Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 0 -2 0 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 6 1 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0.84 0.28 2 K -2 2 1 -2 -4 0 0 -2 -2 -4 -4 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 4 6 0 0 0 0 0 0 0 0 90 0 0 0 0 0 0 0 0 0.94 0.33 3 M -2 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -3 0 5 -3 4 -1 -4 -2 1 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 70 0 15 0 0 0 15 0 0 0 0.65 0.33 4 S -1 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -1 1 -2 -1 -3 -2 2 6 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 14 71 0 0 0 0.67 0.33 5 D -3 -2 0 7 -5 -1 2 -2 -2 -4 -5 -2 -4 -5 -2 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 0 93 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.37 0.33 6 V -2 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -5 -4 4 3 -3 3 -1 -4 -3 -2 -3 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31 32 0 7 0 0 0 0 0 0 30 0.61 0.33 7 K -2 1 -1 -2 -4 0 0 -3 -2 -4 -4 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 1.04 0.33 8 C 1 -4 -4 -4 10 -4 -4 -3 -4 -2 -2 -4 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -3 -2 15 0 0 0 85 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.69 0.33 9 T 2 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 1 6 -4 -3 -1 19 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 78 0 0 0 0.77 0.33 10 S 1 -2 5 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -3 -4 -1 -3 -4 -2 3 2 -4 -3 -3 15 0 45 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 11 0 0 0 0.63 0.33 11 V -1 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 2 0 -3 0 -2 -3 -3 -1 -4 -2 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0.87 0.33 12 V -1 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 3 0 -3 0 -2 -4 -3 -1 -4 -2 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 85 0.81 0.33 13 L -2 -3 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -4 3 5 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 85 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.82 0.33 14 L 1 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -4 -3 0 4 -3 5 -1 -3 -2 -2 -3 -2 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 61 0 24 0 0 0 0 0 0 0 0.62 0.33 15 S -1 -1 2 -1 -3 4 -1 4 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 3 0 -4 -3 -3 0 0 10 0 0 26 0 35 0 0 0 0 0 0 0 26 3 0 0 0 0.58 0.33 16 V -2 -4 -4 -5 7 -4 -4 -4 -4 1 3 -4 0 -2 -4 -3 -2 -3 -3 3 0 0 0 0 31 0 0 0 0 3 33 0 0 0 0 0 0 0 0 33 0.72 0.33 17 L -2 -3 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -4 1 0 -4 -4 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.92 0.33 18 Q -1 -1 -1 -1 -3 5 2 -2 -1 -3 -3 0 -2 -4 -2 3 2 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 40 15 0 0 0 0 0 0 0 0 28 17 0 0 0 0.60 0.33 19 Q -1 0 2 -1 -4 4 0 -2 3 -4 -4 4 -2 -4 -2 2 -1 -4 -2 -3 0 0 9 0 0 29 0 0 10 0 0 33 0 0 0 19 0 0 0 0 0.57 0.33 20 L -2 -3 -4 -5 -2 -2 -4 -4 -3 1 4 -3 6 -1 -4 -3 -2 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 51 0 35 0 0 0 0 0 0 15 0.70 0.33 21 R -2 2 5 -1 -4 -1 -1 2 6 -4 -4 -1 -3 -3 -3 -1 -2 -4 -1 -4 0 15 38 0 0 0 0 15 32 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.77 0.33 22 V -2 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -5 -4 4 2 -4 0 -1 -4 -3 -1 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 34 14 0 0 0 0 0 0 0 0 52 0.68 0.33 23 E 2 -1 -1 0 -3 1 5 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -4 -2 0 2 -4 -3 -2 24 0 0 0 0 3 55 0 0 0 0 0 0 0 0 3 15 0 0 0 0.61 0.33 24 S 4 -2 2 -2 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 3 0 -4 -3 -2 56 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 