Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 T -1 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 1 7 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 96 0 0 0 1.12 0.45 2 A 4 -3 -3 -2 -3 -1 4 -3 -3 -3 -4 -2 -3 -4 3 -1 -1 -5 -4 -1 41 0 0 0 0 0 38 0 0 0 0 0 0 0 16 0 1 0 0 4 0.78 0.68 3 C -1 -5 -5 -5 11 -1 -5 -4 -5 -3 -3 -5 -3 -5 -5 -3 -1 -4 -5 -3 3 0 0 0 90 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 2.55 0.90 4 T -1 -3 -1 -1 -4 -3 -3 -3 -4 -1 -4 -3 0 -5 4 4 3 -5 -4 -3 4 0 2 2 0 0 0 0 0 3 0 0 3 0 24 41 21 0 0 0 0.86 0.95 5 A 1 -3 -1 0 -3 -3 -3 -1 -3 -2 -2 -1 -3 3 3 3 1 -4 -3 -1 14 0 2 5 0 0 0 3 0 2 3 4 0 12 16 23 10 0 0 5 0.38 0.92 6 T 0 -3 -1 0 -3 -2 1 -3 -3 -3 -3 -1 -3 -4 -3 3 5 -4 -3 -1 8 0 2 5 0 0 7 0 0 0 1 3 0 0 0 28 40 0 0 4 0.65 0.89 7 Q -1 -2 -2 1 -4 5 5 -4 1 -2 -4 0 -3 -4 -3 -2 0 -4 -3 -1 4 0 0 5 0 26 42 0 3 2 1 3 0 0 0 0 6 0 0 6 0.78 0.91 8 Q -1 -2 2 0 2 4 0 -2 -2 -1 -1 -1 -2 -1 -2 0 2 -3 -2 -1 5 1 10 4 5 25 5 2 1 4 6 1 1 4 1 8 12 0 1 5 0.29 0.74 9 T 1 -1 -1 0 -2 2 -2 -2 -2 -2 0 0 -2 -1 -2 1 4 -3 -2 -1 11 3 3 4 1 9 2 2 1 1 10 4 1 3 1 11 28 0 1 4 0.25 0.74 10 A 3 -2 0 0 5 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -1 0 -1 -2 2 2 -3 -2 0 25 1 5 5 12 1 3 2 1 1 2 3 2 3 1 14 11 0 1 5 0.33 0.76 11 A 4 -2 -2 -1 -2 -1 -1 -1 -2 0 1 -2 -2 -2 -2 0 0 -3 -2 0 44 2 1 3 0 3 3 3 1 5 13 1 1 1 1 7 5 0 1 5 0.38 0.76 12 Y -3 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -2 2 -1 -3 -2 3 -4 -1 0 -1 7 2 1 1 0 1 0 0 1 1 0 13 5 1 0 11 1 5 7 0 39 15 0.81 0.93 13 K 1 -3 -1 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -1 0 -2 2 0 -3 2 3 -4 -3 3 13 0 2 0 0 0 2 3 0 2 7 3 6 5 0 14 23 0 0 20 0.37 1.04 14 T 2 0 1 -1 -3 -2 0 1 -3 -4 -4 3 -3 -4 -3 2 2 -4 -4 -2 21 3 6 2 0 0 5 8 0 0 1 21 0 0 0 13 14 0 0 3 0.40 1.04 15 L -4 -4 -5 -5 -4 -4 -3 -6 -5 1 6 -5 3 1 -5 -4 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 2 0 0 5 76 0 7 6 0 0 0 0 0 2 1.18 1.15 16 V 3 -4 -2 -4 -3 1 -2 0 -2 0 1 -3 -1 -4 -4 2 0 -5 -4 2 25 0 1 0 0 8 2 6 1 4 13 0 1 0 0 16 5 0 0 16 0.32 1.15 17 S 1 -2 -2 -3 -4 -1 0 1 -4 -5 -5 1 -4 -2 5 3 1 -5 -4 -3 12 1 1 0 0 2 5 9 0 0 0 9 0 2 25 23 7 0 0 1 0.61 1.20 18 I -1 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 