Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 0 -2 2 3 -5 -1 5 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 0 1 -5 -4 -4 7 0 10 18 0 0 50 0 0 0 0 0 0 0 0 4 11 0 0 0 0.88 0.80 2 N -2 -2 7 2 -5 1 2 -2 0 -5 -5 -1 -4 -5 -4 0 1 -6 -4 -4 1 0 56 9 0 5 12 2 1 0 0 2 0 0 0 4 8 0 0 0 1.01 0.85 3 V -2 -4 -3 -3 -3 -3 2 -5 -4 3 0 -3 -1 -3 -4 -1 3 -5 -4 4 2 0 1 0 0 0 14 0 0 20 5 0 1 0 0 2 21 0 0 34 0.60 0.90 4 V -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 6 0 -5 -1 -2 -5 -4 -3 -5 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 51 6 0 0 0 0 0 0 0 0 43 1.21 0.92 5 L -4 2 -1 -3 -4 -1 -4 -5 1 1 1 -3 -2 4 -5 -4 -3 -2 5 1 0 15 3 1 0 2 0 0 3 9 14 0 0 21 0 0 0 0 21 11 0.63 0.92 6 I -3 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 0 -4 0 -3 -5 -1 -1 -5 -4 5 0 2 0 0 0 0 0 0 0 47 2 0 1 0 0 5 2 0 0 40 1.03 0.94 7 G -2 1 -2 -3 -5 -3 -4 6 -4 -5 -5 -1 -4 -5 -4 -1 1 -5 -5 -5 0 8 0 0 0 0 0 74 0 0 0 3 0 0 0 4 12 0 0 0 1.34 0.94 8 K -2 2 4 -1 -5 0 -1 -2 -3 -3 -5 4 -4 -5 -4 2 1 -5 -4 -4 2 9 23 2 0 3 3 1 0 2 0 32 0 0 0 13 10 0 0 0 0.66 1.01 9 K -3 2 -2 0 -6 2 -1 -4 -3 -5 -5 7 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -1 -5 0 7 0 6 0 10 0 0 0 0 0 76 0 0 0 0 0 0 2 0 1.33 1.01 10 P -3 -2 -3 -2 -5 -3 -3 1 -1 -5 -4 -3 -5 -2 8 0 -2 -6 -5 -5 0 2 1 2 0 0 1 13 2 0 1 0 0 2 69 6 2 0 0 0 1.68 1.04 11 V -2 0 -5 -5 -4 -4 -2 -5 -5 4 2 -3 -1 -2 -1 -4 1 -5 -1 4 3 5 0 0 0 0 2 0 0 21 15 1 1 1 3 0 10 0 2 36 0.61 1.08 12 M -3 3 -4 -1 -4 -2 0 -4 0 -1 0 -3 8 1 -3 -1 -2 -4 -3 -1 0 16 0 4 0 0 6 1 2 1 4 0 54 5 1 4 2 0 0 2 1.06 1.11 13 N 0 -1 6 2 -5 1 0 -2 -3 -5 -5 -2 -4 -1 -4 2 0 -6 -4 -5 8 3 44 9 0 6 5 2 0 0 0 0 0 3 0 14 6 0 0 0 0.81 1.14 14 Y -3 -4 -4 -5 -2 -2 -4 -5 1 -4 -4 -4 -3 1 -5 -2 -4 0 9 -2 1 0 0 0 1 1 0 0 3 0 0 0 0 1 0 3 0 0 88 2 2.16 1.16 15 V 1 -5 -5 -6 1 -5 -5 -5 -6 4 -1 -5 0 -3 -5 -4 -2 -5 -4 6 11 0 0 0 3 0 0 0 0 20 2 0 1 0 0 0 2 0 0 61 1.10 1.16 16 L -2 -2 -1 -1 -4 -4 -4 -4 -4 0 3 -4 3 0 -4 1 3 -4 -1 -1 3 2 3 4 0 0 0 1 0 5 31 0 7 4 0 12 21 0 2 4 0.44 1.19 17 A 5 -3 0 0 -4 -2 1 -3 -3 -2 -3 -3 -4 -1 -2 -1 -3 -3 5 -3 46 1 4 5 0 1 8 1 0 2 2 0 0 1 2 3 0 0 22 1 0.72 1.21 18 A 3 -4 -4 -5 0 -4 -4 -2 -5 2 0 -4 -2 -4 -4 -1 2 -5 -4 4 29 0 0 0 2 0 0 3 0 9 7 0 0 0 0 4 16 0 0 31 0.63 1.18 19 L -2 -2 -1 -5 -4 -4 -5 -5 -5 3 3 -1 4 -3 -5 -2 1 -5 -4 2 2 2 3 0 0 0 0 0 0 19 30 4 10 0 0 3 10 0 0 16 0.61 1.21 20 T -1 -2 -1 -4 -4 -1 -1 -2 0 0 0 -2 3 -2 -2 1 5 -1 -1 0 3 2 2 0 0 2 3 2 3 5 7 2 7 1 1 10 42 1 2 5 0.51 1.21 21 L 0 -1 -4 -4 -4 5 -2 -3 -1 0 3 -2 1 -3 -2 -1 -2 -4 -2 -1 7 3 0 0 0 30 1 1 1 6 34 2 3 0 2 5 1 0 1 3 0.56 1.19 22 L -3 -2 -5 -6 -4 -3 -5 -6 -4 0 4 -5 3 6 -5 -5 -2 -3 -1 -1 1 2 0 0 0 1 0 0 0 4 48 0 6 34 0 0 2 0 0 2 1.07 1.19 23 N -2 -1 5 0 -4 4 1 -1 2 -4 -4 -1 -1 -4 -3 1 -1 -4 -3 -4 3 2 35 4 0 23 7 4 4 0 1 2 2 0 0 8 2 0 0 1 0.74 1.05 24 Q 0 1 1 0 -5 3 3 0 -1 -5 -5 3 -2 -5 -4 1 -1 -5 -4 -5 7 7 5 4 0 11 23 8 2 0 0 17 1 0 0 10 4 0 0 0 0.50 1.15 25 G -2 0 3 -1 -5 0 0 5 -1 -5 -5 -1 -4 -5 -2 0 -2 -5 -4 -5 1 6 15 3 0 3 7 51 1 0 0 3 0 0 2 6 1 0 0 0 0.86 1.09 26 V 2 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -2 0 0 -1 -1 -1 -2 -1 3 0 -4 -1 1 16 2 2 3 1 3 3 2 2 6 6 4 1 2 4 21 6 0 2 11 0.16 1.07 27 S -2 1 2 3 -5 -1 1 0 -1 -4 -5 3 -4 -5 2 1 -1 -5 -2 -5 1 6 9 20 0 2 10 6 1 1 0 18 0 0 12 9 3 0 1 0 0.48 0.95 28 E -2 0 -1 1 -2 0 5 -3 -1 -1 -3 2 -4 -3 -2 -1 1 -5 -4 -1 2 5 1 8 1 1 47 1 1 4 1 10 0 1 1 4 8 0 0 4 0.62 0.94 29 I -1 -4 -5 -5 2 -4 -4 -5 -5 4 1 -4 -1 -2 -4 -3 -2 -4 -3 5 4 0 0 0 5 0 0 0 0 29 7 0 0 0 0 0 0 0 0 55 0.88 0.67 30 V -1 -1 -2 -2 -3 -1 1 -4 -1 3 -1 0 0 -1 -4 -1 2 -4 -1 3 5 3 1 2 0 3 10 0 1 16 4 6 2 2 0 4 14 0 1 26 0.25 0.67 31 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 3 -4 0 2 -5 -4 -3 -4 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 42 35 0 0 7 0 0 0 0 0 15 0.85 0.67 32 K 0 2 -2 -3 -3 -1 -1 -3 -2 -2 0 5 2 -3 -3 0 -2 -4 -3 0 9 12 0 0 0 0 0 0 0 0 8 47 7 0 0 9 0 0 0 8 0.46 0.44 33 A 3 -2 -1 -2 -2 -2 -2 4 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 3 0 -3 -3 -2 33 0 0 0 0 0 0 33 0 0 0 0 0 0 0 33 0 0 0 0 0.56 0.22 34 R -3 6 -3 -4 -4 0 -2 -4 -1 -2 0 0 5 -3 -4 -1 -1 -3 2 -1 0 46 0 0 0 2 1 0 1 1 6 3 19 0 0 3 4 0 9 3 0.74 0.77 35 G -2 -4 -2 -3 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.92 0.77 36 R -2 5 2 -1 -5 2 -1 -3 -2 -3 -3 3 1 -3 -1 -1 -2 -5 -4 -4 3 39 11 3 0 11 1 1 0 1 1 16 4 1 2 4 1 0 0 0 0.65 0.77 37 A 4 0 1 -2 -3 -2 2 -2 0 -4 -4 -1 -1 0 -3 1 -1 -4 -1 -2 49 6 9 0 0 0 13 0 2 0 0 2 1 4 0 10 2 0 2 2 0.52 0.78 38 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 7 0 -5 -1 -2 -5 -4 -3 -5 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 89 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 1.41 0.78 39 S 0 -3 3 1 2 -1 -1 -1 -1 -2 -4 -2 -3 -4 1 4 1 -4 1 -2 8 0 15 8 4 1 2 4 1 2 0 1 0 0 5 33 8 0 6 2 0.41 0.78 40 K -3 4 1 -1 -5 2 -1 -4 0 -4 -2 5 -3 -5 -3 0 0 -5 -4 -4 0 19 5 2 0 7 2 0 2 0 4 49 0 0 0 5 5 0 0 0 0.78 0.78 41 A 5 -4 -3 -4 3 -3 -3 -2 -4 -2 -2 -3 -2 -4 -3 0 1 -5 -4 1 67 0 0 0 6 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 3 11 0 0 9 0.83 0.78 42 V 0 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 -1 -4 -1 -3 -4 -3 -2 -5 -3 6 7 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 83 1.17 0.78 43 D 1 -4 1 6 -4 -3 0 -3 -3 -4 -4 -3 1 -5 -4 0 1 -5 -1 -2 15 0 4 54 0 0 3 0 0 0 0 0 4 0 0 7 7 0 3 3 0.89 0.96 44 T 0 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 4 0 -4 1 -3 -4 -3 2 -5 -4 5 7 0 0 0 0 0 0 0 0 25 5 0 2 0 0 0 12 0 0 49 0.88 0.96 45 V 4 -4 -4 -4 0 -3 -2 -2 -3 -1 -3 -2 -3 -1 -4 0 0 -3 3 2 45 0 0 0 2 0 2 1 0 3 0 2 0 2 0 7 6 0 13 16 0.57 0.96 46 E -3 -2 3 -1 -5 2 6 -4 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -1 -1 1 -4 -2 0 0 16 0 0 9 63 0 0 0 0 0 0 0 0 3 4 2 0 3 1.10 