Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 D -4 -3 1 7 -6 1 4 -4 -3 -6 -6 -3 -5 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -6 0 0 6 61 0 7 26 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.52 1.25 2 G 0 -2 -2 -3 -5 -4 -4 7 -5 -6 -6 0 -3 -6 -5 -2 -3 -6 -6 -6 5 2 1 1 0 0 1 82 0 0 0 5 1 0 0 1 1 0 0 0 1.70 1.52 3 Y -2 -1 -2 -1 -6 -1 -1 -2 7 -3 0 -1 -4 3 -4 -3 -3 0 5 -3 3 3 2 4 0 2 3 4 25 1 8 3 0 11 1 1 1 1 23 1 0.83 1.68 4 E -3 -1 -1 0 -6 0 6 -5 -4 -4 -4 -1 -5 -6 -2 -1 -1 -6 -5 1 1 2 2 4 0 4 63 0 0 1 1 3 0 0 2 3 4 0 0 10 1.15 1.82 5 A 4 -2 -3 -1 -4 0 -1 -1 4 2 -2 -2 -1 -4 -2 -1 0 -6 -3 -1 40 2 1 4 0 3 3 3 9 10 4 1 2 1 2 4 6 0 1 4 0.49 1.85 6 M 1 -2 -3 0 -3 0 3 -4 -4 1 1 -2 4 -1 -3 -1 -1 -5 -4 2 10 3 1 4 1 3 22 1 0 7 11 2 10 2 1 3 4 0 0 14 0.35 1.86 7 F 1 1 -1 -1 -4 -3 0 -3 0 -2 0 -3 -2 6 -3 -1 -2 -4 0 -2 14 9 3 4 0 1 6 2 2 2 10 1 1 31 2 6 3 0 2 2 0.50 1.87 8 V -1 -4 -3 -3 -4 -4 -3 -4 -4 5 2 -4 0 -1 -4 -2 -1 -5 -4 3 5 1 1 1 0 1 2 1 0 36 21 1 2 2 1 2 3 0 0 19 0.76 1.87 9 Q 0 1 -1 2 -6 2 3 1 4 -4 -3 0 -3 -5 -3 -1 0 -4 -2 -4 7 6 2 13 0 10 21 10 10 1 2 4 1 0 1 4 5 0 1 1 0.45 1.92 10 D -2 -2 0 6 -6 -1 1 -2 -1 -3 -3 -3 -2 -4 -3 1 0 -6 -3 -1 2 2 3 47 0 2 8 3 1 2 2 1 1 0 1 12 6 0 1 5 0.89 1.94 11 V -1 -3 -3 -4 -5 -3 -2 -3 -2 2 4 -2 0 -1 -2 0 -2 -4 0 2 5 1 1 1 0 1 3 2 1 11 37 2 2 2 2 9 1 0 3 15 0.48 1.97 12 L 1 -3 -3 -1 -4 -3 -2 -2 -3 2 3 -3 2 -1 0 0 -1 -5 -3 1 11 1 1 4 0 1 2 3 0 11 31 1 5 2 5 8 3 0 1 10 0.35 1.96 13 A 3 -2 -1 2 -5 -1 0 2 2 -3 -2 0 -2 -4 -1 0 1 -3 -3 -1 21 2 2 12 0 2 5 14 6 2 4 6 1 0 3 6 7 0 1 5 0.27 1.97 14 T -1 -1 1 4 -4 1 4 -1 -2 -4 -4 -1 -4 -4 -2 0 1 -6 -3 -3 4 3 7 20 0 6 27 5 1 1 2 3 0 1 2 5 10 0 1 2 0.53 2.01 15 R 0 2 -1 0 -3 0 2 -3 1 -2 -1 0 1 -1 -3 -1 0 -1 4 -2 7 10 3 6 1 3 14 2 3 2 7 6 3 2 1 5 7 1 15 3 0.25 2.01 16 R -1 3 -1 -2 -2 3 3 -3 0 -2 -4 0 -2 -3 -4 1 0 -3 3 -3 4 15 3 2 1 11 19 2 2 3 1 6 1 1 0 12 6 0 9 2 0.41 2.04 17 M -4 -5 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -4 4 4 -5 5 -1 -6 -5 -3 -5 -3 1 1 0 0 1 0 1 1 1 0 26 37 0 16 2 0 1 1 0 0 10 