Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 T -1 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -2 3 6 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 78 0 0 0 0.90 0.41 2 T -1 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -3 -3 0 -2 -2 -2 -3 -2 2 6 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 11 83 0 0 0 0.88 0.41 3 D -3 -3 0 8 -5 -2 1 -3 -2 -5 -5 -2 -5 -5 -3 -2 -2 -6 -5 -5 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.62 0.44 4 K -2 2 -2 0 -5 0 1 -3 -2 -4 -4 7 -3 -5 -3 0 0 -5 -4 -4 0 5 0 4 0 0 7 0 0 0 0 76 0 0 0 4 4 0 0 0 0.95 0.54 5 K -2 -1 -1 2 -5 -1 2 3 3 -5 -5 4 -3 -5 -3 -2 0 -5 -3 -4 0 0 0 13 0 0 15 20 8 0 0 36 0 0 0 0 8 0 0 0 0.56 0.54 6 E -2 -2 -2 0 -5 1 6 -4 2 -2 -4 -1 -3 -5 3 0 -2 -5 -3 -4 0 0 0 0 0 4 66 0 5 4 0 0 0 0 15 6 0 0 0 0 0.94 0.54 7 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 2 -4 3 1 -5 -4 -2 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 52 11 0 9 4 0 0 0 0 0 24 0.82 0.56 8 K -2 1 -2 -2 -5 0 4 -3 -2 -4 -2 6 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 4 0 0 0 0 25 0 0 0 6 61 0 0 0 4 0 0 0 0 0.86 0.58 9 A 4 -2 1 3 -3 -1 1 -2 -3 -1 -4 2 -3 -4 -3 2 -2 -5 -4 -3 37 0 7 15 0 0 7 0 0 5 0 16 0 0 0 13 0 0 0 0 0.44 0.58 10 Y -3 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 0 1 -4 -2 4 -5 -4 -3 0 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 13 0 0 10 0 0 0 0 71 0 1.34 0.58 11 L -3 -3 5 2 -4 -2 0 -3 4 -2 -1 -2 -3 -2 -4 -1 -2 -3 4 -3 0 0 38 11 0 0 4 0 13 3 9 0 0 0 0 2 0 0 20 0 0.66 0.58 12 K -3 -2 2 5 -5 1 3 -1 5 -5 -5 3 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -3 -5 0 0 8 31 0 4 21 3 15 0 0 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0.77 0.64 13 Q 0 -1 1 -2 -4 6 -1 -1 -2 -1 -3 2 -2 -4 -3 2 2 -4 -3 -1 8 0 5 0 0 38 0 3 0 4 0 11 0 0 0 14 12 0 0 4 0.50 0.64 14 V -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 3 4 -4 3 1 -5 -4 -3 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 39 0 8 6 0 0 0 0 0 27 0.76 0.67 15 D -1 -1 -1 2 -5 6 5 -4 -2 -5 -5 0 -3 -5 -3 -2 -1 -5 -4 -4 3 0 2 8 0 39 40 0 0 0 0 4 0 0 0 0 3 0 0 0 1.00 0.76 16 K -3 0 1 0 -5 1 2 -4 -2 -5 -5 6 -4 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -4 0 0 8 4 0 5 12 0 0 0 0 66 0 0 0 3 3 0 