0.96 47 I 1 -2 -5 -5 -3 -1 -3 -2 -4 5 1 -4 4 -1 -5 -2 -2 -4 -2 2 11 3 0 0 0 2 2 3 0 39 11 0 10 1 0 3 2 0 1 12 0.57 0.96 48 V 0 -5 -5 -5 0 -4 -5 -5 -5 4 3 -4 0 -3 -5 -2 1 -5 -4 3 9 0 0 0 2 0 0 0 0 26 28 0 2 0 0 2 8 0 0 24 0.67 0.96 49 R -2 4 -3 -3 -5 0 -2 -4 -3 -2 -2 5 -1 -4 -4 -1 -1 -5 -4 0 2 27 0 0 0 2 0 0 0 2 4 45 1 0 0 3 4 0 0 8 0.80 0.93 50 N -1 4 4 2 -4 -1 0 -2 2 -4 -3 2 -3 -4 -3 0 -2 -5 -4 -3 4 24 25 12 0 0 5 2 4 0 2 12 0 0 0 7 0 0 0 2 0.61 0.90 51 R -3 7 -1 -3 -5 0 -2 -2 0 -5 -3 3 1 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -4 0 66 3 0 0 2 0 2 2 0 1 16 5 0 0 2 0 0 0 0 1.23 0.95 52 F -2 -2 -3 -3 -3 -1 -3 -2 -2 2 0 -3 3 6 -3 -3 -1 -2 2 0 2 2 1 1 0 4 1 4 0 10 9 1 8 37 1 1 4 0 7 5 0.60 0.83 53 L -2 -4 -1 -2 -4 -3 -1 -5 0 2 4 -4 4 1 -4 -2 -1 -3 0 0 3 0 3 3 0 0 4 0 3 9 42 0 12 5 0 2 3 0 4 6 0.52 0.98 54 P 0 -2 1 -1 -4 1 0 2 3 -3 -3 1 -2 -4 3 0 1 -4 -2 -3 6 1 5 4 0 7 5 16 8 2 3 10 1 0 17 5 8 0 1 2 0.34 1.03 55 D -1 -3 3 4 -4 2 1 2 -1 -4 -2 -3 -4 -4 -4 -1 -2 -5 -4 -1 5 0 13 27 0 9 9 18 1 0 4 0 0 0 0 4 2 0 0 6 0.51 1.03 56 K 0 -2 0 0 -3 0 -1 2 1 -1 1 0 0 -3 -2 0 1 -3 -1 -2 8 2 5 5 0 5 4 16 4 4 15 7 2 1 2 8 7 0 2 2 0.12 1.04 57 I -2 -4 -3 -4 -1 -3 -4 -4 3 2 1 -3 -1 -1 -4 -1 1 -3 3 4 2 1 1 1 1 1 1 1 8 13 13 1 1 1 1 5 9 0 9 29 0.46 1.14 58 E -1 0 0 0 -4 3 2 -1 -3 -2 -2 3 -3 -3 -2 1 1 -4 1 -1 5 5 4 5 0 12 15 4 0 2 3 17 0 1 1 9 8 0 6 4 0.27 1.16 59 I -3 -4 -4 -4 -1 -4 -2 -5 -1 5 1 -1 -2 -1 -1 -3 0 -4 2 4 1 0 0 0 1 0 2 1 1 31 13 5 0 1 3 1 5 0 7 25 0.59 1.16 60 K -2 0 -2 -1 -4 1 1 1 0 -4 -3 4 -2 -5 -4 2 1 -5 -4 -1 2 3 1 4 0 5 11 12 3 0 2 23 1 0 0 19 8 0 0 5 0.40 1.20 61 E -1 -1 3 4 -2 -1 2 -1 -3 -3 -5 1 -4 -5 -2 3 -2 -5 -5 -4 4 2 14 25 1 2 12 3 0 2 0 10 0 0 2 21 2 0 0 0 0.59 1.23 62 I -1 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 -1 -5 0 -1 -5 -3 1 -5 -3 4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 52 3 0 1 2 0 1 7 0 0 27 1.05 1.22 