Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 T -2 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -5 -3 3 7 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23 77 0 0 0 1.48 1.14 2 H 0 -2 0 2 -1 -2 -2 -3 8 -4 -5 -2 -4 -5 -3 3 -2 -5 -2 -4 7 2 3 13 1 0 1 0 44 1 0 1 0 0 1 22 2 0 0 0 1.14 1.22 3 P -2 -2 -1 -3 -5 -3 -2 -2 -4 -4 -5 -2 -5 -5 8 -1 -2 -6 0 -3 1 2 3 1 0 0 1 3 0 1 0 2 0 0 74 3 2 0 3 1 1.86 1.21 4 N -1 -1 3 2 -6 1 4 2 0 -4 -4 2 -2 -6 -4 -2 -3 -6 -4 -3 3 2 14 12 0 5 26 18 2 1 1 11 1 0 0 1 1 0 0 2 0.59 1.26 5 L -4 -5 -6 -6 -4 -4 -4 -6 -4 0 4 -4 4 6 -4 -5 -4 -3 0 -1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 3 36 0 10 43 1 0 0 0 2 3 1.17 1.24 6 V -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 2 4 -5 3 -2 -5 -5 -3 -5 -4 5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 10 38 0 6 1 0 0 1 0 0 44 1.07 1.26 7 R 0 3 -3 -3 -4 0 2 -4 -2 1 -3 4 -1 -4 -3 -2 -1 -3 -3 0 7 17 1 0 0 4 14 1 1 10 1 29 1 0 0 2 3 0 1 7 0.51 1.26 8 K 0 5 -1 -1 -3 0 2 -2 -1 -4 -4 4 -3 -3 -4 -2 -3 -5 -1 -4 9 32 2 3 1 3 15 3 1 0 1 26 0 1 0 1 0 0 3 0 0.73 1.26 9 L -2 -5 -6 -6 -4 -5 -4 -6 -5 1 6 -3 0 -2 -5 -5 -2 -4 -4 0 2 0 0 0 0 0 1 0 0 4 83 1 1 1 0 0 3 0 0 4 1.28 1.23 10 F -5 -5 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -4 -1 2 -4 1 8 -6 -4 -4 -2 0 -2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 3 23 1 4 67 0 1 0 0 1 1 1.58 1.24 11 S 1 1 -2 -1 -4 0 6 -4 -2 -3 -4 2 -2 -4 -4 -1 0 -5 -3 -3 11 7 1 1 0 1 54 0 1 2 0 10 1 1 0 3 5 0 1 1 0.85 1.24 12 L -1 1 1 -2 -4 2 0 -3 0 1 3 0 3 -2 -4 -1 -1 -5 -3 -2 4 9 6 2 0 9 5 2 2 8 28 6 7 1 0 5 3 0 0 1 0.27 1.21 13 E -3 -2 0 -1 -6 0 7 -4 1 -4 -5 -2 -4 -2 -4 -2 -3 0 -3 -4 1 1 4 1 0 1 83 0 3 1 1 0 0 2 0 1 0 1 1 1 1.51 1.21 14 V -2 -5 -5 -5 -1 -5 -5 -6 -6 4 -1 -5 -2 -3 -5 -3 -2 -5 -4 6 1 0 0 0 1 0 0 0 0 20 0 0 0 0 0 1 1 0 0 74 1.34 1.15 15 P -2 -5 -4 -3 -5 -4 -3 -5 -2 -5 -5 -3 -5 -4 8 -2 -2 -6 -4 -4 2 0 1 1 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 