Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S -1 -3 -2 -2 -3 -2 -2 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -4 4 2 5 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 18 59 0 0 0 0.94 0.50 2 S -2 3 -2 -2 -4 3 1 -3 -3 -4 -2 -1 -3 -4 -2 4 1 -5 -4 -2 0 19 0 0 0 15 8 0 0 0 4 0 0 0 1 42 8 0 0 3 0.61 0.84 3 M -3 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -5 -4 2 1 0 5 -3 0 -3 4 -5 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 11 5 16 0 5 0 28 0 0 22 0.65 0.98 4 D -2 -3 -2 4 -6 2 6 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -3 -5 3 0 0 24 0 6 66 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1.33 1.00 5 S 2 0 -2 -3 0 0 2 -1 1 -4 -3 0 1 -3 -1 4 -1 -5 -4 -2 14 5 0 0 2 4 17 4 3 0 1 4 4 1 3 35 2 0 0 2 0.45 1.02 6 R -3 5 -2 -3 -5 3 1 -4 2 -5 -3 4 0 -5 -1 -2 0 -5 -4 -4 0 31 0 0 0 17 6 0 6 0 3 26 3 0 2 2 5 0 0 0 0.82 1.03 7 L -4 -4 -1 -6 -4 -4 -5 -6 -5 1 6 -5 3 -2 -5 -5 -3 -4 -3 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 5 80 0 6 0 0 0 0 0 0 4 1.22 1.08 8 Q -3 -2 -2 -3 2 6 1 -4 3 -1 0 0 0 -4 -4 -1 -2 -4 -1 0 0 0 1 0 5 41 9 0 8 4 9 5 2 0 0 4 1 0 2 8 0.66 1.08 9 R 0 4 -1 0 0 2 3 -4 -3 -1 -2 3 0 -3 -4 -3 -3 -5 -4 -4 7 26 2 4 2 9 18 0 0 3 3 23 3 1 0 0 0 0 0 0 0.62 1.10 10 I -4 -5 -5 -6 0 -4 -5 -6 2 4 4 -5 0 2 -5 -4 -1 -4 1 -1 0 0 0 0 2 0 0 0 5 28 47 0 1 7 0 0 3 0 4 0 0.82 1.10 11 H -2 -1 2 5 0 -1 0 -4 8 -5 -5 -3 -4 -4 -4 -2 -3 -5 -1 -5 3 3 8 31 2 2 4 0 40 0 0 0 0 0 0 2 0 0 2 0 1.19 1.11 12 A 3 1 -3 -4 -4 -2 -3 1 -4 1 -1 0 0 -4 -4 1 0 0 1 -1 29 7 0 0 0 1 0 11 0 8 6 6 2 0 0 12 6 1 4 4 0.26 1.11 13 E -2 0 0 2 -5 2 4 -1 0 -5 -3 1 -4 -4 -4 0 -2 -5 1 -4 3 3 5 13 0 9 34 4 2 0 2 9 0 0 0 5 2 0 6 0 0.52 1.10 14 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 6 2 -5 3 -1 -5 -5 -3 -5 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 65 20 0 7 2 0 0 0 0 0 2 1.23 1.10 15 K -3 3 -1 -3 -5 -1 -2 -4 -3 -5 -4 7 0 -5 -4 -3 -3 -1 -4 -3 0 16 2 0 0 0 0 0 0 0 0 73 2 0 0 0 0 1 0 2 1.32 1.10 16 N -1 -1 3 -3 -4 0 0 -4 -1 2 -1 0 -1 2 -4 2 2 -4 -3 -1 5 3 16 0 0 4 6 0 1 12 4 5 1 9 0 