Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Y -2 -2 -3 -4 -3 -2 -3 -4 1 -2 -2 -3 -2 3 -4 -2 -2 2 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 1.30 0.20 2 F -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -1 -1 -1 -4 -1 7 -5 -3 -3 0 4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 86 0 0 0 0 14 0 1.26 0.31 3 F -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -2 3 -5 -2 7 -5 -4 -4 -1 5 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 28 0 0 50 0 0 0 0 20 0 1.34 0.98 4 P -3 -4 -2 -4 -5 -4 -4 -5 4 -3 -5 -4 -5 -5 8 -3 -3 -5 0 -5 0 0 2 0 0 0 0 0 11 2 0 0 0 0 80 0 1 0 4 0 2.22 1.26 5 K -3 6 -2 -1 -4 0 -1 -5 -2 -6 -5 4 -4 -5 -4 -1 -3 -1 -2 -5 0 52 1 4 0 4 3 0 1 0 1 29 0 0 0 4 1 1 1 0 1.24 1.39 6 L -3 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 2 -5 0 -3 -4 -5 -3 -5 -4 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 54 16 0 2 0 1 0 1 0 0 26 1.29 1.46 7 T 0 0 -2 -3 0 1 0 -5 -2 2 -1 4 -2 -4 -4 0 3 -6 -5 0 8 5 2 1 2 5 6 0 1 12 5 24 0 0 0 7 16 0 0 6 0.37 1.49 8 A 2 0 0 2 -5 1 2 -1 1 -4 -5 1 -4 -4 -4 3 0 -6 -3 -4 20 4 3 11 0 6 11 5 3 0 0 9 0 1 0 20 6 0 1 0 0.42 1.49 9 V 2 -5 -6 -4 0 -5 -5 -5 -6 2 -1 -5 -1 -2 -5 -4 -3 -6 -4 6 19 0 0 1 2 0 0 0 0 7 2 0 1 1 0 0 0 0 0 69 1.27 1.49 10 E -1 1 -2 -1 -2 2 3 -4 -1 -2 -4 4 -3 -2 -4 0 2 -5 -3 -1 4 7 1 3 1 11 20 0 1 3 1 23 0 2 0 6 12 0 1 4 0.47 1.51 11 A 3 -5 -5 -4 -3 -3 -4 -4 -3 0 -3 -4 -2 -5 6 -2 -1 -2 1 1 28 0 0 0 1 1 0 0 1 4 1 0 1 0 40 3 4 0 5 11 1.02 1.52 12 L -1 -1 -2 -3 -2 -2 -2 -4 -3 2 4 -1 2 -2 -5 -2 0 -2 -4 1 4 3 2 1 1 2 3 1 1 9 44 4 5 1 0 2 7 1 0 9 0.50 1.50 13 A 1 -2 0 2 -5 -1 2 1 -2 -4 -4 0 -5 -6 4 1 -2 -6 -4 -4 13 2 4 11 0 2 12 11 1 1 2 5 0 0 24 9 2 0 1 1 0.53 1.49 14 P -2 -3 3 5 -6 -2 0 2 -1 -6 -5 -1 -5 -4 3 -2 -3 -6 -3 -6 2 1 16 32 0 1 4 18 1 0 1 3 0 1 15 1 1 0 1 0 0.85 1.48 15 Y -2 -2 -2 -5 -2 -3 -4 -3 5 -4 -1 -2 0 3 -4 -1 -1 -1 8 -4 3 2 2 0 1 1 0 2 12 0 5 2 3 10 1 4 3 0 50 0 1.23 1.48 16 R -2 4 -1 -4 0 2 -1 -3 2 -2 -2 2 -1 -3 -5 0 2 -2 -2 0 3 23 2 0 2 8 3 2 5 3 3 12 1 1 0 8 16 0 1 8 0.42 1.48 17 L -4 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 1 6 -5 0 -1 -6 -5 -3 -5 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 82 0 1 1 0 0 1 0 1 6 1.41 1.46 18 R 0 3 -2 -2 -3 1 1 -5 2 -1 1 1 -3 0 -5 -1 -1 0 0 0 10 14 2 2 1 6 11 0 6 4 16 7 0 3 0 4 4 1 4 6 0.22 1.50 19 T -2 -5 -6 -6 -1 -5 -6 -6 -6 4 4 -5 0 -3 -6 -5 -2 -5 -4 4 3 0 0 0 1 0 0 0 0 27 35 0 1 0 0 0 2 0 0 31 1.06 1.49 20 T -2 1 -2 0 -1 0 3 -3 0 -1 -2 0 -2 -3 -4 -1 4 -3 -2 0 2 8 1 4 1 4 18 1 3 4 4 5 1 1 0 4 32 0 1 5 0.45 1.54 21 W -5 -6 -6 -7 -1 -6 -6 -6 -4 -3 -2 -6 -3 8 -7 -5 -5 7 2 -4 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 2 0 0 76 0 0 0 17 4 0 2.29 1.54 22 S 2 0 1 2 -3 -1 2 -2 -2 0 -4 -2 -2 -5 -4 2 1 -2 -5 -1 15 4 5 13 1 2 15 2 1 7 1 1 1 0 0 18 9 1 0 5 0.35 1.59 23 T -4 -2 5 6 -6 -2 0 -2 -1 -6 -6 -3 -5 -6 -5 0 2 -7 -5 -6 0 2 32 40 0 1 5 3 1 0 0 0 0 0 0 5 12 0 0 0 1.19 1.59 24 G -3 -4 0 1 -2 0 -1 7 -1 -7 -7 -3 -6 -6 -5 -3 -4 -6 -6 -5 1 1 4 7 1 4 4 75 1 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1 1.53 1.59 25 E -1 -1 -2 -1 -1 2 4 -2 -2 -2 -2 1 -2 -1 -3 0 2 -5 -2 0 5 3 2 2 1 8 33 3 1 2 3 9 1 3 1 5 12 0 1 6 0.43 1.59 26 V -1 3 -2 -3 -1 1 2 -4 2 0 -3 1 -4 -2 -2 0 2 -2 0 1 5 14 1 1 1 7 12 1 5 5 2 9 0 2 1 6 13 0 3 10 0.27 1.54 27 L -1 3 -3 -2 0 -2 -3 3 -2 -2 -1 3 0 0 -5 -1 -2 -2 -2 -2 5 16 1 2 2 1 1 24 1 2 7 20 3 4 0 5 2 1 2 2 0.41 1.54 28 E -3 1 -2 0 -5 0 2 -4 -2 4 0 -1 -2 -2 -3 -2 2 -5 -2 2 2 8 1 5 0 3 12 1 1 22 7 4 1 2 1 2 14 0 1 13 0.33 1.54 29 V 0 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -4 2 1 -4 -1 4 -6 -5 -3 0 5 5 7 0 0 0 0 0 0 1 0 8 11 1 1 15 0 0 1 1 19 36 0.90 1.59 30 D -4 -2 2 8 -1 -2 0 -4 -1 -6 -7 -1 -6 -7 -5 -1 -4 -7 -6 -6 1 1 8 76 2 1 4 0 1 0 0 3 0 0 0 3 0 0 0 0 1.75 1.59 31 V -2 -5 -6 -6 1 -5 -5 -5 -5 2 4 -2 6 2 -6 -5 -2 -5 -4 2 4 0 0 0 2 0 0 1 0 10 37 3 18 7 0 0 2 0 0 16 0.85 1.59 32 G 2 1 -2 -2 -5 -2 0 -1 -2 -3 -2 3 -3 -4 -4 4 0 -5 -1 -3 16 8 1 2 0 1 5 3 1 1 3 15 1 1 0 32 6 0 3 1 0.48 1.58 33 D 0 1 -1 3 -6 0 2 0 0 -6 -6 0 -5 -6 5 -1 -2 -6 -5 -4 6 8 2 14 0 4 14 8 2 0 0 5 0 0 31 5 1 0 0 1 0.75 1.59 34 I -2 -2 -5 0 -5 -3 -3 -6 1 2 3 -3 1 0 -4 -3 -3 4 4 -1 4 2 0 7 0 1 2 0 3 11 32 1 3 3 1 1 1 6 16 4 0.57 1.57 35 L -3 -5 -6 -5 -1 -5 -6 -6 -6 5 4 -5 1 0 -3 -5 -3 -1 -2 2 2 0 0 1 1 0 0 0 0 30 42 0 3 4 2 0 1 1 1 12 0.94 1.55 36 R 1 2 2 0 -2 2 2 0 3 -4 -2 0 -1 1 -2 -1 -1 -1 -2 -3 12 9 8 5 1 8 13 7 7 0 3 5 1 7 2 5 3 1 1 1 0.23 1.44 37 K 0 2 -1 0 -4 0 0 -2 -2 -4 -3 4 -4 -1 -3 2 2 -2 -4 -3 7 11 3 5 0 5 5 3 1 0 3 24 0 3 1 15 11 1 0 1 0.39 1.47 38 I -3 -1 -1 -1 -3 -3 0 3 3 -1 -2 0 -1 3 -1 -1 -2 1 3 -2 1 3 3 3 0 1 7 24 6 5 4 5 1 11 3 5 3 2 12 2 0.33 1.51 39 P -1 0 -2 0 -4 -2 0 1 -4 -4 -4 1 -3 -5 6 -1 -1 -5 -4 -3 5 6 2 5 0 1 7 10 0 1 1 10 1 0 41 4 4 0 0 2 0.85 1.45 40 D 2 -3 -3 -1 -4 -1 -2 1 -1 2 0 -4 3 -1 1 -1 -2 1 -2 3 15 1 1 3 0 3 2 10 1 13 6 0 6 2 6 5 2 2 1 18 0.26 1.50 41 L -3 -6 -6 -7 -5 -6 -6 -6 -4 -2 2 -6 1 8 -4 -4 -4 0 4 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 19 0 3 60 1 1 1 1 11 1 1.60 1.61 42 A 3 2 -2 -2 -1 1 3 -2 -1 -4 -3 2 -4 -3 -4 0 -1 -3 -4 -4 29 11 1 2 2 7 18 2 1 1 2 13 0 1 0 6 4 0 0 1 0.51 1.59 43 P 1 0 -3 -2 -5 -1 1 -3 -2 -2 -2 0 -3 -3 7 -2 -2 -6 -5 -2 13 5 1 1 0 3 8 2 1 2 3 6 1 1 47 2 1 0 0 3 1.00 1.58 44 I -3 -5 -7 -7 -4 -5 -6 -7 -6 0 6 -6 -1 -1 -6 -6 -4 1 -4 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 91 0 0 2 0 0 0 2 0 1 1.65 1.61 45 L 0 5 1 -3 -3 2 0 -4 0 -3 -1 4 0 -5 -5 -2 -2 -2 -5 -3 7 27 5 1 0 8 4 1 2 1 6 28 2 0 0 3 2 1 0 1 0.66 1.60 46 D -2 -4 3 7 -6 -1 1 -3 -3 -5 -5 -1 -3 -6 -4 -1 -2 -6 -4 -4 3 0 14 57 0 2 9 1 0 1 1 4 1 0 0 3 2 0 0 1 1.23 1.58 47 P -2 -1 -3 0 -5 -1 1 -3 -1 -1 -1 1 -1 -5 6 -2 -2 -3 -2 -2 4 3 1 4 0 2 8 2 1 5 6 7 1 0 45 3 2 0 1 3 0.88 1.56 48 E 3 -1 0 2 -5 0 2 1 0 -3 -4 -1 -4 -5 -2 1 0 -6 -4 -2 24 3 5 9 0 4 16 10 2 1 1 3 0 0 2 9 7 0 0 3 0.35 1.57 49 A 0 -3 -2 -5 -2 -3 -2 -5 -3 0 3 -3 -1 4 -5 -4 -1 -4 3 2 9 2 2 0 1 1 3 0 1 5 26 1 1 18 0 0 3 0 11 16 0.57 1.57 50 F -5 -6 -6 -7 -6 -6 -6 -6 -4 -3 -2 -6 -2 9 -7 -4 -4 3 0 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 93 0 1 1 3 1 0 2.49 1.61 51 A 3 2 3 -1 0 0 1 -1 -1 -3 -3 2 -2 -4 -4 0 -2 -6 -2 -3 28 9 13 4 2 4 8 3 1 1 2 15 1 1 0 6 1 0 1 1 0.43 1.61 52 R -2 3 1 -2 0 4 -2 -1 1 -5 -2 3 1 -6 -5 1 2 -6 -5 -5 2 14 6 2 2 19 2 5 3 0 4 15 3 0 0 11 13 0 0 0 0.50 1.59 53 V 3 