0 0 0 0 0.58 0.33 25 S -2 -1 7 0 -4 -1 -1 -1 -1 -4 -4 2 -3 -4 -3 1 -1 -5 -3 -4 0 0 73 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 12 0 0 0 0 0.93 0.33 26 S 0 -2 0 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 5 3 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 83 17 0 0 0 0.79 0.33 27 K -1 3 -1 -1 -4 0 2 -3 -2 -4 -3 5 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 -3 3 14 0 0 0 0 15 0 0 0 0 62 0 0 0 3 3 0 0 0 0.71 0.33 28 L 1 -2 -2 0 -3 -1 3 -3 -2 -1 3 -1 4 -2 -3 -2 -2 -3 -2 -1 14 0 0 4 0 0 28 0 0 0 31 3 20 0 0 0 0 0 0 0 0.35 0.33 29 W -3 -3 -4 -5 5 -3 -4 -4 3 -4 -3 -4 -2 0 -5 -3 -3 11 1 -4 0 0 0 0 15 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 74 0 0 2.23 0.33 30 A 3 -1 2 -2 -2 2 -1 -1 -2 -3 -3 2 -2 -4 -2 2 0 -4 -3 -2 38 0 10 0 0 10 0 0 0 0 0 21 0 0 0 18 3 0 0 0 0.41 0.33 31 Q -3 -1 -2 -3 -4 0 -2 -4 4 -2 0 1 -1 2 -3 -2 -2 0 7 -2 0 0 0 0 0 6 0 0 11 0 10 15 0 6 0 0 0 0 52 0 0.74 0.33 32 C -2 -4 -4 -5 10 -4 -5 -4 -4 2 0 -4 -1 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -1 0 0 0 0 74 0 0 0 0 15 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.42 0.33 33 V -1 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -4 -4 1 -1 -3 -1 -2 -3 0 2 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 15 0 0 75 0.59 0.33 34 Q -2 0 1 3 -4 4 2 -1 -1 -3 -3 3 -2 -4 -2 -1 1 -4 -3 -2 0 0 6 21 0 26 8 4 0 0 0 20 0 0 0 0 10 0 0 3 0.46 0.33 35 L -2 -3 -4 -5 2 -3 -4 -5 -4 1 5 -3 2 -1 -4 -3 0 -3 -2 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 85 0 3 0 0 0 6 0 0 0 0.74 0.33 36 H -3 -1 0 -2 -4 0 -1 -3 10 -4 -4 -2 -3 -2 -3 -2 -3 -3 1 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.68 0.33 37 N -3 -1 7 0 -4 -1 -1 -1 0 -4 -5 -1 -3 -4 -3 0 -1 -5 -3 -4 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.32 0.33 38 D -2 0 -1 4 -4 0 4 -3 -2 -4 -4 4 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 26 0 0 30 0 0 0 0 44 0 0 0 0 0 0 0 0 0.75 0.33 39 I -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 6 1 -4 0 -1 -4 -3 -2 -4 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 85 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0.87 0.33 40 L -3 -2 4 -2 -3 -2 -3 -3 -2 0 4 -2 0 -1 -4 -2 -2 -3 -2 -1 0 0 35 0 0 0 0 0 0 0 65 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.60 0.33 41 L 4 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -2 -3 -1 3 -2 0 -2 -3 0 0 -3 -2 -1 47 0 0 0 0 0 0 0 0 0 44 0 0 0 0 6 3 0 0 0 0.44 0.33 42 A 2 -2 -1 -2 6 -2 0 -2 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -2 3 2 -4 -3 -2 20 0 0 0 25 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 36 13 0 0 0 0.59 0.33 43 K -1 -1 3 3 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 3 -3 -4 -2 2 1 -4 -3 -1 0 0 15 22 0 0 0 0 0 0 0 24 0 0 0 22 12 0 0 6 0.42 0.33 44 D -2 -2 0 7 -4 -1 0 -2 -2 -4 -4 -2 -4 -4 -2 0 2 -5 -4 -3 0 0 0 79 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 15 0 0 0 1.08 0.33 45 T 2 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -2 0 -2 -2 -3 6 -1 1 -4 -3 0 24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 48 0 9 0 0 5 0.91 0.33 46 T 0 -2 -1 1 -3 0 4 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -4 -2 2 3 -4 -3 -2 6 0 0 3 0 0 46 0 0 0 0 0 0 0 0 19 26 0 0 0 0.58 0.33 47 E 0 0 -2 0 -3 0 5 -3 -2 1 -2 2 -2 -3 -2 -1 0 -4 -3 1 5 3 0 0 0 0 52 0 0 10 0 13 0 0 0 0 7 0 0 10 0.47 0.33 48 A 5 -3 -3 -3 4 -2 -2 -1 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 0 -1 -4 -3 0 82 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0.72 0.33 49 F -2 -2 -3 -2 -3 3 2 -4 -2 0 1 -2 3 5 -3 -2 -2 -1 0 -1 0 0 0 0 0 18 15 0 0 6 10 0 12 40 0 0 0 0 0 0 0.48 0.33 50 E -2 -2 0 3 -4 0 5 -3 -1 -4 -4 -1 -3 -4 3 