1.03 2.08 18 V 2 -2 -4 -2 -3 -2 2 -3 0 2 -1 -3 1 0 -4 -1 0 -4 -2 3 19 2 1 2 0 1 13 1 2 10 5 1 4 5 0 5 6 0 1 21 0.35 2.09 19 E -3 -1 -3 -1 -5 1 7 -5 -2 -5 -5 0 -3 -5 -3 -1 -2 1 -4 -4 2 3 1 2 0 5 69 0 1 0 1 4 1 0 1 3 3 2 1 1 1.39 2.09 20 V 0 -4 -5 -6 -2 -5 -5 -4 -4 4 1 -4 1 3 -5 -4 -3 -3 -1 4 9 1 0 0 1 0 0 1 0 21 15 1 3 13 0 1 1 0 2 31 0.80 2.09 21 P -1 1 -3 -2 -3 -1 2 -4 -2 1 -1 1 -1 -3 0 -1 1 -4 -3 3 6 9 1 2 0 2 14 1 1 8 7 9 2 1 5 4 10 0 1 18 0.25 2.10 22 I -2 -4 -6 -6 -3 -5 -6 -7 -5 5 2 -5 0 -3 -5 -5 -2 -6 -4 5 2 1 0 0 0 0 0 0 0 31 15 0 2 1 0 0 1 0 0 44 1.22 2.10 23 P 0 0 -1 0 -3 -1 1 -1 1 -3 -2 0 -1 -3 5 1 1 -6 -3 -2 7 4 2 5 1 2 8 4 3 2 4 6 2 1 26 10 8 0 1 3 0.40 2.08 24 E 1 -1 -1 0 -4 0 3 -3 0 -4 -5 1 -3 -5 4 0 -1 -4 -3 -3 13 3 3 6 0 4 20 2 2 1 1 8 1 0 23 7 3 0 1 2 0.54 2.07 25 G -2 -1 3 3 -4 -1 1 3 1 -5 -4 -1 -3 -4 0 -1 0 -3 -3 -4 4 4 13 16 0 2 8 25 3 1 2 3 1 1 4 5 6 0 1 1 0.48 1.97 26 S 1 -3 -1 -2 2 -2 -2 -2 -1 -4 -4 -1 -3 -3 -2 6 -1 -2 -3 -4 8 1 3 2 4 1 2 3 2 1 1 3 1 1 2 60 3 1 1 1 0.95 1.93 27 K -1 2 -1 0 -2 0 1 -3 0 -3 -3 1 -2 -2 4 1 -1 2 -1 -2 6 10 3 4 1 3 9 2 2 2 2 9 1 2 24 9 3 2 2 3 0.40 2.04 28 L -1 -5 -5 -6 -1 -5 -5 -5 -2 2 4 -5 3 3 -5 -4 -3 5 1 0 6 0 0 0 1 0 0 1 1 10 44 0 6 10 0 1 1 7 4 7 0.84 2.08 29 E 2 -3 0 1 1 -3 -1 -5 0 3 -1 -3 -1 -3 -4 -2 -2 -3 -3 4 17 2 4 7 3 1 5 1 3 19 4 1 1 1 0 3 2 0 1 27 0.50 2.08 30 G -3 -3 2 -1 -4 -3 -3 7 -1 -7 -6 -4 -5 -5 -5 -3 -4 -4 -4 -7 1 1 9 3 0 1 1 78 1 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1.73 2.08 31 V -3 4 -2 -4 -4 2 -1 -5 1 -3 -2 6 1 -4 -4 -2 -1 -4 -3 -2 1 19 1 0 0 9 4 0 3 1 3 43 4 1 0 3 3 0 1 3 0.88 2.09 32 S -1 0 -1 -3 -2 -1 -3 -4 -2 -4 -3 -1 -2 -5 0 3 6 -6 -3 -4 3 6 3 1 1 2 1 0 1 0 2 4 1 0 5 25 44 0 1 1 0.89 2.08 33 V -2 -5 -7 -6 -3 -5 -6 -7 -6 5 5 -6 1 -2 -4 -5 -4 -3 -3 2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 27 48 0 2 1 1 1 1 0 0 14 1.12 2.08 34 L 2 3 -1 -3 -3 0 0 2 -2 -1 -2 2 0 -3 -4 0 -1 -4 -3 -2 15 15 2 1 0 4 7 18 1 4 3 11 2 1 0 7 3 0 1 3 0.30 2.05 35 D -2 -2 -1 5 -6 2 5 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -1 -2 -4 -4 -3 3 2 2 27 0 8 41 2 1 0 1 2 0 1 1 4 2 0 0 2 1.01 2.03 36 A 2 -4 -3 -6 -1 -4 -4 -3 -4 2 4 -4 1 -2 -4 1 0 -3 -3 1 14 1 1 0 1 0 1 2 0 10 38 1 3 1 1 13 5 0 1 7 0.56 2.07 37 D -1 2 3 3 -3 1 1 2 1 -5 -5 1 -2 -4 -1 -1 -2 -2 -2 -4 5 10 13 17 0 6 9 14 3 1 1 7 1 1 3 5 2 1 2 1 0.42 2.06 38 I -3 -3 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -3 3 4 -3 1 4 -3 -4 -3 1 -2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 17 39 2 3 16 1 1 1 2 1 7 0.75 2.03 39 H -2 6 -2 -2 -2 -1 -2 -2 0 -4 -3 0 -2 -2 3 -2 -2 2 -1 -4 4 48 2 2 1 2 2 3 2 1 2 5 1 2 13 3 2 3 2 1 0.91 2.02 40 D 0 1 2 1 -5 2 2 -1 1 -4 -3 2 -2 -2 -1 1 0 -1 -2 -3 8 8 8 7 0 8 14 4 3 1 2 11 1 2 3 10 6 1 1 1 0.27 2.03 41 V -2 4 1 0 -3 1 1 -2 0 -3 -1 3 -2 -3 -3 -2 -1 -5 -3 -3 3 26 8 4 1 5 9 3 3 1 7 18 1 1 1 3 4 0 1 2 0.47 1.98 42 T -2 -1 -2 -2 -2 -3 -2 -2 3 -2 -2 -2 -1 3 -2 0 3 0 6 -3 2 3 2 2 1 1 2 3 7 2 3 2 2 13 2 7 19 1 24 2 0.62 1.90 43 G -2 -1 2 1 -1 -1 -2 5 0 -4 -3 0 -2 -2 -3 -2 -2 -5 -1 -4 3 4 10 7 2 3 2 47 3 1 3 5 1 2 1 3 2 0 2 1 0.73 1.88 44 V 2 -4 -4 -6 4 -3 -4 -3 -3 3 1 -4 1 -2 -4 -3 -2 -1 -2 4 15 1 1 0 8 1 1 2 1 14 14 1 3 2 1 1 2 1 1 31 0.62 1.96 45 I -1 -1 4 -2 -5 0 -2 -4 0 1 0 -2 1 -2 -3 1 3 1 0 -1 6 4 18 1 0 4 3 1 2 7 10 2 3 2 1 8 18 2 3 4 0.31 1.98 46 I -2 -3 -6 -4 -1 -5 -4 -4 -6 5 1 -5 0 -1 -1 -5 -2 -6 -2 5 2 1 0 1 1 0 1 1 0 28 12 0 1 2 3 0 2 0 1 40 0.94 1.98 47 I -1 -3 -3 -4 0 -3 -4 -3 -2 4 3 -4 1 -2 -3 -2 -1 -5 0 3 5 1 1 1 2 1 1 2 1 22 24 1 3 1 1 2 4 0 4 23 0.58 1.97 48 G 5 -1 -3 -3 0 -2 -2 4 -2 -3 -3 -3 -1 -2 -5 -1 -2 -5 -3 -3 45 4 1 1 2 1 2 26 1 1 3 1 1 1 0 4 2 0 1 2 0.77 1.96 49 V -2 -4 -6 -4 -2 -3 -4 -4 -2 6 1 -4 0 0 -4 -4 -2 -1 -1 4 4 1 0 1 1 1 1 1 1 41 13 1 2 3 1 1 2 1 2 23 0.88 1.99 50 G -3 4 -2 -1 -2 0 0 -3 1 1 -2 3 -1 -1 -3 -2 -2 5 -1 -1 2 19 2 4 1 4 7 2 4 7 4 21 2 3 1 3 2 7 2 4 0.42 1.99 51 R -3 7 -1 -2 -2 0 -1 -4 1 -4 -4 1 -2 -2 -2 -1 -2 -6 -1 -4 1 60 2 3 1 3 3 1 3 1 1 6 1 2 2 4 2 0 2 1 1.19 2.00 52 G -1 0 3 3 -3 0 0 4 0 -5 -5 0 -3 -4 -1 -1 -3 -2 -4 -4 5 5 13 14 1 4 6 31 2 1 1 5 1 1 4 5 1 1 1 1 