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -2 -5 0 -1 -5 0 2 -2 -3 -3 -5 -1 5 28 0 0 0 0 0 0 2 0 3 3 0 2 8 2 0 0 0 2 48 0.90 1.54 54 H -1 4 -2 -2 -1 3 0 -2 5 -2 -5 2 -4 -1 -5 0 0 -5 0 -1 4 19 1 1 2 11 6 3 12 2 0 14 0 2 0 7 7 0 4 5 0.46 1.59 55 I -1 -2 -3 -6 -1 -2 -5 -6 -2 4 2 -5 -2 -1 -3 -3 -1 -5 -4 5 5 2 1 0 1 2 0 0 1 19 20 0 0 3 1 1 3 0 0 38 0.74 1.56 56 A 0 -3 0 5 -5 -1 1 2 1 0 -3 -1 -4 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -2 7 0 3 32 0 2 10 16 3 6 2 4 0 0 0 5 4 0 0 3 0.53 1.46 57 E -1 -2 0 3 0 -1 3 -3 2 -3 -2 -2 -1 1 2 0 -2 -1 1 -2 6 2 4 18 2 3 20 2 5 2 3 2 2 5 8 5 2 1 5 3 0.32 1.43 58 W -2 0 0 2 -1 -3 0 2 1 -2 -1 -2 -3 0 -3 -1 -2 7 2 -2 3 5 5 10 1 1 6 16 3 2 7 3 0 4 1 4 2 17 7 3 0.47 1.27 59 E -1 -1 -1 -3 -1 -1 -2 6 0 -3 -2 -2 1 -2 -1 -2 -1 -3 -2 -1 4 3 2 1 1 3 2 52 2 2 5 2 4 2 3 2 3 0 1 5 0.73 1.28 60 G -1 1 -2 0 -2 -1 -3 4 3 -1 -3 -1 -2 -1 -1 -2 -1 5 3 -2 5 7 2 5 1 2 1 28 7 3 3 3 1 2 3 3 4 7 10 2 0.42 1.35 61 S 1 -4 -2 -1 2 -4 -3 2 -2 -2 -4 -3 -4 -1 -3 2 5 -5 0 -1 11 0 1 3 4 0 1 15 1 2 1 1 0 3 1 16 36 0 3 3 0.61 1.58 62 V -2 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 4 2 -5 -2 -1 -2 -5 -3 -5 -4 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 27 18 0 0 2 2 0 0 0 0 48 1.15 1.57 63 E 1 0 -2 0 1 -1 3 -2 -1 0 -3 -3 -1 0 -4 1 2 -5 0 2 10 4 2 4 3 2 17 3 1 6 1 0 1 4 0 9 13 0 3 15 0.24 1.47 64 W -5 -5 -6 -7 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -4 -6 -4 1 -6 -5 -5 13 0 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 91 0 0 3.89 1.48 65 F 0 -3 3 -2 -5 -2 -1 3 -2 -4 -1 -3 -2 -2 5 -1 -3 -5 -3 -4 9 1 14 2 0 1 3 20 1 1 8 1 1 2 30 5 1 0 1 1 0.68 1.50 66 D -3 -3 4 6 -6 -2 0 1 -1 -6 -4 -3 -5 -6 -5 -2 -2 -6 -5 -6 1 1 22 51 0 1 4 13 1 0 2 0 0 0 0 2 2 0 0 0 1.23 1.52 67 T -1 -4 -2 -2 -2 -2 -1 3 -5 4 2 -4 -1 -2 -1 -3 -3 -5 -4 1 4 0 2 2 1 1 6 21 0 27 18 0 1 2 3 1 1 0 0 8 0.47 1.45 68 E -2 -2 -1 6 -5 3 3 -1 -3 -5 -5 -3 -5 -5 -4 -3 -3 -5 -5 -5 4 2 2 52 0 12 22 4 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.23 1.40 69 F -4 -5 -5 -5 -2 -5 -5 -5 -5 4 4 -5 1 4 -3 -5 -3 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 