Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -3 -4 -5 -6 -4 -3 -5 -6 -4 0 4 -4 8 -2 -5 -4 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 44 0 52 0 0 0 0 0 0 0 1.47 1.01 2 L -4 -5 -2 -6 4 -2 -5 -6 -2 2 3 -5 -2 5 -6 -4 -3 -3 3 2 0 0 2 0 9 2 0 0 1 11 29 0 0 25 0 0 1 0 8 12 0.80 1.20 3 C -3 -6 -5 -6 11 -6 -6 -4 -6 -4 -4 -6 -4 -3 -6 -4 -4 -5 -5 -3 0 0 0 0 98 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 3.25 1.30 4 A 4 -3 -2 -4 1 -2 -3 -1 -3 -5 -4 -1 -4 -4 4 3 -2 -6 -4 -3 39 1 1 0 3 1 0 5 0 0 1 4 0 1 24 20 1 0 0 0 0.86 1.33 5 I -1 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 6 3 -5 1 -2 -5 -5 -3 -5 -4 1 5 0 0 0 0 0 0 0 0 59 26 0 3 1 0 0 0 0 0 5 1.22 1.31 6 S -2 -4 -1 -3 3 -3 -3 -3 -4 -4 -4 -3 0 -5 -4 6 4 -5 -4 -4 0 0 1 1 6 0 0 1 0 1 1 0 2 0 0 63 24 0 0 0 1.16 1.33 7 G -3 -2 1 -4 -2 -1 -4 4 2 -3 2 -3 0 3 -5 -3 -3 -4 -1 -4 1 2 9 1 1 3 1 35 5 0 23 2 3 13 0 1 1 0 2 0 0.62 1.35 8 K -1 -1 -1 1 1 3 5 -3 -2 -4 -1 0 -3 -5 -4 -1 0 -5 -4 -2 4 2 2 6 3 16 42 1 1 1 6 6 0 0 0 3 5 0 0 2 0.68 1.35 9 V -1 -4 -5 -5 -2 -2 -3 -5 -3 2 1 -3 0 -3 5 -3 -1 -5 -4 3 6 1 0 0 1 2 1 0 1 13 15 1 2 1 29 1 4 0 0 23 0.72 1.33 10 P -2 -4 -4 -5 2 -4 -5 -5 -4 -1 0 -4 7 4 5 -4 -2 0 -1 -2 2 1 1 0 5 0 0 0 0 3 5 0 28 21 28 0 1 1 1 2 1.08 1.33 11 R -2 2 -1 -1 -4 2 3 -4 3 -3 -3 3 -3 -5 -4 -1 1 -5 -3 -1 2 12 2 3 0 10 23 1 8 2 2 17 1 0 0 4 10 0 0 4 0.50 1.34 12 R -4 -2 3 6 -4 -1 2 -4 4 -3 -4 -2 -4 -1 -4 -2 -1 -3 -3 -1 0 1 11 43 0 1 14 0 9 1 1 1 0 4 0 1 3 0 0 6 0.87 1.32 13 P -2 -5 -5 -4 -5 -2 -2 -4 -5 -5 -5 -4 -5 -6 8 -3 -3 -6 -5 -5 3 0 0 0 0 1 2 1 0 0 1 0 0 0 92 0 1 0 0 0 2.61 1.30 14 V -2 -4 -5 -5 2 -5 -5 -5 -3 0 -1 -5 0 -3 -5 -4 -1 -2 -4 7 2 1 0 0 4 0 0 0 1 1 1 0 1 1 0 1 2 1 0 85 1.44 1.29 15 L -1 -2 -4 -3 3 -3 -3 -4 -4 4 1 -2 2 -1 -4 -3 -1 -4 -2 4 5 2 1 2 6 1 1 1 0 22 10 2 5 2 1 2 3 0 1 34 0.59 1.16 16 S 0 -4 -2 -3 5 -3 -2 -3 -4 -2 0 -3 -2 -4 -4 4 4 -5 -4 -2 7 0 1 1 12 0 2 1 0 1 8 0 1 0 0 36 27 0 0 2 0.77 1.28 17 P -1 1 -3 -3 -4 -1 -3 -4 -4 -2 -2 1 -3 -4 6 -1 3 -4 -4 -1 3 9 1 1 0 2 1 1 0 3 4 8 0 0 40 4 17 0 0 5 0.86 1.19 18 K 0 0 -1 -1 1 0 0 -3 -1 -1 -2 4 -2 -3 -1 0 0 -3 0 1 8 4 3 3 3 4 6 2 1 3 4 27 1 1 2 8 5 0 3 12 0.26 1.01 19 S -1 -3 0 2 3 -2 -1 -2 -2 -4 -4 -3 -4 -4 -3 5 2 -4 -2 -4 2 0 4 12 7 1 3 1 1 0 1 0 0 0 0 53 11 0 2 1 0.84 1.22 20 R -2 -2 -1 -4 -5 -2 -4 