3 5 -3 1 -2 -2 -5 -3 -5 -4 2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 14 65 1 2 0 3 0 0 0 0 12 1.04 1.22 19 L 2 -3 -5 -5 -4 -3 -1 -4 -4 0 4 -4 -1 0 -1 -3 -1 2 2 -2 20 1 0 0 0 1 4 1 0 4 46 0 1 3 2 1 4 3 8 0 0.55 1.19 20 S 0 -3 -2 -2 -3 -1 -3 -2 0 -2 -3 -2 -3 -3 -2 4 4 -5 -2 -1 8 0 1 2 0 3 0 3 3 2 2 2 0 1 1 37 31 0 2 4 0.65 1.19 21 E -3 -1 6 4 -5 -1 -1 0 -3 -5 -1 -2 -2 -5 -4 0 -1 -6 -5 -4 1 3 38 25 0 1 3 6 0 0 7 1 1 0 0 7 2 0 0 1 0.81 1.19 22 S 2 -3 -2 0 -4 2 -1 -1 -4 -5 -5 -2 -4 -5 5 3 1 -5 -4 -4 14 0 1 4 0 11 2 4 0 0 0 1 0 0 27 26 9 0 0 0 0.74 1.18 23 S -1 -3 5 1 -4 -2 -1 -2 4 -5 -4 -2 -4 -3 -3 3 -1 -4 3 -4 4 0 33 9 0 0 2 1 10 0 1 2 0 1 1 21 3 0 12 0 0.76 1.16 24 F -1 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -3 -4 3 3 -4 -1 4 -5 -4 0 -3 1 2 5 0 0 0 0 0 0 2 0 15 32 0 0 20 0 0 6 0 3 15 0.66 1.14 25 S 2 -2 1 2 -4 3 -1 -1 1 -2 -4 -1 -1 -3 -1 2 2 -5 -4 -2 16 1 7 14 0 14 2 3 4 2 0 2 2 1 2 13 14 0 0 2 0.35 1.15 26 Q 1 -2 0 -2 -4 4 -1 1 -3 -4 -2 0 -3 -5 1 1 3 -5 -4 -2 11 1 4 1 0 20 2 11 0 0 4 5 0 0 8 9 20 0 0 3 0.41 1.16 27 C -3 -6 -5 -6 11 -6 -6 -5 -6 -4 -4 -6 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.23 1.14 28 S 3 -1 -3 -4 -4 3 -2 1 -4 -1 -4 -3 1 -5 -4 2 1 -5 -2 0 32 3 0 0 0 16 2 10 0 4 0 0 3 0 0 13 9 0 1 7 0.47 1.14 29 K 2 -3 0 2 -4 -2 0 -2 -3 -4 -5 2 -4 -5 -4 3 4 -5 0 -4 16 0 4 13 0 1 4 1 0 0 0 11 0 0 0 23 24 0 3 0 0.55 1.14 30 D 2 -2 0 6 -5 -3 1 -4 -4 -2 -2 -2 -4 -5 -4 -2 -2 -6 -5 -1 17 1 3 55 0 0 8 0 0 3 4 2 0 0 0 1 2 0 0 4 0.96 1.14 31 S 0 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -1 -3 -4 -3 -3 1 -4 -1 6 2 -5 -4 -1 4 0 0 0 0 0 0 3 0 0 2 0 3 0 2 69 10 0 0 4 0.97 1.08 32 G -2 -2 1 -1 -4 -3 -2 6 0 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -5 2 2 7 3 0 0 2 72 2 0 0 2 0 0 0 3 2 0 0 0 1.29 1.08 33 Y -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -1 0 -2 -4 -3 4 -5 -2 -4 4 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 1 0 0 18 0 3 0 4 61 7 1.57 1.11 34 S 0 -2 2 1 -3 2 -1 -2 -3 -3 -4 -1 -3 -4 -2 4 1 -5 -4 0 7 2 12 6 0 10 2 2 0 0 1 3 0 0 1 38 7 0 0 8 0.51 1.06 35 M -3 -4 -4 -2 -4 -4 -2 -2 -4 1 1 -4 5 5 -1 -1 -3 -3 -2 1 1 1 0 3 0 0 4 4 0 8 14 1 14 28 4 5 1 0 0 