14 13 0 0 2 0.25 1.10 17 S 2 -3 2 -3 5 -3 -3 -3 -3 -4 -5 -3 -4 -5 -3 5 0 -5 -4 -4 13 0 10 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 2 0 0 0 0.99 1.10 18 L -4 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 0 6 -5 2 -2 -5 -5 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 83 0 5 0 0 0 0 0 0 7 1.28 1.10 19 K -1 1 0 -4 1 0 -3 3 -4 1 -4 4 -3 -5 -1 -1 -1 -5 -4 -1 3 8 4 0 3 4 0 19 0 10 0 33 0 0 2 4 3 0 0 4 0.48 1.15 20 I -3 2 -3 -5 -4 -2 -4 -6 -5 4 3 -1 1 -3 -5 -4 -1 -5 -2 3 0 11 1 0 0 2 0 0 0 26 26 4 3 0 0 0 4 0 1 21 0.63 1.15 21 D -1 -4 1 5 -5 -2 2 3 -3 -5 -5 -1 -5 -5 -4 -1 -2 -6 -3 -2 6 0 6 40 0 0 13 19 0 0 0 4 0 0 0 3 2 0 1 3 0.79 1.15 22 N -2 1 5 -2 -1 1 -1 -2 4 -5 -5 3 -4 -5 -4 3 -1 -5 -4 -5 1 8 27 0 2 5 1 1 10 0 0 17 0 0 0 23 2 0 0 0 0.73 1.15 23 L 3 -2 -4 -4 -4 -1 1 -4 -4 -3 1 -3 1 -3 5 -3 -1 -5 -4 -2 23 2 0 0 0 2 11 0 0 0 17 1 4 1 35 0 3 0 0 1 0.79 1.14 24 D -4 -3 3 7 -5 -2 1 -3 -3 -5 -5 -1 -4 -2 -3 -2 -3 -5 -2 -5 1 0 16 66 0 0 6 0 0 0 1 3 0 2 0 0 0 0 1 0 1.36 1.07 25 V -2 -4 -4 -4 0 -4 -4 0 0 3 -1 -4 -1 2 3 -3 -1 -4 -1 4 2 0 0 0 2 0 0 8 3 18 3 0 1 8 17 0 4 0 1 29 0.54 1.07 26 N 0 -1 3 3 -4 1 2 -1 -3 -2 -4 2 -4 -5 1 0 -2 -5 -4 -2 6 3 14 16 0 7 14 5 0 2 1 15 0 0 6 7 2 0 0 4 0.39 1.07 27 R 1 5 -2 -3 -4 0 -1 -2 -3 -4 -2 4 -3 -4 -3 -2 0 -4 -4 -1 11 36 2 0 0 3 2 3 0 0 3 30 0 0 0 0 6 0 0 4 0.76 1.07 28 C 3 -4 -4 -4 9 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -3 -3 -4 0 -3 -4 2 -3 26 0 0 0 56 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 5 0 0 7 0 1.65 1.07 29 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 4 5 -4 -1 1 -4 -4 -1 -4 -3 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 20 53 0 0 4 0 0 3 0 0 15 0.89 1.07 30 E -1 -1 2 2 0 4 4 -3 -1 -3 -3 2 -3 -5 -3 0 0 -4 -4 -3 6 1 8 9 3 17 25 1 1 2 2 13 0 0 0 6 5 0 0 1 0.50 1.07 31 A 5 1 -1 -4 -1 -3 -3 -3 0 0 1 -3 -2 -1 -3 -2 -2 -4 0 0 52 7 3 0 1 0 0 0 2 6 13 0 0 3 0 0 0 0 3 7 0.58 1.07 32 L -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 1 5 -3 4 0 0 -3 -3 -3 -3 -1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 