88 2 2 0 1 1 2.41 1.19 16 E -3 -3 -3 0 -6 0 7 -4 -3 -6 -5 -2 -5 -3 -4 -2 -3 -5 -5 -5 1 0 0 1 0 1 93 1 0 0 0 0 0 1 0 2 0 0 0 0 1.80 1.19 17 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 7 1 -5 1 -1 -5 -5 -3 -5 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 68 10 0 3 2 0 0 0 0 0 18 1.39 1.23 18 A 3 -1 0 -2 -4 1 2 1 1 -4 -3 1 -3 0 -3 0 -2 -4 3 -3 24 3 4 2 0 7 12 9 3 1 1 7 0 4 1 7 2 0 12 1 0.32 1.23 19 D -2 -2 1 6 -6 2 4 -3 -2 -5 -5 -2 -3 -1 -4 0 -2 -6 -5 -4 2 1 5 41 0 9 28 1 1 0 0 1 1 3 0 7 1 0 0 1 0.98 1.24 20 G -2 -2 -1 0 -5 -2 0 6 -2 -6 -6 0 -5 -6 -5 -2 -4 -5 -5 -6 1 2 3 5 0 2 6 75 1 0 0 5 0 0 0 1 0 0 0 0 1.41 1.24 21 S -1 -3 -2 -2 -4 0 -1 -4 -2 3 2 -3 0 -2 -2 0 3 -2 -2 1 4 1 1 2 0 4 4 1 1 20 21 1 2 1 2 6 19 1 1 10 0.36 1.23 22 V -3 -5 -6 -6 0 -5 -6 -6 -6 5 1 -5 0 -3 -5 -5 -3 -5 -4 5 0 0 0 0 2 0 0 0 0 37 11 0 2 0 0 0 0 0 0 48 1.22 1.24 23 E -2 -1 -2 1 -3 1 6 -4 -2 -1 -3 0 -2 -4 -4 -2 0 -5 -4 -1 2 2 1 5 1 5 59 1 1 4 2 5 1 1 0 2 5 0 0 5 0.90 1.24 24 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 7 1 -5 1 -3 -5 -5 -3 2 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 78 6 0 3 0 0 0 0 3 0 10 1.49 1.16 25 V -2 1 -1 -2 -2 0 -1 -5 0 1 -3 5 3 -2 -3 -3 -2 -5 0 2 3 7 2 1 1 4 3 0 2 7 1 40 7 1 1 1 2 0 3 14 0.55 1.28 26 A 3 1 2 -1 -1 0 -1 1 -1 -3 -4 2 -2 -5 -4 1 -1 -5 -2 -3 24 9 11 2 1 4 3 12 2 1 1 12 1 0 0 13 2 0 1 1 0.35 1.16 27 V 1 -5 -5 -5 2 -5 -5 -3 -5 5 -1 -5 1 -1 -5 -1 -1 -5 -4 4 14 0 0 0 4 0 0 2 0 40 3 0 3 2 0 4 2 0 0 27 0.79 1.16 28 A 5 -4 -4 -2 1 -1 -1 -2 -4 -1 -3 -2 -3 -4 -4 1 -1 -5 -1 2 58 0 0 2 2 2 3 2 0 2 0 2 0 0 0 8 2 0 2 17 0.76 1.16 29 R -4 8 -3 -4 -6 -2 -3 -5 2 -1 -4 0 -4 -5 -5 -1 -3 -5 -4 -4 0 85 0 0 0 0 0 0 5 5 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 1.72 1.16 30 E 0 -4 1 1 3 1 0 -5 3 1 0 0 3 -5 -5 0 1 -6 -4 0 7 0 7 7 7 7 7 0 7 7 7 7 7 0 0 7 7 0 0 7 0.26 1.44 31 A 2 -3 -4 -3 -4 -3 0 -1 -4 -4 -1 0 -3 -5 6 0 0 -5 -4 -1 19 0 0 0 0 0 7 5 0 0 5 5 0 0 39 6 5 0 0 5 0.80 