Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 4 -3 0 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -3 4 4 -5 -4 -3 36 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 36 24 0 0 0 0.92 1.10 2 R -4 7 -3 -4 -6 0 -2 -5 -3 -6 -5 4 -4 -6 -5 -3 -3 -6 -5 -5 0 71 0 0 0 3 1 0 0 0 0 23 0 0 0 0 1 0 0 0 1.72 1.38 3 I -3 -2 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -2 3 0 -4 1 2 -5 -3 0 -2 -1 5 1 2 1 0 0 0 1 1 1 15 6 1 3 9 0 1 5 0 2 51 0.86 1.45 4 V 1 -1 -4 -4 1 0 0 -3 -3 0 -2 -2 -2 -2 2 1 -1 -5 0 4 14 3 0 1 3 4 6 1 0 5 2 2 1 1 12 12 4 0 3 27 0.35 1.45 5 V 0 0 -5 -6 1 -4 -4 -5 -4 2 -1 -3 -1 4 -5 -3 -2 -4 -1 5 8 5 0 0 3 0 1 1 0 8 4 1 1 20 0 1 2 0 1 43 0.77 1.43 6 H -3 5 -2 -4 -3 3 -1 -1 4 0 -3 1 2 -4 -4 -2 -1 -5 -2 -1 1 31 1 0 0 15 3 5 12 6 2 8 5 0 1 2 3 0 1 4 0.63 1.45 7 T 1 -2 -1 -2 -3 -1 -1 -3 -2 -2 -3 0 0 -4 -2 2 5 -5 -4 1 12 2 2 2 0 2 3 2 1 2 1 6 2 0 2 12 38 0 0 10 0.54 1.40 8 Q -1 3 -1 -1 -3 0 1 -1 -2 -3 0 3 1 -4 -1 0 0 -5 -4 -1 4 17 3 3 0 4 10 4 0 1 10 16 4 0 2 8 5 0 0 5 0.26 1.41 9 T 0 -2 -2 -1 2 -2 -3 -2 -3 0 -2 0 -3 -5 -3 5 2 -5 -3 0 5 2 1 3 4 1 1 3 0 5 3 7 0 0 1 47 11 0 1 6 0.59 1.38 10 L -1 -3 0 3 -3 2 4 -3 -1 -2 0 -2 1 -4 0 0 1 -5 -2 -2 4 1 3 17 1 8 27 1 1 3 8 1 4 0 4 5 7 0 2 3 0.39 1.35 11 F 1 -2 -1 -1 -2 0 1 -2 2 1 -2 -2 0 0 -3 1 1 -4 1 2 14 2 2 3 1 5 8 2 5 9 2 2 2 4 1 9 9 0 5 15 0.17 1.29 12 D -1 -1 1 5 -3 -1 3 0 -2 -4 -3 -2 -2 -5 1 -1 -1 -5 -3 -3 6 3 6 32 1 2 23 6 1 1 2 1 1 0 7 2 4 0 1 2 0.60 1.26 13 I -3 -2 -2 -1 0 -3 0 -4 2 3 2 -3 1 0 1 -2 1 -4 -2 1 1 2 2 5 2 1 5 1 6 19 17 1 4 4 6 2 9 0 1 11 0.28 1.26 14 V -1 -3 -3 -3 -1 -2 -2 -4 -3 0 3 -3 3 1 4 -1 0 -4 -1 1 5 1 1 1 1 1 3 1 1 3 27 1 7 6 22 4 6 0 2 9 0.46 1.19 15 N -2 -2 2 6 -3 -1 2 0 -2 -4 -5 -1 -3 -5 1 0 -2 -5 -3 -4 3 2 10 43 1 3 11 6 1 1 1 2 1 0 6 8 2 0 1 1 0.76 1.22 16 D -3 -4 0 8 -5 -3 -1 -4 -3 -5 -2 -1 -4 -5 -4 -3 -3 -5 -1 -5 2 0 2 81 0 0 2 0 0 0 5 4 0 0 0 0 0 0 2 0 1.67 1.24 17 G 0 -3 -2 -1 -3 -2 0 6 0 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -5 -5 -4 5 1 2 4 1 2 7 65 2 1 1 1 1 1 1 2 1 0 0 1 1.10 1.30 18 Y -4 -3 -3 -4 2 -2 -1 0 2 -3 -3 -2 -1 3 -5 -2 -4 4 7 -4 0 1 1 0 4 1 4 7 5 1 2 2 2 11 0 2 0 5 50 0 1.15 1.22 19 