5 65 1 12 2 4 1 1 0 1 1 0.90 0.96 33 D 0 -1 -1 5 -4 -1 3 -2 -3 -3 -4 -1 -3 -4 -3 -1 1 -4 -3 -1 7 4 1 37 0 2 22 3 0 1 1 4 0 1 1 2 8 0 1 5 0.65 0.96 34 E 0 0 -1 1 -4 4 5 -1 1 -2 -3 0 -1 -2 -3 0 -2 -3 -3 -3 6 3 3 6 0 17 39 4 3 2 1 3 2 2 1 5 1 0 1 1 0.59 0.96 35 L -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -3 3 4 -3 1 1 -4 -3 -3 -3 2 0 1 1 1 1 0 1 1 1 0 18 52 1 3 5 1 1 1 0 7 4 0.74 0.96 36 A 1 -1 -1 3 1 0 1 1 -3 -1 -1 -1 2 -3 -3 1 -2 -3 0 -2 14 3 2 19 3 4 7 10 0 3 6 4 6 1 1 11 1 0 4 2 0.22 0.98 37 S 1 -1 2 1 0 0 1 -2 -3 -3 -2 2 0 -3 0 2 2 -4 -3 -2 11 2 9 7 2 4 7 2 0 1 3 11 3 1 4 18 13 0 0 2 0.27 1.02 38 L -3 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 2 4 -2 3 1 -4 -3 0 -3 0 1 1 1 0 1 0 0 1 1 0 12 51 3 6 5 1 1 5 0 3 8 0.69 1.02 39 Q -3 -1 1 -1 -4 5 1 -2 3 -4 -4 1 -3 -1 3 -2 -2 -4 0 -4 1 3 8 2 0 29 8 3 7 1 1 8 0 3 17 2 2 0 4 1 0.61 1.02 40 V 0 -4 -4 -4 1 -3 -4 -4 -4 4 2 -4 1 1 -4 -1 -2 -3 -3 4 7 1 1 1 2 1 1 1 0 23 17 1 3 6 1 4 1 0 0 31 0.57 1.00 41 T -1 -1 -1 1 -3 -2 -1 -3 -3 -3 -4 0 -3 -4 -3 2 6 -4 -4 -3 2 3 2 8 0 0 2 1 0 0 1 5 0 0 0 17 56 0 0 1 0.88 1.04 42 M 2 -3 -3 -1 -1 1 -2 -2 -1 -1 1 -2 1 -3 3 2 0 -4 -3 -3 15 0 0 3 1 7 2 2 2 4 16 2 5 0 17 16 7 0 0 1 0.33 1.04 43 Q 0 -1 -3 -3 1 3 0 -3 0 -1 2 -1 -2 -3 2 2 0 -4 -3 -1 8 2 0 0 3 16 5 1 2 3 21 2 0 0 12 15 5 0 0 4 0.31 1.04 44 Q -2 -3 0 -1 -3 2 -3 -4 3 2 1 -1 7 -3 -4 -3 0 -4 -3 0 3 0 4 3 0 9 1 1 9 12 11 4 30 0 0 1 6 0 0 5 0.59 1.04 45 A -1 -3 -4 -4 3 -3 -4 -4 -4 1 4 -1 1 0 -4 1 -3 -4 -3 0 6 0 0 0 6 0 1 1 0 7 53 4 2 3 0 12 0 0 0 3 0.62 1.04 46 Q 0 0 -2 -3 -4 4 -2 -3 0 -2 0 3 1 -4 -3 1 -1 -4 -3 0 6 3 0 0 0 24 1 1 2 2 11 23 3 0 0 14 3 0 0 7 0.45 1.04 47 K -3 3 -1 -3 0 3 -1 -3 -3 -4 -4 6 -3 -4 -3 -2 0 -4 -4 -4 1 14 3 0 2 11 1 1 0 0 1 58 0 0 0 1 6 0 0 1 1.03 1.04 48 H -3 -3 4 1 4 0 1 -3 7 -4 -4 -3 -3 -1 -4 0 -3 -4 -2 -1 1 0 21 6 9 4 9 1 29 0 1 0 0 3 0 8 0 0 0 6 0.84 1.11 49 T -1 -3 -3 -3 -1 3 -3 0 -3 -2 -4 -1 -3 -1 5 1 2 4 1 -2 5 0 0 0 1 13 0 6 0 2 1 3 0 2 25 11 14 6 6 2 0.57 1.11 50 E -3 1 1 4 -4 0 4 -4 3 -2 -1 -1 -3 -2 -1 -2 0 -4 -3 -3 1 8 5 22 0 3 26 