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 3 21 0 0 59 0 0 0 0 0 0 0 15 3 0 0 0 0 0.86 0.33 51 K 0 1 1 -2 -4 0 -1 -3 4 -3 -1 4 3 -2 -3 -1 -2 -3 2 -2 6 3 8 0 0 0 0 0 15 0 3 44 11 0 0 0 0 0 10 0 0.43 0.33 52 M -3 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -3 0 5 -4 3 4 -4 -3 -2 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 71 0 9 20 0 0 0 0 0 0 0.74 0.33 53 V 0 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -4 -2 0 3 -3 0 0 -3 -2 1 -2 3 3 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 40 0 0 0 0 0 9 0 15 26 0.39 0.33 54 S 4 -2 -2 -2 3 1 -1 1 -2 -3 -3 -1 -2 -4 -2 2 -1 -4 -3 -2 52 0 0 0 9 10 0 11 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 0 0 0.51 0.33 55 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -3 4 0 -4 -3 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 89 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0.85 0.33 56 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -4 1 2 -4 -3 -2 -2 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 78 0 0 12 0 0 0 0 0 6 0.73 0.33 57 S 3 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 1 -1 -2 1 -3 -2 2 1 -4 -3 2 42 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 6 0 0 15 7 0 0 23 0.37 0.33 58 V -2 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -2 0 -1 -3 -1 5 -3 -2 3 -1 4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 35 0 0 25 0 15 26 0.56 0.33 59 L -3 -3 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -3 0 4 -4 1 5 -4 -4 -3 -1 0 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 65 0 0 35 0 0 0 0 0 0 0.79 0.33 60 L -3 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -3 1 4 -3 4 3 -4 -3 -2 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 67 0 14 15 0 0 0 0 0 0 0.71 0.33 61 S 1 -2 -1 -2 2 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -4 3 5 1 -4 -3 -2 7 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 68 6 0 0 0 0.68 0.33 62 M -2 0 1 -2 -3 -1 0 -3 4 1 0 3 1 2 -3 -2 -2 -3 -1 -2 0 4 10 0 0 0 3 0 15 11 10 28 6 14 0 0 0 0 0 0 0.28 0.33 63 Q -2 -2 1 2 -4 2 -1 -3 5 -3 -3 -1 -2 2 4 1 -2 -3 -1 -3 0 0 9 11 0 12 0 0 20 0 0 0 0 15 20 14 0 0 0 0 0.50 0.33 64 G 2 -2 1 -2 -2 0 -1 3 -2 -4 -4 0 -3 -4 -2 4 -1 -4 -3 -3 19 0 7 0 0 3 0 24 0 0 0 6 0 0 0 40 0 0 0 0 0.49 0.33 65 A 3 -2 3 2 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -4 -2 2 2 -4 -3 -1 31 0 18 16 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 15 0 0 3 0.41 0.33 66 V -2 -4 -3 2 3 -3 -3 -4 -3 2 0 -3 -1 4 -4 -3 -2 -2 0 3 0 0 0 15 7 0 0 0 0 15 6 0 0 27 0 0 0 0 0 30 0.43 0.33 67 D -2 -2 4 5 -4 -1 0 2 -2 -4 -5 -2 -4 -4 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 28 52 0 0 0 20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.90 0.33 68 I -2 -3 -4 -4 1 -3 -4 -5 -4 2 4 -4 1 0 -4 -3 0 -3 -2 2 0 0 0 0 4 0 0 0 0 14 60 0 0 3 0 0 4 0 0 15 0.58 0.34 69 N -2 -2 1 5 -4 -1 1 -1 -2 -4 -4 1 -3 -4 -2 2 0 -5 -4 -4 0 0 6 50 0 0 7 3 0 0 0 10 0 0 0 19 4 0 0 0 0.68 0.34 70 R 1 0 -1 3 1 0 4 0 -2 -4 -4 3 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 17 3 0 16 4 0 33 6 0 0 0 21 0 0 0 0 0 0 0 0 0.46 0.34 71 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -2 0 5 -3 1 0 -4 -3 -2 -1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 76 0 0 0 0 0 0 0 19 4 0.73 0.34 72 C -2 -4 -4 -5 8 -4 -4 -4 -4 2 2 -4 -1 3 -4 -3 -2 -2 -1 1 0 0 0 0 42 0 0 0 0 16 18 0 0 15 0 0 0 0 0 8 0.80 0.32 73 E -3 -2 2 7 -5 -1 2 -2 -2 -4 -5 -1 -4 -5 -2 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 6 80 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.19 0.31 K Lambda Standard Ungapped 0.1279 0.3193 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1744 0.3178 PSI Gapped 0.0534 0.2670