Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 H -3 4 -2 -3 -5 5 1 -4 0 -5 -4 5 -3 -5 -3 -2 -3 -4 0 -4 0 21 0 0 0 33 5 0 1 0 0 37 0 0 0 0 0 0 3 0 1.04 0.89 2 M -3 -5 -5 -6 -3 -3 -5 -6 -5 3 3 -5 3 2 -5 -3 -3 -4 -3 4 1 0 0 0 0 1 0 0 0 12 30 0 7 10 0 2 0 0 0 37 0.82 1.02 3 S -1 1 3 -1 -4 1 1 3 -3 -3 -2 1 -4 -4 -4 2 1 -5 -4 -3 2 6 13 2 0 6 8 22 0 2 3 7 0 1 0 16 10 0 0 1 0.39 1.13 4 S 3 -1 1 2 -4 0 -2 2 -1 -5 -5 0 -3 -5 -2 3 -2 -5 -5 -4 24 3 5 10 0 4 2 14 1 0 0 7 0 0 2 29 1 0 0 0 0.53 1.20 5 F -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -6 -4 1 1 -5 -1 7 -6 -3 -4 6 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 6 10 0 1 62 0 1 0 10 2 6 1.48 1.23 6 S 0 -3 2 1 -4 1 0 -3 1 -2 -5 1 -4 -3 -3 4 2 -5 -3 -3 7 0 8 7 0 6 5 0 3 2 0 7 0 1 1 41 10 0 0 1 0.58 1.29 7 W -4 -5 -6 -7 -5 -5 -6 -5 -4 -3 -2 -6 -2 4 -6 -5 -5 11 3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 4 0 1 14 0 0 0 69 7 3 2.77 1.32 8 D -1 1 0 2 -5 1 4 -4 -1 -4 -3 2 -4 -5 -4 1 3 -5 -4 -3 5 7 3 10 0 6 27 1 1 1 2 12 0 0 0 8 17 0 0 1 0.52 1.34 9 N -3 -3 6 5 -5 0 -1 -3 0 -5 -5 -2 -2 -3 -3 2 -2 -1 -2 -5 0 0 39 30 0 3 1 0 2 0 0 1 1 1 1 16 1 1 2 0 1.06 1.33 10 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -3 -1 -5 -5 -3 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 3.17 1.34 11 D -1 -3 0 4 -5 -3 -1 6 0 -6 -5 -3 -5 -5 -4 0 -4 -2 -5 -5 3 1 3 24 0 0 2 54 3 0 1 0 0 0 0 6 0 1 0 0 1.13 1.32 12 E -2 -2 2 2 -5 1 2 1 -2 -5 -3 0 -1 -5 1 2 1 -5 -4 -4 3 2 10 11 0 6 12 13 1 0 3 6 2 0 8 13 9 0 0 1 0.33 1.36 13 G 2 0 1 1 -4 -2 0 2 -4 -4 -3 0 -4 -5 4 1 -2 -5 -4 -3 15 6 7 7 0 1 6 15 0 0 2 5 0 0 22 11 1 0 0 2 0.48 1.33 14 K -1 -2 2 3 -4 1 0 -1 -2 -5 -3 3 -4 -3 1 2 0 -5 -4 -4 3 1 11 18 0 5 5 5 1 0 2 17 0 1 6 15 7 0 0 1 0.42 1.32 15 D 0 2 3 6 -5 -2 0 -4 -2 -5 -4 -3 -5 -4 -3 -1 -3 -2 -5 -4 9 10 11 53 0 1 5 0 1 0 1 0 0 1 1 4 1 1 0 1 1.06 1.39 