1.16 32 G -1 -4 0 -3 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -1 -5 -5 -4 0 -3 -5 -5 -5 3 0 3 0 0 0 0 84 0 0 0 3 0 0 0 7 0 0 0 0 1.60 0.97 33 H 0 -1 -2 1 -4 -1 3 -2 2 -1 -1 1 -1 0 -2 2 -1 -1 0 -1 7 2 1 7 0 2 20 3 6 4 5 8 1 5 2 15 3 1 3 5 0.18 0.97 34 R -3 7 -3 -4 -5 0 -2 -5 -2 -3 -3 2 -1 -5 -4 -2 -3 -5 -2 -3 0 76 0 0 0 3 0 0 0 2 2 11 2 0 0 2 0 0 2 2 1.42 0.97 35 S 3 -3 -3 -2 2 -3 -3 -2 -4 -2 -4 -3 -1 -4 -3 3 4 -5 -4 -2 32 0 0 2 5 0 0 2 0 2 0 0 2 0 0 25 29 0 0 2 0.71 0.97 36 K -3 2 -2 -3 -5 -1 -1 -4 -3 -5 -5 7 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 93 0 0 0 0 0 0 0 0 1.64 0.97 37 I 0 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 5 1 -4 3 1 -4 -3 -2 -4 -3 4 9 0 0 0 0 0 0 0 0 37 8 0 10 6 0 0 0 0 0 30 0.74 0.70 38 A 5 -3 -3 -3 1 -3 -1 0 -4 -1 -1 -3 0 -4 -1 1 0 -4 -4 1 53 0 0 0 3 0 3 5 0 4 3 0 3 0 3 11 3 0 0 8 0.52 0.70 39 V 0 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 2 1 -4 -1 2 -4 -3 -2 -4 -2 6 7 0 0 0 0 0 0 0 0 7 12 0 0 9 0 0 0 0 0 65 0.84 0.70 40 R 0 2 -2 -1 0 0 0 -3 3 -1 -3 2 0 1 -5 1 -1 2 3 -2 7 12 2 3 2 4 5 2 6 3 3 12 2 5 0 11 3 3 10 3 0.25 1.75 41 S 1 0 -3 -4 2 0 -4 -1 -4 -4 -2 0 -4 -5 0 4 2 -6 -5 -1 11 5 0 0 5 5 0 5 0 0 5 5 0 0 5 39 12 0 0 5 0.57 1.61 42 N 1 1 3 -1 1 -1 -1 -2 2 -1 -2 1 0 -1 -1 -1 1 -5 1 0 11 8 12 4 3 3 4 3 4 4 4 7 3 3 3 5 9 0 4 6 0.12 1.57 43 V -3 -1 2 6 -5 0 1 -3 -1 -2 -4 -2 -2 -3 0 0 -2 -6 -2 0 2 3 10 40 0 3 9 1 1 3 1 2 1 1 6 8 1 0 1 9 0.67 1.56 44 A 0 -1 -1 1 -5 -1 2 0 -1 -4 -4 1 -1 -3 5 1 -2 -6 -3 -3 6 3 3 9 0 3 14 9 1 1 2 8 2 1 24 10 2 0 1 1 0.47 1.56 45 G -1 2 2 1 -5 2 -1 2 0 -5 -3 1 -1 -2 -4 0 -1 4 -1 -3 4 13 9 9 0 9 3 16 2 0 2 8 2 2 0 7 4 5 2 2 0.31 1.27 46 L 0 -5 -5 -5 -4 -1 0 -5 -5 4 1 -4 1 0 -5 -1 -1 2 -4 4 7 0 0 0 0 3 7 0 0 24 9 0 3 3 0 5 3 3 0 32 0.60 1.30 47 N -1 -4 4 6 -5 0 0 -1 1 -6 -6 -3 -5 -6 -4 0 0 -6 -5 -5 4 0 18 49 0 5 5 4 4 0 0 0 0 0 0 5 7 0 0 0 1.06 1.30 48 A 0 1 -4 -4 4 -3 1 0 -4 1 0 -3 -3 -4 2 1 1 -5 -4 1 9 9 0 0 9 0 