0 0 0.99 0.78 17 I 4 -4 -4 -4 -3 -3 -2 0 -4 3 -2 -3 2 -3 -4 -1 -1 -5 -4 2 41 0 0 0 0 0 2 6 0 17 0 0 6 0 0 3 3 0 0 13 0.43 0.80 18 K 1 -3 -3 -4 -4 2 0 -2 -3 -2 -3 1 -2 3 -4 0 -1 -4 -2 3 11 0 0 0 0 10 6 3 0 0 0 8 0 16 0 7 4 0 0 27 0.26 0.80 19 D 0 -2 0 4 -5 1 3 -1 -3 -5 -5 2 -4 -5 -3 1 0 -5 -4 -4 6 0 4 26 0 5 23 3 0 0 0 11 0 0 0 8 6 0 0 0 0.49 0.80 20 D 0 -2 -1 1 -4 1 1 -4 -3 -2 1 4 -2 -3 -4 0 -3 -4 1 -1 8 0 2 9 0 5 8 0 0 2 17 26 0 0 0 6 0 0 6 3 0.21 0.80 21 E -3 -2 -2 0 -6 0 7 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 0 0 0 0 0 92 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.46 0.80 22 E -2 -1 1 0 -5 3 3 -4 -2 -5 -5 6 -4 -5 -3 -1 -3 -5 -4 -4 2 0 5 4 0 11 19 0 0 0 0 48 0 0 0 3 0 0 0 0 0.72 0.80 23 P -1 -3 -3 2 -4 -3 0 0 -4 -4 -4 0 -4 -5 6 1 -1 -5 -4 0 2 0 0 10 0 0 5 6 0 0 0 6 0 0 38 13 4 0 0 8 0.69 0.80 24 I 0 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 3 -1 -4 1 6 -5 -4 -3 -3 -1 3 8 0 0 0 0 0 0 0 0 20 0 0 3 35 0 0 0 0 0 21 0.63 0.80 25 K -2 -2 2 -2 -4 2 3 -4 -3 -1 -1 3 -3 -1 -3 1 -2 -4 -3 0 2 0 9 0 0 9 18 0 0 4 5 19 0 3 0 11 0 0 0 7 0.20 0.80 26 T 0 -2 0 -2 -4 0 4 -3 -3 -4 -4 3 -3 -4 -3 2 2 -5 -2 -4 6 0 3 0 0 2 26 0 0 0 0 20 0 0 0 16 12 0 2 0 0.38 0.80 27 V -1 -3 -3 -1 -4 3 3 -4 -3 -1 -1 -2 -2 -4 -4 -2 1 -5 -4 3 4 0 0 3 0 17 20 0 0 2 6 0 0 0 0 0 9 0 0 26 0.30 0.80 28 G -1 -2 -2 -1 -4 6 -1 4 -3 -5 -5 -2 -3 -5 -4 0 -3 -4 -4 -4 3 0 0 3 0 41 0 31 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0.72 0.80 29 K -3 -1 -1 0 -5 2 4 -2 -2 -5 -5 5 -4 -5 -3 -1 -3 -5 -4 -4 0 0 1 2 0 9 29 2 0 0 0 40 0 0 0 3 0 0 0 0 0.66 0.80 30 K -2 -1 -2 -3 -4 1 1 -4 -3 -3 -4 5 -3 -5 3 -1 1 -5 -4 -4 2 0 0 0 0 6 6 0 0 2 0 44 0 0 14 2 10 0 0 0 0.56 0.80 31 I -3 -4 -4 0 -3 -4 -4 -5 -4 2 4 -4 3 -2 -4 -4 -3 -4 -3 -1 0 0 0 6 0 0 0 0 0 12 51 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0.46 0.80 32 A 2 -2 2 -3 -3 1 1 -3 -3 -3 -2 2 -3 -4 -3 -1 0 -4 -4 1 18 0 11 0 0 5 8 0 0 0 2 12 0 0 0 3 6 0 0 12 0.06 0.80 33 E 0 -2 -2 3 -4 -1 3 -2 -3 -4 -4 2 -4 -5 -3 1 -2 -5 -4 -4 6 0 0 18 0 0 22 3 0 0 0 15 0 0 0 13 0 0 0 0 0.29 0.80 34 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 0 5 -4 0 0 -5 -4 -3 -3 -1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 68 0 0 3 0 0 0 0 2 