63 R -1 2 2 1 -5 0 1 -2 -2 -2 -3 3 -4 -3 -4 2 1 -2 -1 -3 3 11 8 8 0 4 9 2 1 2 3 19 0 1 0 18 8 1 2 1 0.34 1.24 64 V -2 -5 -3 -3 -1 -4 -3 -5 -5 7 1 -4 -1 -2 -5 -4 2 -5 -4 0 3 0 2 1 1 0 2 0 0 62 10 0 1 1 0 0 12 0 0 3 1.04 1.22 65 G -2 -4 -1 1 -2 -3 -3 5 -4 -4 -2 -3 -4 -1 -2 3 0 1 -1 -3 2 0 2 8 1 0 1 40 0 0 4 0 0 3 2 22 7 2 2 1 0.65 1.20 66 S -2 -4 -2 0 -4 -2 -2 -4 -4 -3 -2 -3 -4 -4 -4 5 5 0 0 -3 0 0 0 4 0 1 1 0 0 1 3 0 0 0 0 44 41 2 3 0 1.01 1.28 67 Q -3 -2 -2 4 -5 0 6 -4 -2 -3 -5 -2 -1 -5 -4 -1 2 -5 -4 -1 1 1 0 19 0 4 50 0 1 1 0 0 2 0 0 3 13 0 0 4 0.96 1.25 68 V -3 1 -2 2 -5 1 3 -4 -2 0 -3 0 -1 -3 -1 1 1 2 -1 0 1 7 1 11 0 6 22 0 1 6 2 6 1 1 2 12 8 3 2 9 0.31 1.27 69 V -3 -3 -5 -5 -4 -4 -1 -1 -5 4 2 -2 1 1 -5 -4 -2 4 -2 3 1 1 0 0 0 0 4 6 0 28 20 3 3 6 0 0 1 5 1 19 0.60 1.27 70 T -2 -2 -2 2 -4 1 3 -2 -2 -2 -1 1 -1 -4 0 -1 3 -4 -4 -1 2 1 1 13 0 7 17 3 1 2 7 8 1 0 6 4 22 0 0 3 0.37 1.21 71 S -2 -2 2 3 -4 -2 -3 2 -3 -2 -2 -2 -3 -4 1 2 2 -5 -4 0 3 2 12 18 0 1 0 14 0 2 5 1 0 0 7 14 13 0 0 7 0.37 1.22 72 Q -1 -1 1 2 -5 2 5 -2 -2 -5 -4 0 -2 -5 0 -1 -2 -4 -3 -4 4 3 6 9 0 9 48 2 1 0 1 3 1 0 5 3 2 0 1 1 0.77 1.22 73 D -1 1 0 4 -5 -1 5 0 -2 -4 -3 0 -4 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -1 4 6 3 20 0 2 36 7 1 0 3 6 0 0 1 2 4 0 0 4 0.59 1.22 74 G -2 -4 0 -3 -4 -2 -1 7 -4 -5 -5 -1 -4 -5 -2 -2 -2 -4 -5 -5 2 0 3 1 0 1 5 76 0 0 1 4 0 0 2 1 2 0 0 1 1.40 1.20 75 R -2 4 -2 -1 -4 1 0 -3 -3 -1 -2 3 2 -4 -3 -1 3 -4 -2 -3 2 24 1 3 0 5 6 1 0 5 3 17 6 0 1 4 20 0 1 1 0.49 1.10 76 Q -2 1 -1 -1 -4 0 2 -1 -3 -2 -3 2 -1 -5 0 0 5 -5 -4 -3 2 7 2 3 0 3 13 4 0 2 1 12 2 0 4 5 37 0 0 1 0.50 1.20 77 S -1 6 0 -2 -5 -2 -3 -4 -3 -1 -2 1 -1 -4 -4 0 -1 -5 -4 0 4 56 4 2 0 0 0 0 0 3 4 6 1 0 0 8 4 0 0 7 0.91 1.20 78 R -4 3 5 -1 -5 0 -3 -4 6 -4 -3 0 0 -2 -3 -1 0 -5 -1 -3 0 18 27 3 0 2 0 0 24 1 2 4 3 2 1 3 6 0 2 2 0.83 1.22 79 V -3 -5 -5 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