9 9 0 9 9 0 0 0 9 9 9 0 0 9 0.26 1.11 49 K -1 0 -4 -5 2 2 -3 -5 -4 2 0 2 1 0 -5 -1 -1 -4 1 3 4 5 0 0 4 10 0 0 0 12 7 15 4 4 0 4 4 0 5 22 0.36 1.22 50 G -1 -1 -3 -1 -5 -4 -1 6 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -1 -1 -1 2 -5 -2 3 3 0 3 0 0 4 67 0 0 3 0 0 0 3 3 3 3 0 3 1.13 1.19 51 A 4 -1 -3 -4 1 -3 -3 -3 -4 -1 -2 -3 -3 -4 -1 2 2 -5 -1 0 45 4 0 0 3 0 0 0 0 2 4 0 0 0 2 16 15 0 2 7 0.62 1.09 52 C -2 -5 -5 -6 9 -5 -5 -5 -5 2 0 -5 1 -1 -5 -2 -1 -5 -4 1 2 0 0 0 57 0 0 0 0 13 6 0 3 2 0 2 3 0 0 12 1.58 1.09 53 I -3 -4 -1 -5 -3 -4 -4 -5 4 4 0 -4 1 0 -5 -4 -3 -5 -2 5 0 0 3 0 0 0 0 0 12 30 7 0 2 4 0 0 0 0 0 41 0.83 0.89 54 G -2 2 -2 -3 -5 -3 -4 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 0 12 0 0 0 0 0 88 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.70 0.89 55 P -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.10 2.01 56 M -2 3 2 -1 -5 0 -1 0 2 -4 -2 3 2 -5 -4 -1 -1 -5 0 -2 4 16 8 4 0 4 4 8 6 0 4 20 6 0 0 4 4 0 3 4 0.38 1.78 57 G -1 -2 -1 -4 -5 -1 -2 6 0 -6 -5 -1 -5 -2 -5 -1 -4 1 -1 -5 3 3 3 0 0 2 2 68 2 0 1 3 0 2 0 4 0 2 2 0 1.27 1.67 58 Q 1 -1 0 -1 0 1 1 -2 0 0 -2 -1 3 -2 -4 3 0 -5 -2 0 12 2 4 2 2 7 8 3 2 6 4 3 7 2 0 22 7 0 2 6 0.23 1.67 59 R -4 8 0 -4 -6 -2 -3 -2 1 -1 -5 1 -4 -6 -5 -4 -1 -6 -5 -5 0 78 4 0 0 0 0 3 4 4 0 5 0 0 0 0 3 0 0 0 1.71 1.56 60 V -2 -5 -2 -6 -4 -5 -5 -6 -6 5 1 -5 1 -3 -5 -2 -2 -5 -4 5 3 0 2 0 0 0 0 0 0 40 12 0 2 0 0 2 2 0 0 36 1.06 1.43 61 R -1 3 2 -1 -5 5 0 -3 1 -4 -2 3 -2 -3 -4 -1 -1 -2 -3 -5 5 18 10 2 0 26 4 1 3 1 5 17 1 1 0 3 3 1 1 0 0.62 1.43 62 N 4 0 3 -2 -4 -2 -2 -1 -2 -2 -3 0 -2 -1 -2 1 0 -5 -3 -2 36 6 13 2 0 1 2 4 1 2 1 5 1 3 2 12 5 0 1 3 0.43 1.43 63 V -2 -6 -6 -6 0 -5 -6 -6 -6 6 0 -5 0 -3 -6 -5 -3 -6 -4 5 2 0 0 0 2 0 0 0 0 51 4 0 2 0 0 0 0 0 0 38 1.37 1.43 64 M -2 1 -3 -5 -1 -3 -3 -4 -4 2 -1 -4 3 -4 -5 2 1 -5 -1 4 2 7 1 0 1 1 2 1 0 9 5 0 8 0 0 19 7 0 2 33 0.54 1.42 65 S 0 1 4 2 -5 1 2 -2 0 -5 -4 2 -1 -6 -4 0 -1 -6 -3 -5 7 9 23 10 0 6 12 2 2 0 2 