10 0.58 1.29 36 L 1 0 -4 -4 -3 -2 -4 -4 -1 2 2 -3 2 2 -2 0 1 -3 1 1 12 5 0 1 0 2 1 1 2 12 20 1 6 10 2 6 7 0 5 7 0.28 1.29 37 T -1 -2 -1 -1 -4 -3 -2 -4 -1 -4 -2 -2 -4 -2 4 2 4 -4 2 -2 4 2 2 3 0 0 3 0 1 0 3 2 0 1 22 18 27 0 8 2 0.65 1.38 38 A 2 -4 -4 -2 -4 -3 -2 1 1 -1 -1 -1 0 2 2 1 2 -4 2 -3 16 0 0 3 0 0 3 9 3 3 6 3 2 10 12 12 11 0 6 0 0.29 1.42 39 T 1 0 -3 -1 -4 -1 0 0 -4 1 0 -1 0 -4 -1 1 4 -5 -4 0 12 4 0 4 0 3 5 7 0 7 8 4 3 0 3 8 23 0 0 5 0.22 1.40 40 A 2 -3 0 -1 -4 1 -1 3 -4 -4 -2 0 -4 -5 -4 2 1 -5 -4 -1 19 0 4 4 0 6 4 21 0 0 4 6 0 0 0 16 8 0 0 5 0.37 1.38 41 L -1 -3 -4 -3 -3 -2 -3 -3 -1 1 3 0 4 -1 1 -2 1 1 3 -1 6 1 0 1 0 1 2 2 1 8 27 6 11 1 7 1 10 2 10 2 0.33 1.09 42 P -2 -4 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -4 -4 -1 -3 -4 -5 8 -2 -3 -5 -5 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 86 2 0 0 0 0 2.33 1.17 43 T -2 -3 0 1 -4 -3 -3 -1 -4 -3 -4 -2 -4 -5 -4 2 6 -5 -4 -3 0 1 4 9 0 0 0 5 0 1 0 2 0 0 0 15 62 0 0 1 1.07 1.20 44 N 1 -4 -1 4 2 2 1 -3 -1 -4 -2 -3 -2 -4 1 0 1 -5 -4 -3 15 0 2 26 5 10 8 1 1 1 4 0 1 1 8 7 10 0 0 1 0.47 1.20 45 A 4 0 -1 4 -4 -1 3 -3 -4 -5 -5 0 -4 -5 -2 0 -1 -6 -5 -3 35 5 3 21 0 1 18 0 0 0 0 6 0 0 2 4 4 0 0 2 0.65 1.22 46 Q -3 -2 -2 -2 -5 7 3 -5 0 0 -4 -1 -3 -5 -4 -2 1 -5 -4 -2 0 0 1 0 0 55 23 0 2 6 1 2 0 0 0 1 7 0 0 2 1.16 1.22 47 Y -3 1 -3 -5 -4 -4 -3 -6 -4 3 1 -2 3 -2 -5 -3 1 -4 4 3 0 9 1 0 0 0 1 0 0 18 14 2 9 1 0 2 7 0 14 21 0.56 1.22 48 K 2 -1 -2 0 -4 1 1 -2 -4 -3 -2 3 -1 -5 -2 -1 2 -5 -4 0 19 3 1 5 0 8 9 3 0 1 4 19 2 0 1 3 11 0 0 8 0.29 1.22 49 L 3 -2 -1 -2 -4 -3 -2 1 -2 0 1 3 -1 -4 -4 -1 -1 -5 -2 -2 28 1 2 2 0 0 2 10 1 5 16 22 1 0 0 4 3 0 1 2 0.37 1.16 50 M -2 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 1 2 -4 9 1 -4 -4 -3 -3 -3 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 7 14 0 61 7 0 0 0 0 0 5 1.38 1.08 51 C -1 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -5 -2 -3 -4 -3 -4 -4 0 -3 -4 -4 -2 4 0 0 0 80 0 0 0 0 2 1 0 0 0 0 8 0 0 0 2 2.35 1.08 52 A 4 -2 1 -1 -3 -2 1 1 -2 -2 -2 0 -1 -4 -3 1 1 -5 -4 -2 37 2 6 2 0 1 8 9 1 2 3 6 1 0 0 9 9 0 0 2 0.40 1.08 53 S 0 -3 -1 -1 -3 -1 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -1 6 2 -5 -4 -1 5 0 2 2 