0 0.64 0.80 35 D -3 -2 -2 2 -5 1 6 -4 -2 -5 -4 -2 -4 -5 -3 -2 -1 -5 -4 -4 0 0 0 8 0 3 62 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0.77 0.80 36 E -1 0 1 -2 -4 4 2 -3 -2 -4 -4 4 -3 -5 -3 -2 -3 -4 -4 -4 6 2 7 0 0 22 10 0 0 0 0 30 0 0 0 0 0 0 0 0 0.40 0.80 37 K -3 0 -1 2 -5 0 2 -4 -3 -5 -4 5 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 2 2 12 0 2 15 0 0 0 0 44 0 0 0 0 0 0 0 0 0.53 0.84 38 K -3 -1 -2 -2 -5 1 5 1 -3 -5 -4 4 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 6 36 9 0 0 0 27 0 0 0 0 0 0 0 0 0.50 0.84 39 K -3 -2 4 -2 -4 4 -2 -2 0 -1 -3 2 -3 0 -3 -1 -2 -4 -3 -2 0 0 19 0 0 19 0 2 2 4 1 16 0 4 0 4 0 0 0 3 0.20 0.79 40 K 1 -1 -2 0 -4 3 2 1 -3 -4 -4 3 -3 -4 -3 -2 -3 -4 -3 -3 12 0 0 4 0 12 13 9 0 0 1 23 0 0 0 0 0 0 0 0 0.20 0.79 41 L -1 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 3 4 -1 -1 -2 -4 -3 -1 -3 -1 -1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 16 43 4 0 0 0 0 3 0 2 0 0.29 0.79 42 T -1 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -1 -2 -1 -3 0 3 -4 -3 0 -1 7 -1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 3 10 0 0 8 0 42 3 0.58 0.79 43 E -1 -2 4 3 -4 -2 2 -1 -3 -5 -5 3 -4 -5 -3 0 -3 -5 -4 -4 3 0 18 14 0 0 15 4 0 0 0 17 0 0 0 6 0 0 0 0 0.29 0.84 44 D -3 0 -2 2 -5 3 0 -4 1 -5 -4 5 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 2 0 13 0 15 4 0 3 0 0 40 0 0 0 0 0 0 0 0 0.49 0.84 45 V 0 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 2 -4 4 -2 -5 -4 -3 -4 -3 3 7 0 0 0 0 0 0 0 0 42 16 0 9 0 0 0 0 0 0 15 0.65 0.84 46 N -3 -3 6 2 -4 -2 -2 0 -3 -1 -3 -1 3 -4 -4 0 -1 -5 -4 -1 0 0 38 11 0 0 0 7 0 5 0 4 10 0 0 7 2 0 0 5 0.49 0.84 47 S -1 -3 1 -1 -4 2 0 2 -3 -3 -3 1 6 -4 -4 2 -1 -4 -4 -3 3 0 6 3 0 9 4 14 0 0 0 7 25 0 0 16 2 0 0 0 0.35 0.84 48 K -1 -1 1 4 -5 0 0 -4 -3 -4 -1 5 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 6 0 5 23 0 3 2 0 0 0 7 41 0 0 0 0 2 0 0 0 0.54 0.84 49 D -4 -1 3 6 -5 0 0 -2 2 -5 -5 0 -4 -5 -4 -2 -1 -6 -4 -5 0 2 11 51 0 3 4 2 5 0 0 6 0 0 0 0 4 0 0 0 0.80 0.84 50 T -2 -3 -1 0 -4 3 -2 -4 1 -2 -3 -3 0 4 -1 -2 2 -2 4 -3 1 0 3 5 0 13 2 0 3 2 0 0 2 21 3 1 17 0 13 0 0.35 0.84 51 A 1 -2 0 4 -4 1 1 0 -3 -5 -5 2 -4 -5 -3 0 0 4 -4 -4 12 0 3 21 0 7 7 5 0 0 0 14 0 0 0 7 7 6 0 0 0.31 0.84 52 