28 37 0 3 15 1 0 1 1 3 7 0.88 1.39 70 G 3 -5 -3 1 4 -4 -4 3 -5 -5 -5 -4 -4 -3 -2 3 -2 -6 -5 -2 29 0 0 10 8 0 0 23 0 0 0 0 0 1 2 24 1 0 0 3 0.76 1.44 71 R 4 -3 -4 -4 2 -4 -1 -3 1 -2 -5 -4 -4 -2 5 -1 -3 -5 0 -1 36 1 0 0 4 0 4 1 4 3 0 0 0 1 33 5 1 0 3 3 0.93 1.42 72 D -3 -4 0 7 -6 -2 3 -2 1 -4 -6 -3 -5 -5 -4 -1 -2 -6 -1 -4 1 0 2 61 0 1 18 3 4 1 0 0 0 0 0 3 1 0 3 2 1.32 1.41 73 N -1 0 2 -3 -4 -3 2 -3 2 -3 -4 -2 -2 0 -2 0 4 -5 0 -1 5 6 9 0 0 0 16 1 5 1 1 1 1 4 2 7 32 0 3 5 0.47 1.38 74 V -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 2 6 -5 2 -1 -6 -5 -4 -5 -4 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 8 77 0 3 2 0 0 0 0 0 9 1.33 1.39 75 Y -3 2 -5 -6 -5 -4 -4 -6 2 -4 -1 -3 -3 1 -6 -4 -3 7 8 -4 2 13 0 0 0 0 1 0 5 0 7 1 0 2 0 0 1 13 55 0 1.56 1.37 76 A 1 2 0 0 -4 0 3 -3 -2 -3 1 -2 -2 0 -4 0 -2 -5 -1 -3 15 10 5 5 0 4 22 1 1 1 18 1 1 4 0 8 2 0 2 1 0.30 1.30 77 W -4 3 1 3 -2 -2 1 -5 -1 0 2 -1 4 -3 -5 -4 -4 4 0 -2 1 15 7 15 1 1 8 0 1 6 20 4 11 0 0 0 0 7 3 1 0.46 1.29 78 A 4 -3 -3 -4 1 -3 -4 3 -4 -3 -3 -2 0 -5 -2 2 -1 -5 -5 -1 44 1 0 0 2 1 0 19 0 1 2 2 2 0 2 18 4 0 0 3 0.69 1.28 79 K -2 2 -3 -3 -4 1 1 -4 -2 1 1 3 1 -3 -4 -2 -1 -4 -2 2 3 13 0 1 0 7 8 0 1 8 14 21 3 1 0 2 3 0 1 13 0.34 1.18 80 E 2 0 -3 0 -5 0 6 -3 -1 -3 -4 1 -4 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -4 15 5 0 4 0 3 55 1 1 1 1 8 0 0 1 3 3 0 0 0 0.88 1.15 81 Q -1 0 -3 -3 -5 8 0 -4 -2 -5 -3 0 0 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -2 6 2 0 0 0 81 2 0 0 0 2 2 2 0 0 1 0 0 0 2 1.55 1.11 82 A 5 -3 0 -3 -3 3 -2 -2 -3 -4 -4 -2 0 -2 0 1 0 -5 -1 -3 55 0 4 0 0 13 0 1 0 0 0 1 2 1 3 11 6 0 2 0 0.71 1.00 83 G 0 -2 -1 0 -5 -3 -2 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -5 8 2 2 5 0 0 2 82 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.50 0.92 84 E -3 -2 -2 2 -6 0 6 -4 4 -5 -5 0 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -3 -5 0 0 0 12 0 0 75 0 10 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1.31 0.79 K Lambda Standard Ungapped 0.1377 0.3195 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1877 0.3171 PSI Gapped 0.0575 0.2670