7 -2 -6 -6 -1 -5 -6 -5 -2 -4 -5 -5 -6 1 2 2 0 0 1 1 87 1 0 0 5 0 0 0 1 0 0 0 0 1.79 1.30 21 T 0 -2 1 -3 1 1 -3 -4 7 2 0 -2 -2 -2 -5 0 1 -5 1 0 7 1 7 1 3 6 1 0 26 12 7 2 0 1 0 6 7 0 5 7 0.52 1.30 22 I -2 -5 -4 -5 0 -4 -5 -5 -5 3 0 -4 -2 -2 -5 1 3 -5 -4 4 1 0 0 0 2 0 0 0 0 18 8 0 0 1 0 10 23 0 0 37 0.80 1.29 23 F -5 -5 -5 -6 -2 -5 -5 -6 -1 -2 -2 -5 0 7 -6 -5 -4 -1 7 -1 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1 1 0 2 43 0 0 0 0 48 4 1.81 1.29 24 E -4 -3 -2 5 2 0 6 -5 -3 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -2 -4 -6 -5 -5 0 0 1 28 4 2 62 0 0 0 0 2 0 0 0 1 0 0 0 0 1.45 1.29 25 K -4 6 -3 -3 -6 -1 0 -5 -1 -2 -1 4 -3 -3 -5 -3 -3 0 0 -2 0 51 1 0 0 1 5 0 1 3 5 22 0 1 0 1 0 2 4 2 1.03 1.29 26 S 1 4 -2 1 -3 -1 1 -4 0 -3 -3 1 1 -4 -3 2 0 -5 -2 -2 10 25 1 6 0 2 10 0 2 1 2 9 3 0 1 17 6 0 1 2 0.41 1.29 27 L 1 -4 1 -1 3 -2 -3 -2 1 0 2 -3 -1 -2 -5 1 0 -2 -2 2 13 0 7 3 7 1 1 2 4 4 25 1 1 1 0 10 5 0 1 13 0.29 1.29 28 L -1 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 7 1 -5 -1 -3 -3 -5 -3 -5 -4 1 5 0 0 0 0 0 0 0 0 81 8 0 0 0 1 0 0 0 0 5 1.55 1.29 29 E -3 -1 -3 -2 -5 0 5 -4 -2 0 1 1 0 -3 -4 -2 0 -5 -2 0 1 2 0 1 0 3 42 1 1 6 16 7 2 0 0 2 6 0 1 8 0.56 1.29 30 Q 0 3 -1 0 -5 1 2 -3 0 -5 -4 4 -3 -6 2 0 -1 -6 -5 -5 7 14 2 4 0 6 13 1 2 0 1 32 1 0 9 5 2 0 0 0 0.61 1.29 31 Y -2 1 -4 -5 -5 -2 -3 -5 7 -3 -3 -4 -4 0 -5 -3 -4 9 6 -3 3 7 0 0 0 1 1 0 30 1 1 0 0 3 0 1 0 25 26 1 1.62 1.31 32 V -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 5 4 -5 1 1 -5 -5 -3 -4 -3 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 39 41 0 3 6 0 0 0 0 0 8 1.05 1.28 33 K 2 1 0 0 -2 3 2 -3 -1 -3 -1 3 -1 -2 -4 0 -2 -5 -4 -3 16 8 4 5 1 13 15 1 1 1 5 17 2 2 0 6 2 0 0 1 0.35 1.28 34 D -1 1 0 3 -2 2 3 -2 0 -3 -3 3 -2 -5 -4 0 0 -6 -3 -3 5 8 3 14 1 7 21 3 2 2 2 17 1 0 0 7 6 0 1 1 0.43 1.31 35 T -2 2 4 -1 -1 -1 -2 -3 6 -3 -4 0 -4 -1 -5 1 0 -4 3 -1 2 9 23 3 1 2 2 1 18 1 1 4 0 2 0 10 7 0 10 6 0.59 1.31 36 G 1 -1 1 -2 -2 -1 -2 6 0 -4 -4 -1 -3 -6 0 -1 -2 -5 -5 -4 10 3 6 1 1 2 2 56 2 1 1 3 1 0 5 4 1 0 0 1 0.89 1.31 37 N -3 1 2 -3 1 -1 -2 -4 0 0 -2 3 -2 -2 -3 -1 4 -5 -3 0 1 7 11 1 3 1 2 1 2 5 2 21 1 2 1 3 29 0 1 8 0.48 1.31 38 D -4 -5 2 5 8 -3 0 -4 1 -5 -5 -4 -5 -6 -5 0 -3 -6 -5 -5 0 0 8 41 36 0 4 0 3 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 1.50 1.31 39 P -3 -4 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -4 -5 9 -3 -3 -5 -5 -4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 94 0 0 0 0 0 2.69 1.22 40 I -2 -5 -5 -4 -1 -4 -3 -3 -5 5 0 -2 2 1 -5 -3 -2 -5 -2 4 3 0 0 1 1 0 1 2 0 30 8 2 6 6 0 2 2 0 1 35 0.76 1.31 41 T -1 -4 3 -1 0 -3 -3 -4 -1 -4 -4 -2 -4 -5 -4 2 6 -5 -4 -3 3 0 12 3 2 0 0 0 1 0 1 1 0 0 0 15 62 0 0 0 1.16 1.32 42 N -3 3 2 -1 -3 0 -2 5 -1 -6 -5 0 -2 -6 -4 -2 -3 -5 -3 -5 1 20 9 4 1 4 1 48 1 0 1 6 1 0 1 2 1 0 1 0 0.91 1.32 43 E 0 0 0 0 -3 3 5 -3 2 -4 -2 1 -1 -5 -4 -1 -1 -5 -1 -2 8 3 3 3 1 15 34 1 6 1 3 8 1 0 0 4 4 0 2 2 0.57 1.36 44 P 0 -3 -3 -1 -5 -1 2 -4 -2 -3 -3 0 -3 -6 7 -1 -2 -6 -2 -3 7 1 1 3 0 3 15 0 1 1 2 6 1 0 52 3 2 0 1 2 1.18 1.36 45 L -2 -5 -6 -6 0 -5 -5 -6 -2 0 6 -5 4 -2 -6 -4 -3 -5 -4 -1 2 0 0 0 2 0 0 0 1 4 79 0 9 0 0 1 1 0 0 1 1.32 1.36 46 S 0 -1 -1 0 -2 -1 0 -2 -1 -3 -2 2 -2 -5 -2 3 4 -6 -3 -2 7 4 2 5 1 2 7 3 2 1 4 11 1 0 2 20 27 0 0 2 0.42 1.39 47 I 0 -1 -1 -3 -3 0 2 -3 0 1 1 0 1 -2 2 0 -1 -5 -3 2 8 3 3 1 0 4 13 1 2 8 12 5 4 1 12 6 3 0 0 13 0.20 1.42 48 E -1 -2 0 5 -5 0 3 -2 0 -5 -3 1 -5 -4 -2 2 0 -6 -3 -5 5 1 4 30 0 3 21 3 2 0 2 8 0 1 1 13 5 0 1 0 0.65 1.43 49 E -3 -2 -1 6 -6 4 2 -4 0 -4 -4 -2 0 -6 -4 -2 -1 -6 -5 -5 2 1 2 54 0 19 9 1 2 1 1 1 2 0 0 1 5 0 0 0 1.18 1.43 50 I -3 -5 -6 -7 2 -5 -6 -6 -6 1 6 -5 -1 -1 -6 -5 -4 -4 -2 -1 1 0 0 0 4 0 0 0 0 7 83 0 0 1 0 0 0 0 1 3 1.41 1.39 51 V -3 -3 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -3 6 1 -3 0 0 -5 -4 0 -5 0 4 2 1 0 0 0 0 0 0 1 46 9 1 1 3 0 0 5 0 4 27 0.99 1.37 52 E -2 -1 -3 0 -6 -1 2 -4 -2 -5 -5 0 -5 -6 7 -1 -2 -6 -5 -4 3 3 1 5 0 1 15 0 1 0 1 6 0 0 56 5 2 0 0 1 1.37 1.37 53 I -4 -5 -1 -5 0 -5 -5 -6 -5 5 4 -5 1 -3 -5 -4 -3 -5 -4 3 0 0 5 0 2 0 0 0 0 31 39 0 3 0 0 0 0 0 0 21 0.95 1.15 54 V -2 2 1 -3 -5 2 -1 -4 -1 -5 -5 6 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -2 -3 1 7 5 0 0 9 1 0 1 0 0 68 0 0 0 3 2 0 2 1 1.16 1.11 55 P 1 -3 0 -2 -4 2 -2 -3 -3 -1 -3 -2 -1 0 0 2 5 -4 -1 -1 11 0 4 2 0 9 2 1 0 2 1 1 1 5 5 14 37 0 2 4 0.48 1.04 56 S -1 -3 -1 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 6 3 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 80 20 0 0 0 1.20 0.83 K Lambda Standard Ungapped 0.1343 0.3134 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1997 0.3184 PSI Gapped 0.0611 0.2670