0.55 2.07 53 D -2 -1 1 3 -3 -1 1 5 0 -5 -5 0 -3 -4 -3 -1 -1 -6 -4 -5 3 3 7 17 1 3 10 37 2 1 1 6 1 1 1 4 4 0 1 1 0.68 2.07 54 E -2 2 0 1 -3 2 4 -1 0 -3 -3 2 -2 -4 -3 -1 0 -2 -3 -2 4 9 4 8 1 9 28 5 2 2 2 12 1 1 1 4 5 1 1 3 0.44 2.04 55 L -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 56 I -3 -2 0 -1 -1 -1 -1 -4 0 5 2 -3 1 2 -3 -2 -1 -1 0 1 2 2 4 3 1 2 4 1 2 29 17 2 4 8 1 2 3 1 2 9 0.44 2.18 57 I -1 1 -2 -2 -2 -1 -1 -2 0 2 0 -1 0 1 0 -1 2 -1 0 1 4 7 2 3 1 3 4 3 3 12 9 3 2 6 5 6 11 1 4 11 0.12 2.17 58 D 1 -1 3 0 -2 0 0 1 1 -2 -2 -2 0 -2 -1 2 0 -1 1 -2 10 4 15 6 1 4 6 9 3 3 4 3 2 2 3 13 5 1 5 3 0.18 2.06 59 P 0 1 -2 -1 -6 -1 -2 -2 -1 -1 -3 -1 -2 -3 7 -3 -2 -2 -3 -2 8 7 2 3 0 2 2 3 1 4 2 4 1 1 52 1 2 1 1 3 1.11 2.16 60 P -2 0 0 2 -2 -2 -1 1 0 -1 1 -1 1 -1 0 1 1 -1 -2 -1 3 5 5 11 1 2 4 9 2 4 16 4 3 2 4 10 10 1 1 4 0.11 2.17 61 R 1 1 -2 -1 -2 -2 -2 3 -1 -3 -4 -1 -2 -3 5 0 -2 -2 -3 -2 14 7 2 4 1 2 2 20 1 1 2 3 1 1 27 6 2 1 1 3 0.57 2.17 62 D -2 -2 2 5 -3 1 2 -2 1 -5 -5 -1 -2 -4 -3 0 -1 -2 -2 -4 2 2 10 34 1 6 15 3 4 1 1 4 1 1 1 8 4 1 2 1 0.70 2.18 63 Y -1 -1 -3 -1 -2 -1 1 -5 1 1 0 -2 1 2 -5 -2 4 0 1 0 5 3 1 4 1 2 11 1 3 7 8 2 3 8 0 2 26 1 5 6 0.36 2.17 64 S -2 3 -3 -4 -2 -1 0 -5 -1 1 -2 2 0 -3 1 -2 1 -6 -3 3 3 15 1 1 1 3 6 1 1 8 4 10 2 1 7 3 8 0 1 23 0.38 2.17 65 F -4 -6 -7 -7 -2 -6 -6 -7 -6 4 5 -4 1 3 -4 -6 -3 -5 -2 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 24 50 1 3 11 1 0 1 0 1 7 1.14 2.09 66 R -1 3 -1 -1 -2 3 3 -3 2 -4 -2 2 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -4 5 14 3 4 1 15 18 2 5 1 5 12 2 2 2 4 4 1 2 1 0.41 2.08 67 A 3 -1 -2 -1 -3 -1 2 -1 -2 -2 -3 1 -2 -2 3 0 -2 -3 -3 -1 26 3 1 3 0 3 15 4 1 2 3 7 1 2 15 6 2 0 1 5 0.37 2.08 68 G -3 -3 2 1 -3 -3 -1 6 0 -7 -6 -2 -4 -5 -5 -2 -3 -3 -4 -6 1 1 8 8 1 1 4 67 2 0 0 2 0 0 0 2 1 0 1 0 1.37 2.08 69 D -4 -4 -1 8 -2 -2 -1 -4 -3 -5 -6 -4 -3 -5 -5 -2 -2 -7 -4 -5 1 0 1 83 1 1 3 1 1 1 1 0 1 0 0 3 2 0 0 1 1.98 2.08 70 I -1 1 -3 -4 -2 -2 -1 -4 0 3 0 0 0 -3 -4 -2 3 -3 -2 3 4 8 1 1 1 2 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