16 P 0 -1 -4 -3 -4 -4 -2 -3 -1 2 -2 -2 -2 -3 6 1 -2 -5 -3 0 9 4 0 1 0 0 1 1 1 12 3 2 1 1 42 12 2 0 1 7 0.85 1.36 17 A 3 -5 -2 -5 -4 -4 -4 -2 0 2 1 -4 -1 3 -5 -2 -2 -1 -3 3 22 0 2 0 0 0 0 2 2 13 14 0 1 13 0 1 2 1 0 24 0.54 1.33 18 V -2 1 -1 -3 -4 1 -1 -4 2 1 -1 2 -1 -3 -4 -2 1 -5 -4 4 2 8 3 1 0 8 3 1 6 7 6 15 1 1 0 1 8 0 0 31 0.42 1.33 19 I -4 -3 -5 -5 -4 -2 -5 -5 0 5 2 -3 0 4 -3 -3 -3 0 -1 3 0 1 0 0 0 2 0 0 2 37 15 1 1 16 1 1 0 1 1 16 0.79 1.33 20 R -2 2 3 0 -5 0 0 -2 2 -1 -1 3 -2 -4 -3 0 1 -5 -1 -4 3 11 15 5 0 4 6 2 6 3 6 19 1 0 1 5 10 0 2 0 0.36 1.32 21 S -2 -1 1 0 -3 -1 0 0 -2 -5 -5 3 -4 -3 -4 5 0 -5 -2 -3 2 1 6 4 1 2 5 6 1 0 0 20 0 1 0 43 6 0 2 1 0.65 1.35 22 L -2 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -2 -5 3 4 -5 2 3 -5 -4 -3 -4 -3 3 4 0 0 0 0 0 0 3 0 18 43 0 4 10 0 0 0 0 0 17 0.83 1.30 23 T -2 -1 3 2 -4 -1 1 -2 0 -3 -4 -1 -1 -5 -4 2 4 -6 -4 0 1 3 15 10 0 2 8 2 2 1 0 3 2 0 0 17 26 0 0 7 0.52 1.33 24 L -2 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 0 4 3 -5 0 3 -3 -4 -3 -4 -3 4 3 0 0 0 0 0 0 0 2 23 28 0 1 11 1 0 0 0 0 29 0.84 1.30 25 E -2 -2 1 -1 -4 0 2 -2 -2 -3 -3 3 -1 -2 -2 3 2 1 -1 -3 2 1 6 2 0 4 11 2 1 1 2 20 1 2 1 27 11 2 2 1 0.43 1.38 26 P -3 -1 -1 -1 -5 -3 -2 -1 -4 -5 -5 -3 -5 -6 8 -1 -2 -6 -5 -5 0 4 2 4 0 0 2 4 0 0 0 0 0 0 75 4 2 0 0 0 1.97 1.35 27 D -3 -4 3 6 -5 -1 0 -3 -3 -3 -2 -3 1 -3 -4 -1 -1 0 -3 -3 1 0 15 53 0 3 4 1 0 1 4 0 5 1 0 3 4 2 1 2 1.04 1.36 28 P -2 -4 -1 -2 -5 -1 -1 -4 -4 -5 -5 0 -4 -6 8 -3 -1 -6 -5 -2 3 0 3 2 0 3 3 0 0 0 0 5 0 0 73 0 3 0 0 3 1.87 1.36 29 I -2 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 5 1 -4 1 -3 3 -4 -1 -4 -3 3 3 1 0 1 0 0 1 1 0 39 14 1 3 0 14 1 2 0 0 18 0.82 1.28 30 V -1 1 1 -4 -2 1 -1 -4 0 1 -2 1 -1 -1 1 -1 -1 -4 -1 3 6 8 7 0 1 6 5 0 2 7 2 8 1 2 7 5 3 0 2 27 0.27 1.34 31 V -1 -1 -1 -1 -4 -2 -2 -4 -4 4 1 0 1 2 -2 1 -2 -4 -1 2 4 4 3 3 0 2 2 1 0 26 10 6 3 8 2 11 2 0 1 14 0.33 1.36 32 P -2 -4 0 2 -5 -1 -1 3 -4 -2 -3 -1 -4 -5 6 -2 -3 -5 -5 -4 3 0 5 11 0 2 3 24 0 2 3 3 0 0 38 3 0 0 0 0 0.92 1.37 33 G 0 -1 -3 -1 -4 1 -1 5 -4 -2 -4 1 0 -5 -4 0 -1 -5 -4 -2 5 3 0 4 0 8 3 44 0 3 1 10 3 0 0 5 5 0 0 3 0.65 1.34 34 N -1 0 3 2 -4 2 0 0 2 -1 -2 1 -4 -1 0 0 0 -5 -4 -2 6 4 17 11 0 8 5 7 5 3 4 7 0 3 5 5 6 0 0 4 0.23 1.39 35 V 0 -4 0 -4 -4 -3 -1 -1 -4 2 2 0 3 2 -4 -1 -3 -4 -3 2 7 0 5 0 0 0 5 5 0 13 22 7 6 7 0 5 0 0 0 15 0.32 1.39 36 T -2 1 0 -2 -4 -1 -2 -4 1 -2 -3 1 -3 -1 -1 1 6 -5 -1 -3 2 7 5 2 0 2 2 0 3 2 2 7 0 3 3 7 48 0 2 1 0.70 1.52 37 L 0 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -2 -5 4 1 -5 1 2 -5 -3 -2 -5 -3 4 8 0 0 0 0 0 0 3 0 27 11 0 3 9 0 2 1 0 0 35 0.80 1.53 38 S 0 0 1 1 -4 -1 -1 0 1 -2 -4 0 -4 -5 -4 4 2 -5 -2 -3 6 4 7 9 0 3 2 8 4 3 1 5 0 0 0 35 11 0 1 1 0.48 1.53 39 V 4 -5 -4 -5 -4 -4 -4 1 -4 1 0 -4 0 3 -4 -2 -2 -4 1 2 34 0 0 0 0 0 0 9 0 7 9 0 2 12 0 2 2 0 4 16 0.55 1.53 40 V 1 -2 1 2 -2 -1 3 -2 -3 -4 -3 0 -2 -2 -2 2 1 -5 -3 -1 10 2 7 12 1 2 17 3 0 0 2 7 1 2 1 17 10 0 1 6 0.33 1.51 41 G 1 -3 -4 -5 -2 -3 -4 4 -5 2 0 -4 -3 0 -2 -2 0 -5 -4 3 13 1 0 0 1 1 0 31 0 9 9 0 0 4 2 2 5 0 0 21 0.54 1.53 42 S -1 1 1 1 -5 1 2 -4 0 -2 -3 2 -2 -2 -4 2 2 -5 1 0 5 6 8 6 0 5 11 0 2 2 3 11 1 2 0 13 14 0 4 6 0.27 1.64 43 T 0 -5 -2 -5 -4 -2 -5 -4 -5 3 2 -4 0 2 -3 -1 3 -5 -4 3 7 0 2 0 0 1 0 1 0 15 20 0 2 8 1 4 17 0 0 20 0.52 1.64 44 S -1 -1 0 1 -4 -2 -1 -1 1 -3 -2 2 1 -2 -3 3 3 -5 -3 -1 4 2 5 6 0 1 3 4 3 1 3 13 3 1 1 27 17 0 1 4 0.39 1.64 45 V -2 2 -1 0 -4 0 2 -2 1 1 -1 1 -3 -1 -4 -1 0 -5 -4 3 3 9 2 4 0 4 13 3 4 8 5 10 0 2 0 5 4 0 0 22 0.28 1.59 46 P 0 0 2 2 -5 0 1 -3 0 -3 -2 0 -1 -2 3 1 1 -5 -2 -2 6 5 9 11 0 4 8 1 3 2 4 6 2 2 16 10 9 0 1 3 0.28 1.60 47 L -2 -5 -5 -6 -4 -5 -2 -6 -5 4 4 -5 1 2 -5 -2 -2 -4 -1 2 3 0 0 0 0 0 3 0 0 25 37 0 3 