V 0 -1 -2 0 -4 1 3 -4 -3 -2 -1 4 -3 -5 -3 -2 2 -5 -4 0 10 0 1 3 0 6 23 0 0 1 6 31 0 0 0 0 12 0 0 7 0.48 0.84 53 R -2 4 -4 -4 -4 -3 0 -5 -4 4 -1 -1 -2 -1 -5 -4 -3 -5 -3 4 2 22 0 0 0 0 6 0 0 30 3 4 0 3 0 0 0 0 0 30 0.63 0.84 54 G 0 -2 -1 -3 -4 3 1 0 -3 -2 -3 3 -3 -4 -1 -1 -1 -5 -4 3 8 0 2 0 0 12 10 6 0 0 0 23 0 0 3 5 3 0 0 27 0.35 0.84 55 K 0 -1 0 2 -5 2 3 -2 -3 -5 -5 5 -4 -5 -3 0 -1 -5 -4 -4 7 0 4 10 0 9 17 3 0 0 0 37 0 0 0 7 4 0 0 0 0.58 0.84 56 A 1 -3 -4 -4 -3 -3 -1 -4 -4 0 4 0 1 -3 -4 -2 3 -4 0 -1 13 0 0 0 0 0 3 0 0 5 43 8 2 0 0 0 19 0 3 2 0.45 0.84 57 V 3 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -1 0 -3 -4 -3 5 -1 -5 -4 0 24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 6 0 0 0 53 0 0 0 9 0.68 0.84 58 K -2 -2 2 5 -5 0 2 -3 -3 -5 -5 4 -4 -6 -2 -1 0 -6 -5 -5 3 0 7 36 0 2 11 0 0 0 0 27 0 0 2 4 4 0 0 0 0.75 0.84 59 D -2 -1 -2 3 -5 4 4 -4 -2 -5 -5 4 -4 -6 -3 -2 -1 -5 -4 -5 2 0 0 19 0 17 29 0 0 0 0 28 0 0 0 0 3 0 0 0 0.82 0.84 60 L 4 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -1 -4 2 2 -4 0 -1 -4 -1 -2 -5 -3 2 41 0 0 0 0 0 0 3 0 14 21 0 1 2 0 2 0 0 0 12 0.52 0.84 61 I -3 -4 -5 -2 -3 -2 -4 -5 -5 3 4 -4 1 -2 -5 -3 -1 -4 -3 3 0 0 0 3 0 2 0 0 0 18 44 0 3 0 0 2 2 0 0 22 0.66 0.84 62 K 0 -2 0 4 -5 -1 4 -4 -3 -5 -5 3 0 -5 -3 0 1 -5 -4 -4 6 0 2 21 0 0 28 0 0 0 0 21 3 0 0 6 8 0 0 0 0.59 0.84 63 N -3 -3 7 1 -5 1 -2 -3 -2 0 -3 -1 0 -5 -4 1 -2 -6 -4 -1 0 0 58 6 0 6 0 0 0 6 2 3 3 0 0 9 0 0 0 4 0.88 0.84 64 A 3 -1 -4 -4 -3 0 -3 -4 -4 4 -1 -3 -2 -3 -4 -2 2 -5 -4 2 25 3 0 0 0 6 0 0 0 23 3 0 0 0 0 0 14 0 0 17 0.39 0.84 65 D -2 -2 2 5 -5 0 3 -3 -3 -5 -5 2 -4 -5 -3 1 -3 -5 -4 -5 3 0 8 35 0 2 21 0 0 0 0 13 0 0 0 10 0 0 0 0 0.68 0.84 66 D -2 -1 -1 2 -5 3 4 -4 -2 -5 -3 4 -3 -5 -3 -1 -3 -5 -4 -4 2 0 2 10 0 13 32 0 0 0 3 25 0 0 0 4 0 0 0 0 0.60 0.84 67 R -3 8 -3 -4 -5 0 -2 -5 -3 -1 -4 0 -3 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -1 0 80 0 0 0 3 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 1.30 0.84 68 L -3 1 -3 -1 -4 1 3 -2 -3 0 2 3 -2 -4 -4 -1 -3 -5 -4 -1 0 8 0 2 0 6 22 3 0 5 21 17 0 0 0 3 0 0 0 5 0.27 0.84 69 K -2 -1 0 2 -5 2 4 -2 -3 -5 -5 5 -4 -5 -3 -1 -3 -5 -4 -5 2 0 4 8 0 6 30 3 0 0 0 35 0 0 0 3 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