R -1 3 2 -3 -1 2 0 -3 4 0 -3 0 -2 -3 -2 2 1 -2 -1 -2 4 19 8 0 1 8 5 1 9 6 1 5 1 1 2 14 8 1 2 2 0.33 1.19 20 W -2 -2 -5 -5 0 -4 -4 -4 2 -4 -4 -4 -3 -2 -5 -4 -4 12 0 -4 4 3 0 0 3 0 0 0 6 0 1 0 0 0 0 0 0 80 0 0 2.98 1.07 21 R -2 6 -3 -3 -5 1 -1 -3 2 -2 -1 2 -1 -4 -4 -1 0 -4 -4 -4 3 51 0 0 0 5 2 2 5 2 7 11 1 0 0 3 6 0 0 0 0.86 1.16 22 K -3 0 0 -3 1 0 -1 -4 -1 -2 -1 6 2 -2 -4 -3 -3 3 -4 -4 0 2 4 0 3 2 2 0 2 2 6 63 5 2 0 0 0 4 0 0 1.00 1.19 23 Y -1 -1 0 -4 4 -3 -4 -4 2 1 -1 -4 -3 1 -4 -3 -1 -1 7 -3 6 3 6 0 9 0 0 0 4 9 4 0 0 3 0 0 5 0 48 0 1.00 1.12 24 G -1 0 -3 0 -4 -3 0 6 -4 -5 -4 -3 1 -4 -4 0 0 3 -4 -4 5 5 0 5 0 0 5 55 0 0 1 0 4 0 0 8 5 5 0 0 0.90 1.14 25 Q -1 1 0 -1 1 6 0 -4 1 -1 -2 0 1 -4 -4 -1 -1 -4 -4 -4 4 6 4 4 3 44 5 1 4 4 4 5 4 0 0 4 4 0 0 0 0.72 1.23 26 K 1 2 2 -3 -4 -2 1 -3 -2 -3 -3 1 3 -3 -3 1 1 -3 2 -3 10 10 9 0 0 0 10 1 0 0 1 10 9 0 0 10 10 0 9 1 0.23 1.01 27 S -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 28 V -1 -1 -1 -4 -4 -4 -1 -2 -4 5 0 -4 1 0 -4 -1 1 -5 -4 1 4 4 4 0 0 0 4 4 0 38 7 0 4 4 0 4 9 0 0 9 0.51 1.56 29 K -1 0 1 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 0 0 -5 -4 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 0 6 0.09 1.78 30 G -1 -1 4 0 -5 -1 -1 5 1 -5 -5 -1 -5 -5 -5 0 -1 -5 -1 -2 4 3 20 5 0 3 3 40 4 0 0 4 0 0 0 5 3 0 3 3 0.75 1.72 31 S 1 -1 2 -1 2 -1 -1 0 1 0 -5 -1 1 -1 -1 3 1 -5 0 -4 13 4 11 3 4 3 3 6 3 5 0 3 3 3 3 23 7 0 3 0 0.28 1.91 32 P -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 -4 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 0.12 2.01 33 Y -4 0 2 -4 2 -1 -4 -2 4 0 -1 1 -4 2 -1 -1 0 3 4 -1 1 4 8 0 4 3 0 4 11 5 5 10 0 9 3 5 6 3 13 4 0.36 1.76 34 P -1 0 0 -4 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 0 0 -5 1 0 6 6 5 0 5 5 6 6 5 6 6 6 5 5 6 6 6 0 5 6 0.11 1.89 35 R -3 1 -3 -4 4 -3 1 0 -3 -3 0 1 3 -3 -4 0 1 5 2 0 1 8 0 0 8 0 8 8 0 0 8 8 8 0 0 8 8 8 8 8 0.32 1.23 36 S 0 1 1 -1 1 1 -1 0 2 -4 -2 -1 -4 0 -4 3 0 2 0 -1 6 7 7 4 3 7 4 8 5 0 4 4 0 5 0 22 4 3 4 5 0.22 1.51 37 Y 0 0 1 -4 3 1 -4 0 3 0 -1 0 -3 1 1 0 0 -4 2 0 6 6 6 0 6 6 0 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 0 6 6 0.15 1.67 38 Y 0 -3 1 -4 4 -3 -3 -4 3 1 0 1 -3 2 -4 0 1 -3 2 1 8 0 8 0 8 0 0 1 8 8 8 8 0 8 0 8 8 0 8 8 0.28 1.23 39 R -3 3 -3 -4 2 0 0 -1 1 -1 1 2 1 0 0 0 -1 -4 0 -1 1 16 0 0 5 4 5 5 4 3 14 12 3 4 5 9 3 0 3 3 0.22 1.45 40 C 0 1 -3 -4 4 -3 -3 -4 -3 -2 0 -3 -2 2 -4 1 1 5 3 1 10 10 0 0 9 0 1 1 0 0 10 1 0 9 0 10 10 9 9 10 0.41 1.01 41 S -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.07 2.01 42 S -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 43 P -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.07 2.01 44 G -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 45 C 0 1 1 -4 3 -3 0 0 -3 1 -3 -3 3 2 -4 0 -3 5 2 -3 8 8 7 0 7 0 8 8 0 8 1 0 7 7 0 8 0 7 7 0 0.27 1.34 46 P -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 47 V 0 1 1 -4 3 -3 0 0 -4 1 -1 0 2 1 -4 0 0 -4 -4 0 7 7 7 0 6 0 7 7 0 7 7 7 6 6 0 7 7 0 0 7 0.10 1.56 48 K -2 2 -1 -4 3 2 -1 -2 1 -1 -1 4 1 -5 -4 -1 1 -5 -4 -1 3 11 3 0 6 8 3 3 3 3 7 25 3 0 0 3 11 0 0 3 0.35 1.62 49 K -1 1 0 1 -5 -2 -1 -2 -3 -5 -2 6 -4 -5 -1 -3 -1 -5 -4 -4 6 7 3 7 0 0 3 3 0 0 4 57 0 0 3 0 3 0 0 0 0.93 1.43 50 H 0 1 1 -4 -5 1 0 -4 3 0 -1 0 2 1 -4 0 0 4 2 0 6 6 6 0 0 6 6 0 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 0.22 1.67 51 V 0 -3 -3 1 -4 -3 1 0 -4 1 0 1 3 2 -4 -3 1 5 -3 1 8 0 0 8 0 0 8 8 0 8 8 8 8 8 0 1 8 8 0 8 0.26 1.23 52 E 0 -1 -3 1 3 4 3 -2 1 -1 -1 -1 -3 0 -4 -1 -1 5 -3 -2 7 3 0 6 7 18 18 3 3 3 5 3 0 4 0 3 3 7 0 3 0.39 1.46 53 R -1 0 0 -4 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.13 2.01 54 S 0 -2 -1 1 5 0 -1 -1 1 0 -2 -1 0 -1 -1 2 1 2 -1 -1 8 3 3 7 10 4 3 5 4 5 3 3 3 3 3 16 9 2 3 4 0.20 2.09 55 S 0 0 0 3 0 1 1 -2 2 -1 -2 -1 -1 -2 1 0 -1 0 -1 -1 10 5 4 16 2 6 9 2 4 3 4 3 2 2 8 7 3 2 2 5 0.16 2.11 56 H -1 -1 0 4 -1 1 3 -1 3 -3 -3 0 -1 -1 -2 0 0 -5 -1 -2 5 3 4 19 1 5 17 5 7 2 3 5 1 2 2 6 6 0 2 3 0.33 2.06 57 D -3 -3 3 7 -1 -2 0 -2 0 -3 -4 -2 -2 -6 -2 -1 -2 -6 -5 -4 2 1 14 54 1 2 5 2 2 1 2 2 1 0 2 4 3 0 0 2 1.15 2.04 58 T -1 0 -2 -2 -2 -1 -1 1 -1 -3 -3 -1 0 -3 6 0 0 -6 -5 -3 4 5 2 2 1 3 4 9 1 1 2 4 2 1 44 6 5 0 0 2 0.88 2.04 59 K -1 1 1 -1 -1 0 -1 0 1 -1 -2 1 -2 -3 1 3 1 -6 -2 -3 5 7 6 3 1 5 4 6 3 3 5 9 1 1 8 20 9 0 1 1 0.21 2.06 60 L 0 -3 -1 -3 -2 -3 -2 -4 -2 4 1 -2 6 -1 -5 -2 0 -5 0 2 8 1 3 2 1 1 2 1 1 20 11 3 17 3 0 3 7 0 4 11 0.47 2.05 61 L -3 -5 -4 -4 -2 -5 -4 -6 -2 0 2 -4 -1 5 -6 -4 -1 -1 4 4 2 0 1 1 1 0 1 0 1 4 21 1 1 21 0 1 4 1 13 26 0.81 2.04 62 I -3 1 -2 0 -3 0 2 -5 -1 4 0 -1 -1 -3 -5 -3 0 -2 -5 3 2 7 2 5 1 4 14 1 1 26 7 3 1 1 0 2 5 1 0 18 0.47 2.04 63 T -1 -5 -2 -5 -4 -3 -5 -4 -6 4 -2 -4 -1 -4 -5 -2 5 -6 -3 4 6 0 2 0 0 1 0 1 0 23 1 1 1 0 0 2 33 0 1 30 0.99 1.97 64 T -2 -4 -3 -2 -2 -3 -3 -4 -3 -1 -3 -2 0 -3 -3 0 7 -2 -5 1 2 1 1 2 1 1 1 0 1 3 1 2 2 1 1 5 65 1 0 11 1.21 1.99 65 Y -5 -2 -3 -4 -1 -5 -5 -6 -1 -5 -3 -5 -2 0 -6 -3 -5 -1 9 -5 0 2 1 1 1 0 0 0 1 0 2 0 1 1 0 2 0 0 88 0 2.56 1.92 66 E -2 1 -2 -1 -2 -2 4 -4 0 1 -3 1 -1 0 -4 -1 0 -5 2 -1 3 7 2 3 1 1 32 1 3 9 2 10 2 4 1 4 6 0 7 4 0.45 1.92 67 G -1 -3 1 -3 -1 -5 -4 7 -2 -5 -6 -4 -1 -3 -5 -1 -4 -3 -2 -6 5 1 5 1 1 0 1 72 1 1 0 0 2 1 0 5 1 0 2 0 1.47 1.93 68 K -2 1 0 1 -3 2 4 -4 2 -2 -4 1 -1 -3 -3 0 0 -6 -3 -1 3 8 4 7 1 9 27 1 5 3 1 9 2 1 1 6 6 0 1 6 0.42 1.93 69 H -5 -1 -3 -4 -6 -1 -3 -5 11 -6 -6 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -2 -6 0 2 0 0 0 1 0 0 94 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 3.10 1.82 70 D -3 -3 6 0 -1 -2 -3 -4 -1 -3 -4 -2 -3 -4 -4 1 5 -6 -4 -3 1 1 38 4 2 1 1 0 2 1 1 1 0 0 0 7 37 0 0 1 1.09 1.82 71 H -4 -4 -2 -4 8 -3 -4 -5 9 -5 -4 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -1 -5 0 0 1 1 33 0 0 0 60 0 1 0 0 0 2 0 0 0 1 0 2.47 1.75 72 D 0 -1 0 3 -2 1 1 -1 1 -5 -4 -1 -4 -3 5 -2 -1 -3 -3 -3 8 3 5 16 1 5 7 4 3 0 2 3 0 1 33 3 3 0 1 1 0.69 1.73 73 M -2 0 -3 -1 -1 3 -3 -4 1 -1 0 1 2 -3 2 1 0 1 -3 1 3 6 1 3 1 12 1 1 4 4 11 9 5 1 11 9 5 2 0 10 0.23 1.76 74 P -2 -3 -4 -5 -4 -1 -4 -5 -3 -5 -4 -3 -4 -6 8 -2 -3 -6 -2 -5 2 1 0 0 0 3 0 0 0 0 1 1 0 0 84 2 1 0 2 0 2.36 1.70 75 P 2 -5 -3 -4 -5 0 -3 -2 -5 -4 -4 -2 -3 -6 7 -2 -1 -3 -5 -3 17 0 1 0 0 4 0 2 0 1 1 2 1 0 64 1 4 0 0 2 1.63 1.51 76 G 5 -4 -3 -4 -3 -3 -4 3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 2 -3 -5 -5 -3 60 0 0 0 0 0 0 23 0 0 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 1.14 1.25 K Lambda Standard Ungapped 0.1360 0.3176 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1412 0.3182 PSI Gapped 0.0432 0.2670