14 2 0 0 8 2 0 1 0 0.53 1.42 66 E -2 0 -2 -1 -6 1 7 -2 -2 -3 -4 0 -3 -4 -4 -2 -3 -6 -5 -4 2 5 1 1 0 6 70 2 1 1 1 6 1 1 0 1 1 0 0 1 1.27 1.44 67 L -3 -5 -6 -7 1 -5 -6 -6 -6 1 6 -5 0 0 -6 -5 -4 -5 -4 0 1 0 0 0 3 0 0 0 0 7 82 0 1 3 0 0 0 0 0 3 1.39 1.43 68 S -1 2 3 -1 1 1 -2 3 4 -4 -4 1 -3 -3 -2 -1 -2 -5 -2 -5 5 11 17 2 3 5 1 23 10 1 2 9 1 1 2 4 1 0 2 0 0.48 1.38 69 G -3 -3 4 0 -5 -3 -1 6 -2 -5 -5 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -6 -4 -6 1 1 20 5 0 1 3 61 1 1 1 1 1 0 1 2 1 0 1 0 1.26 1.44 70 E -4 -3 -3 0 -7 -1 7 -5 -3 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -3 -4 -6 -5 -5 0 0 0 2 0 0 96 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2.01 1.38 71 K -3 3 3 -3 -6 -1 -2 -4 0 -3 -4 6 -2 -6 -4 -1 -2 -6 -4 -1 1 17 12 0 0 1 0 0 2 1 1 53 1 0 0 4 2 0 0 4 1.03 1.37 72 I -3 -6 -6 -6 0 -5 -6 -6 -6 7 0 -5 1 -2 -6 -5 -3 -5 -4 3 1 0 0 0 2 0 0 0 0 74 4 0 3 1 0 0 0 0 0 16 1.51 1.33 73 D -4 -2 -1 8 -6 0 0 -1 2 -6 -6 -3 -6 -6 -4 -2 -4 0 -5 -6 0 1 1 80 0 3 4 3 4 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1.74 1.30 74 I -3 -6 -6 -6 0 -5 -6 -6 -6 6 0 -5 -2 2 -5 -5 -3 -5 -3 4 2 0 0 0 2 0 0 0 0 59 4 0 0 9 0 0 0 0 0 25 1.27 1.26 75 I -3 -5 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -6 6 0 -5 -1 0 -5 -3 -3 -5 -3 5 1 0 0 0 1 0 0 0 0 48 6 0 1 4 0 1 1 0 1 38 1.20 1.25 76 D -1 1 2 1 -3 0 2 -4 -1 -1 1 2 -2 -3 1 -2 -1 -5 -4 -1 6 9 9 9 0 4 14 0 1 3 14 12 0 1 8 1 4 0 0 3 0.24 1.28 77 Y -4 -5 -5 -4 -5 -4 -5 -5 0 -4 -4 -4 -4 3 -6 -5 -5 11 7 -5 1 0 0 1 0 0 0 0 2 0 0 1 0 9 0 0 0 50 37 0 2.49 1.26 78 D -2 -3 2 4 -3 -2 -2 -3 -1 -4 -5 -2 -3 -4 -4 5 1 -6 -4 -3 1 0 8 21 0 1 1 0 2 0 0 1 0 0 0 52 9 0 0 2 0.91 1.27 79 D -4 -3 1 6 -6 -1 6 -4 -3 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -5 0 0 6 45 0 0 50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.49 1.14 K Lambda Standard Ungapped 0.1347 0.3165 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1956 0.3188 PSI Gapped 0.0599 0.2670