7 0 3 2 0 2 13 0.76 1.61 48 S 0 -3 2 2 -2 0 1 0 -1 -4 -1 -1 -4 -5 1 2 2 -5 -2 -1 7 1 8 10 1 3 8 8 1 0 6 4 0 0 8 13 14 0 1 6 0.23 1.61 49 S 1 0 1 3 -5 1 0 1 -4 -5 -3 -1 -4 -2 -1 3 -1 -5 0 -3 12 5 6 14 0 7 5 9 0 0 3 2 0 1 3 22 3 0 4 2 0.33 1.67 50 P -2 -2 -1 0 -5 -1 -1 2 1 -5 -3 0 -4 -1 6 0 -1 -5 -2 -5 3 2 2 5 0 3 4 18 4 0 2 6 0 2 35 8 3 0 2 0 0.75 1.63 51 L -1 -1 -2 -2 -4 2 -3 -2 0 1 2 -2 1 0 -1 -2 1 1 0 2 6 3 2 2 0 9 1 3 2 9 23 2 4 3 3 3 8 2 3 13 0.23 1.55 52 K 0 0 0 2 -4 0 0 -2 1 -4 -2 3 1 -1 1 0 0 -4 1 -2 7 4 4 13 0 4 4 3 3 0 4 18 3 3 7 7 6 0 4 3 0.21 1.54 53 V 2 -4 0 -4 -4 -4 -1 0 -4 1 1 -1 3 0 -4 -1 0 3 -4 2 19 0 4 0 0 0 4 8 0 7 13 4 7 4 0 4 5 4 0 16 0.29 1.60 54 D -2 2 1 2 -4 0 2 -2 1 0 -2 1 -3 -4 -4 2 0 -5 -1 -1 3 9 8 13 0 4 12 2 4 5 5 8 0 0 0 15 5 0 2 4 0.26 1.42 55 L -2 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -2 -5 3 3 -1 1 0 -5 -2 -3 0 -1 4 3 0 0 0 0 0 0 3 0 15 31 4 2 4 0 3 0 2 2 29 0.65 1.42 56 V -1 -1 -1 -2 -4 -1 0 -1 0 1 -2 0 0 -4 -4 -1 4 2 -4 2 4 3 3 2 0 3 7 4 2 7 2 6 2 0 0 5 29 3 0 16 0.38 1.45 57 L 0 -3 2 -3 -3 -3 -3 1 -3 1 0 1 3 2 -4 -2 1 -4 -3 1 10 0 9 0 0 0 1 10 0 10 10 10 9 9 0 1 10 0 0 10 0.24 1.01 58 E -1 1 0 0 -5 1 2 0 1 -4 -4 1 -4 0 -1 -1 1 4 1 -1 4 7 4 4 0 6 16 8 3 0 1 10 0 4 3 5 9 5 5 5 0.25 1.35 59 K -1 3 1 -3 -4 0 -3 0 -3 -1 -1 4 -3 -1 -4 -1 -1 2 0 0 4 17 8 0 0 5 0 8 0 4 5 25 0 3 0 3 4 2 3 7 0.37 1.37 60 E -1 0 0 -1 -4 0 2 1 1 -4 -2 2 0 -1 -2 0 1 -4 1 -1 4 5 4 3 0 5 15 11 3 0 4 15 2 3 1 8 7 0 5 4 0.20 1.38 61 V -1 -1 -1 -4 -4 -4 -3 -3 -4 3 2 -3 1 4 -4 -4 -1 -3 2 3 4 4 4 0 0 0 1 2 0 14 18 2 4 16 0 1 3 0 8 18 0.46 1.37 62 A 2 -2 0 -2 -4 -3 -4 1 0 0 1 -2 -3 2 -1 -1 1 1 -1 0 19 2 4 3 0 0 1 12 2 5 14 2 0 10 3 4 9 2 2 6 0.20 1.36 63 G -1 0 0 -1 -4 -3 0 4 -3 1 0 -1 -3 0 -3 -2 -1 0 -1 -2 4 5 4 4 0 1 5 36 0 11 8 4 0 5 1 2 5 1 2 2 0.40 1.31 64 L 0 -3 -3 -2 -3 -1 -1 -1 -3 2 2 -2 0 4 -4 -1 -1 -3 0 2 7 1 1 3 0 3 4 6 0 10 18 3 2 18 1 4 4 0 3 12 0.27 1.15 65 W -2 -4 0 -2 -4 -3 -2 0 1 -4 -1 -2 -3 2 2 -2 -1 9 3 -4 2 0 5 2 0 0 2 8 3 0 6 2 0 9 10 2 4 34 9 1 1.09 1.22 66 I -2 -2 -4 -3 -4 -4 -3 -1 -1 4 0 -2 1 2 -4 -2 0 -4 -1 3 3 2 0 2 0 0 2 5 2 30 7 3 3 7 0 4 6 0 1 22 0.48 1.27 67 K -3 1 -1 0 -4 2 0 -4 3 -3 0 4 0 -3 1 -1 0 -4 0 -2 1 8 3 5 0 8 4 1 8 0 11 26 3 0 7 3 7 0 4 3 0.35 1.00 68 I -2 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 4 2 -4 -1 1 -4 1 1 -4 -3 3 1 0 0 0 0 0 1 1 0 30 17 1 0 5 0 12 8 0 0 22 0.57 0.98 69 P -2 0 -3 -3 -3 -2 -2 -1 -3 0 0 0 1 -3 6 -2 0 -3 -3 0 1 5 1 1 0 1 1 6 0 5 9 6 4 1 44 1 5 0 1 7 0.81 0.87 70 C -1 0 0 -3 9 0 -1 -3 0 0 -2 -3 -3 -3 -3 1 0 -3 -3 -2 5 6 4 1 43 5 3 1 3 5 3 1 0 1 1 9 6 0 1 1 0.98 1.04 71 T -1 0 1 0 -5 1 0 -1 -4 0 -1 0 2 1 -4 0 0 -4 1 0 6 6 6 6 0 6 6 6 0 6 6 6 6 6 0 6 6 0 6 6 0.04 1.78 72 D -2 -1 2 2 -4 0 3 0 0 -4 -3 0 -1 -1 0 0 0 -4 1 -4 3 3 11 12 0 3 24 6 2 0 2 6 2 2 5 7 5 0 6 1 0.35 1.27 73 Y 0 -3 2 1 -4 3 -1 2 1 -2 -3 0 -3 2 -4 0 -1 4 1 -4 8 0 9 9 0 12 4 13 4 2 3 5 0 8 0 6 4 6 4 1 0.29 1.29 74 I -1 0 -3 -3 -3 0 -3 -1 -3 2 1 1 0 2 -3 -1 -1 -3 1 2 5 5 1 1 0 4 1 4 1 10 15 10 3 8 1 4 3 0 5 17 0.20 1.08 75 G -1 0 -2 0 -3 1 -3 5 -3 -1 -4 -3 -3 -4 0 -2 1 -4 -4 -3 4 5 1 6 0 7 1 51 0 5 2 1 0 1 5 1 8 0 1 1 0.76 1.16 76 S -2 -3 1 -1 -3 0 -2 -3 -3 2 -3 -2 -3 -3 1 5 1 -3 -3 -2 2 1 6 4 0 5 1 1 0 13 2 1 0 1 7 45 7 0 1 1 0.60 1.13 77 C 0 -3 -3 -3 10 -3 -2 0 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -2 8 1 1 1 66 1 3 6 0 1 2 1 0 1 1 1 1 0 1 1 1.85 1.09 78 T -1 -3 0 1 -3 -1 2 -1 2 -1 -1 0 -3 -3 -3 1 4 -4 -2 -1 4 1 3 9 0 2 11 4 5 4 5 5 0 1 1 9 29 0 1 4 0.34 1.13 79 F -2 1 -3 -4 -4 -1 -3 -4 -1 -2 -1 -2 -3 1 -1 0 -1 -1 7 -2 2 10 1 1 0 2 1 1 0 2 6 2 0 5 3 8 3 0 50 2 0.98 1.15 80 E -2 1 1 3 -4 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