1 8 2 6 3 0 2 3 2 6 0 0 2 0.51 1.08 51 M -3 -4 0 1 4 0 -3 -4 -4 3 2 -3 3 0 -4 -3 -1 -4 -3 2 1 0 6 8 9 6 1 1 0 21 18 1 9 4 0 1 3 0 0 13 0.44 1.08 52 I 0 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 4 1 -4 1 -2 -1 -3 1 -4 2 4 6 0 0 1 0 0 1 1 0 22 10 1 4 0 3 1 8 0 7 34 0.61 1.08 53 T 1 -1 -1 2 -4 0 3 0 0 -4 -3 1 1 -4 -3 1 1 -4 -1 -2 12 3 1 10 0 4 20 9 2 0 2 9 4 0 0 10 8 0 2 3 0.27 1.08 54 T -2 -3 1 -3 2 -2 0 -3 0 -2 -3 -3 0 -4 0 1 6 -4 -3 -1 2 0 8 1 4 0 6 1 2 2 1 1 2 0 4 7 55 0 0 3 0.80 1.08 55 L -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -5 -4 5 3 -4 2 0 -4 -3 1 -4 -3 2 1 0 0 1 0 0 1 1 0 34 30 1 4 4 0 1 9 0 0 13 0.74 1.08 56 K -2 3 -2 0 -4 -1 -1 0 -2 -4 -2 6 -3 -4 -3 0 -2 -4 -3 -4 1 16 1 4 0 1 2 8 0 1 3 52 0 0 1 7 1 0 0 1 0.80 0.94 57 K -2 3 -2 -2 -4 3 0 -3 -2 -4 -2 6 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -3 3 18 1 1 0 14 3 1 0 1 4 50 0 0 1 1 1 0 0 1 0.90 0.94 58 I -1 -4 -5 -5 5 -4 -5 -5 -4 5 2 -4 3 -2 -4 -4 -3 -4 1 2 5 0 0 0 14 0 0 0 0 34 20 0 6 0 0 0 0 0 5 13 0.77 1.01 59 R -3 7 -2 -3 -1 2 -2 0 -2 -4 -4 1 -3 -5 -2 0 0 -4 -4 -4 0 61 0 0 1 8 0 7 0 0 1 6 0 0 2 6 6 0 0 0 1.05 0.99 60 R -1 6 1 -3 -5 3 -2 -4 -1 -5 -3 3 -3 -2 -4 -1 -3 0 0 -4 4 45 6 0 0 12 0 0 1 0 2 20 0 2 0 4 0 1 3 0 0.87 0.99 61 F -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 2 -3 -3 -4 -3 4 -5 -1 -3 -1 8 1 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 20 0 6 0 0 60 11 1.48 0.99 62 K -3 3 -3 -3 -4 0 -2 -4 -3 -1 -3 6 -3 -4 0 -2 0 -5 -4 1 0 14 0 0 0 4 0 0 0 4 0 52 0 0 4 0 7 0 0 14 0.79 0.95 63 V 2 -1 -3 -4 -4 -1 -3 3 -4 -2 0 1 -3 -4 -1 0 -2 -5 -4 2 21 4 0 0 0 2 0 28 0 1 9 8 0 0 3 6 1 0 0 17 0.41 0.99 64 S 0 -3 5 1 -3 -2 -2 0 -2 -4 -4 -2 -4 -4 -1 4 -1 -5 -4 -4 7 0 32 7 0 0 0 6 0 0 1 0 0 0 3 41 0 0 0 0 0.82 0.93 65 Q -1 0 -1 1 -4 5 3 -4 -2 -1 -2 2 1 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -3 4 2 1 9 0 31 21 0 0 4 3 13 5 0 0 4 1 0 0 0 0.61 0.90 66 V 0 1 -3 3 -4 2 2 -2 -3 0 -3 1 -3 -4 -4 -2 -3 -5 -4 3 9 9 0 17 0 10 16 3 0 4 0 9 0 0 0 2 0 0 0 21 0.41 0.95 67 I -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 