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0 3 67 9 0 0 5 0.94 1.08 54 T 0 -3 1 3 -4 0 0 -2 -3 -4 -2 -1 -3 -4 2 2 3 -5 -3 -3 7 0 5 16 0 3 6 1 0 0 4 4 0 0 11 18 21 0 1 0 0.44 1.08 55 A 5 -3 0 1 -3 -2 1 -2 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -1 1 1 -5 -4 -1 50 0 5 7 0 0 9 1 0 0 2 0 0 0 3 10 9 0 0 3 0.63 1.08 56 C -3 -5 -5 -5 11 -5 -5 -4 -5 -3 -3 -5 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -3 0 0 0 0 94 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.94 1.08 57 N -3 2 1 0 -1 4 -2 -4 5 -1 -2 1 3 0 -4 -2 1 -5 -2 -2 1 9 7 6 2 21 1 0 14 3 2 9 8 4 0 1 9 0 1 3 0.47 1.15 58 T 2 -2 2 0 -4 -1 0 0 -3 -4 -4 1 -4 -5 -4 4 2 -5 -4 -4 18 1 8 4 0 1 5 8 0 1 1 8 0 0 0 31 13 0 0 0 0.51 1.15 59 M -1 -3 -5 -6 -4 -2 -5 -3 -5 2 5 -4 5 -1 -5 -3 -2 -4 -4 1 4 1 0 0 0 1 0 2 0 9 57 0 15 1 0 1 2 0 0 7 0.90 1.15 60 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 6 3 -5 3 2 -5 -5 -2 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 45 30 0 7 7 0 0 1 1 3 4 1.01 1.15 61 K 1 -3 1 1 -4 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2 7 -6 -2 3 -4 -2 -6 -6 -3 -5 -6 0 -1 -3 -6 -5 -5 2 1 10 61 0 0 17 0 1 0 0 0 0 0 4 4 0 0 0 0 1.30 1.15 71 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -6 -4 -4 -6 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.15 1.07 72 D 0 -1 -1 3 -3 -1 2 -3 -3 0 -3 -2 0 -4 -3 0 4 -4 -1 1 6 3 2 15 0 3 13 1 0 6 1 1 2 0 0 6 28 0 3 10 0.39 0.99 73 L -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 3 5 -4 2 -2 -4 -4 -2 -4 -3 1 3 0 0 0 0 0 0 1 0 19 60 0 3 0 0 1 1 0 0 9 0.90 0.99 74 T 0 -3 1 0 -4 -2 -1 -4 -1 -2 -1 -3 -3 -4 4 1 4 -5 -2 1 5 0 5 5 0 1 2 0 2 2 6 0 0 0 18 12 31 0 1 9 0.50 1.00 75 V -3 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -2 -2 4 1 -4 -1 3 -4 -2 -3 -4 -1 4 0 0 0 2 0 0 2 3 1 23 9 0 0 15 0 3 0 0 2 40 0.69 0.97 76 P -1 -3 -1 -1 -3 -2 -1 3 -3 -3 -2 -2 -3 -4 6 -1 0 -4 -4 -3 3 1 3 3 0 1 4 28 0 1 4 1 0 1 37 4 7 0 1 1 0.84 0.85 77 T -1 -2 1 1 -3 -2 -1 1 -2 -3 -2 -1 -2 -3 0 0 5 2 -1 -1 4 1 6 8 0 1 3 12 0 1 3 4 0 1 5 5 36 3 3 3 0.39 0.81 78 S 0 -1 2 -2 -2 -2 -3 1 0 1 -2 -1 -3 1 -3 4 -1 -4 -3 0 6 3 8 2 1 1 0 11 3 8 2 4 0 7 0 35 3 0 0 6 0.33 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