0 -2 0 -1 -1 2 1 -2 -2 -2 -1 -3 -3 -3 4 2 3 23 0 22 4 3 3 3 5 14 3 2 1 2 4 0 1 1 0.43 0.89 42 A 4 -3 -3 -3 1 -3 -3 -2 -3 2 0 -3 -1 -1 -1 0 -1 -3 -3 3 35 1 1 1 3 1 1 1 0 11 8 1 1 2 3 6 4 0 1 19 0.39 0.89 43 D 0 -3 0 6 0 -2 0 1 0 -3 -4 -1 -3 -4 -3 -1 -1 -4 -3 -3 8 1 4 51 2 1 3 9 2 1 2 4 0 1 1 4 4 0 1 1 0.78 0.88 44 P -1 0 -2 -2 0 0 -2 -2 1 -3 -3 -1 -3 -4 6 1 0 -4 -3 -1 5 6 1 1 2 3 1 2 3 1 2 3 0 1 45 11 4 0 1 4 0.88 0.91 45 S 0 2 2 -1 -3 1 -1 0 0 -1 -2 0 1 -4 -3 2 2 -2 -3 -3 6 10 12 3 0 7 2 6 3 4 4 4 3 0 1 18 14 1 0 1 0.25 0.99 46 L -2 -3 -4 -4 -3 -3 -4 1 -1 0 5 -3 3 -1 -4 -3 -3 -3 -3 0 2 1 1 1 0 1 1 11 2 4 60 1 6 2 1 1 1 0 0 5 0.72 0.94 47 E 2 0 -2 -1 -3 -1 0 2 -3 -3 -3 1 -3 1 -3 2 -1 -3 0 -2 22 5 1 4 0 3 5 17 0 1 2 9 0 6 1 17 3 0 3 3 0.28 0.95 48 Q 0 1 0 -1 2 -1 -3 -2 -3 -2 -1 0 -3 -4 6 0 0 -4 -4 -2 7 10 5 3 4 3 1 3 0 2 5 5 0 0 36 7 6 0 0 3 0.62 1.00 49 Y -4 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 3 -3 -2 -4 -3 2 -5 -2 -4 0 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 3 0 0 4 0 2 0 0 81 0 1.94 1.05 50 Y -2 -2 -1 -4 -4 -1 -1 -4 -3 4 -1 -2 -1 1 -4 -1 2 -3 3 2 1 1 4 0 0 3 4 0 0 27 4 3 1 7 0 4 15 0 10 15 0.42 1.05 51 V -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -5 -5 6 0 -5 0 -3 -5 -4 -1 -5 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 57 4 0 1 0 0 0 4 0 0 31 1.20 1.06 52 N -2 -4 3 7 -5 -2 0 -3 -3 -5 -5 -3 -5 -1 -4 -1 -3 -6 -4 -5 4 0 17 70 0 0 3 0 0 0 0 0 0 3 0 3 0 0 0 0 1.45 1.06 53 V -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -4 2 4 -2 -1 5 -5 -5 -4 -3 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 43 3 0 30 0 0 0 0 4 9 0.97 1.10 54 R -2 1 0 -1 -5 3 -2 -2 4 -2 -3 1 -3 -5 3 1 2 -5 -4 0 2 9 5 3 0 13 1 3 9 2 2 9 0 0 13 8 13 0 0 9 0.36 1.10 55 T 1 -1 -1 -3 -4 0 -3 -3 -4 -2 -4 1 -3 -5 0 4 4 -5 -4 -3 9 3 2 0 0 3 0 0 0 2 0 8 0 0 3 42 27 0 0 1 0.72 1.10 56 M -3 -3 -4 -5 -4 0 -4 -4 1 0 1 -1 7 3 0 1 -3 6 -2 -2 0 0 0 0 0 4 0 0 3 5 10 4 33 12 4 12 0 13 0 0 0.78 0.93 57 T -2 -1 0 -3 0 1 -1 -2 2 -2 -2 0 1 -3 -4 2 3 -4 1 2 0 3 3 0 2 7 2 3 5 0 3 5 3 0 0 16 23 0 6 18 0.33 0.93 58 Q -3 2 -2 -2 -5 7 2 -4 -2 -5 -4 -1 -3 -5 -4 -2 -3 6 -3 -5 0 9 0 0 0 69 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 1.45 0.93 59 E -3 0 -4 -3 3 -1 3 -5 -3 3 -1 -1 -2 5 -5 -2 0 -3 0 -1 0 5 0 0 6 2 20 0 0 18 4 3 0 28 0 3 5 0 3 4 0.54 1.00 60 S -2 5 4 -1 -1 -1 -1 1 -3 -5 -4 -1 -4 -1 -4 1 0 -5 -4 -5 1 39 21 2 1 1 3 9 0 0 1 1 0 3 0 9 7 0 0 0 0.75 1.18 61 L -3 0 -3 -1 -5 4 3 -2 1 -1 -1 1 -1 -1 -1 -2 0 -5 -4 1 0 4 0 2 0 22 23 3 4 3 6 8 2 2 2 2 5 0 0 12 0.42 1.18 62 T -2 -1 0 5 -5 -1 1 0 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -1 0 3 -6 -5 -1 2 3 3 41 0 2 6 7 0 0 0 0 0 0 3 5 21 0 0 6 0.74 1.15 63 I -2 3 -1 -4 1 0 -3 -4 1 -1 -2 -2 -3 -3 -4 0 5 -4 2 0 2 14 2 0 3 4 0 0 3 2 2 0 0 0 0 5 47 0 8 6 0.71 1.15 64 G -1 -1 1 -3 -5 -1 -3 5 -4 -5 -5 0 -4 -5 3 1 -3 -5 -5 -5 3 3 6 0 0 3 0 50 0 0 0 6 0 0 17 9 0 0 0 0 0.95 1.11 65 V -2 -1 -5 -4 0 -2 -4 -5 -5 2 -1 -1 -2 -1 -5 -4 1 -5 1 6 1 3 0 1 2 2 0 0 0 9 1 4 0 2 0 0 7 0 4 63 0.91 1.16 66 R -2 7 -3 -4 -2 2 0 -4 -1 -5 -4 1 -2 -5 -2 -2 -2 -5 -4 -5 3 68 0 0 1 9 4 0 1 0 0 6 1 0 2 2 2 0 0 0 1.30 1.15 67 R -3 8 -3 -4 -1 0 -2 -4 -2 -5 -4 1 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -5 0 88 0 0 2 2 0 0 0 0 0 3 0 0 0 3 0 0 0 0 1.76 1.06 68 M -1 0 2 -3 3 1 -2 -3 4 -3 -2 2 2 0 -3 2 -1 -4 -3 -2 4 4 12 0 7 7 0 1 10 0 3 16 7 4 0 18 2 0 0 3 0.39 1.01 69 F -2 -1 -4 -5 4 -4 -2 -5 -4 2 3 -4 -1 3 -4 -2 -1 -3 2 1 3 3 0 0 10 0 2 0 0 12 30 0 0 12 0 4 4 0 8 11 0.50 1.04 70 Y -3 -1 -2 -4 0 -3 -1 -2 0 -1 -1 -4 -3 4 -5 -2 -3 -1 7 -2 0 4 2 0 2 0 4 3 1 4 4 0 0 17 0 3 1 0 50 2 1.06 1.00 71 A 2 -2 -2 0 -4 0 0 0 0 -4 -1 -2 -4 -5 6 0 -2 -5 -4 -3 17 2 1 6 0 4 5 6 3 0 7 1 0 0 37 8 2 0 0 1 0.72 1.05 72 P 0 -2 -2 -2 -5 3 -3 -3 -4 -2 -2 -1 0 -5 7 -1 -3 -5 -5 -1 7 2 1 2 0 14 0 1 0 1 5 3 3 0 51 5 0 0 0 5 1.12 1.06 73 S -1 -3 2 3 -1 2 -1 0 1 -5 -4 -3 -2 -5 -2 4 0 2 -2 -4 4 1 10 15 1 11 3 7 4 0 1 0 1 0 1 35 4 3 1 0 0.53 1.08 74 S 1 -1 -2 -3 -3 -1 -3 0 -3 -4 -5 -3 -4 -5 -1 6 0 -5 -4 -2 12 2 0 0 0 2 0 5 0 0 0 0 0 0 2 72 3 0 0 2 1.03 1.05 75 P 4 0 -4 -4 -4 -3 -3 0 -4 -4 -1 -3 -3 -5 5 -2 0 -5 -4 -2 40 6 0 0 0 0 0 7 0 0 7 0 0 0 31 0 6 0 0 2 0.86 1.03 76 A 4 -4 -4 -4 -4 -1 -3 -1 -4 -2 0 -3 -3 -4 6 -1 -2 2 -4 -3 35 0 0 0 0 3 0 3 0 2 10 0 0 0 41 2 1 4 0 0 1.02 0.96 77 G 1 -4 0 -3 -4 0 -3 6 -4 -6 -5 -3 -4 -5 -1 0 -3 -5 -5 -5 10 0 4 0 0 5 1 71 0 0 0 0 0 0 3 6 0 0 0 0 1.26 0.96 78 K -2 4 -2 -3 -5 4 -1 -2 -2 -5 -4 4 -1 -5 -3 2 -1 -5 -4 -4 0 20 0 0 0 24 0 2 0 0 0 33 2 0 0 16 3 0 0 0 0.83 0.91 79 G -2 -4 -2 -3 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.96 0.82 80 T 0 -2 -1 -2 6 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -2 4 3 -4 -3 -2 0 0 0 0 21 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 29 0 0 0 0.68 0.30 K Lambda Standard Ungapped 0.1270 0.3160 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1755 0.3175 PSI Gapped 0.0537 0.2670