1 -4 -1 -3 -1 -1 -2 -5 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 41 12 0 0 0 4 5 0 0 0 38 0.94 0.95 68 M -1 4 -3 -4 -4 -1 -3 -4 -3 -2 -1 2 8 -3 -4 0 -3 -4 -4 -2 4 28 0 0 0 2 0 0 0 0 0 11 48 0 0 8 0 0 0 1 1.06 0.95 69 E 0 -1 1 2 -5 1 4 -4 -3 1 -1 3 -3 -2 -4 -1 -1 -5 -4 -3 7 2 5 12 0 5 29 0 0 8 5 20 0 2 0 2 2 0 0 0 0.47 0.95 70 K 0 0 0 -3 -5 -1 1 -2 1 -5 -5 6 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 8 0 4 0 0 0 8 3 3 0 0 73 0 0 0 0 0 0 0 0 1.15 0.95 71 S 5 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -3 3 1 -5 -4 -3 68 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 9 0 0 0 1.04 0.92 72 T 0 -3 -1 2 -4 0 3 -4 -3 -2 -1 -1 -3 -4 -3 2 3 -5 -4 -2 7 0 2 14 0 4 22 0 0 1 6 3 0 0 0 13 25 0 0 3 0.47 0.92 73 M -1 -1 -3 -2 -4 0 2 -2 1 0 -1 2 6 -1 -4 -1 -3 -3 4 -1 5 3 0 1 0 4 16 2 3 6 3 12 22 2 0 4 0 0 15 3 0.45 0.95 74 L -1 -4 -5 -5 2 -4 -5 -5 -5 4 4 -4 1 -2 -5 -4 -1 -4 -3 3 5 0 0 0 4 0 0 0 0 23 40 0 3 0 0 0 2 0 0 22 0.77 0.90 75 Y -4 -4 -4 -5 5 0 -4 -5 1 -3 -2 -4 -3 3 -5 -4 -4 0 8 -3 0 0 0 0 15 4 0 0 3 0 2 0 0 11 0 0 0 0 65 0 1.59 0.90 76 N -3 -1 7 -1 -4 -2 -2 -3 4 -3 -5 0 -4 -5 -4 2 1 -5 -2 -4 0 3 56 0 0 0 0 0 9 1 0 5 0 0 0 17 7 0 1 0 1.05 0.90 77 K -2 3 2 -3 -3 1 -2 -3 0 -5 -5 6 -3 -5 -3 -1 -3 -5 -2 -4 2 16 12 0 1 4 0 1 2 0 0 58 0 0 0 3 0 0 1 0 0.98 0.90 78 F -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -4 1 1 -5 -2 8 -6 -4 -2 3 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 13 0 0 69 0 0 3 3 2 1 1.43 0.90 79 K -3 0 -2 -3 -5 1 -1 -4 -3 -2 -2 7 -1 -5 -1 -2 -3 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 4 0 0 0 3 4 85 2 0 2 0 0 0 0 0 1.28 0.87 80 N 0 -2 5 0 -4 -2 -2 -2 3 -4 -5 -1 -4 -4 -3 4 2 -5 -3 -4 4 0 36 4 0 0 0 0 7 0 0 3 0 0 0 34 11 0 0 0 0.81 0.79 81 M -3 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -4 4 2 -4 8 -2 -5 -4 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 15 0 48 0 0 0 0 0 0 15 1.11 0.79 K Lambda Standard Ungapped 0.1272 0.3187 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1857 0.3184 PSI Gapped 0.0568 0.2670