Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 4 -3 -2 -3 -3 -2 -2 4 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 3 -1 -4 -4 -3 39 0 0 0 0 0 0 31 0 0 0 0 0 0 0 30 0 0 0 0 0.77 0.58 2 V -2 -4 -5 -5 -1 -4 -4 -5 -5 3 4 -4 0 -1 -2 -4 -2 0 -3 4 2 0 0 0 1 0 0 0 0 14 42 0 0 2 2 0 0 1 0 35 0.75 0.72 3 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.93 0.87 4 P -1 -4 -3 -3 -4 -3 -3 -1 -4 -4 -5 -3 -4 -5 7 2 0 -5 -5 -3 5 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 66 19 5 0 0 1 1.65 0.88 5 T 2 -3 2 1 -3 -1 -2 0 0 -4 -4 -1 -4 -5 0 4 2 -5 -4 -3 14 0 8 6 0 1 1 7 2 1 0 3 0 0 4 43 10 0 0 0 0.58 0.94 6 G 0 -4 -1 -1 -4 -3 -3 6 -4 -3 -2 -3 -4 -2 -2 -1 -2 -4 -4 -4 5 0 2 3 0 0 1 74 0 1 5 0 0 2 2 2 2 0 0 0 1.22 0.93 7 L -2 -3 -2 -4 -3 -3 -3 -3 -3 1 5 -3 0 -1 -1 -3 -2 -3 0 0 3 1 2 1 0 1 1 2 0 5 68 1 0 2 3 1 2 0 4 4 0.76 0.82 8 F -2 -3 -3 -2 -3 0 -2 -3 1 -1 0 -1 -2 2 -3 -1 0 -1 7 -2 4 1 1 2 0 5 2 1 3 2 9 4 0 5 1 4 7 0 49 1 0.84 0.82 9 S 1 -2 2 0 -3 -2 -2 2 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -3 5 1 -4 -3 -3 8 1 8 6 0 0 1 17 0 0 1 1 1 0 0 48 6 0 0 1 0.65 0.87 10 N -2 -3 6 -2 -4 -1 -2 -3 1 -4 -4 -1 -3 -5 -4 3 3 -5 -4 0 2 0 40 0 0 2 1 0 3 0 0 2 0 0 0 22 23 0 0 7 0.85 0.97 11 P 2 -4 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -2 -3 -2 -5 8 -1 -3 -6 -5 -3 19 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 1 0 72 2 0 0 0 1 1.84 0.97 12 L -3 -2 -2 -3 -4 6 0 -4 -3 -1 2 0 2 -4 -4 -2 -3 -4 -2 1 0 0 1 0 0 52 4 0 0 2 19 4 4 0 0 1 0 0 1 11 0.86 0.97 13 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -3 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2.88 0.97 14 C -1 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -5 -5 -2 -3 -5 -5 -3 2 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 2.87 0.97 15 A 4 -3 0 2 -3 2 -1 0 -3 -4 -4 -1 -3 -5 -2 2 -2 -5 -4 -2 41 0 3 13 0 12 2 5 0 0 0 3 0 0 1 18 1 0 0 1 0.59 0.97 16 T 1 -4 -3 -1 -3 -3 -3 -4 -4 -1 0 -3 -2 -4 -2 0 5 -5 -4 3 12 0 0 3 0 0 0 0 0 2 7 0 0 0 2 4 50 0 0 21 0.74 0.97 17 N -3 -3 3 7 -5 -2 -1 0 -3 -5 -4 -3 -5 -3 -4 0 -2 -6 -5 -4 1 0 17 63 0 1 0 7 0 0 1 0 0 1 0 7 1 0 0 1 1.23 0.97 18 V -1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 1 -4 -1 -3 -4 -4 -2 -5 -3 6 5 0 0 0 0 0 0 0 0 16 9 0 0 0 0 0 0 0 0 69 1.09 0.94 19 L -1 -4 -5 -2 -4 -4 -2 -3 -5 0 5 -4 0 1 -5 -4 -3 -4 -3 -1 6 0 0 2 0 0 2 2 0 2 78 0 0 4 0 0 0 0 0 2 1.00 0.97 20 D -2 -3 1 1 -5 -2 -2 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 0 1 8 8 0 1 1 81 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.56 0.97 21 L -1 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 3 3 -4 -1 -3 -5 -2 -2 -5 -3 5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 14 29 0 0 0 0 3 0 0 0 49 0.90 0.97 22 I 5 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -3 -4 2 2 -4 -2 -1 -4 -2 -2 -4 -3 1 55 0 0 0 0 0 1 0 0 10 21 0 0 3 0 0 0 0 0 9 0.74 0.97 23 G 1 -3 3 5 3 -3 -1 1 -3 -4 -5 -3 -4 -2 -4 1 -2 -5 0 -3 12 1 14 34 6 0 1 12 0 1 0 0 0 2 0 13 1 0 3 2 0.63 0.97 24 V -2 -4 -5 -5 -3 -1 -5 -3 -5 0 6 -4 0 0 -5 -2 -3 -4 -3 0 3 0 0 0 0 3 0 2 0 2 81 0 0 2 0 4 0 0 0 5 1.05 0.97 25 D -2 -3 4 6 -5 -2 0 -2 0 -2 -5 -3 -4 -5 -1 -1 1 -6 -5 -4 2 0 18 59 0 0 2 2 2 3 0 0 0 0 3 2 8 0 0 0 1.14 0.97 26 C -1 -6 -5 -6 11 -5 -6 -3 -5 -3 -3 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 4 0 0 0 94 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.80 0.97 27 K 2 0 0 0 -4 1 2 0 1 -2 -4 1 -3 -4 -4 1 0 -5 -2 1 21 4 5 4 0 6 12 6 4 2 0 10 0 0 0 8 7 0 1 12 0.24 0.97 28 T 2 -3 3 0 -4 -2 -2 -1 -1 -2 -4 -3 -3 -5 2 2 3 -5 -4 0 17 0 17 4 0 1 1 3 2 1 0 0 0 0 11 16 22 0 0 6 0.49 0.97 29 P -2 -2 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -5 8 -2 -3 -6 -5 0 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 84 1 0 0 0 9 2.19 0.97 30 T 0 0 -3 -2 -4 -3 -2 0 -2 -4 -4 1 -4 -5 5 3 2 -5 -3 -2 4 4 0 1 0 0 2 8 1 0 1 8 0 0 28 28 13 0 1 2 0.68 0.97 31 I 0 1 -1 -1 -4 1 2 0 -3 0 -3 1 -3 -1 -2 2 2 -4 0 0 8 7 2 2 0 5 16 7 0 5 0 7 0 3 1 15 13 0 3 6 0.20 0.95 32 A 2 -1 -1 1 -3 0 -2 -2 -3 -2 -2 -1 0 -4 0 0 4 -5 -4 1 17 3 2 7 0 4 1 2 0 1 3 2 3 0 5 6 32 0 0 10 0.38 0.95 33 V -3 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -4 0 -1 -3 -3 -2 7 -2 -1 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 1 0 5 5 0 0 1 62 2 3 1 3 14 1.40 0.90 34 D 0 2 0 0 -3 -2 -2 -3 1 -1 -3 -1 -2 -2 -2 2 4 2 0 -1 6 12 5 5 0 1 2 0 3 3 2 2 1 1 1 15 32 3 4 3 0.39 0.94 35 T -1 -2 3 4 -4 -2 -2 -2 -3 -4 -3 -2 -4 -4 -3 4 2 -1 -4 -2 2 1 15 27 0 0 0 1 0 0 3 2 0 0 0 32 13 1 0 2 0.67 0.94 36 G 3 -2 -3 -4 1 -3 -3 3 -4 0 0 -1 -2 -4 0 -1 0 -4 -2 1 31 2 0 0 3 0 1 20 0 5 9 4 0 0 4 3 5 0 2 10 0.35 0.94 37 A 2 0 2 3 -4 1 1 -2 -1 -4 -2 1 -1 -4 0 0 0 -5 -4 -2 16 4 12 18 0 6 9 2 1 0 3 7 2 0 5 7 5 0 0 2 0.31 0.93 38 I 0 -3 2 4 -5 1 3 -1 3 -3 -5 -2 -4 -3 1 1 -1 -5 -4 -3 7 0 11 27 0 6 17 5 7 1 0 0 0 1 6 8 3 0 0 1 0.54 0.95 39 F -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -2 -2 2 -5 0 8 -5 -4 -4 -1 1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 16 0 2 79 0 0 0 0 0 0 1.70 0.95 40 Q -1 2 0 -3 -4 5 0 -2 -2 0 -4 3 -3 -4 -3 1 -1 -5 -4 -1 4 12 4 0 0 29 4 3 0 7 0 18 0 0 0 11 3 0 0 4 0.51 0.95 41 A 3 -1 2 2 -4 0 2 -2 -3 -4 -5 0 -4 -5 -3 2 0 -5 -4 -4 27 3 11 12 0 4 12 1 0 0 0 6 0 0 0 19 5 0 0 0 0.50 0.97 42 H 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 0 0 4 -1 -3 -2 -3 -4 0 2 -4 0 2 6 1 3 3 1 3 2 7 3 33 2 0 0 0 0 7 12 0 4 13 0.35 0.97 43 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.05 0.97 44 A 5 -2 0 -2 -3 -2 -2 0 1 -4 -3 -1 -3 -4 -3 0 -2 -5 -4 -3 71 1 4 1 0 1 2 7 3 0 2 3 0 0 0 6 0 0 0 0 0.89 0.96 45 S 3 0 -1 1 -4 0 1 0 -1 -4 -3 2 -1 -4 -3 1 0 -5 -4 -2 28 4 2 8 0 2 7 7 2 0 2 17 2 0 0 11 5 0 0 2 0.34 0.94 46 K 0 -2 1 0 -4 0 -3 1 -2 3 -2 -1 0 -4 -4 1 2 -5 -4 2 6 1 6 5 0 5 1 10 1 19 1 4 3 0 0 12 13 0 0 14 0.26 0.95 47 G 0 -4 -1 -3 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -1 -4 -5 -5 -5 4 0 2 0 0 0 0 92 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.82 0.95 48 S -1 2 -1 0 -5 5 -1 -3 -1 -4 0 4 -3 -5 -4 0 -1 -5 -4 -4 5 10 1 5 0 34 0 1 1 0 10 24 0 0 0 6 3 0 0 0 0.64 0.95 49 K -2 3 -2 0 -5 5 1 -4 -2 -1 -3 1 -3 -4 -4 0 2 -4 -1 -3 2 20 0 4 0 30 8 0 1 3 2 8 0 0 0 6 13 0 2 1 0.58 0.95 50 P 5 -4 0 -3 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -3 -3 -5 5 0 -1 -5 -4 -3 62 0 5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 27 4 2 0 0 0 1.12 0.95 51 L -1 5 -3 -3 -4 3 0 -4 -3 -3 0 3 0 -1 -4 0 -2 -4 -3 -2 5 32 0 0 0 12 5 0 0 0 12 19 3 2 0 6 1 0 0 2 0.57 0.93 52 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.02 0.95 53 C -1 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 4 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.85 0.95 54 V 1 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -3 -4 1 0 -2 -2 -2 -4 -1 3 -4 -1 4 11 0 0 1 0 0 0 1 0 4 9 2 0 1 0 4 23 0 3 42 0.60 0.95 55 A 1 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -3 -5 3 4 -4 -1 -2 -1 -4 -1 -4 -3 1 11 0 0 0 0 0 0 2 0 22 51 0 0 0 3 0 3 0 0 9 0.76 0.95 56 P -2 -4 -3 -2 -4 -3 -2 0 -1 -5 -5 -1 -4 -5 8 -1 -2 -5 -4 -3 2 0 1 2 0 0 2 8 2 0 0 3 0 0 72 5 2 0 0 1 1.73 0.92 57 V 0 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 4 2 -4 -1 -2 -4 -3 -1 -4 -3 4 8 0 0 0 0 0 0 0 0 28 23 0 0 0 0 0 3 0 0 36 0.79 0.91 58 A 4 -4 -4 -4 -3 -3 -2 -1 -4 0 3 -3 -1 -1 -4 -1 -2 -4 0 -1 39 0 0 0 0 0 2 5 0 5 38 0 0 1 0 4 1 0 3 2 0.57 0.90 59 D -1 -4 0 2 -4 -3 1 6 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -4 0 -2 -5 -5 -3 2 0 4 12 0 0 8 64 0 0 0 1 0 0 0 4 2 0 0 2 1.08 0.90 60 Q -1 -2 -1 0 -4 7 0 -4 1 -1 1 -1 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -3 -2 5 0 1 5 0 61 1 0 3 3 16 0 0 0 0 2 0 0 0 2 0.95 0.90 61 A 4 -4 -3 0 -3 -1 -2 5 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -3 0 -3 -5 -4 -3 43 0 0 5 0 3 1 43 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0.97 0.91 62 L -2 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -2 -5 2 4 -4 -1 -2 -5 -4 -3 -4 -3 4 2 0 0 0 0 0 0 3 0 12 44 0 0 0 0 0 0 0 0 39 0.88 0.91 63 L -2 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -3 -5 3 5 -3 0 0 -5 -3 -3 -4 -3 1 3 0 0 0 0 0 0 2 0 15 65 1 0 4 0 2 0 0 0 8 0.88 0.91 64 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -3 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.98 0.91 65 Q -2 -2 3 -1 -4 5 2 -3 -2 -1 -3 -1 -1 -5 -3 0 3 -5 -4 -3 0 0 14 2 0 38 11 1 0 4 1 2 1 0 0 6 20 0 0 1 0.73 0.90 66 K 0 0 2 4 -4 -2 1 -3 -3 -3 -4 1 -1 -5 1 1 2 -5 -4 -2 8 6 9 22 0 0 10 0 0 1 0 9 1 0 6 8 17 0 0 2 0.43 0.88 67 A 2 -4 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -2 8 -2 -3 -5 -4 -2 20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 76 0 0 0 0 2 1.93 0.83 68 I 2 -4 -4 -3 -3 -1 -2 -4 -4 2 1 -3 -1 -3 0 -2 -1 -4 -3 4 18 0 0 1 0 3 2 0 0 12 15 0 0 0 6 2 3 0 0 38 0.49 0.79 69 G -1 -4 -2 -3 -4 -3 -4 7 -4 -6 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.85 0.68 70 T -1 -2 1 -2 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -3 -2 3 6 -4 -3 -2 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23 70 0 0 0 0.79 0.38 K Lambda Standard Ungapped 0.1367 0.3249 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1819 0.3176 PSI Gapped 0.0557 0.2670